朱元璋先破了集庆城外的陈兆先的军队，使其归降，为使降军安心，朱元璋选了五百名降军作为亲兵，以表示信任。在几天这后，朱军攻破了集庆城，元军守将福寿战死，水军统领康茂才率部投降。朱元璋攻占集庆之后，效法刘邦约法三章，召集地方父老和官吏宣布：“元朝政事不修，以致于全国大乱，我此来是为民除害而来的。你们可以安下心来。贤人君子有愿意跟我建立功业的，我以礼相待。元朝旧政有不便于民的，我下令废除。当官的不许贪污、暴虐和残害我百姓！”这份通告发出去之后，安定了民心，也笼络了一些士人官吏。集庆是东南大城，朱元璋在这里开始施展政治手腕，建立行政制度。他废止元朝不合理的旧法，而保留其合理的法规，留用一些元朝旧吏，这些措施一经实施，很快吸引了杨宪、夏煜和孙炎等一批儒士的到来。集庆告捷之后，小明王先后升朱元璋为枢密院同佥、江南等处行中书省同章，部将各得升赏。朱元璋便改集庆路为应天府，长并自建天兴建康翼大元帅府。
朱元璋进一步发展自己的势力，首先要解决两个问题，一是巩固应天府这个根据地，廓清周围的敌对势力。二是解决军队长的供粮问题。第一个问题尤其是迫在眉睫。集庆所在的周围形势是：东边有元将安定扼守镇江；东南有个张士诚，占据平江和常州；东北青衣军张明鉴据有扬州；南面元将八思尔不花守徽州和宁国；西南徐寿辉占据池州，他朱元璋是几面受敌，只有北面有小明王旗下的红巾军是友军。朱元璋同众人商议，第一步，要确保应天府的安全。为此必须占据镇江和宁国两处要地。镇江直通应天，宁国可在背面造成威胁。朱元璋的战略非常的合理。在公元1356年，徐达攻下了镇江，其后，常州、长兴、宁国、江阴、常熟、池州、徽州和扬州等地先后被朱元璋所攻克，到了第二年，应天府周围的战略要地全部为朱元璋所控制。第二步，朱元璋先分清了强弱，逐步对会敌对的势力。在东面，沿庆湖构成边防线，限制张士诚西进。西面对徐寿辉采取以守为主的策略。南面针对相对孤立的元军，在宁国和徽州屯驻大军，准备进军浙东。
第二个问题的解决，颇费了朱元璋的一番周折。攻下了集庆之后，朱元璋的手下已经有了十多万大军，兵不可一日无粮，而几年来战乱不休，农村的生产大幅度的下降。朱元璋的军队也和其它各类军队一样，采取寨粮的政策，任意向百姓搜刮索取给养，但这并不是长久之计呀。朱元璋借鉴当年屯军的经验，下令军屯。又任命康茂才为都水营田使，负责水利。一年内这两项措施见效，军队给养有了保证。一直到公元1360年，朱元璋便开始明令禁止军队征收寨粮。内外的难题都已经解决了，朱元璋把注意力转移到了浙东，在1358年底，朱元璋率军进入浙江，取徽州、建德路，十二月攻下婺州，军旗悬挂奉天都统中华金牌。婺州不战而和，朱元璋设立中书浙东行省，于行省门口悬挂山河奄有中华地，日月重开大宋天的黄旗。朱元璋此时已经有了明确的目标，统治中华大地，恢复汉人的天下。
西岳华山下的棋坪，传说为智者朱升与朱元章对弈之地。朱升给朱元璋提出了高筑墙、广积粮、缓称王的九字真言。这一个建议，成为朱元璋长期的战略方针，是他积蓄力量消平各地武装力量的根本依据。朱元璋在数年的征战当中，充分认识到读书人的重要作用，最早起用的李善长，出谋划策、协调文武，是他得力的左膀右臂。读书人熟读史籍，高瞻远瞩，富有政治经验，又多在地主有威信，有影响，养一批文士，就等于增强了自己决策发展的能力。江浙一带自宋朝以来，是中国思想文化的中心，理学和儒学在这里传统极深。朱元璋进军浙东以后，募请了一批名重天下的文人，叶仪、宋濂和刘基等人。这些人都是正统的理学经师，儒家子弟，有顽固的封建君臣思想，视义军为反贼。朱元璋在他们的影响之下，俨然将自己视为奉天承命，重建亲朝救世明主了。公元1358年，朱元璋召见徽州明儒唐仲实，问以汉唐宋元各代开国君主的平定天下之道，朱元璋的雄心大志已经是昭昭不隐了。
还有另一个文士刘基绝对对朱元璋以后有着重大的影响。刘基字伯温处州府青田县南田人。从小天资聪明，受过良好的教育，他的教师早就料到他将来肯定会成为一个大有出息的人，绝对会光宗耀祖的。元至顺年间举进士，是元朝的忠实臣下，为官颇有政绩，初步显示出其卓越的军事和政治才能。曾任江西高安县丞，因为为政严峻，刚正不阿，屡遭豪强的欺压。在公元1352年的时候，刘基被任命为浙东元帅府都事，与元帅纳邻哈喇共同谋议，修筑庆元城墙，修好武备，使土匪不敢来掠夺。在公元1356年，元朝行省重新复议以都事之职起用刘基让他招抚安山起义军吴成七等。刘基自己招募兵勇，组成了部队，用软硬兼施的办法，投降元朝的，给予宽大处理，甚至给你官职，如果抗命不从者立即擒捕诛杀，没有多长的时间这支部队就被瓦解了。镇压农民军起义，这是刘基的人生污点，但在当时来看，却显示出了他治军平乱的才干。第二年，刘基被改任行枢密院经历，协助行院石抹宜孙守片州。处州郡山谷联绵，凭据险阻，一旦盗发，非常不容易平定，宜孙彩刘基的计策，或派兵捣毁其巢穴，或用计引诱捕杀，没有多久，全伙盗贼被歼灭，使处州民心安定。
虽然刘基有着如此卓越的才能，但他的才能在元代并没有得到很好的发挥。当政的因为方国珍招降一事，记恨于他，只给他一个总管府判的闲职文官，不给军事。刘基看到这种情况之后，大失所望，便遵奉孔夫子邦有道，则仁；邦无道，则可卷而怀之的古训，弃官归隐于青田山中，日日以读书为事，等待着知遇者。凡天文兵法、四书五经、诗词文章，过目就洞识其要，吟诵不忘。并爱作诗撰文，抒发自己的感情，发表对时政的看法。他写了《郁离子》用寓言的形式表现了他渊博的学识和富有创造性的思想，发人深省。《郁离子》既是书名，又是作者自称，内容涉及面很广泛，从个人、家庭到社会和国家；从政治、经济到军事与外交，从思、伦理到神仙鬼怪。几乎无所不包，既是前一段从政经验的总结，又为以后立国治乱打好了深厚的理论基础。关于军事战术的秘书《百战奇略》，也是这一时期的力作。可惜此书被朱元璋封闭朝中，而未能面世。
宋神宗元丰年间，曾将古代重要兵书汇总成《武经》、以《孙子》、《吴子》、《六韬》、《司马法》、《三略》、《尉缭子》《李卫公问对》等七部兵书，作为用兵必读之书。《百战奇略》便是刘基读《武经》的笔记，同时收集了从先秦到五代一千六百多年间散见于史籍中的重要军事资料。在书里刘基根据自己的军事实践和体会，提出了一些很有价值的见解。在《百战奇略》中，刘基继承发展了我国古代兵家的军事辩证法思想的精华。一方面，反对穷兵黩武，从治国的角度治军，以政治家的头脑谈军事，认为好战必亡。另一方面，他又十分强调战略战术，主张安不忘危，治不忘乱，内修文德，外严武备。刘基在战略上还主张善战者省敌，认为省敌者昌，益敌者亡，反对四面树敌，主张分化瓦解敌军，以敌制敌。《百战奇略》中这类辩证军事观点屡见不鲜，即使从标题上就可看出来；信战与教战，攻战与守战，进战与退战，缓战与速战，分战与合战，饥战与饱战，处处从相反或对立的角度来阐明用兵的原则，提出了有信有教，恩威并施、严明赏罚的治兵之道及一毓区别情况和灵活机动的作战方略。
在元朝气数已尽，四方鼎沸，生民涂炭之时，淮西红巾军领袖朱元璋立志尽挫群雄以求平定天下。对刘基这样的难得人才，他求之若渴是很自然的。在至正二十年三月，青田县山区，静悄悄的羊肠小路上，几匹快马正往深山腹部飞驰，马啼声响，惊起平日那悠闲自在的山鸟。马上的差人无心欣赏这美妙的山里风光，径直来到了山脚之下，望着层峰叠障、气势雄伟的括苍山脉，只见山中云雾弥漫，青翠迷潆，心中有些焦急，他们要找的刘基到底在哪里呢？他们费了好大的力气，才在一块巨石之旁找到了刘基，他这个时候正在得意地欣赏自己的书法呢“永录江湖归白发，欲回天地入扁舟。录唐代诗人李商隐的诗句。”正在欣赏之时，他听到了有人对他说话：“敢问，您就是刘基，刘先生吗？”刘基微微点了点头说道：“老夫就是刘基，你们是？”来使一听说找对了人，便当即呈上了处州总制官孙炎的请柬和礼金。刘基看完了之后，只是淡然一笑，说道：“唉，可惜了孙大人的一片心意了，老夫才疏学浅，根本就是一个无用之人，恕老夫不能出山呐！”无论几位差人怎么劝说，刘基就是不答应出山，这几位差人见状，只得悻悻而去，到孙炎那里去复命了。
但是过了没有多长的时间，孙炎又派人致信刘基，说主君朱元璋执意要请他辅佐，共创立国大业。这时刘基早就听说朱元璋下金华，定括苍，乃是非常之人；这回两次来坚请，语词恳切，如果再不出山的话，一来与情理不合，二来与自己本性不符，于是他动了心，他向来相信《易》卦，卜看其乾象，好一个吉卦，刘基看完之后，不由得自言自语道：“看来这乃是天意啊，非是人力可以改变的！”刘基随着使者去了建康，一到了建康，便不禁想起十年前在西湖的一桩往事。元至顺初年，刘基与一班子士人浏览杭州西湖，西子湖秀丽的景色没有使他陶醉，西北天空中的异云却使他产生了兴趣。问同来的士子们，他们都认为是表示吉祥的庆云，要以此分韵赋诗。刘基却独自饮酒，不去做那种歌颂升平的谀诗，并作大言道：“这是天子王气所成，十年后会在金陵应验，我必定会成为辅佐之臣的。
”这时的杭州城不定期在元朝的统治之下，士子们一听都吓得面如土色，认为刘基是大言不惭，是浮夸轻狂，除西蜀赵天泽认为他是奇人之外，其他没有一个人理解刘基的。不知是巧合，还是历史的必然。十年后的今天，他真的来到了金陵，成了朱元璋的重要谋士。到了建康不久，就受到了朱元璋的召见。朱元璋用上宾之礼接待了刘基，又命有司修礼贤馆让他住进去。刘基自认为遇到了明主，当即了呈上时务十八策，分析内外形势，说陈灭元兴邦、扫除祸乱的大计方针。朱元璋见到之后大喜过望，将他留在身边参预机密谋议，尊称他为老先生和汉之张良。朱元璋的信任，使刘基为国为民交力的夙愿得到如愿以偿，也使他的政治、军事才干有了用武之地。于是他运筹为幄，出谋划策，帮助朱元璋在征东平西，走南闯北，逐鹿中原，干出了一番轰轰烈烈的事业，成了朱元璋智囊团中的核心人物和忠心耿耿的谋士。
