明穆宗即位6年就死了，由于当时国库空虚，生前没有预筑陵园。其子10岁的朱翊钧即位后，马上派人到天寿山挑选吉地。最后大学士张居正等人认为，大峪山先世陵寝基址可以利用，于是仅用白银150万两，不到100天的工期，就将穆宗葬入现成的玄宫中。
明世宗死后，继承皇位的是他的第三子朱载，即穆宗。穆宗在位期间，曾推行新政，改革吏治，“纠官邪，安民生，足国用”，抑制土地兼并，注意恤商，大开关禁，海外贸易出现新局面。他调整与蒙古各部的关系，选拔优秀将领镇守边防，强调华夷一家，胡越一体，使蒙古与中原王朝之间暂时停止了敌对战争的状态。穆宗在位共6年，隆庆六年（1572）五月二十六日，在乾清宫去世，传说死因与纵情声色有关。
时年10岁的太子朱翊钧即位前，马上派礼部左侍郎王希烈往天寿山为穆宗选择陵地，结果挑中了永陵左侧的潭峪岭。六月，神宗即皇帝位后，再命大学士张居正与司礼监太监曹宪到陵区审定。张居正对神宗说，给穆宗送终的事情是国家大事，在处理上要考虑详尽。而寻找陵地与风水理论紧密相连，要广集众言以便做得恰到好处。他提议参照嘉靖年间选择永陵时成例，应派礼、工二部大臣和钦天监通晓阴阳风水术的官员一同前往。
于是神宗命户部尚书张守直、礼部右侍郎朱大绶、工部左侍郎赵锦等与几位阴阳术士、精于地理堪舆之术的官员以及张居正一同前往天寿山察看。想不到这批人回来后，否定了潭峪岭，却主张用大峪山作为穆宗的陵寝修建地，令人不可思议的是神宗竟然同意了。
那么明神宗为什么说变就变同意在大峪山修陵寝？一些史学家分析原因有二。
其一，大峪山的风水地理环境的确好于潭峪岭。张居正回来后说，大峪山是“山川形势结聚环抱”，的确是天地之区，帝王之真宅。潭峪岭风水不佳，有人认为是孤峰独特，气脉全无，左右界水中群山一起一伏参差不一。其二，更为重要的是，大峪山有现成的玄宫和部分地面建筑，如果稍加修筑，就可利用，可以省去很多时间和财力。
问题是这个现成的玄宫是谁建的？
原来是明世宗嘉靖皇帝建的。嘉靖皇帝上台后，追尊自己的亲生父亲兴献王为兴献帝，又想把他的坟墓从湖北安陆迁到天寿山，因大臣反对作罢。嘉靖十七年（1538），嘉靖的亲生母亲章圣皇太后病故，他再次下诏在天寿山建陵，打算把父亲的陵墓迁来与母亲合葬。他还亲自到天寿山挑选陵地，见到大峪山的确风水很好，森林茂盛，山色清秀，遂令有关官员开始建陵。之后他到了安陆，见到父亲的坟墓风水十分不错，再加上有很多大臣一再提醒他龙脉是不能轻易移动的，一迁陵说不定国家的根本就动摇了，所以十分犹豫。嘉靖十八年，他亲自到大峪山视察，发了一通感叹：“峪地空凄，哪里比得上显陵所处的纯德山完美，我决定将母亲的棺木南。”这样，这座刚建好的玄宫就派不上用场空置在那儿了。
穆宗没料到自己只能活这样几岁，生前没有预建寿宫，现在张居正等一提出，神宗感到的确不错。七月，神宗派工部尚书朱衡去做周详的考察，回来后他向神宗报告了玄宫内的情况，说玄宫内部仍是“紫光焕发，和气郁蒸，门堂下洁，宛若暖室”，两宫皇太后和神宗听后十分宽慰。八月，神宗决定迁穆宗孝懿皇后李氏棺椁葬昭陵。九月十九日，穆宗皇帝的棺椁葬入玄宫。这样，孙子葬到了爷爷的陵墓中。
大峪山的陵墓从这年的六月十五日正式下诏开工兴建，朱衡被委任总督山陵事务，工部左右侍郎及内宫监太监等许多官员在现场提督施工。由于许多工程是现成的，只要略加修整即可，所以工程进展飞速，仅用几个月时间，昭陵的工程全部完工，朱衡等人都得到了奖励，工部右侍郎熊汝达的一个儿子可以入国子监读书。
意想不到的是，陵墓修好不到一年，陵园地基发生沉陷。万历二年（1574）七月，昭陵神宫监官陶金上奏说：“六月以来，阴雨二日，昭陵的恩门里外砖石沉陷。”工部主事王淑陵奉旨查看，回来后说陶金反映属实，但主要建筑如恩殿、明楼、宝城等没有损伤。这时有人提出，陵寝重地，怎能建造不到一年就发生质量事故，要对内外经营官员严加究治。于是神宗对提督工程太监周宣、左监丞郭全革恩一等，官匠王宣等下法司审问。
一个月后，前去察看的工科给事中吴文佳上奏说：“恩门、殿等处沉陷甚多，宝城砖石也有翻塌损伤，十分值得担心。”神宗马上派工部侍郎陈一松等再去陵园查勘，发觉陵园沉陷十分严重，与陶金、王淑陵的奏疏相差很大。神宗听后大怒，加重了对有关责任人的处罚，其中周宣、郭全各降三级，革去管事职务；熊汝达已经退休，恩荫罢革；王宣等法司从重问罪，朱衡则以尚书致仕。实际上一个月前地基开始下沉，下了一个月的雨，沉降加剧，并不是有关官员故意隐瞒事实。
万历三年（1575）二月，神宗无奈之下只能委派工部左侍郎陈一松等提督再修昭陵，五个月后工程全部告峻。
昭陵的陵寝制度，基本上沿用了孝宗的泰陵和武宗的康陵，但宝城内封土形式略有改变。泰陵、康陵等封土都是从宝城内环形排水沟以内开始起冢，墓冢形状也呈自然隆起的样子。昭陵有所不同，宝城内的封土填得特别满，几乎与宝城城墙差不多高，正中筑有上小下大的柱形夯土墓冢。昭陵的宝城也比泰、康两陵更显得精致壮观，后来的庆、德两陵多有仿照。至于为什么在形制上作出这些变动，历史学家仍然没有很好的解释。
