此刻，曾经影响了美国独立战争的两个国家开始宣战。1793年2月1日，英国正式对法国宣战。当时谁也想不到英法之间的战争会持续22年，一直打到了下个世纪。法国开始了恐怖统治时期，在相当长的一段时间里，革命的恐怖席卷了全国，仅巴黎一个城市就有3000名男子和妇女被送上断头台，这场屠戮在其他省份甚至更加惨烈。美国本土也经受了一次巨大的灾难。从8月开始，费城流行黄热病，这是美国城市有史以来遭受传染病侵袭最凶猛的一次。疾病最猖獗的时候，费城每天有20多人死去，9月份死亡率还在迅速上升，医生束手无策，无法阻止瘟疫的蔓延，只得劝告能够离开的人尽快离开这里。联邦政府停止了工作，大多数业主也停业了，亚当斯一家曾住过的布什希尔被改成一个临时医院。为了避免传染，人们见面也不握手了，走路都在街道中央，不敢靠边。
到10月时，费城的死亡率已经高达每天100人，病人如此迅速地大量死去，尸体都来不及掩埋。传染病终于在11月份头一场大规模霜降后消失了，这次一共死了5000多人，费城要花很长时间才能从这次严重的损失中恢复元气。当时的人们还不知道正是毫不起眼的蚊子传播了这种疾病，冬天的到来使蚊虫绝迹，疾病自然也就消失了。亚当斯11月末回到了费城，看到总统已回到自己的位置上，国会也重新开始办公，他感到十分愉快。亚当斯对自己的价值有清醒的认识，这个职务不仅使他很少有机会说点有分量的话或做点有意义的事，而且在政党政治影响力日益增大、越来越普遍的时候，他既不愿意也不能够成为某个党派的一员。出于以上原因，他变得越发置身事外。在对法国保持中立问题上，人们的态度比亚当斯预料得还要一致，连一开始热切欢迎热内的杰弗逊如今也表示坚决支持总统的立场。
国会里许多人都认为亚当斯老了，他本人也觉得这种评价一点也没错。他的牙不行了，有好几颗得拔掉，他还为自己双手颤抖的问题十分担忧。社会时尚也发生了变化，不戴假发的他头有些秃了，头发已变得灰白。他的体重已超重，眼睛经常发红，阅读时间过长就会流泪。
1794年5月26日，亚当斯发出了一封多年来最值得报道的消息给约翰·昆西：他宣布任命约翰·昆西为美国驻荷兰大使。不能说这其中没有一点父亲对儿子的私心，但坦率讲，约翰·昆西是最理想的人选。当时，约翰·昆西已经具有了一定的政治声望。他比亚当斯略高一点，他那线条分明清秀的脸庞显得相当帅气。他从小就跟着父亲游历欧洲，见多识广，他精通法语与荷兰语，最关键的是，他的父亲曾经担任过荷兰大使一职。
1794年秋天，约翰·昆西带着他的兄弟托马斯做为私人秘书一起前往荷兰履职。这项工作对这个立志在政治上有所作为的年轻人具有重要意义，日后他的这个经历对他帮助巨大。
亚当斯的另一个爱子、约翰·查尔斯此时却又惹出了麻烦。他从小就是这样，好像他生下来就是为了让父母无尽的担忧和焦虑。查尔斯在刚刚学完律师后，爱上了自己姐夫的妹妹。年轻漂亮的萨莉·史密斯第一时间就吸引住了他的目光，但阿比盖尔和约翰·亚当斯都反对这段恋情，理由与过去反对约翰·昆西的恋爱一样。在父母的反对下，查尔斯同意暂时中止与萨莉的关系，可几个月后他坦率地告诉他父亲：“如果我说我不像过去那样喜欢萨莉，那我就是在撒谎。”当日后查尔斯与萨莉在纽约结婚的消息传到昆西之时，他父母其实并不感到有什么奇怪。
时间过得很快，特别对一个副总统来讲。1795年年底，亚当斯准备前往费城参加第四届国会的开幕式，他在抵达后提醒阿比盖尔：“你知道，我是明显的继任者。”7年来，夫妇俩一直都明白，亚当斯很有可能接任华盛顿。他们环顾四周，发现除了华盛顿和杰弗逊之外，没有什么人可以和他竞争。
（第四节）出任美国第二任总统
明显的继任者
作为美国的首任总统，华盛顿不必考虑对他的政治威胁。在国会和两院中，唯一能对他构成伤害的只有报纸无端的诽谤和中伤，另外，党派的纷争，群众的喧嚣常常困挠华盛顿，使他深感痛苦。但是他坚信：“只有一条正道，那就是追求真理，并且坚定的按真理办事。”对此，他写道：“党派争端已经达到登峰造极的地步，真理笼罩在一片迷雾和曲解之中，因此，要想知道通过什么途径可能找到真理，那是极端困难的。如果一个人不属于任何党派，一心一意只想用不偏不倚的步子走出一条把祖国引向体面、富强和幸福的路子的话，这种困难就非常可悲可叹。然而，在党派争执中，大家争的不是真理，而是胜利。”
众所周知的原因，华盛顿已经决定放弃第三次谋求总统职位，还在他的任期结束一年前，他就表示自己在期满后一定要返回自己的庄园过隐居的生活。1796年2月上旬，《黎明报》上说，“优秀的爱国者”杰弗逊必然会接替华盛顿，而且是理想的人选。费城也有很大的舆论预测亚当斯会在竞选中占据主动。亚当斯此时的心思并不在政治上。他5月6日前动身回家了。他的副总统任期实际上已经结束了，这是他一生中从事时间最长的职务了，而且这项工作他做得极为出色——忠实地履行了参议院议长的职责，对华盛顿付出了无限的忠诚。他在参议院多次投下了具有决定性意义的一票——都是为了维护总统在决策方面的惟一权威，例如，有几次投票是为最终定下国家首都所在地。亚当斯一共投了31次具决定性意义的票，都是为支持政府，他也成为美国历史上在参议院投票次数最多的副总统。
回到昆西后，亚当斯迅速恢复了自己以往的热情。似乎是意识到这也许是他最后一次能长时间地呆在自家农场里。他的心情真的不错，多年来，他第一次重新开始记日记，记下每天的一切活动和进展。在马萨诸塞州沿岸地区，这一年的春天尤其宜人，气候温暖，雨水充足。亚当斯很喜欢户外的生活，他热爱劳动，喜欢看得见摸得着的结果，喜欢这种感觉。
每天清晨，他随鸟儿一起早起，跟往常一样喝烈性苹果酒，同阿比盖尔一起度过平静的夜晚，阅读、写信，或者记日记，日记里还记录了每天的计划，写道：“我一辈子度过的所有夏天中，这一季最轻松了，没有忧虑、没有焦躁、没有烦恼。只有夫人的病情令我担忧。”
1796年9月17日，华盛顿“告别演说”。这是人类历史上第一次不依靠外在压力，仅仅依靠内心的道德力量就自觉放弃了在为公众服务的过程中聚集起来的权力。在它以前，人类历史上曾经出现过形形色色的逊位、下野、惧怕各种祸乱而“功成身退”的范例，在它以后，人类历史上还将出现无数以杀戮、屠城为代价而威压四海的英雄豪杰，但有了这份文件，一切都在瞬间黯淡下来。华盛顿以完美的姿态退出后，也标志着一场角逐的开始亚当斯作为联邦党推举的代表，将要在华盛顿卸任后与杰弗逊展开竞争。这是美国第一次有相对立的两党参加的总统大选，亚当斯和杰弗逊分别是这两党的头号候选人，这对这个国家来说是一次全新的经验。杰弗逊和亚当斯其时都还不在费城，两人都还没有加入竞选，但竞选双方的阵营却已经开始唇枪舌剑。这场角逐后来迅速演变为一场激烈的全面战争。
共和党人的报纸把亚当斯描述为一个粗俗无耻的君主主义者——这是他们一贯强加给他的头衔。《黎明报》这份发行量很大的报纸还在头条中提出“警告”，说亚当斯不适于领导这个国家，文章警告说，除非人们投票选举“人民的朋友”托马斯·杰弗逊，否则“君王、等级和头衔的拥护者”亚当斯就会成为他们的总统。《波士顿新闻》也警告说，如果亚当斯当选，他会将世袭制强加于美国，为自己的儿子约翰·昆西登上总统宝座铺路，而对杰弗逊就不必有此担忧，因为他只有女儿。
相比之下联邦党人则温和得多，他们谴责杰弗逊是雅各宾派、无神论者，还说他是个胆小鬼，1781年时为了躲避英国骑兵而逃回了蒙塞蒂洛。亚当斯在给约翰·昆西的信中说：“可怜的杰弗逊受到的攻击可不比你的老父少。”
更让亚当斯感到雪上加霜的是，亚历山大·汉密尔顿又在幕后玩起了他那套老把戏，敦促大家尽可能地支持托马斯·平克尼，表面上看起来是为了阻止杰弗逊当选副总统，其实有同时击败亚当斯、扶持平克尼上台的嫌疑——对汉密尔顿来说，平克尼更好操纵一些。尽管政坛闹得沸沸扬扬，整个国家还是处于和平状态，而且比过去更加繁荣。如果说人们对于国家政治有什么普遍情绪的话，那就是对华盛顿就要离任感到遗憾、甚至感伤。
11月23日，亚当斯向阿比盖尔告别，启程前往费城，这次又只带了约翰，布里斯勒一人同行。他向阿比盖尔保证：“恐惧主宰不了我，我仍然斗志昂扬。”12月4日，他抵达费城，7日晚上，由于担心失败，他脑中进行了一番激烈的思想斗争，他又写道：我一天自嘲了20次，嘲笑自己的感受，嘲笑自己陷入了冥想和思量，这都是在受虚荣心的折磨。为自己不受欢迎而感到心灰意冷，害怕遭到冷遇、卑劣的指控、羞辱和伤害，担心未来的计划、经济问题，还要节省开支。重操律师旧业的话，要草拟诉状，陈述起诉的原因，还要招聘助理。可过了一个星期左右，他的情绪却完全不同了，他写信告诉阿比盖尔，说他看来好像要当选总统了。虽然最终计票结果要到2月份才出来；不过当选举人一起会晤之时，国会内外已有人公开说亚当斯已经赢了，杰弗逊将成为副总统。
当选总统
当亚当斯稳操胜券后，一夜之间，他受到的待遇就大相径庭，仿佛他变成了一个迥然不同的人，令他感到极不寻常。甚至连贝奇的《黎明报》似乎也奇迹般地改变了主意，该报如今宣称，约翰·亚当斯显然比华盛顿更好。亚当斯无疑不会成为傀儡，他一直有自己的观点和判断，他会凭自己的想法行事，不会受他人的驱使。他也非常独立，不会为了政党而牺牲国家的利益……此外……众所周知，亚当斯不过在理论上算个贵族，从现实上看华盛顿可就是个不折不扣的贵族了——亚当斯从未蓄奴，华盛顿却有奴隶……两人的差别很大。
杰弗逊在蒙塞蒂洛收到了麦迪逊的来信，要他做好准备，他可能会成为国家的第二把手，还要他为了国家利益、为了对亚当斯产生“有效的”影响，一定要接受副总统的任命。杰弗逊在回信中表示，自己对屈居于亚当斯之下并没有什么不满，因为“自我从政以来他就一直是我的前辈”。然后，圣诞节过后三天，杰弗逊提起笔来，给亚当斯写了一封非比寻常的信。
杰弗逊在信中说，从他听到的最新消息来看，亚当斯当选为“第一把手”似乎已成定论，杰弗逊表示自己对此从未产生过怀疑，他说“我从来没有期待过会有不同的结果”，虽然他不指望亚当斯会相信自己，不过他“真的从未希望别人当选”。杰弗逊还警告说，汉密尔顿又开始搞他那一套阴谋诡计了，不过他不怎么相信那些伎俩会改变选举结果。
“我是出于最纯粹的喜悦而衷心地向你表示祝贺，没有人会比我更加诚挚、不掺杂其他动机……我没有统治他人的野心，那是一个痛苦而吃力不讨好的位子……我真心诚意地希望你能帮助我们避免这场战争，战争会摧毁我们的农业、商业和信贷业。如果你成功的话，光荣将属于你一个人；我衷心祝愿你的政府能满载荣耀，你自己也能获得幸福，尽管在你的人生航程中，我们之间曾发生过一些小小的不快，或者说在别人的挑拨下出现过龃龉，但在共同为独立而奋斗时我对你产生的那种敬重之情一直没有改变，我对你的敬意和感情始终如一。”
这封信是杰弗逊对负于亚当斯表现出的一种大度，是他写过的最热忱的友善之辞，也是亚当斯收到过的最温暖的话语。可在写完这封信后，杰弗逊考虑再三，还是先把信寄到费城给麦迪逊过目——“让你先读一下”——如果把这样一封信寄给亚当斯“在你看来有什么不妥，可以把它还给我”。
麦迪逊大吃一惊，他把这封信视为一个致命的错误，并下定决心让此事到此为止。他委婉地对杰弗逊解释道，友谊是一回事，政治则是另一回事，他还规劝杰弗逊说，两人之间的友谊亚当斯已然了解，可万一亚当斯担任总统表现不佳，那么杰弗逊写的这些赞扬之辞以及对亚当斯表现出的信心从政治上来说会使杰弗逊陷入尴尬的境地。
后来这封信再也没有寄出，它一直保存在麦迪逊那里，离亚当斯的住所只有几个街区之遥。
要是亚当斯能收到这封信，它可能会成为他最重要的信件之一。杰弗逊的褒奖、对他坚定不移的信心，以及再次提起他们过去的友情，对亚当斯来说非常重要，可能会改变他对两人关系的整体看法，从而可能影响后来发生的事件，没有比这个时候更恰当的时机了。
1797年2月份，正式发布了选举结果，作为参议院议长，亚当斯在选举人团面前打开文件，念出了最终计票结果。他最终以71对68票的微弱优势赢了杰弗逊。平克尼获得59票，伯尔30票，塞缪尔·亚当斯11票。亚当斯只以3票的领先优势当上了总统，接替主动辞职的华盛顿。
1797年3月4日星期六，美国第二任总统的就职典礼如期举行。中午前，在费城议事厅一楼的众议院会议室里，众人全都集合在这里，屋里人多得都坐不下了，各个位子上坐着参众两院议员、最高法院法官、政府各部部长、外交使团，还有许多女士，据说她们为仪式增添了一点“明快”的调子，否则这种场合就会变得太过严肃刻板了。
当乔治·华盛顿走进房间、步入讲坛时，人群中爆发出一阵掌声，托马斯·杰弗逊今天一早已在楼上参议院里宣誓就职副总统了，当他出现在会议室时，掌声更热烈了，迎接约翰·亚当斯的同样是“表示赞许的掌声”，他紧随华盛顿和杰弗逊这两个高大的弗吉尼亚人身后，显得比平时更加矮胖了。
这是一个令在场者难以忘怀的场景。正是眼前的这三个人、而不是别的什么人造就了革命，而且正如观众们料想的那样，这是他们三人最后一次同时出现在同一个讲坛。亚当斯感觉就像当年第一次站在英王乔治三世面前时一样——仿佛自己在台上扮演一个角色。后来他告诉阿比盖尔：“这是我演出过的感染力最强、最动人的一幕了。”
杰弗逊身着一件长及膝部的深蓝色双排扣长礼服，个子显得更高了，华盛顿则穿一套黑丝绒的燕尾服，亚当斯是三人中最朴素的一个，他穿着一套灰色呢料的衣服，特意避免使用醒目的纽扣。
