明穆宗朱载垕从小性情贞静、仁义，很少张狂。明世宗嘉靖三十二年（公元1553年），刚满16岁的明穆宗朱载垕就出居裕王邸，开始了独立生活。在裕王邸13年的生活，使明穆宗朱载垕能够较多地接触到社会生活的方方面面，了解到明王朝的各种矛盾和危机，特别是严嵩专政、朝纲颓废、官吏腐败、“南倭北虏”之患、民不聊生之苦。这些内忧外患使明穆宗朱载垕更加关心朝局，对他登基后处理政务有着较大的影响。明世宗嘉靖四十五年（公元1566年）朱厚熜去世后，明穆宗朱载垕登基继承皇位。即位后，明穆宗朱载垕倚靠高拱、陈以勤、张居正等大臣的鼎力相助，一改明世宗朱厚熜时期的做法，实行革弊施新的政策，使朝政为之一振。
革弊，即平反冤狱，明穆宗朱载垕宣布自明武宗正德十六年（公元1521年）以后至明世宗嘉靖四十五年（公元1566年）十二月以前，因谏言而获罪的诸臣“存者召用，没者恤录”。冒死上书的海瑞，这时始获释出狱，恢复官职。同时严惩方士，并罢除一切斋醮，撤西苑内大高玄殿、国明等阁、玉熙等宫及诸亭台斋醮所立匾额，停止因斋醮而开征的加派及部分织造、采买。
施新，即“正士习、纠官邪、安民生、足国用”。所谓“正士习、纠官邪”，就是整治吏治，加强对官吏的考察，即使一般不予考察的王府官员也在考察之列。对于廉政官员给予奖赏和提拔，对于贪官罢免官职，对于“赃多迹著者部院列其罪状，奏闻处治”。与此同时，明穆宗朱载垕又蠲免救济，减少了百姓灾后的痛苦，抑制土地兼并，一方面限田地，制定了勋戚宗室依世次递减制度，另一方面清田地，清查诡寄、花分钱粮和皇室勋戚田庄。
革弊施新取得了比较大的实效，使得明穆宗朱载垕时期乃至其后十年成了明王朝回光反照的时期。这一时期社会比较稳定，经济也有了重大的改观。可以说，明穆宗朱载垕在使明王朝向最后一个繁荣时期发展的过程中，起了重要的过渡作用。当然，这一切并不完全都是明穆宗朱载垕的功劳，更多的是大臣们努力的结果。当时的明王朝可以说是人才济济，文有徐阶、张居正、高拱，武有谭纶、戚继光、李成梁，而明穆宗朱载垕也颇有齐桓公的风范，对大臣礼遇谦让，用人不疑，放手让他的臣子去发挥才能，给了他们发展的空间。
明神宗万历二年（公元1574年），张居正主持修纂《穆宗实录》，对刚刚过世的穆宗有极高的评价：“上（穆宗）即位，承之以宽厚，躬修玄默，不降阶序而运天下，务在属任大臣，引大体，不烦苛，无为自化，好静自正，故六年之间，海内翕然，称太平天子云。”相比较而言，明穆宗朱载垕的性格确实是正德朝以后历代皇帝中最谦和的。在明穆宗朱载垕之前，是略有些变态的明世宗；在他之后，是一个在偏激、厌世及对官僚政治的轻蔑中度过30多年岁月的明神宗。所以，只有明静、宽仁的明穆宗朱载垕，才让大臣们有足够的空间来施展抱负。隆庆一朝，只有六年。但是，其间人才辈出，徐阶、张居正、高拱，都是人中豪杰。在他们的主持下，隆庆一朝倒真是一个太平盛世。
从明穆宗隆庆三年（公元1569年）开始，高拱实际上操纵了隆庆朝后期的政局。
高拱其人，练习政体，负经济才。高拱当权的时候，在整顿吏治、军事方面，推出了一些非常富有成效的措施。例如，高拱想知道臣工中哪些是人才，就命令吏部各司设立一本册子。册子上写着各位官员的籍贯、姓名，以及能力、品德。每个月，各司都要对册子进行一些整理；每年，将各司的册子会集起来。通过这样的方法，高拱能间接地了解一些官员。所以，在高拱任吏部期间，有时看似是仓促的任命，但是所选的人才却总是能胜任该职。高拱任用人才的标准是能力而不是品德。例如，高拱曾经任用殷正茂总督两广军事。有人说殷正茂的品行不好。高拱回答说：“他虽然贪，但是可以成事。”仍然坚决地使用殷正茂。
在军事问题上，高拱指出，军事是一项比较专门的学问，要经过多年的练习才能担当的。因此，高拱建议增置兵部侍郎一职。兵部侍郎，可以外用为总督；总督之后，可以再召回，用为兵部尚书。通过这样的内外更替，懂边疆军事的大臣就会多起来。而且，高拱建议，兵部侍郎、兵部尚书这样的职位，应当慢慢地在兵部各司的属官中培养。兵部的属官，也最好不迁转到其他部门任职。
这样，担任边防重任的巡抚、总督，就可以在兵部属官中挑选了。高拱还认为，以往边疆的地方官，都是用一些被贬斥的官员去充任。其实，边疆的地方官的责任，远比内地的地方官重。高拱建议从此以后要重视对边疆府、州、县地方官的委任。总之，在高拱的主持下，隆庆朝的政治局面以及边防，都有了很大改观。
身后谜团
朱载垕的皇陵之谜
明穆宗隆庆六年（公元1572年）五月二十六日，明穆宗朱载垕在乾清宫病故。
礼部左侍郎王希烈奉明神宗朱翊钧之命往天寿山为明穆宗朱载垕选择陵地，选得了永陵左侧的潭峪岭（今德陵所在位置）。同年六月，明神宗又命大学士张居正与司礼监太监曹宪于即位礼后再去陵区审视。张居正对明神宗说：送终的事情重大，寻找陵地的风水理论又十分微妙。事情重大，在处理上就应考虑详尽；道理微妙就应广集众言以便做得恰到好处。张居正建议参照嘉靖年间选永陵时事例，派遣礼、工二部大臣及科、道官各一员，钦天监通晓地理官员、阴阳人等，再推举廷臣中精于地理堪舆之术的官员一人，一同前往察看。
于是，明神宗命户部尚书张守直、礼部右侍郎朱大、工部左侍郎赵锦、礼科都给事中陆树德、江西道御史杨家相、工部主事易可久等官员与张居正一同前往天寿山察看。回来后，在张居正等人的建议下明，神宗决定采用大峪山做为明穆宗朱载垕陵寝的修建地点。
为什么选好了潭峪岭不用，而用大峪山呢·根据当时的历史背景分析，原因有两个。
第一，大峪山的“风水”优于潭峪岭。张居正对大峪山有过一段描述。张居正说那里“山川形势结聚环抱……诚天地之隩区，帝王之真宅也”。而潭峪岭，则人多认为不吉。如清梁份就曾说那里是“孤峰独峙，左右界水中群山一起一伏参差不一”。又说那里“主山峻峭，气脉全无”。建在那里的德陵则是“左肩受风于北之东，右肩受风于西之北”。明代中叶，虽然有对“风水”之说不再过分讲究的情况，但尽量择吉而葬，却是情理之中的事。
第二，张居正是个务实的政治家。大峪山有现成的玄宫和部分地面建筑，稍事增筑，陵园就可大功告成，事半功倍，省时省力，节省开支。
大峪山为什么会有现成的玄宫建筑呢·这还要回顾一下明世宗朝的一些历史。
明武宗正德十六年（公元1521年）三月，荒淫无度的明武宗朱厚照在他的淫乐窝——豹房病死。明武宗朱厚照无子，遂由兴献王世子朱厚熜（武宗的堂弟）继承帝位，即世宗皇帝。
明世宗皇帝即位后，经过“大议礼”之争，于明武宗正德十六年（公元1521年）十月，追尊其父原兴献王朱祐杬为兴献帝，尊母蒋氏为兴国后。明世宗嘉靖三年（公元1524年）四月，明世宗又追尊其父为本生皇考恭穆献皇帝，尊其母为本生章圣皇太后。同年明世宗为其父母修葺陵庙，荐号“显陵”。九月，有的大臣为讨好明世宗，提出将埋在湖北安陆（今钟祥县）显陵的献皇帝改葬天寿山，这正中世宗的心意。他命工部办理。尚书赵璜认为不能改葬，理由是：皇考体魄所安，不可侵犯；山川灵秀所萃，不可轻泄；国家根本所在，不可轻动。赵瑾主张像明太祖朱元璋不迁皇陵，明太宗（即成祖）朱元璋不迁孝陵那样，不把显陵迁往天寿山。礼部尚书席书等大臣也极力反对，明世宗只好作罢。
事隔十几年后，明世宗的母亲章圣皇太后于嘉靖十七年（公元1538年）十二月病故。明世宗忽然又下诏在天寿山营建显陵，打算把父母合葬于天寿山。明世宗亲自到天寿山陵域选择陵址，见大峪山“林茅草郁，冈阜丰衍”，是个建陵的好地方，马上命令武定侯郭勋和工部尚书蒋瑶等人提督内外员役，开始建陵。又命令大学士夏言和礼部尚书严嵩作“献皇帝梓宫启行图”及奉迁仪注。不久，明世宗又变卦了。明世宗说：“迁陵一事，联中夜思之。皇考奉藏体魄将二十年，一旦启露风尘之下，撼摇于道路之远，联心不安。”
于是，打算把母亲章圣太后南袝显陵。明世宗命锦衣卫指挥赵俊去湖北显陵，开启玄宫，审视大内。但回报说玄宫内有水。于是，明世宗亲自去显陵察看，命重建玄宫，以待合葬。明世宗在回京的路上，途经庆都尧母墓，明世宗灵机一动，又想仿尧父母异陵而葬的故事，不迁父亲的棺椁，而将母亲葬于大峪山。
明世宗嘉靖十八年（公元1539年），明亲自去大峪山阅视陵工，又说：“峪地空凄，岂如纯德山（显陵后面的山）完美，决用前议奉慈宫南袝。”由于明世宗犹豫不定，变幻无常，几经周折之后，这座新建好的玄宫便空了下来。明穆宗朱载垕生前没有预建寿宫，此时正好用上。
明穆宗隆庆六年（公元1572年）七月，工部尚书朱衡从工地回来，向明神宗叙述了玄宫内的情况。朱衡说，明肃皇帝为睿祖（献皇帝庙号“睿宗”）修建的玄宫“内紫光焕发，和气郁蒸，门堂干净，宛若“暖室”。明神宗听了十分高兴，随即命礼部议定发引事宜。
自明穆宗隆庆六年（公元1572年）六月十五日，明神宗下诏在大峪山建陵，声势浩大的地面建筑工程就开始了。工部尚书朱衡被委任总督山陵事务，工部左侍郎赵锦负责督催木石，工部右侍郎熊汝达和内宫监太监周宣等在工所提督施工。另外还有锦衣卫左都督朱希孝、佥书杨俊卿等在现场往来监工。
工程进展十分迅速，仅仅一年时间，昭陵的工程就全部结束。为此，明神宗特赐工部尚书朱衡等人银币若干，还恩准侍朗熊汝达一子入国子监读书。
但好事多磨，由于施工不细，才过了一年的时间，陵园建筑便出现了地基沉陷的问题。明神宗万历二年（公元1574年）七月，昭陵神宫监官陶金等上奏说：“六月以来，阴雨二日，本陵裬恩门里外砖石沉陷。”工部主事王淑陵奉旨查看，回来后与陶金反映一致。并说裬恩殿、明楼、宝城等紧要处没有损伤。于是，工部又向明神宗反映，陵寝重地，鼎建未及一年便出现事故，内外经管官员都应究治。辅臣张居正也引湖北显陵殿阁渗漏，降罚经管官员的事例，要求对此进行查处。为此，明神宗对王淑陵的回奏进行了批评，说陵寝重地，怎能说沉陷处不紧要·并决定对欺慢误事，造作不精的提督工程太监周宣、左监丞郭全革恩一等，管工主事易可义、员外郎石汉降俸一级，官匠王宣等下法司提问。
事情还没处理完，工科给事中吴文佳又对明神宗说：“裬恩门、殿等处沉陷甚多，至于宝城砖石翻塌损伤，更为可虑。”明神宗随即命工部侍郎陈一松、给事中胡汝钦再去陵园察勘。回来后报称：陵园沉陷严重，裬恩殿丹陛、方墙等处都有程度不同的沉陷、闪动，与陶金、王淑陵所奏相差悬殊。明神宗览奏十分生气，马上命都察院会同工部对肇事人员进行参处。这次处罚比上次更为严厉，周宣、郭全各降三级，革去管事职务；熊汝达已致仕，着冠带闲住，恩荫罢革；易可义、石汉各降三级，调外任，等法司从重问拟；朱衡着以尚书致仕；杨俊卿等监工人员四人各降一级，郭元相夺俸半年；马录等法司提问。
陶金、王淑陵因报告的时间与陈、胡二人察看的时间相差一月，其间大雨连绵，沉陷陆续增多，免以虚报处罚。
由于昭陵裬恩门、裬恩殿、垣墙等处严重沉陷，明神宗万历三年（公元1575年）正月，明神宗不得不委派工部左侍郎陈一松等提督再修昭陵。这年七月，陵工告竣。
由于昭陵多次兴工，耗费了大量的人力和物力。第一次兴工（指地面建筑），明神宗万历元年（公元1573年）十月工部盘查营建所用钱粮数，计用库银390932两，还不包括其中神木等三厂的木植用银、大通桥厂的白城砖用银、大石窝等厂旧石料的折银及户、兵二部雇抵班军工食行粮等用银。明神宗万历元年（公元1573年）十二月，巡视厂库工科给事中梁式等查盘营建昭陵所用钱粮数，除工部上述实用银外，又有户、兵二部银110119两，总计用银501050两有奇。其中：营缮司用银204422两，虞衡司13145两，都水司118854两，屯田司164628两。
第二次接修用银数，文献中没有明确记载。但据《明熹宗实录》记载，前后两次修建共用银150余万两。这还不算嘉靖时营建玄宫的费用。如算上嘉靖年间营陵的费用，其总用度至少在200万两以上，几乎相当于隆庆朝时一年的财政总收入（隆庆年间岁入约230余万两）。由于营建昭陵需要庞大的钱粮开支，工部库银匮乏到了极点。万历二年（公元1574年）八月修缮涿州桥，工部拿不出银两，兵部派不出军匠，不得不由辅臣张居正请求明神宗恳请母亲解囊捐银，雇工修建。
八月二十二日，迁孝懿皇后李氏棺椁葬昭陵，九月十九日，明穆宗朱载垕的棺椁也葬入陵内。像这样利用为别人所建的玄宫埋葬帝后的，在明代还是第一例。
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