与小布什总统道别后，赖斯立即到白宫自己的办公室，根据总统提出的指示要求，归纳成11条意见，并在此基础上起草了一份一页纸的战争计划，准备作为布什总统在第二天的国安会上的发言大纲。
翌日，9月17日，星期一。这天是“9·11”恐怖袭击发生后的第8天。这几天来，美国舆论与公众强烈要求布什政府尽快查明对美国发动恐怖袭击的恐怖主义分子，对他们进行最严厉的惩罚报复。布什政府面临越来越大的巨大压力。
当天上午，赖斯与小布什总统一起听取中央情报局局长特尼特关于全球情报的简报之后，将头天晚上起草的11条战争计划交给她的老板，供其参考。
上午9时35分，小布什在白宫内阁会议室召开了国家安全委员会全体成员会议。会议一开始，他就明确宣布：“这次会议的目的是要给大家布置第一波反恐战争任务。反恐战争从今天开始。”
小布什随后根据赖斯起草的反恐战争计划，给与会的中央情报局、联邦调查局、国务院、国防部、司法部，与财政部的首脑们一一指派了任务。小布什首先指示中央情报局，要立即开展行动，派人进入阿富汗为即将展开的军事行动预作准备。然后，他命令国防部尽快制订出详尽的军事作战计划，并要求国务院马上起草一份对阿富汗塔利班政权的最后通牒，警告他们立即交出本·拉登及其同伙，否则将承担严重的后果。
小布什强调说：“如果他们不执行最后通牒，我们将攻击他们。”“我们将用导弹与轰炸机攻击他们，我们还将派出地面部队。我们要狠狠打击他们。我们要向全世界显示，我们正在改变过去的政策。我们要让叙利亚、伊朗这样的国家改变它们的观念。我们要尽可能快地对恐怖主义分子展开打击。”小布什表示，当前的中心工作是阿富汗。他将秉承“首要的事先办”的原则，先行解决阿富汗问题。
“9·11”恐怖袭击发生后，国家安全委员会及与之重叠的战时委员会在赖斯与小布什的主持下接连召开了一系列的反恐会议，终于在9月17日就反恐战争目标与计划形成了决定——即在现阶段，以本·拉登及其领导的“基地”组织与支持包庇他们的阿富汗塔利班政权为军事打击目标，集中一切力量对付他们，铲除“基地”组织对美国的恐怖主义威胁。在形成这个决定的过程中，在小布什陷入极大压力之中，赖斯像一位红颜知己始终跟随在他的身边，只要有必要，她总会在一旁帮助他、提醒他，鼓励他在空前的危机与压力下表现出镇定与谨慎，并协助他主持国家安全委员会会议，协调政府各部门间的反恐行动，向他及时通报有关情报，为其进行最后决策出谋划策。小布什在反恐初期阶段的战略决策与杰出表现，凝聚了赖斯的心血智慧与功劳。
9月20日，小布什准备当晚在国会山向国会与全国人民发表电视演说。由于媒体与公众都对这次重要演说期待比较高，纷纷猜测小布什总统会在当晚的演说中宣布重大军事行动，赖斯当天在接受记者采访时说，小布什总统不会在20日晚的讲话中宣布具体的军事行动。她说：“这不是一个宣布军事行动的讲话。”小布什总统将要求全国“保持耐心和理智”。她说，总统将向民众解释，这一战争“并非几个月就能结束的”。
当晚，小布什在国会山对国会和全国发表演说时，向美国人民与全世界公开宣布，他的政府将严惩策划“9·11”恐怖袭击的“基地”组织，彻底铲除他们在全球的恐怖主义网络，并要求阿富汗塔利班政权“将所有藏匿在你们国家的基地组织领导人交给美国政府，立即并永久关闭阿富汗境内的所有恐怖分子训练营地，将每一位恐怖分子及在支持他们运行的组织中东所有人员移交给有关当局。为美国开辟畅通进入恐怖分子训练营地的道路，以便让我们能够确认他们已经停止运行”。小布什向塔利班政权发出最后通牒说，这些要求必须执行，不容讨价还价，也没有讨论的余地。“塔利班必须照此行动，并且要立刻行动。他们必须交出恐怖分子，负责就会面临与恐怖分子相同的下场。”小布什坚定地表示说：“我们的反恐战争从打击‘基地’组织开始，但不会就此结束。这场战争将持续到在全球范围内将每一个恐怖主义组织找到、并将其消灭为止。”
小布什政府决定将反恐战争的首要打击目标集中于本·拉登与包庇支持“基地”组织的阿富汗塔利班政权之后，开始从政治、经济、军事、情报、外交，和舆论宣传等各方面进行积极准备，势必将本·拉登及其同伙一网打尽。小布什已公开表示，对策划“9·11”袭击的元凶本·拉登，他“活要见人，死要见尸”。
作为国际事务与战略问题专家，赖斯知道，在阿富汗地区采取军事行动是一件非常复杂而困难的任务。虽然经历了25年内战的阿富汗在军事上根本不是美国的对手，但阿富汗的地理条件非常适合他们的自我保护，而且它通往海边的最近通道也有300英里之遥。它周围的邻国中与美国关系密切的国家极少。美国要对阿富汗采取军事行动，必须做好阿富汗周边地区国家如巴基斯坦、俄罗斯，以及一些中亚国家的工作，得到他们的支持与协助。特别是巴基斯坦对美国反恐战争的态度，将是影响对阿军事行动成功的一个关键。
巴基斯坦与阿富汗的东部、南部接壤，两国之间有一条多山的曲折而漫长的国境线。巴基斯坦与阿富汗同为伊斯兰教国家，巴基斯坦是世界上仅有的与阿富汗塔利班神学政权建有外交关系的三个国家之一，其军方与情报机构与塔利班宗教领袖奥马尔关系十分密切。美国若要从海上对阿富汗采取军事行动，必须经过巴基斯坦的领空。美国要彻底清剿消灭隐藏在阿富汗的“基地”组织，必须得到巴基斯坦的支持与配合。两年前，巴基斯坦军事强人穆沙拉夫将军发动军事政变，推翻了民选的政府，使华府与伊斯兰堡的关系搞得很僵。特别是巴基斯坦进行核武试验之后，美国对巴基斯坦实行制裁，两国关系达到最低点。现在为了反恐战争，美国需要改善与巴基斯坦的关系。为此，赖斯建议总统，要求国务卿鲍威尔去做巴基斯坦的工作，将其拉进反恐战争的阵营。
小布什听从赖斯的建议，对鲍威尔说：“你要做你必须做的事情。”
鲍威尔将军根据小布什的指示，马上去做巴基斯坦总统穆沙拉夫将军的工作。他明确地给穆沙拉夫提了7项要求，包括容许美国军机飞越其领空与着陆、分享情报等。巴基斯坦总统全面接受了鲍威尔的要求，表示全力支持美国的反恐战争。作为回报，小布什政府于9月间解除了1998年5月巴基斯坦核武试验以来对其采取的制裁措施，并随后取消了多年以来对伊斯兰堡实施的所有其它制裁措施。使曾与美国保持一定疏远的巴基斯坦积极加紧靠近美国。
除了拉拢巴基斯坦，赖斯还竭力拉拢俄罗斯与阿富汗周边的一些中亚国家。作为前苏联问题专家，赖斯知道，要使对阿战争取得成功，做好俄国的工作是至关重要的，因为俄国是该地区最重要最有影响力的国家。俄国在80年代的阿富汗战争中曾付出惨痛的代价，俄国在阿富汗的经验教训值得美国研究吸取。另外，阿富汗周边的一些中亚国家都曾是前苏联的加盟共和国，今天的俄国对这些前加盟共和国还有相当大的影响力。通过俄国去做这些国家的工作，争取它们支持协助美国的反恐战争，将会取得事半功倍的效果。因此，赖斯建议小布什总统亲自给俄国总统普京打电话，争取做好普京的工作，希望在对阿富汗采取军事行动时能够得到俄国的理解与支持，同时要普京帮助做好有关中亚国家的工作。她本人则与俄国国家安全顾问弗拉基米尔·拉沙诺直接进行联系，力图做好他的工作。小布什政府内阁各成员也都安排了对口的联系对象，分头做其工作，如国防部长拉姆斯菲尔德将负责做俄国国防部长伊万诺夫的工作，争取得到俄国军方的理解与支持。
令赖斯感到欣慰的是，在小布什总统的要求下，俄国总统普京同意支持美国将在阿富汗地区展开的打击恐怖主义的军事行动，并表示将会利用他的影响力，去做有关中亚国家领导人的工作。赖斯认为，普京的决定是聪明的，这将有利于改善并加强美国与俄国的关系。
在小布什政府力图搞好与世界上主要大国的关系，组成国际反恐统一战线之际，赖斯于9月19日宣布，小布什总统仍计划10月份访问中国，参加亚太经济合作会议非正式领导人会议及访问中国。赖斯在答复媒体记者提问时说：“我们目前的计划是继续安排行程。”在赖斯宣布小布什总统将按计划参加亚太经济合作会议非正式领导人会议及访问中国后不久，中国外交部长唐家璇于9月21日访问了美国，并会见了美国国务卿鲍威尔。唐家璇在华盛顿与鲍威尔举行会谈后对记者表示，中美双方在反对恐怖主义领域已经开始了合作，并且这方面的合作还将继续下去。唐家璇说，中国在反恐问题上态度立场是一贯的，明确的。我们坚决反对并强烈谴责恐怖主义的一切罪恶行径。我们反对国际上各种形式的、所有的恐怖主义的活动。唐家璇表示，中美今后会在反恐领域进行更好的合作。
