虽然对战舰和舰炮一无所知，亚当斯最终还是成了这方面的专家。他称海军委员会的工作是自己经历中最令人高兴的—段，部分原因是因为他因此有机会接触罗得岛的斯蒂芬·霍普金斯。正是他建议亚当斯要帮助美洲建立自己的海军。他那年年龄已经和富兰克林一样年长，是大陆会议上的一个非凡人物。霍普金斯喜欢在房间里戴着他那顶宽檐的贵格教徒帽，一边喝着郎姆酒，一边和亚当斯谈论他喜欢的文章和书籍。霍普金斯是个活泼、博学的人，通晓海事，阅历丰富。正如亚当斯所写的那样，他为大陆会议议程所带来的经验和判断很有价值，而且他总在事后“让我们保持活力”。“他精通希腊、罗马和英国的历史，精通英国诗歌……在同他的融洽交谈中，我们了解了他阅读所获得的知识，而这种交谈也似乎使我们所有人想起了我们以前阅读过的书籍。”
《独立宣言》发表后，亚当斯继续忙于战争委员会的工作。身为大陆会议五人委员会的成员，亚当斯、哈里森、拉特利奇、谢尔曼和威尔森感到真正打响一场战争的重担。他们五位代表几乎成了整个费城最忙碌的人。委员会要负责军火提供和军事防御、选拔提升军官、征募新兵、组建步枪连、军饷、给养，以及解决对打火石、硝石和火药、马匹、马车、帐篷、鞋子、肥皂和毯子的持续需求。他们派出木匠前往需要地，任命牧师，还要面对日复一日、毫不停歇的斗嘴、嫉妒和腐败。这是艰辛又不讨好的工作。亚当斯在这些工组中学习“详细准确地熟知每个团的情况”，霍雷肖·盖茨将军教训亚当斯说。因为所有的决定都必须经由大陆会议同意，这个委员会还必须为被投票的事务准备报告。这些报告无所不包，有时要决定5吨火药被如何运到威廉斯堡，或是把关押在新泽西的英军囚犯转移到宾夕法尼亚，有时又是任命新的军乐队指挥或者军服颜色等诸如此类等细碎问题。
除此之外，委员会还负责审计纽约军队的帐目。他们要处理一直烦人的各殖民地不同价值货币换算的复杂问题，日益担心通货膨胀和新发行的大陆货币的命运，这种没有背面图案的纸币在费城印刷，数量稳步增长。由于财政吃紧，大陆会议发行了这种债券，用以支付前方军队庞大的开支。“如果这种（大陆货币的)信誉遭难，整个事业也会蒙难”，亚当斯警告说，“如果这失败了，这项事业也完了。”
亚当斯还和杰弗逊共同负责起草一套规定军队纪律规章制度的《战争法》。他建议直接借用英国的陆军法规，只需要稍微做一些调整。亚当斯后来写道：“那些日子里，只要是政治事务，杰弗逊总能与我达成共识，而且他对此也非常诚恳地表示赞同。”到盛夏的时候，《战争法》的事情被交由战争委员会讨论，而且还将交由大陆会议表决。
亚当斯强烈反对现行短期征兵的政策，声称自己强烈支持组建正规军。只是由各地民众组成的民兵队伍无法胜任同强大的英军对抗的任务，这也是亚当斯预见到初期大陆军军事受阻的主要依据。尽管战争委员会消耗了亚当斯大部分的时间和精力，但他仍然参加大陆会议面临的最紧迫议题的激烈讨论和辩论，即提议中的“永久联邦和13州邦联宪法”。宣布独立之后，13州邦联成立殖民地联盟成为代表们关注的新话题。联邦和独立一样至关重要，几乎所有代表都同意——事实上，许多人认为这更重要——而且等待被做出的决策是项异常艰巨的任务。
在亚当斯看来，联邦成立主要有两个特别棘手的问题：一、如果真的成立邦联，一个重要的问题是如何投票？是每个殖民地都算一票呢？还是每个殖民地按照其人口、或财富、或进出口量、或是所有综合比来享有权力？另外一个问题是，议会是否有权限制各殖民地的面积，防止他们通过发表宪章、公告或命令拥有到太平洋的土地，防止他们发展得过大、过强以致于威胁到其余的殖民地。
照当时的情况，根据提出方案的第17条款，每个殖民地，不论人口财富，在决定有关邦联的问题时都能各投一票。13个分离的州平等地共有13张票，这个想法遭到亚当斯的强烈反对。他提倡按各殖民地人口比例投票。考虑到他来自于马萨诸塞州，这想法并非惊人。马萨诸塞是人口最多、最富裕的殖民地之一。但亚当斯更多的是以美国人而非新英格兰人的身份发言的。在为那些小殖民地讲话时，罗得岛州的霍普金斯指出，如果按人口数量分派，4个最大的殖民地的人口是总人口的一半还多，这样就能随他们所愿统治其他州。但本杰明·拉什在其第一次大陆会议的发言中雄辩地指出：“一个人越致力于效忠美国，他就越致力于服务其所在殖民地。”拉什同富兰克林和威尔森一起提出动议，按照人口比例分配投票票数，同时坚持只有自由人才能被计数，而在诱使各州阻止奴隶制方面，这一动议“效果显著”。
在这个问题上，杰弗逊保持沉默。没人知道他不发言的真正原因，也许这只是他性格的一贯体现。这个问题在当时及以后的很长一段时间内都没有解决。但8月2日，即签署《独立宣言》当天，在讨论第二个棘手问题的时候，即有关弗吉尼亚声称其边界直到“南洋”的问题时，杰弗逊确实站起来发言，反对由大陆会议来决定弗吉尼亚州的权力。
由于显而易见的原因，当时盛行严守秘密。随着美洲同英国的战争升级，亚当斯对此非常不满。他坚决主张，在马萨诸塞，就有列出专门席位让群众观看立法过程的传统。大陆会议在雄辩地宣扬理论的同时，应同样努力地付诸实践，他认为与此相关的想法没有什么值得遮掩的。宾夕法尼亚州的威尔森同意亚当斯的意见，提出动议：打开大门、修建观众席、将大陆会议的会址移到其他公众建筑中以容纳普通听众。但代表们对此很冷淡，动议没有效果。
病魔来袭
就在亚当斯为动议屡屡被拒绝感到愤懑时，费城开始遭受疾病的威胁，亚当斯本人也没有幸免。亚当斯在战争委员会的工作通常在早上6点开始，一直持续到晚上9点，有时甚至会通宵达旦地工作。其间，他在大陆会议参加《十三州联邦宪法》的激烈辩论，他知道这是最重要的工作，但过度疲劳已经开始对他的健康造成危害。他需要休息，而且第一次暗示阿比盖尔自己“休假”的可能性。亚当斯全神贯注于工作。“从来没有——在生命中，我从来没有突然如此关注自己的思想”，他写信告诉她。若是在其他任何情况下，他都会立即前往波士顿。但就是这样别无选择——他只能祈祷他们健康。“我不能离开这个地方，现在这样做会比任何时候都更严重地危害公众，因为我处于各种事务的中心，这不能因任何事情停止。”
亚当斯在7月25日写信给马萨诸塞州州议会告假，他也写信给时任议会议长的詹姆斯·沃伦，他可能有助于安排这次请假。亚当斯声称：“我脸色苍白，眼睛红肿虚弱，神经紧张，意志薄弱。”“白天发热、晚上出汗”，他确信这是即将崩溃的确信无疑的征兆。“我比任何人都清楚自己的体质能承受什么”，他告诉沃伦：“请你尽管相信，我对此的冒险已经超过了谨慎和安全的程度。”
此时的费城又恢复了其常有湿热和高温。在许多让他感到担心的事情中，最让亚当斯感到忧虑的还是疾病。他呼吁在部队中保持最高程度的清洁，以免疾病削弱军队本就不高的战斗力。最令他感到担忧的是天花。天花是“恐怖之王”，是比任何东西都让人害怕的敌人。“天花！天花！我们应该怎么对付它？”他在信中问阿比盖尔。在7月11日的一封急件中，华盛顿报告说，几名士兵已经被波士顿爆发的天花感染，现在正采取措施防止感染蔓延到纽约。
家里的情况也很糟糕，阿比盖尔写信说波士顿城内也面临天花的威胁。因为波士顿爆发天花，数千人从周围赶来接种疫苗。他们的孩子中有人得了病，并且十分凶险。
“小家伙们病得利害，每天早上都呕吐，但过后他们就舒服了”，她继续写道。现在，他特别需要坚持给她写信。“每一个亲切的问候都是我心灵的甘露。虽然对世界上的其他人都不重要，但它们却是我的所有。”
虽然她已经足够健康，可以参加7月18日波士顿庆祝《独立宣言》的活动，可孩子们的磨难还在继续。“和全家人相比，娜比长满了天花”，阿比盖尔报告说。“她全身长满了疱，没有一处不疼痛，以致于走路、坐立、躺下的时候都很不舒服。”脓包有一粒大豌豆那么大。还有一次，她写信说，6岁的查尔斯烧得利害，持续48个小时神志不清。
就在危难之际，阿比盖尔的叔叔伊萨克·史密斯建议他们全家搬到波士顿进行治疗。史密斯让他们在隔离期间住在自己在法院街的大房子里。
“我们从布伦特里赶来一头牛，和必须放到马厩里的干草，木头等等，而且我们真的在这儿开始着手管家……我们小的那个（3岁的托马斯)勇敢地接受了手术……我多么希望你和我们在一起，但我理解并支持你的抉择。”从来没有见过“这种接种疫苗的风气”，阿比盖尔告诉亚当斯，在叔叔家的逗留可能会持续两个月，“整个城市和城里的每座房子挤满了它们能容纳的所有人。”
正是在这儿，在波士顿，亚当斯的同族、他母亲的曾叔父扎布迪尔·博伊尔斯顿医生在半个多世纪前把接种天花疫苗传人美洲。这个主意来自科顿·马瑟的一个奴隶、一个叫做奥奈默斯的非洲人。他说非洲早就开始这么做，那些有胆量使用它的人因此免疫，他还露出了自己胳膊上因此留下的伤疤。这门技术同博伊尔斯顿医生的操作一样，是在接受疫苗者胳膊上划开一个小口，然后用羽毛管把天花病人身上“成熟脓包里的浓汁”铲到切口里。结果接种疫苗者会有轻微的天花症状，但致命的危险却非常低。
在给伊萨克·史密斯的一封信中，亚当斯感谢史密斯为他全家所做的一切，还说如果可能，自己会立即来波士顿，但他不能“因为荣誉和对公众的责任离开这个地方……我们担心每个小时纽约都可能发生重要事件。”
他们的生活就是这样难以两全其美，亚当斯时时刻刻想和阿比盖尔在一起，阿比盖尔也一样。但亚当斯肩负的重任却使他们不得不分开，他们永远也不会习惯彼此分离。“没有你我什么都做不了”，他以各种方式告诉她，一次又一次，都发自内心。
他敏锐地感觉到阿比盖尔的焦虑，考虑到她长期局限在波士顿，于是开始更频繁地给她写更长的信。他在信中充分表达自己对各种事情的看法，同时意识到这样混杂的内容通常显得很奇怪。她从这样的信中得到无尽的快乐。“有这么多事需要你关心，我不知道你怎么从中挤出时间”，她写道，“看到这个月收到的（信件)数目，我真的感到惊喜……我希望这是使你抛开忧虑的消遣放松方式。这是我的盛宴。”
在写到自己在史密斯房子里度过的时光时，阿比盖尔告诉他，她在她姨母的一个小房间里发现了乐趣，那里面有一张“漂亮的写字台”、书架和一扇俯瞰花园的窗户。她在那儿给他写信，她解释说，而且把他的来信收在那里，任何人“不能干扰”。她继续写道，“我希望和平安宁。我全部的所求和抱负就是被我的伙伴尊重爱戴，同他一起教育培养我们的小家伙，在自家屋檐下和平、自由、安全地生活。”
亚当斯考虑到即使他的请假被批准，这也不会很快实现。既然如此，或许妻子来费城会更好些。如果她在他身旁，亚当斯写道，他能继续无限期地留下来，“像个新郎一样骄傲、快乐”。但对此进一步考虑之后，他决定让她叫匹马把自己接回家。“如果巴斯还在人世，而且愿意再同他的老朋友一起旅行，那就让他来吧。”
托马斯·杰弗逊也拼命想走。他非常担忧自己的妻子，而且像许多大陆会议代表一样，他认为战争会很短。第二天，他写信给亨利·李，要求他回来替换自己，李早在6月中旬就走了。
“看在上帝的份上，为了你的国家，也为了我，来吧”，他恳求道：“从每次邮件收到的记录看来，杰弗逊太太的健康状况如此糟，以致于不能使她在承诺时间看到我的希望破灭。”杰弗逊最终在8月中旬回到家，但他妻子所患疾病的性质却从未得到解释。没人知道，在他给玛撒·杰弗逊或者她给他的私人信件中，究竟流露了怎样的担忧、爱意或失望之情，因为他有一天烧毁了他们的所有通信，他没有对此做出解释。他没有返回大陆会议，在家全力照顾自己的妻子。杰弗逊写信给自己的朋友约翰·佩奇说，此刻，他只是因为“巨大的悲痛”而留在了费城。
但不幸还是来临，第二年春天，杰弗逊的母亲去世。这件事弄垮了杰弗逊的身体，痛苦的头疼使他连续几周卧床不起。很难衡量杰弗逊对其母亲的感情，人们从不知道他对母亲表达过自己的爱意，他只就她的去世写下—句话：“我母亲在今天早上8点去世，享年57岁。”这就是他用来记录的所有字词。或许对母亲隐秘而深厚的爱恋和她去世的突然打击够解释他身体的崩溃。这也可能是对妻子疾病的担忧和革命政治的压力所致。但毫无疑问，他饱受折磨。他因此推迟了近6个星期才返回大陆会议。
英军的进攻
当大陆会议做出独立的决议，《独立宣言》被广为发表之后，英国当局采取了更为严厉的手段对付殖民地军民。亚当斯在同疾病做斗争的同时，还要处理日益增大的英国军队带来的压力。1776年6月底，庞大英军向美洲人民展示武力，许多飘扬着联合王国国旗的船只抵达纽约港外。这只舰队从哈利法克斯驶来，只等集结完毕就对纽约进攻。
7月2日，威廉·豪将军在斯塔腾岛上岸，他率领的9000名士兵第二天在斯塔腾岛也登陆完毕，上百名亲英分子在那儿欢迎他们。7月4日，斯塔腾岛和长岛之间的纽约湾海峡驶入了更多的英国船只，包括130艘军舰组成的舰队和来自英格兰的运输船。这些运输船由这位将军的哥哥理查德·豪海军上将指挥。到8月中旬，已经有3万2千名全副武装、训练良好、完全职业化的英国和德国（黑森州)士兵在斯塔腾岛登陆，其数目超过了费城的总人口，他们有10艘作战军舰和20艘三帆护卫舰，这在当时，是英国在海外数目最庞大、耗费最昂贵的军事部署。
