第二年，西平王吴三桂要求征讨缅甸，捉拿桂王朱由榔。清廷派内大臣爱星阿为定西将军，统率禁军南下，会同吴三桂征讨缅甸。赵良栋也奉命率部参加这上战役，又成为吴三桂部下的一员战将。缅甸国王在大军压境的形势下，不得不把桂王朱由榔及其母亲、妻子并随从官员的家口等献于军前，桂藩割据残局最后了结。战后，西平王吴三桂被封为亲王，坐镇云南兼管贵州。吴三桂在西南地区很快就形成了新的割据局面。他看中赵良栋文才武略兼备，被提补为云南广罗镇总兵官（后改任贵州平远镇总兵官）。而赵良栋已看出吴三桂途谋不轨，不愿意追随他，更不敢叛清当逆臣，所以千方百计想摆脱吴三桂的控制，跳出西南的是非之地。正巧父亲病故，要求开缺回宁夏守孝，其间又遭遇母丧，于是，赵良栋在家中为父母守孝时间长达四年。康熙八年（1669年），孝服期满，被任命为山西大同镇总兵官。后追记旧功，被加右都督和左都督衔。十一年冬，改任天津镇总兵官。
康熙十二年（1673年）十二月，吴三桂反对撤藩，举兵叛清，西南五省和陕甘各地多有响应。陕西提督王辅臣杀经略莫洛，叛据平凉。宁夏镇标兵哗变，杀宁夏总兵官陈福，陕甘局势急转直下，形势十分严重。陕西总督哈占则认为，“宁夏系两河重地，兵变之后，人心惶惶，亟宜补授提督，统理诸军。”清廷决定将宁夏总兵官升格为宁夏提督。康熙皇帝任命赵良栋首任宁夏提督。赵良栋赴任宁夏之际，人心浮动，防务十分空虚。王辅臣部总兵陈甲正率领15000余人，由平凉打到灵州，河东诸堡均被胁从。赵良栋面对如此形势，采取小心翼翼的招抚办法，很快稳定了宁夏的局势。赵良栋兵不血刃地解决了宁夏事变。清廷表示满意，康熙皇帝夸讲他“加意抚绥，以副朕惠爱元元至意。”
宁夏既定，赵良栋奉命酌留官兵守备，自己又率精兵南下，随大将军图海征讨王辅臣。平凉和陇右地区全部平定后，赵良栋率部回驻宁夏。在驻守宁夏期间，他锐意整顿营伍，留强汰弱，招补强健，专意练兵，所统督标各营官兵，在三年多的严格督导操练下，逐渐成为一支西北劲旅。
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，改元昭武。不久，吴三桂病死，孙子吴世璠继承帝位，改元洪化，由衡州退踞昆明。清军十几万大军，分三路进剿叛军，历时四五年，虽有进展，但因旷日持久，师老糜饷，普遍存在厌战情绪。赵良栋在康熙十八年给皇帝上奏请战，他说：“宁夏兵旧习骄纵，臣三年训练，渐遵纪律，并严禁侵克额饷，众志思奋。臣年渐老，不乘时努力，虚负上恩。今湖南既定，宜取汉中、兴安，规四川。臣原精选所部步骑五千，独当一路。”清廷表扬他的忠勇，命赵良栋、张勇、王进宝、孙思克诸部，同时伐蜀。赵良栋率宁夏镇标兵从家乡出发，出奇兵袭破密树关重险，连克徽县、两当、略阳、袭取阳平关、沔县，在宁羌与王进宝军会师。为表彰赵良栋屡战皆捷，清廷授他勇略将军，仍领宁夏提督。赵良栋率宁夏兵又用十天时间打到成都，招抚降军数千人，收缴金、银印260余颗。清廷表彰他“谋勇茂著，操守清廉，虽系武员，通晓文义”，被破格特别授予云贵总督、加兵部尚书衔，兼都察院右副都御史，仍领将军衔。赵良栋认为没有一支得心应手，勇敢善战的部队，就不会有他的一切，自己的红顶子是宁夏的子弟兵给他打仗挣来的。如今升任云贵总督，就意味着要辞去宁夏提督的官职，就要和他出生入死，同甘共苦的宁夏子弟兵分离，他很不愿这样做，于是他向朝廷提出“辞总督留提督”的要求。朝廷当然不会同意，便以两全齐美的办法，满足了他的要求，即把宁夏提督仍降格为宁夏总兵，提升他的长子赵弘灿接任宁夏总兵官，率领原宁夏提督官兵，仍归云贵总督节制，继续随他从征。
成都克服之后，清廷决定乘胜利之师的声威，一鼓作气直捣叛军大本营昆明。命贝子彰泰为定远平寇大将军统辖满汉各军进取云、贵。赵良栋也从四川进军云南。正当赵军顺利向云南推进的时候，叛军将领胡国柱、夏国相等突然绕至清军之后，攻占了永宁，又分兵进犯泸州、叙州和建昌。赵良栋急调总兵朱衣客带八千人马驰援建昌，又被叛军打败，至使建昌守军因粮草断绝而弃城，叛军在川南、川东大肆活动，阻滞清军攻打云南。赵良栋只得回军讨伐。经过四个月的苦战，泸州、叙州、永宁、雅州、建昌再次恢复。在四川后方形势巩固之后，赵良栋又挥军前进，渡过金沙江，攻克武定，于康熙二十年（1681年）九月，打到昆明近郊。
当时，大将军贝子彰泰已由湖南规复贵州，与从广西西进的平南大将军赖塔部在云南会师，两军十万之众，进驻昆明城郊连营四十余里。清军虽然围困了昆明，但对于昆明湖并未设防，使桂王吴世璠得济于水上转运，给养不绝，所以能与清军继续抗持。赵良栋对满洲贵族这种养兵自重，贻误战机的行为非常气愤，只能单独行动。赵良栋率领所部向昆明城发起攻势，很快将从南坝到城下的敌军堡垒、桥梁全部扫清，大军直逼近城。彰泰看到赵良栋将要一军破城，独擅其功，感到十分恼恨。不仅不派兵助战，反而无理强令赵退军。他对赵说：“尔兵攻已瘁，宜暂退，令总督蔡毓荣代守。”赵良栋当然不肯退让，愤愤地对彰泰说：“我兵死战所得地，奈何他人守乎？”彰泰见赵良栋不遵命撤兵，就指令自己所统率的各部将领，一齐从原驻防地抢进，把赵军挤压到一旁，不让他大获全功。赵良栋也不理睬满大人的命令，决定再次夜攻昆明城。赵良栋一军进抵昆明仅八天，就解决了叛军都城。吴世璠自杀，云南告平。
昆明是南明桂王朱由榔和吴三桂先后经营多年的大本营，号称皇城，宫殿、府衙、官邸列布，私敛充裕，早为清军所垂涎。城破之后，满汉诸将都一涌而入，争抢玉帛子女。唯独首先攻进城内的赵良栋军反而主动撤到城外，不准一兵一骑入城，接着又移师到曲靖侍命。以后案发，贪占者多被揭发受到处分，朝野人士均夸赵良栋“目爵然不滓，有古良将风烈。”
吴藩之乱平定之后，各路军将都有升赏，由于满大员们从中捣鬼，赵良栋反被追究“建昌失守的责任”，只受什么宽大处理，夺去军权而改授銮仪使。赵良栋认为川滇征战的功过是非不清，尝罚非当，便向大学士明珠等朝中大臣们表白。但他生性亢直，往往气凌权贵，而他们盘根错节，把持朝政，得罪了这邦老爷，还有什么道理可讲，哪能有好下场。康熙二十二年（1683年），赵良栋在忍无可忍的情况下，毅然上疏自陈战功。皇帝命王大臣们协议，最后仍以失建昌罪相抵消，无功可叙，只给从征部将们给以优叙。赵良栋一气之下，打消了继续申诉的幻想，以病为借口，辞去官职，“乞骸骨”回到故里宁夏。
赵良栋在家乡以田园生活为乐，认真通读史书，尤喜批阅《通鉴》，往往倚枕深夜，爱不释卷。他在家乡并不以功臣高位而霸道乡土，往往一介知县前呼后拥从他宅前呼驺而过，他都要起身，命家人、子弟皆拱立，并对他们说：“对父母官要格外尊重”。二十五年（1686年），康熙皇帝下诏恢复了赵良栋的官职。诏书说：“赵良栋前当逆贼盘踞汉中，首先入川，功绩懋著。复领兵直抵云南，攻克省城之后，独能属守法纪，廉洁自持，深为可嘉。今已衰老解任，应复其勇略将军、兵部尚书、总督，以示眷注。”二十七年，赵良栋请准入朝觐见，又不识时务地再次自陈战功，并申诉随征将士多受屈抑。但是康熙皇帝没有理睬他，仍命他回宁夏做虚官。二十八，清廷又受他骑都尉世袭。三十年，厄鲁特噶尔丹扰边，清廷命宁夏总兵冯德昌率部赴甘州协防，宁夏总兵由赵良栋暂代。三十四年四月，赵良栋被召进京，他再次上书皇帝，其奏呈洋洋十四条、数千言，不仅自陈征伐蜀滇已功为最，而且大贬诸路将领为不值一钱，同时揭发大将军图海、彰泰和大学士明珠等人有意压制他，隐蔽他的功绩，且语气傲悍，豪不隐讳。康熙皇帝虽然对这个倔犟的老头很生气，指责他“褊隘”，把他的上疏“掷还”，但还是命令部臣对赵良栋重行优叙，追记了他在西南的功绩。部臣们认为可封他为三等子爵世职，皇帝则改为授予赵良栋一等子爵世职，但是赵良栋还不罢休，又得陇望蜀，要留在京城，还要求朝廷赐他田宅。这时，御史龚翔麟劾赵良栋骄纵无理，恃功越例，犯“大不敬”之罪，当论斩刑。而康熙皇帝以他功著年高，又原谅了他，还赐他白金二千两，令他仍归养宁夏。可是赵良栋仍不愿意回宁夏，又提出要到江南去就医疗养的要求。康熙皇帝也同意了，并把自己当年巡视江南所乘的专用御舟赐给他，作为他南下的专用交通工具。第二年春，噶尔丹猖獗日甚，皇帝打算御驾亲征，密诏赵良栋进京。赵良栋深知时局严重，扶病北上。康熙皇帝在畅春苑召见了他，就军国大事和征讨噶尔丹诸事垂询这位功勋卓著的老将军。七月，赵良栋感到病情日重，赶忙回到宁夏家中调养，但竟一病不起了。
康熙三十六年（1697年）三月，赵良栋病故于宁夏镇城（今银川）家中，享年七十七岁。当时康熙皇帝正在赴宁夏的途中，听到这一消息，深感哀悼，他对随驾的阁臣们说：“良栋伟男子，著有功绩。性躁心窄，每与人不合，奏事朕前，言语鲁率。朕保全功臣，始终优容之，所请无不允。今病卒，宜为其妻子区处，使得安生。”随后康熙皇帝率御林军驻跸宁夏镇城。次日，即遣皇长子胤禵临表举哀，并命随征文武诸臣都到灵前哭吊。闰三月初六日，康熙又颁御制祭文，特遣大学士伊桑阿致祭。还钦赐碑文，对赵良栋倍加褒誉，称他“老成宿将，绩著封疆”，夸他“刚鲠赋资，精强励职”，正当倚其“师雄名久，重于岩疆”，帮助“筹画军务”之际。所以康熙皇帝对赵良栋之死表示十分哀悼，故在御制文中有：“事久而乃绩弥彰，人往而朕心长眷”。谥“襄忠”。后来又追加为一等伯爵位，并仍享世袭网替的特权。
赵良栋有四个儿子，即弘灿、弘燮、弘煌、弘讳。弘灿官至两广总督、兵部尚书。谥“敏恪”。弘燮承袭一等子爵，官至总督衔直隶巡抚。谥“肃敏”。
赵良栋父子三总督的殊荣，震动了乡里，传遍了宁夏，堪称为光荣耀祖，显赫一时。宁夏人民在羊肉街东口为赵良栋建牌坊一座，上书康熙皇帝御书“谋勇兼备”上联“忆昔鹰扬能百胜”，下联“每思方略冠三军”；在南薰门内为赵弘灿建“雅镇海服坊”，为赵弘燮建“风清畿甸坊”各一座，以表纪念。
俞益谟
俞益谟（1653～1713），清朝将领。字嘉言，号澹庵，别号青铜。祖籍明代北直隶河间府（今河北河间），因先辈参军到陕西，安家于咸宁（今陕西宜川境内）。曾祖父时又迁居宁夏西路中卫广武营（今青铜峡广武），入籍宁夏。15岁入学，20岁中举，次年登进士。
康熙十二年（1673年），正当俞益谟回到家乡“后选”之时，镇守云南的平西王吴三桂，举兵叛清自称“周王”。陕西提督王辅臣、固原道陈彭等同时宣布反清，与吴三桂南北遥相呼应。一时间，陕甘许多重要城池被反清军攻占，清朝在西北的统治岌岌可危。此时宁夏兵将大多调征四川，“留者什之一二，人情惶迫，众议纷纭。”俞益谟在康熙十四年（1675年），西北大局动摇的关键时刻，参加到宁夏总兵官陈福部下。在平定宁夏兵变的勘乱中表现忠勇，事平论功“授柳树涧堡守备，”成为清军一名下级军官。陈福死后，清廷任命天津总兵官赵良栋到宁夏处理善后，首任宁夏提督。康熙十九年（1680年），宁夏和整个西北大局平定以后，清廷命赵良栋率部入川对吴三桂叛军作战，俞益谟随赵从征。又因英勇善战，屡立战功，被破格赏“加一十七等，授左都督，管达州游击事”，并“摄顺庆郡篆”。康熙二十六年（1687年）升任广西郁林参将，三十一年（1692年）再升两江督标中军副将。
康熙三十四年（1695年），北方蒙古准噶尔部叛乱首领噶尔丹，再次举兵南犯，宁夏地区成为征讨噶尔丹的军事前沿阵地和军需、兵源的补给基地，一时间各路大军云集宁夏。这年冬季，康熙皇帝召见了俞益谟，赏赐“五爪龙袍、龙缎”，命他回宁夏参加征讨噶尔丹军事行动。他在宁夏参予办理一段粮运之后，就率部担当征讨噶尔丹大军的前锋，在杀敌战斗中屡屡建功。三十五年（1696年）春，被康熙再次召见，升任大同镇总兵官。次年春，康熙皇帝亲征噶尔丹，在赴宁夏阅兵途中，路过大同和四十一年（1702年）二月，康熙巡视山西五台县射虎川时，又两次受到召见。康熙皇帝前后赏他很多御用珍品，还亲笔仿米芾和赵孟頫的字体，给他题书“焜耀虎符”四个大字。在当朝文武大臣中，享受如此“频频宠渥，浩荡难名”，可算荣殊恩极了。四十二年（1703年）正月，湖广提督林本植所部标兵哗变，朝廷“以俞益谟为湖广提督”，授权“提督湖广全省军务，统辖汉土官兵，兼军卫土司，控制苗彝，节制各镇总兵官，左都督加六级。”他只带领少数亲信官兵，驰驿湖南，“仅半月，驰抵武陵，镇定哗卒，”妥善处理完兵变善后事宜。同年八月，又抚平“红苗作乱”事件。在湖南任间，曾“多所建白，皆合戎政机宜。其谈兵料敌，言无不应。赵勇略、王奋威诸宿将，并称其能。”甚至当时“廷臣众荐，才兼文武，堪应总督之任”。康熙四十八年（1709年）九月，他与湖南巡抚赵申乔发生矛盾，抚督相互参劾。康熙皇帝对于两位镇抚封疆大员的失和攻讦十分生气，认为“有乖大体”，一怒之下，将二人都停职审查。令湖广总督郭世隆负责查办，派吏部尚书萧永藻、都察院左副御史王度昭参加会审。查办的结果是：双方“所参俱实”。康熙皇帝对二人同时给予处分：“俞益谟著休致，赵申乔著革职留任”。俞益谟回到宁夏广武家中，成为一名老百姓。
康熙五十二年（1713年）三月，康熙皇帝为了隆重庆贺自己的60大寿，诏谕全国，已60岁以上的获罪受到处分的官员，凡能来京祝寿者，俱著恢复原品，赐御宴。俞益谟便放下自己的60寿庆不做，即时赶赴北京去给皇上贺寿。他在京又一次受到康熙的召见，并向皇上“呈进方物”。康熙不仅开恩赐还了他的顶戴，还顾念他过去的功劳，又加封了荣禄大夫一品散官荣衔。俞妻张氏，亦被赐封为一品夫人。他的曾祖父俞大河、曾祖母曹氏；祖父俞天义、祖母张氏；父亲俞君辅、母亲赵氏等，都被追封荣禄大夫和一品夫人。俞家顿时满门生辉，光照塞上。但是，乐极生悲，就在大庆当日，俞益谟参加完贺寿典礼之后，回到寓所等待赐御宴之时，因连日劳累和兴奋而猝逝于馆舍。享年60岁。归葬于宁夏广武营城西南3里的荫子山。
俞益谟“平生不蓄私囊”，有“乐施乐育之义”，热心于家乡的公益事业，“瞻顾邻里乡党，浚渠设塾，在在有记”。其中以整修水利、举办义学和主修乡志等三件大事为代表为家乡做了3件好事。
