湘军围攻天京两年多，这两年整天在城外忍饥挨饿，死于瘟疫的无数，死于太平军的也无数，攻下天京后自然要泄愤。进入天京后，曾国荃继续发扬湘军屠城的传统，纵容手下湘军烧杀抢掠七天七夜，并且下命令，只要看到没留发的或者刚剃头的，全部都杀掉，因为那些可能都是太平军的将士。于是疯狂的大屠杀开始了，湘军数天之内，竟然杀了十几万人，大街上到处都是尸体，秦淮河里也堆满了尸体，未满二三岁的小孩都被杀死。湘军不光杀人还抢夺、强奸女人，城破之后，四十岁以下的妇女几乎都看不到一个了。
和太平军攻下天京时的行为对比，湘军的做法可以用惨无人道来形容。曾国藩的幕僚赵烈文看到整个天京城惨不忍睹，将当时的惨烈景象记入日记，保存至今。
如果说安庆屠杀的时候，曾国荃尚有一丝不安的话，那么此时，他已经杀得理所当然了。忠王李秀成被湘军抓住后，曾国荃为了给哥哥曾国华、弟弟曾国葆报仇，立马就想拿着刀去慢慢割死李秀成，手下的幕僚急忙拦住，说留下还有用处，曾国荃不甘心，还是在李秀成的腿上割了一刀。
湘军不但屠城，还抢财。其实曾国藩、曾国荃兄弟都是很爱财的，只不过曾国藩较为低调，而他的弟弟曾国荃则毫无顾忌。曾经有一次，曾国藩听说林则徐死后，三个儿子分家，每人只分了六千串，为此笑话林则徐，写信给曾国荃说林则徐当了二十年督抚居然才这么点钱。曾国藩家里有一次修房子都花了七千多串，林则徐的家产还不够他修几次房子。
太平军的各个王府成了湘军抢掠的重点对象，尤其是洪秀全的天王府，被曾国荃的部将萧孚泗抢劫一空。
哄抢几天后，天京的钱财都进了湘军的口袋，但是得处理好善后问题，要给朝廷一个交代。湘军烧杀抢掠七天后，开始纵火，将天京城烧成一片白地，这样便死无对证了。
曾国藩给朝廷写了封奏折，他在奏折上说：近几年来，人人都知道天京的金银如山似海，所以我和曾国荃说等攻破天京的时候，一定得好好查查太平军的库房，如果真的有那么多金银财宝，那一定要上交户部，如果只有一丁点，那就留给湘军当军饷或者赈济灾民了。没想到攻下天京那几天，光顾着捕杀太平军了，没顾着去查太平军的库房，等想起来的时候，居然被太平军他们自己都烧成灰了。后来我去查询，根本没什么库房，也没什么金银财宝，这实出乎在我的意料呀！
在奏折里，曾国藩一口否认有金银财宝，而且说是太平军自己全部烧了，这样朝廷想查也无从查起，只能糊涂过去了。
忠王李秀成是太平天国里一人之下万人之上的人，抓获住他后，怎么处置，这个是需要请求朝廷定夺的，所以曾国藩在六月二十三，写了六百里加急奏折，名字叫《奏报攻克金陵尽歼全股悍贼并生俘逆酋李秀成洪仁达折》，请示慈禧太后该怎么处置李秀成。朝廷接到曾国藩的奏折后，于六月二十九做了回复，要求曾国藩将李秀成押解到北京，并且要求沿途的督抚派兵小心保护，别出了意外。七月初六，曾国藩收到了朝廷的回复，令人惊奇的是，曾国藩当天却把李秀成杀掉了。曾国藩擅杀李秀成，实在是胆大包天，也实在是蹊跷，他竟然敢在朝廷明确指示要求押解李秀成去北京的情况下，将李秀成杀了，这是非常令人费解的，但是若联系下湘军入城后的一些行为就明白他为什么会这么做。
因为湘军的大屠杀，天京死了十几万人，当时守城的太平军只有几万人，那么其他那么多死人是哪儿来的？自然是平民。曾国藩为了掩饰湘军滥杀的行为，在奏折里边称杀了太平军十几万，又称全城十几万太平军没有一个投降的。而李秀成对天京的情况一清二楚，把他送到北京后，万一被朝廷发现自己的描述和李秀成的描述不一样，会有自己的好吗？
曾国藩对湘军抢掠的行为用没查到库房、火灾等来掩饰，但是李秀成对这些的情况也是非常了解的，能让他活着去北京吗？
所以，李秀成必须死，曾国藩杀完李秀成，为了怕朝廷怀疑自己，专门又写了一封名叫《复奏李秀成等囚未能槛送京师已先就地处决情由及洪逆三印已早解送军机处片》的奏折，在奏折里，曾国藩解释，自己在七月初十才收到圣旨，那时候已经将李秀成杀了，不知道为什么会这么晚才收到圣旨，可能是驿站出问题了。
曾国藩自以为可以瞒天过海，却不知随着太平天国的覆灭，朝廷已经对他不放心了。
