美国海军在南北战争中的作用，是至关重要的。美海军采取封锁的基本战略，并同时辅之以包围和占领南部邦联港口，以及在西部进行江河战，它是北军取胜的先决条件。密西西比河以东脱离联邦政府独立的各州主要依靠种植和出口棉花。整个南方邦联缺乏工业基地，其东部甚至连粮食都无法自给。起初，联邦海军的任务是封锁约3500英里的敌海岸线，在近200个港口和通航河道巡逻。就其任务而言，这支海军的力量太小且装备很差，但在有才干的海军部长吉迪恩·韦尔斯的领导下，于1861至1865年间，其实力成倍增长。在联邦陆军的协同下，它成功地执行了一条名为“蟒蛇”的有效战略。陆海军联合部队象一条巨蟒，逐渐缠紧南方的贸易和商业命脉，在战争的后几年，南部邦联各种消费品极为匮乏短缺，造成通货膨胀。到1864年秋，1元美国金币价值2000元南部邦联币。
放弃萨姆特要塞
宣告独立后，南部邦联各州声称，依据土地征用权，在其领域内北方联邦同盟的所有军事设施经过谈判后都要进行经济赔偿。在首先退出联邦的7个州中有彭萨科拉海军码头，15座港口要塞，6家北方联邦同盟的兵工厂，在得克萨斯还有18个兵营，这里贮有大量武器装备。弗吉尼亚州加入南部邦联后，最重要的收获是得到了诺福克海军码头。一旦爆发战争，南方政府甚至连小型武器都无法生产，因此它对武器的渴求就如同对不动产的渴求一样。
1861年2月，南方邦联建立之初，优柔寡断的詹姆士·布坎南总统的任期将满，但已无望再次当选的他利用南方总统的弱点和大多数要塞的空虚，兵不血刃就得到了大多数财产。由于彭萨科拉的皮肯斯、基韦斯特的泰勒要塞和托尔图加的杰斐逊要塞距南方遥远并具有一定的实力，因此仍掌握在联邦政府手中。弗吉尼亚的门罗要塞同样为联邦所控制，就连查尔斯顿要塞也一度为联邦掌握。
由于南卡罗来纳在脱离联邦的运动中的重要地位，因而查尔斯顿要塞对南北双方都有着非同寻常的象征意义。在港口入口北岸的3座石头防御工事中只有穆尔特里要塞驻有部队。考虑到突袭的可能，美国陆军梅杰·罗伯特·安德森将其83人的司令部转移到更适合防御的萨姆特要塞。该要塞坐落于港口入口对面的人工岛上。南卡罗来纳民兵随即占领了穆尔特里要塞和较小的平克尼要塞。
1861年1月9日，1艘陆军租赁的商船“西方之星”号试图对萨姆特要塞进行补给和增援。但它遭到港口入口南部莫里斯岛上的南军新炮台的炮击——打响了南北战争的第一枪。这艘非武装的援救船撤退了。
偃旗休战数月之后，南军将军，前美国陆军工兵军官皮埃尔·博雷加德，开始准备实施他的进攻计划，并将火炮开进阵地。1861年4月12日凌晨，开始对萨姆特要塞炮击，触发了这场美国历史上流血最多的不可避免的战争。
倘若动用要塞的全部火力，要塞是无法攻克的，但安德森仅用了可用火炮的1/3和全部要塞中1/8的力量进行了象征性的抵抗。与南军炮兵相互猛烈的炮击了3天后，安德森认为自己的阵地已无固守的希望，于是就放弃了。
与此同时，一支由200人组成的小型远征援救队，已由美国海军运送到查尔斯顿港外却爱莫能助。其任务的完成主要取决“波瓦坦”号上的舰炮。海军不知道，一艘大型单桅纵帆船已经根据林肯总统的命令秘密改变航向，驰援皮肯斯要塞。其他在查尔斯顿港外无法遂行援救任务的部队，得到南军的允许，撤走了那些被俘释放的安德森司令部的士兵。
林肯的反应很迅速：4月15日，他征召了7.5万名国家民兵到联邦军队服役。这种强制性的威胁行为促使弗吉尼亚、北卡罗来纳、阿肯色和田纳西加入到已脱离联邦政府的7个州中去。
丢失诺福克海军造船厂
诺福克海军船厂是美国最大的海军造船厂，全国的两座大型干船坞之一就在此处。它还有一个能贮藏300多门“达尔格伦”炮的军火仓库，其中有50门或更多一些是最新设计的9英寸炮。此处，还有一些在修的船只，包括装有50门火炮的“梅里麦克”号螺旋桨巡洋舰。
海军部长韦尔斯已经发觉弗吉尼亚分离主义者的意图，他告诫该造船厂厂长C·S·麦考利海军准将，要“高度警戒”。4月12日，韦尔斯命令美海军总工程师本杰明·F·伊舍伍德，前往诺福克监督“梅里麦克”号的发动机修理，以便它能转移到费城。当弗吉尼亚脱离联邦政府后，海军准将勒姆·保尔丁立即被派去替换麦考利，因为麦考利害怕触怒弗吉尼亚的民兵，迟迟不敢采取果断的行动。保尔丁受领的任务是撤走或销毁诺福克所有的海军设备和舰船。
4月20日，保尔丁乘美国海军“波尼”号抵达诺福克时，发现“梅里麦克”号和其他3艘船都已根据麦考利命令，打开通海阀自沉了。尽管门罗要塞给予了增援，可是保尔丁却缺乏抵御突袭的兵力。“波尼”号上的水兵和陆战队员干了一整个通宵，他们在干船坞中埋了雷，在部分没入水中的军舰上，上层建筑和桅杆索具周围撒布了易燃物，另外还试图用重锤敲掉大炮的炮耳，但没有成功。黎明前，一个小炸药包被点燃。当起爆组离开后，码头变成了一片火海。大火熄灭之后，南军却发现北美最大的新式军械库并未烧毁——这些大炮后来被装备到新构筑的要塞上，以保卫南方港口。
封锁公告
由于北方工业占据绝对优势，显而易见，南方在海军舰船方面是无法与之匹敌的。南部邦联总统杰斐逊·戴维斯采纳了使用小动力船在海上进行贸易袭击的传统作法，并且宣布给武装私掠船颁发海上缉拿特许证。两天后，林肯总统宣布封锁南方港口。
由于根据国际法，中立国不受这种“只有宣言而无实力的封锁”的约束，因此对美国海军来说就应尽快实施有效封锁。只有7600人和42艘舰的海军似乎面临着一项难以完成的任务。
但是北部联邦有商船和大批以航海为生的人口可资利用，还有众多的造船厂和机器设备，加之，韦尔斯部长的灵敏和有魄力，并有重要的军事行政助手古斯塔夫斯·V·福克斯部长助理的辅佐，其海军力量迅速壮大。如果把由粮食驳船和渡船改装成的浮动炮台计算在内，到1861年12月在役的军舰达264艘。数千新的海军“志愿人员”，虽缺乏老兵的机敏，但他们大多来自渔船队和商船，所以已掌握了航海技术。
一旦封锁开始，要想彻底围困住就需要与先前设想不同的各种后勤支援，这是显而易见的。近岸巡逻将由蒸汽船执行，因而运煤船和加煤站将更须设在封锁部位附近。当更多的舰只加入分舰队后，就需要更多、更大型的基地设备。虽然北方有足够的基地，但海军还需要有一些接近南部港口的基地以供封锁之用。例如，若在查尔斯顿和萨凡纳附近拥有一个基地，遂行封锁任务的舰船就毋须定期返回华盛顿或费城去进行维修保养，这样就可大大增加在阵位上的北军舰只。此外，舰船能在前进基地上煤或进行修理便可随时做好准备，以快速增援巡逻的舰只。
所以，海军计划只要一调集足够的两栖兵力，就占领战略要点作为前进基地。1861年可应用的舰艇和部队，试图夺占诸如查尔斯顿、萨凡纳或威尔明顿、北卡罗来纳等军港是不成问题的。然而被占的地方必须能提供一个良好的、吃水深的锚地，且有发展港口设施的可能。此外，它们还必须靠近南部邦联的主要港口，并能抵御来自陆地的袭击。值得庆幸的是，南部海岸线长而蜿蜒曲折，使封锁变得十分困难，促使海军去夺占所需的基地。南部邦联有数千英里海岸线和近200个港口，因而它无法在联邦海军可能打击的每个地域都设置防御工事。
罗亚尔港
北部联邦待人员和舰船齐备，便着手占领南部邦联海岸的基地。最重要的军事行动，是海军准将塞缪尔·F·杜邦于1861年11月进攻查尔斯顿和萨凡纳航途之间的罗亚尔港。罗亚尔港是由海港入口处遥遥相对的2座土木工事——希尔顿岬的沃尔克尔要塞和海湾岬的博雷加尔要塞实施防御的。
美国海军缺乏汽船攻占要塞的经验。此时，一个众所周知的问题是，较高的机动性是否能抵偿敌击破蒸汽管路和锅炉的危险。所以，杜邦要求建立一支强大的船队。这支船队除了独自航行的补给运输舰外，突击部队包括11艘大型战舰，36艘可搭载1.3万名陆军的运输舰，以及一些新型“90天炮艇”。该舰队的火力与两个要塞合计的火炮数量相比，具有5:1的优势。
由于在卡罗来纳外海的暴风雨中，损失了不少船载小艇，因此，杜邦将原计划的两栖攻击变为单一的海军作战。经过一番侦察和探测后，杜邦让运输船全部在离岸较远的海面抛锚，然后用战舰轰击沃尔克尔要塞。要塞向海一侧设置的火炮数量较多，而其北侧仅有两门炮。杜邦准将计划待其全部战舰依次通过要塞后，即派遣右翼炮艇分队，对战斗力较弱的北侧实施纵向射击，与此同时主力舰队则以椭圆航线航行，与南军主炮台展开炮战。
杜邦的旗舰“瓦巴什”号是一艘装有46门炮的蒸汽护卫舰。当它通过要塞航行很短一段距离后，就开始转舵向左率领舰队返回，但由9艘舰组成的纵队中实际上仅有2艘跟随其后。剩下的舰只与轰击要塞北侧的炮艇合兵一处。杜邦统率的3艘舰完成二次椭圆航行后，接着又开始了第三次航行。虽然其他船长操纵不熟练或是不服从命令，但对这次战斗来说似乎影响不大。海军集火不久即摧毁了防御工事，守军只好放弃要塞。防御薄弱的博雷加尔要塞此时肯定是无法防御的，于是南部邦联也放弃了它。在这种情况下北军就一枪不放从容不迫地登了陆。罗亚尔港在战争停止期间将是封锁舰船的主要基地。
罗亚尔港之战的诸多方面成为联邦海军的主要作战样式：有的作战兵不血刃；有的则是包括登陆战斗的大规模战役。哈特勒斯湾、罗阿诺克岛、伊丽莎白市、新伯尔尼、阿梅利亚岛、杰克逊维尔、希普岛、彭萨科拉依次被包围。北军对圣奥古斯汀和诺福克的收复削弱了南部邦联对大西洋海岸到萨凡纳要塞的控制，使查尔斯顿、南卡罗来纳和威尔明顿、北卡罗来纳之间的封锁海岸得以延长。
“特伦特”号事件
南方邦联的基本战略是保卫领土，并指望北方出现厌战情绪就能最终实现和平。而且南方领导人还确信，持久战和有效的封锁将迫使英国或许法国介入，以获取其纺织厂所需要的皮棉。但是过去那种“棉花大王”的神话已不复存在，因为欧洲有大量的棉花存货，埃及和印度棉花种植正在迅速发展，以及北方废除黑奴制度者在英国的宣传卓有成效。
事实上，英国曾一度几乎介入，但不是出自经济原因。南方邦联急于寻求外国的承认，于是派遣了两位美国前议员詹姆斯·M·梅森和约翰·斯莱德尔作为其驻欧洲全权代表。这两位使者带着亲属和工作人员，越过封锁来到哈瓦那，在那里他们登上英国邮轮“特伦特”号。得知这个情报后，美国海军舰长查尔斯·威尔克斯指挥螺旋桨单桅纵帆船“圣哈辛托”号，于1861年11月8日在海上拦截了“特伦特”号，并登船掳走了船上的那几位引人注目的乘客。这虽完全是威尔克斯自作主张，但是这几乎引发了与英国的战争。
按照法律条款，威尔克斯的行为已违背中立国权利的原则。这个原则表明船上的旗帜代表一个国家。美国为了这个信条曾于1812年而卷入了一场战争。在英国，激怒了民众和敌对的报刊，指责这种行为是对他们旗帜的侮辱。林肯总统中肯地强调指出，威尔克斯没有得到政府的批准，是他擅自干的。国务卿西沃德给驻华盛顿的英国使节送去了道歉和和解的照会，梅森和斯莱德尔也由波士顿港的土牢中释放出来。
装甲舰
南方的种植园经济很明显无法与北方造船厂相竞争。但19世纪60年代是技术和武备发明和迅速发展的年代。也许靠质量和技术上的改进，南部邦联用少量先进的舰只就足以抵销北方在数量上的优势。南部邦联海军部长斯蒂芬·R·马洛里，早先曾是美国参议院海军事务委员会主席。他清醒认识到海军舰船开始发展的技术革命。早在韦尔斯部长提议联邦海军成立铁甲舰委员会之前，他就设法生产装甲战舰。
为了尽快实现这个目标，最好的方案就是改装现有的舰只。沉于诺福克海军码头的旧船“梅里麦克”号看来特别适合。该舰长约260英尺，排水量4500吨，由2台600马力的发动机驱动，舰上还装有40门“达尔格伦”炮。1861年7月初，马洛里命令将其改装成铁甲舰。舰体被打捞出来后，清除烧坏的结构，修理了动力装置。
负责“梅里麦克”方案的工程师由于南方缺乏工业基础而遇到障碍。南方邦联仅有一家轧钢厂能生产出2英寸的侧装甲板。由于无处获得炼钢的原料，工厂不得不用旧铁轨作原材。但几个月后，这艘改装成的装甲战舰基本成形，并重新命名为“弗吉尼亚”号。其主要改进是炮塔，舰长178英尺，装有两层铁甲，两舷垂直的角度约35度。炮塔内装有7门口径69英寸的火炮，其中4门是线膛炮。炮塔的顶部是厚的铁格栅，以用于通风。另外，在舰首装有坚硬的铁撞角。舰壳、舰首和舰尾无装甲部位的舷高仅1英尺左右。它在航行时，几乎被海水覆没。
马洛里希望“弗吉尼亚”号舰在作战中至少能消灭用于封锁切萨皮克下游的联邦海军的木质战舰，并且切断门罗要塞联邦部队的海上补给和增援。另外，南部邦联得到可靠情报，美国陆军乔治·麦克莱伦将军打算通过约克敦半岛，从切萨皮克湾翼侧前进至里士满。如果联邦政府在汉普敦锚地地区失去了对海军控制，那么这项计划就要流产。
这一威胁迫使韦尔斯部长寻找对付“弗吉尼亚”号的措施。根据他的命令，于1861年8月召开铁甲舰审查委员会，审查了100多项装甲舰提案，并且打报告说，装甲战舰无法在深水中作战，但极适于在近岸和江河作战。他们提出了建造3艘舰的合同：“加利纳”号是一种防护能力较弱的炮艇；“新艾恩赛德斯”号，是一种全舷炮型舰，后来该舰在查尔斯顿表现出色；“班长”号是约翰·埃里克森的创新设计。
