接着，在北京召开的政治局扩大会议也采取了行动。会议由出访归来的刘少奇主持。刘或许是不愿意阻止，或是无力阻止康生按照从毛那里得到的另一套指示采取的行动。5月16日，会议批准了一个党内《通知》，其内容完全符合毛的所有要求。该《通知》对彭的《汇报提纲》进行了批判，也对彭进行了指责，并解散了他所领导的“文革”小组，取而代之的是在中央委员会（不是书记处）之下成立的一个由18人组成的“文革”小组，《通知》提出要“批判混进党里、政府里、军队里和文化领域的各界里的资产阶级代表人物，清洗这些人，有些则要调动他们的职务”。
毛泽东因此掌握了主动，但是在会议上造成一场无产阶级革命家彭真。
骚动的，却是林彪。他在会议结束之前，突然指控党的宣传部长陆定一和书记处成员杨尚昆阴谋发动“反革命政变”，并呼吁彻底调查他们的行为。他宣称为了挫败他们的阴谋，他已经征得毛泽东的同意，派遣军队进驻北京的广播电台和“公安单位”。这次会议几个月之后，毛泽东在写给江青的信中说，林彪所说的话令他大吃一惊。尽管毛泽东可能真的大吃一惊，却不能使陆定一和杨尚昆免逃几乎立即被捕的命运。
在打败彭真和书记处后，毛泽东似乎应该返回北京了。但他却决定继续留在杭州，让刘少奇和邓小平去发动这场“文化大革命”！这是刘、邓两人很不愿意，但却又不得不做的一件事。毛泽东究竟是想要给他们一个将功赎罪的机会，或只是丢给他们一条绳子，要他们自缚手脚，这又是另外一个谜，而且可能永远也无法找到答案。即使他们想弥补过失，但他们的做法也错了。他们不是去努力迎合毛的意见，相反，他们计划实施一项政策，其做法几乎是刘少奇在社会主义教育运动中起草的《后十条（修正案）》的翻版。
他们派遣了数百个工作组到北京的中学和大学，要求他们建立文化革命委员会，并指导文化革命委员会调查、搜集学校教师和管理人员过去和目前有无修正主义的倾向和证据，但并没想把群众卷进去。
这种做法，从一开始就受到林彪、康生和陈伯达等人的破坏。通过各机构的军宣队，以及学校和大学的军代表，他们三人把由本该党委控制的自上而下的清理工作变成自下而上的对领导和教师的揭发和攻击。
他们动员学生示威游行，反对他们的师长，并要求把“牛鬼蛇神”揪出来批判，即使是党的高级干部也不能例外。
到了6月初，由“好”的（非资产阶级）阶级背景的学生组成的一队又一队的红卫兵，已经布满整个北京市，并开始和工作小组发生冲突。在幕后，林彪等人也展开积极行动。他们改组北京市委，并且派军宣传队接管了《人民日报》。
刘少奇和邓小平很快就发现，他们所面临的这项动乱，是毛泽东最亲信的人发动的。因此他们前往杭州见毛泽东，请他做指示。但毛泽东只是建议他们，不要太过倚赖工作小组或把他们当作革命工具，其余的事情由他们自行决定。他们既然不能拒绝担负起更进一步的责任（这样做等于违背了党的纪律），只好采取唯一可行的做法，回到北京，向红卫兵宣战。他们下达两项命令，禁止学生与教师秘密集会，并宣布所有的红卫兵组织为非法。这项措施取得了效果，工作小组受到鼓舞，全力反攻，阻止红卫兵走上街头。但对于军方所控制的一切，邓小平和刘少奇却束手无策。
在这种情况下，毛泽东终于回到北京。途中，他在武汉游过将近一里宽的长江。虽然从照片上看起来，他其实是浮在水面上漂过长江，而不是真正游泳，但这对一位已经72岁的老人来说，毕竟是不简单的。在随后而来的宣传中，他被描述为像是超人一般。在陈伯达和其属下宣传人员多年来的不懈努力下，对毛泽东的个人崇拜，在这时候达到最顶峰。他开始被描述成具有神奇力量的人。在美术作品里，他的形象被画得比四周的人都要高大。他成了人民心目中的“最红最红的红太阳”。
在返回北京的途中，毛泽东已经决定好他下一步应该怎么办。一到北京，他立即着手实施。他是在7月18日抵达北京的。在一两天之内，他告诉党的领导人，进入社会主义以后，还应该使自己经受住严峻的考验；同时他还对另一群人发出这样严厉的警告：
假如你们不革命，那么革命将指向你们。他坚持解散刘和邓的工作组，并特意给红卫兵战斗队写了一封信：
（你们的）两张大字报（激进分子们最喜欢的一种表达方式—作者注）……说明对一切剥削压迫工人、农民、革命知识分子和革命党派的地主阶级、资产阶级、帝国主义、修正主义和他们的走狗，表示愤怒和声讨，说明对反动派造反有理。我向你们表示热烈的支持。
在那一年春天，毛泽东在书记处、政治局常委会和政治局会议上都获得了胜利（但他本人只出席政治局常委会议）。现在，他想在中央委员会上（中央委员会已经四年没有开会了）也获得同样的胜利。他成功了。这主要是靠大批“高校革命师生代表”参加会议，并按指挥向他本人及林彪欢呼，对少数有足够勇气站起来表示反对意见的发言者发出嘘声。其中之一就是邓小平，他坚持说林彪指控彭真和其他人阴谋发动反革命政变没有根据。
经过12天紧张而愤怒的激辩后，会议通过了《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》（简称《十六条》）。由于《十六条》对革命的做法规定得含糊不清，使江青和其他一些人日后有机可乘，但《十六条》却明确提出，革命的政治对象是那些“党内走资本主义道路的当权派”。从文化方面来说，它要求彻底清除“四旧”（旧文化、旧思想、旧风俗、旧习惯）。在当时未被发布的其他决定里，政治局常委会人事被整个改变。林彪的排名从第7名，一下子被提升到第2名，刘少奇则从第2名被降到第8名。陈伯达和康生成为常委，排名甚至在刘少奇、朱德、陈云之上。邓小平保住他的第6名排名和总书记头衔。在他的朋友中地位比他高的现在只剩下周恩来了。尽管周本人未受攻击，但从这次会议看，周似乎不准备为刘、邓在过去两个月中处理事情的方式辩护。
8月5日，在会议进行当中，毛泽东突然采取了一项很不寻常的举动，自己写了一张大字报，标题是“炮打司令部”，这比他以前所说过的或所写过的任何东西都更为明确。他希望红卫兵把下列人视为自己的敌人。他写道：从中央到地方的某些领导同志……站在反动的资产阶级立场上，实行资产阶级专政，将无产阶级轰轰烈烈的文化大革命运动打下去，颠倒是非，混淆黑白，围剿革命派，压制不同意见，实行白色恐怖，自以为得意……又何其毒也！
5天后，他对在人民大会堂外的群众发表讲话，希望大家要关心“国家大事”。8月18日，他与林彪、周恩来、陈伯达在天安门广场参加了红卫兵大型集会，类似的集会共八次，这是第一次。
这次集会揭开了中国大陆两年动乱的序幕，在这段时间内，中共高级干部或着名人士几乎都受到红卫兵或造反派的攻击。这段时期内有多少人遇害身亡或受伤，有多少公共纪念物和公众艺术与文学作品受到破坏，并没有官方的统计数字。更不用说私人财产受到的损害了。光是在街头暴动中死亡的人数就高达几万人。
很多人在红卫兵敌对派系的战斗中丧生，更多的人死在军队手中。这些军队先是奉命支持红卫兵，最终又奉命解除红卫兵的武装以维护社会秩序。
大多数的暴力事件发生在1967—1968年，也就是红卫兵夺得武器或被发给武器的这段时间。但红卫兵有组织地使用武器，是在1966年8月和9月，当时红卫兵被煽动起来开始“破四旧”，他们经常随意闯进私人住宅，拷打一些作家、艺术家和音乐家，捣毁或烧毁他们的书籍、美术作品和乐器。第一批死亡事件就发生在这个时候。中国最着名的剧作家老舍，在遭红卫兵毒打后，含恨自杀身亡。傅雷也自杀了，他是一位法国文学翻译家，是着名的钢琴家傅聪的父亲。
8月18日，邓小平陪着毛泽东、林彪、周恩来和其他领导人一起出现在天安门城楼上。他当时还掌握实权，而从他随后所采取的行动来看，他当时最主要的工作是防止红卫兵破坏党的安定团结。他当时的处境还不是完全无望。他在外地有同盟者，至少有两个地方局的党委书记明确表示反对自下而上革中央的命。
他还可以争辩说，中央委员会的决定丝毫未涉及红卫兵（该决定只谈到文化革命委“文化大革命”初期，邓小平和刘少奇、周恩来在天安门城楼上。
员会），并且允许那些在政治上被审查的人为自己辩护。但书记处已经改组。书记处中只有一名新成员陶铸，坚定地支持毛主义（但他很快脱离了这个阵营）。
他的政敌们正忙着向在那年夏末从各省涌进北京的数百万名红卫兵们发表演说。
但是到了9月底，毛泽东发现，大多数省委的党员干部不但不欢迎红卫兵，甚至不愿和红卫兵扯上任何关系。有些地方甚至组织武装队伍对抗红卫兵。他相当生气，因此召集各省委书记在北京开会。他这时已经惯于采取这种方法，并且认为能很快就能让与会者屈服。但他遇到了顽强的抵抗。这次会议用了将近一个月的时间，才使这些省级官员屈服。
邓小平处于这场风暴的中心。10月16日，他对“文化大革命”的进度做出一项报告，却引来陈伯达和另外几个人的严厉批评。陈伯达抱怨跟邓小平讨论事情，比“登天”还难，并说，他是“修正主义路线错误”的“急先锋”。他声称，刘和邓的“思想作风”
是反对毛的，而且刘和邓不会承认他们的错误，仍然“试图反扑”。他还说在刘和邓两个人中，邓更为顽固。林彪再次提出彭真阴谋发动政变的话题，还暗示邓可能是一名同谋。但代表们对刘和邓的同情远胜于对陈和林的支持。有一到两天时间，毛似乎失去了对会议的控制。他迅速做出反应，要求刘、邓做“自我检讨”。他的估计是，一旦地方干部们看到这两个掌管中央书记处的人屈服了，他们就会放弃抵抗。不知是谁通过什么途径对这两个人施加了压力，但这种做法很见效。毛度过了危机。
邓小平在做出上述报告一周后，对自己做了自我批评，神情忧郁地念了他的检讨。其内容让人读了替他感到不平。由于他已经决定屈服，所以他放弃了一切反抗的念头，对自己做出自我谴责。他说，他毫无保留地接受毛泽东和林彪有关“文化大革命”的指示，以及陈伯达对他所做的所有指控。他说，这次会议的目的，是要清除刘少奇和他自己所代表的“资产阶级错误路线”对“文化大革命”方向的影响；现在正进行中的群众运动，已经和“无产阶级的正确路线”发生正面冲突。在这段工作中所犯的错误，而应由他和刘少奇来承担。
邓小平说，他的“重大错误”的根源在于他的思想方法和工作方法。对于学习、宣传和运用毛泽东思想，他一直都在敷衍应付。他说，他自己的表现像一个资产阶级的“小知识分子”，“世界观”也一直没有改变。他承认，他干扰了毛泽东的社会主义教育运动。身为总书记，没有尽到向毛泽东报告的责任，同时也没有理会毛泽东说他的书记处已经成为“独立王国”的警告。他接着说，如果他继续以以往的思想方法、工作态度及政治观点留在书记处，将会损害党和人民。他唯一能做的就是向林彪学习，因为林彪对毛泽东思想学习得最好，而且在贯彻毛泽东思想方面“无人能比”。他总结说：“如果我想改正我的错误，并在以后对党和人民做出贡献，这是唯一的方法。”
邓小平说得如此夸张，一定让所有听到他做这次自我批评的人，不管是他的朋友还是敌人，都能感觉得出来，他是言不由衷的。事实上，他是故意选用对方批判他的语言，目的就是要表明，他是被迫这样做的。不管如何，这次经历一定令他感到万分痛苦。他不得不做出难堪的政治投降；同时也向那些盼望得到他支持的人宣布，他再也没有能力帮助他们了。他正式否定了自己在过去几年当中所取得的一切成就；同时，他也给了他的敌人将来攻击时的借口。他毁掉了他身为总书记的一切权威。
在邓小平（以及刘少奇）做出自我批评后，毛泽东立刻做出一副宽宏大量的姿态。他告诉与会的各省代表，刘、邓两人过去所犯的错误，并非完全不可原谅。但他同时明白表示，他很不满意他们两人，尤其是邓小平本人对他个人的态度：
我故意下放（最高权力）。他们就建立独立王国……从1959年到现在，邓小平什么事也不请示我……（1958年）我对武昌会议不满意……所以我回北京开（另一个）会。虽然你们开了六天会，但你们仍不让我开一天会。不让我完成工作没什么了不起。但我反对你们像对待死去的祖宗那样对待我。
他又说，应该给刘、邓两人一个机会，看看他们是否真的悔改了。即使毛泽东真有此意，但刘、邓两人的一些死对头这时正掌握着大权，他们是永远不会给刘、邓两人这个机会的。
