乾隆五十三年六月初六日，内阁奉上谕：福康安等奏清查台湾积弊酌筹善后事宜一折，已令大学士九卿议奏矣。内称向来台湾各营，自总兵至守备衙门皆有兵丁听候差遣，分为旗牌、伴当、内丁、管班四项名目，各有目兵管领。总兵署内多至三百人，副将以至守备依次递减，至少亦有三十余人。请嗣后将四项名目全行禁革，各署内酌留该班兵丁轮流，亲自上班等语。额设兵丁，原以备差操防守之用，乃台湾镇将各署内，竟设有旗牌、伴当等四项名目，管领额兵。总兵署内至有三百余人之多，以致各该兵丁分班轮值，其余俱在外自谋生理，甚至有挂名在内，贴钱包差、代班差操等弊，实属不成事体，不可不严加禁革。批阅之下，殊为骇异。但台湾既有此等情弊，恐别省提镇将弁各署，亦有似此者。着各省督抚即行详悉严查，毋许各提镇将弁，设立旗牌等名目，私令所辖兵丁，在署差用。设或署中需人差遣，原不妨酌留数人听用。如有仍前设立名目，任意役使兵丁至如许之多者，即将该提镇将弁严参治罪，务令额兵一体照常操演，毋许藉端旷伍，致滋他弊。至台湾镇道各员恃有重洋间阻，督抚耳目难周，无不通同徇隐，尤为恶习。前已降旨令将军、督抚、提督大员，分年巡察，第恐日久因循，不能认真整饬，嗣后该将军等于每年轮往查察，即将镇将及道、府、厅、县各员通行查核，出具考语具奏。其备弁佐杂各员应行考察咨部者，亦一并留心查核。一面报部，一面据实具奏，务宜实力整顿，秉公办理，毋得稍有徇隐袒庇情事。倘在台各员有贪纵殃民款迹，别经发觉，即将未经参劾之人，从重治罪。
再台湾远在海外，如遇有紧要案件，该处道员虽原准与总兵会衔具奏，但镇道本不相统辖，若必待会衔，易启扶同瞻徇之弊。且海洋风信靡常，往来商办，动稽时日，亦多未便。前将万锺杰补放台湾道时，特令加按察使衔，原欲令该员遇有应奏事宜，得以自行陈奏。嗣后凡遇有补放台湾道员者，俱着加按察使衔，俾得自行奏事。该道膺兹重任，倍当激发天良，尽心办理，实力整顿，方为不负任使。福康安等折并发。钦此。
乾隆五十三年六月初六日，内阁奉上谕：台湾军营出力人员，历经降旨，交福康安查明，交部议叙。兹据奏军营出力之侍卫章京官员将弁等，现经秉公查核，分别等第，造册咨部。其应行议恤之官弁兵丁等，亦一并造册送部等语。着该部即照福康安咨到各册，详加核对，除业经给予议叙恤典者毋庸再行议给外，其余俱着照福康安册内所开，照例议叙议恤。
又据福康安另片奏称贼匪滋扰嘉义时，教谕江浩、巡检吴元、典史李尔和等，俱各遇贼守御，身受重伤等语。江浩、吴元、李尔和，亦着该部一体照例议叙，以示奖励。折片并发。钦此。
一二四、乾隆五十三年六月十三日上谕（二道）
大学士伯和字寄钦差协办大学士尚书总督公福、闽浙总督李、福建巡抚徐：乾隆五十三年六月十三日奉上谕：据福康安等奏：台湾添设戍兵一千二百名，拟于督标、提标拨出七百名，其余五百名于福宁、海坛、金门、建宁、汀州五镇，每镇拨出一百名，已敷一千二百之数等语。前因台湾兵丁籍隶漳、泉者居多，令于分班轮换时，将漳、泉兵丁分驻防守，以便彼此互相纠察。而他府之兵与之错处，于抚绥防范俱有裨益。嗣据福康安奏，已于挑补班兵时，通盘布置，令漳、泉及他府兵丁易地驻守，并妥定章程，交普吉保照此密办等语。兹又据福康安等奏新添戍兵一千二百名，于内地督提二标及福宁、汀州各镇标酌量抽拨。将来台湾之兵籍隶漳、泉者较前渐少，自更易于查察。但恐日久废弛，不能遵照妥办，着责成每年前往巡查之将军、督、抚、提督等实力稽查，勿任漳、泉之兵仍在原籍各村庄一带防守，聚处弊混滋事。
至福康安等另折奏军营余剩铅药，派营分贮等语。所办均为妥协，即照所奏办理。其磺觔一项，既经查明上杭县地方所产，已敷各营军火之用，则台湾淡水磺山，自不必复行开采。现经福康安严行封禁。但恐该处仍有私行偷采，及官吏等庇纵透漏情事，并着责成巡查之将军、督抚等一体严查。如有似此情弊，即行参奏治罪。
又李侍尧奏革职道员元克中、知府马腾蛟，于承运米石等事颇为出力，可否送部引见等语。元克中、马腾蛟俱着准其送部引见。着传谕李侍尧，即将闽省是否尚需该员等差遣之处，据实具奏，候朕临期酌降谕旨。此时福康安谅已在途，将此由四百里传谕李侍尧、徐嗣曾遵照妥办，并谕福康安知之。钦此。遵旨寄信前来。
乾隆五十三年六月十三日，内阁奉上谕：福康安奏：此次带兵巴图鲁侍卫章京内，核其劳绩，有博斌、阿木勒塔等八员，打仗杀贼，尤为出力。又特尔敦彻屡经出兵打仗，此次带兵剿贼，最为得力，于回京途次，患病身故。均请恳恩赏给世职等语。博斌等随福康安剿捕逆匪，俱能奋勇出力，或于北路堵截，擒杀匪众，或于南路搜拏首逆，各着劳绩，甚属可嘉。博斌、阿木勒塔、哲克、翁果尔海、德楞泰、萨克丹布、塞凌额、西津泰、特尔敦彻，俱着加恩交该部查核伊等所得功牌，酌予世职。又官兵直抵琅峤时，乌什哈达带领水师兵丁顺风连樯而至，四面合围，水陆并进，俾庄大田得以实时擒获，亦属勇往可嘉。且前在云南打仗时，甚为奋勉。乌什哈达亦着一并交部查照功牌，议给世职。折并发。钦此。
一二五、乾隆五十三年六月十七日上谕
大学士伯和字寄钦差协办大学士尚书总督公福：乾隆五十三年六月十七日奉上谕：本日德成前来热河复命，据奏台湾地方紧要，该处总兵为全郡表率，不但有巡阅营伍之责，且有应办地方事件。今甫经平定，一切善后镇抚事宜，更关紧要。必得操守廉洁、明白结实晓事之员，方能胜任等语。前因台湾总兵缺出，一时不得其人，普吉保在彼带兵剿贼，尚为奋勉，是以福康安奏请就近调用，当经准行。今台湾剿捕事宜，虽已完竣，而善后各事宜，在在需人料理。且该处当柴大纪等贪黩营私之后，诸务废弛，尤资干员整顿。普吉保系白衣保之子，洊擢总兵，使之带兵打仗，尚能得力。其于外省地方情形本未谙习，恐于海疆要缺，人地不甚相宜。计福康安于五月二十五日由泉州起身，此时谅已过浙，着传谕福康安再行酌量，如普吉保竟能胜台湾总兵之任，自毋庸再行更调。若普吉保不能胜任，即于此次带兵各总兵或素所稔知之总兵内，择其才具堪以胜任者酌选一员，据实奏闻，候朕降旨简调。又思兖州总兵柯藩，此人或可用，福康安于过兖州时，留心看此人可用否？
再福建水陆两提督员缺亦属紧要。陆路所辖多系腹里地方，梁朝桂或尚能办理。其水师员缺，所辖皆系外洋地方，责任尤重。而现在提督蔡攀龙，询之由军营回京大臣侍卫等，佥称其人平庸，福康安前亦奏其未能胜任。若令其久任海疆，恐有贻误。朕意陕甘二提督哈当阿、苏灵俱尚为能事，近来甘肃地方宁谧，蔡攀龙至彼尚可将就胜任，并着福康安于哈当阿、苏灵二人内，量其才具，就与福建水师员缺相宜者，即奏闻调补。或此外福康安尚有知其才具可以调用之人，亦即据实具奏，候朕简调，俾于海疆重任，足资整理。将此由四百里传谕知之。仍即先行覆奏。钦此。遵旨寄信前来。
一二六、乾隆五十三年六月十八日上谕（二道）
乾隆五十三年六月十八日，内阁奉上谕，台湾甫经平定，一切抚绥善后事宜，正资整饬。普吉保带兵打仗，虽尚为奋勉，恐于海疆要缺，究属人地未宜。因思奎林前在伊犁所处人犯，本系有罪之人，其获咎尚非贪赃玩法、难于原宥者可比，且伊曾经委任，久历戎行，人亦体面。台湾正当需人镇抚整饬之际，不妨弃瑕录用。所有台湾镇总兵员缺，着加恩将奎林补授，并着即驰驿前往。奎林当倍加感激朕恩，力图报效。普吉保即着留于福建，遇有相当总兵缺出，再行补授。钦此。
大学士伯和字寄钦差协办大学士尚书总督公福：乾隆五十三年六月十八日奉上谕，昨因台湾总兵员缺紧要，恐普吉保不能胜任，已谕令福康安酌量拣员奏调。因思奎林人尚体面，且曾任都统、将军，久历戎行，威名已着，足资弹压。虽其在伊犁时，未免性气过当，致获咎戾，但台湾民风刁悍，又值柴大纪贪纵废弛之后，正藉其体面风厉，方能整顿。是现在简用台湾总兵，朕思无有过于奎林者。奎林系福康安之兄，想福康安亦必不敢将伊保奏，是以业明降谕旨，即将奎林补放，并令驰驿速赴新任。福康安现已起程前来热河复命，途次晤见奎林时，可即将台湾地方情形及善后各事宜，详细向奎林告知，令其到彼实力妥办。至水师提督员缺，仍着福康安于哈当阿、苏灵，及素所稔知之提督内酌量一员，奏请对调。再据德成奏，梁朝桂才具亦属中平，打仗懦怯，其于闽省提督能否胜任，应否亦需简调何人之处，并着福康安一并据实覆覆。将此由四百里谕令知之。钦此。遵旨寄信前来。
一二七、乾隆五十三年六月二十一日上谕
大学士伯和字寄钦差协办大学士尚书总督公福、闽浙总督李，传谕新授台湾镇总兵奎林：乾隆五十三年六月二十一日奉上谕：李侍尧奏将来派拨台湾戍兵，已令普吉保开造清册，俟换防时，查照营分兵数挑往更换，及札饬该道等约束此次出力之义民人等，遇有争讼之事，凭公剖断各折，已于折内批示。前因台湾甫经平定，一切抚绥善后事宜，正资整饬。该处总兵员缺紧要，恐普吉保不能胜任，已降旨将奎林补授。奎林曾任伊犁将军，职分本大，前令其来京陛见。原因彼时台湾逆匪滋事，恐福康安等一时未即荡平，欲令奎林前赴军营帮办军务。讵伊在任性气过当，被海禄参奏，致获咎戾，是以将伊革职。今岁施恩，令在蓝领侍卫上行走。到热河后，令侍卫校射，伊适连中，复陛补三等侍卫。因恩奎林人尚体面，久历戎行，威名已着。若令前往台湾，足资弹压。该处总兵竟无有过于奎林者，是以将伊补放。可见事有定数，不期然而然。奎林系福康安之兄，福康安虽不敢将伊保奏，今将伊补放，福康安当亦必以为然也。普吉保带兵打仗，虽尚为奋勉，于紧要地方，事务究未谙练，若令其久在台湾，该处整饬营伍，及一切应办地方要务，虽有李侍尧随时札饬，彼亦未能领略。但李侍尧何不即将普吉保不能胜任之处，早为据实具奏？今得奎林到彼，李侍尧得一好帮手，大可省费心神，即朕亦可稍省系念。俟奎林到厦门时，李侍尧向其详晰告知，令其到彼与新任台湾道万锺杰和衷商办，自能克副委任也。钦此。遵旨寄信前来。
