实际上，近年来许多考古学家在绵延的安第斯山脉中，陆续发掘到许多印加帝国的遗迹，证明印加人确实曾经抛弃辛苦经营的帝国，而在蛮荒的山地中再建王国。
古老的印加帝国遗留下来的重重疑云，为古老帝国的神秘灭亡增添了点点色彩。印加帝国消失的真正原因有待于历史学家、考古学家们继续考证，为它寻求一个正确的答案。
神秘之都库斯科之谜
在秘鲁南部安第斯山脉南段群山环抱的库斯科盆地中，有一座气候宜人的高原城市库斯科，在16世纪西班牙殖民者入侵南美洲之前，这里曾是印加帝国的统治中心。
库斯科，印第安语的意思是“离太阳最近的城市”，海拔3400米。有关库斯科的起源，印第安人中流传着这样一则神话传说：很久以前，至高无上的创造神创造了一对青年男女，男的叫曼科？卡帕克，女的叫玛玛？沃利奥，两情依依，终成眷属。创造神传授给他们各种技艺，赐给他们神奇的金杖，晓谕他们寻找金杖沉没之地并在那儿定居。这对年轻夫妇，遵照神的旨意，带着金杖，浪迹天涯。有一天，他们来到了库斯科盆地，像往常一样，将金杖插入地里，顷刻之间，金杖消失得无影无踪，他们异常兴奋，终于找到了神灵指引的地方，于是便在这里安居乐业，生息繁衍，建立起库斯科城。此后，历代印加帝王不断兴建，至第9代帝王帕查库提（公元1438—1471年在位）时代，库斯科规模空前，名扬天下，被印第安人视为神圣之地。
库斯科是印加文化的摇篮。从公元1000年至公元1533年，一直是印加帝国政治、经济、文化和宗教中心。辉煌壮丽的古建筑虽历经沧桑，但至今遗迹犹存，从中不难领略到印加帝国昔日的风采。
印加帝国强盛时期分为4个“苏尤”（行政区）：西北部是钦查苏尤，包括今秘鲁中北部和厄瓜多尔；东南部是科利亚苏尤，统治着的的喀喀湖流域、今玻利维亚的大部分、阿根廷北部和智利中部；西南部是孔德苏尤，占有秘鲁南北；东北部是安蒂苏尤，拥有安第斯山脉中段的东麓地带。与4个“苏尤”相应，库斯科城又分为4个区域，各地酋长在相应区域内建造房屋，以备朝觐帝王时住宿，而不同的街区代表了不同地域的风俗，所以库斯科城成为印加帝国的缩影。
古代库斯科城的中心是“瓦卡依？帕塔”中央广场，现为阿尔马斯广场。广场呈正方形，边长183米，历代印加王宫就集中在广场周围，从中央广场开始，随着距离的增加，建筑物由石砌的宫殿府衙逐渐变成泥墙茅舍，等级森严，贵贱有别。印加帝国最伟大的帝王帕查库提时代，在这个广场上曾多次举行过盛大的阅兵式和庄严的宗教仪式活动。每逢盛大祭祀典礼之时，广场中央供奉着用黄金制成的太阳、雷、闪电等诸神像，两旁的金御座上，供奉着历代印加帝王的木乃伊，众神之像前，成群的骆马在祭司的祷告声中成为刀下之鬼，而当印加帝王露面时，万众欢声雷动，祭祀活动达到高潮。如今，广场上竖起了印加人引为自豪的先王帕查库提的青铜雕像。
城内最大的宗教中心是科里坎查太阳神庙，自印加帝国的始祖曼科？卡帕克起，到印加？罗加为止，历代帝王都居住在这里。太阳神庙是一座长70米、宽60米的长方形建筑物，附属有王宫和祭司的府邸。关于这座太阳神庙，秘鲁历史学家加西科索？德拉维加（公元1539—1616年）在他编纂的《王家述评》一书中是这样描述的：“太阳神庙是在朝东的一块圣地上建筑起来的，整个庙宇是用精心修整的、平坦而巨大的石板砌成的，为了让空气流通，屋顶造得很高，用茅草盖成，还有一个很优美的祭台。大殿的四周墙壁从上到下全部镶上较厚的纯金片，所以这座神庙得名‘金宫’。在正面墙壁上有太阳神偶像，它是个绘有男子脸形、周围环绕着光芒和火焰的用黄金制成的圆片。它面朝东方，在受到初升的太阳光直接照射时，就放射出万道金光。在太阳神偶像的左右两侧，按照古代习俗在金御椅上供奉着历代印加王的木乃伊，远远望去，它们就像真人。大殿中央置有一个华丽的御椅，举行典礼时，印加王便坐在御椅上。”印加帝王在这里以太阳神的化身自居而号令全国，从而把全体印第安人凝聚在一起。这座神庙后来被西班牙殖民者摧毁，现在其废墟上，建有多米尼各教派的教堂。
太阳神庙的附近建有5座正方形小神庙。第一座小神庙供奉着太阳神，里面每一件东西都是用银制作的，月亮神偶像是个绘有女子面容的银制圆片，在其两侧安放着印加王后的木乃伊；第二座小神庙供奉着众星神；第三座小神庙供奉雷神和闪电神；第四座小神庙供奉彩虹神；第五座小神庙专供祭司使用，据说其墙壁均是用金银宝石装饰的。这些神庙里的金银珍宝全被入侵的西班牙殖民者洗劫一空，然后熔化掉了。
太阳神庙的西南部有一座献给太阳神的“黄金花园”，园中的花草树木、飞禽走兽以及人物全是用黄金和白银制成，甚至连撒满黄金的土地里种植的玉米也是用黄金制作的。据加西科索？德拉维加记载：“从植物发芽到开花结果，其成长过程都经过精密的仿照。小鸟栖于林梢鸣叫，蝴蝶和蜜蜂在花丛中采蜜……各种动物形象栩栩如生，搭配得当，使人难辨真假。”相传西班牙殖民者进入花园后，信以为真，直到用手采撷花朵时才发觉全是黄金和白银。
帝都之内还有一处著名的建筑，叫“太阳贞女馆”，印第安语称为“阿克利亚瓦西”，是专门培养“太阳贞女”的地方。这种机构在印加帝国境内随处可见。“太阳贞女”是接受过专门技术培训的处女，她们貌美灵巧，深居简出，保持童贞，主要为宗教仪式服务，并为神、祭司和印加王编织衣物，酿造玉米酒，唱圣歌，跳圣舞。库斯科的“太阳贞女馆”在帝国境内规模首屈一指，它长120米，宽60米，可以同时容纳200到600名贞女。自西班牙殖民者踏上美洲大陆后，耶稣会传教士随后而至，并于1571年在“太阳圣女馆”原址上建立起了多米尼各派的大教堂。
库斯科作为印加帝国的首都，有设防严密的防御体系。都城的四周，筑有四座古堡，以西北部的萨克萨瓦曼堡最为著名。萨克萨瓦曼堡在印第安语中意为“山鹰”。古堡筑于山坡之上，方圆4平方公里，有三重围墙作为屏障；围墙依山而建，墙高18米，最外面一道周长540多米，全部用巨石垒砌，表面平整，接缝严密，估计使用的巨石总数达30余万块，最重的一块石头重约200吨。民间传说，古堡始建于1400年，历时108年才完工。古堡建成后，印加帝王经常在此检阅士兵，甚至把它作为行宫，召见大臣共议国事。在库斯科市郊的群山中，另外还矗立着3座可以俯瞰全城的坚固城堡以及众多的瞭望塔，保卫着首都的安全，至今遗迹依稀可寻。这些古堡所用的巨石是怎样从采石场运来的，又是怎样垒砌起来的，当年的印加人具备这种超凡的能力吗？
这些未解之谜至今还缠绕在这座神圣之城的头上。
今日的库斯科已是一座驰名世界的历史名城，每年6月的最后一周，秘鲁人民都要在此欢庆盛大的民族传统节日“太阳节”。1980年2月至3月间在此召开的南美洲印第安人运动第一次代表大会上，库斯科城被命名为“世界印第安人的首都”。
“空中之城”马丘比丘之谜
16世纪中叶，当秘鲁沦为西班牙殖民地后，民间就一直相传：在茫茫的安第斯山脉中，有一座神秘的印加古城。直到1911年失落了很多个世纪的古城马丘比丘在秘鲁被发现，一段古老的文明才终于重见天日。
马丘比丘是南美印加帝国时代最早的一座都城，位于印加帝国首都库斯科西北120千米处。这个“空中之城”座落在老年峰和青年峰中间陡峭狭窄的山脊上，四周被崇山峻岭重重包裹。在这没有人烟的地方，印加人却建起了他们的城市。从远处看起来，马丘比丘似乎随时都可能从狭窄的山脊上滑下万丈深渊。古代印加人怎么能在绝顶上建造城市着实令人费解。
古城的全部建筑都用巨大的花岗石垒砌而成。这些建筑没有使用灰泥，完全是靠工匠精准地切割、堆砌石块而完成的。在尚未发明文字，也不知道使用车轮和牲畜的年代，把重达20吨的巨石运到山上并放在恰到好处的位置，依着山坡一层层建起城池，这对当今第一流的建筑工程学家来说也是一个难题。
包含3000多级台阶的100多座石梯把庞大古城的各个不同部分连接了起来。排列有序的露台抬高了高地的边缘，使其与农业区的茅草顶小屋连接在了一起。台阶蜿蜒通过门卫房、葬礼石和基地，通往徒步旅行者进入古城的印加小道。三只几乎亘古至今一直呆在这儿的羊驼默默地埋头啃着草，并经常像骄傲的孔雀一样，摆出姿势让旅游者拍照。
对星相学有兴趣的游客不妨在凌晨就开始游览太阳神庙，这儿被认为是一座天象观测台。它的外形类似于墨西哥奇岑伊喳马雅半圆形天文台，呈圆形。太阳神庙的建筑极好地体现了修建者的创造性，切割得极为精细的大理石没有用一点水泥，完全靠精巧的设计垒堆在一起，浑然一体，非常坚固。
像玛雅人一样，马丘比丘的居民都是很好的天文学家，在这座圆形的神庙里，据说藏有大量金银和许多供奉太阳神的神像。著名的“印地华塔纳”也具有同样的功能，被认为是一种观测天象的工具，顶上装着一种用岩石刻成的类似于日晷的仪器，可以用来预测冬至和夏至的时间，以便人们安排播种和收获。
这与世隔绝的所在几百年都没有被西班牙殖民者发现，因此也免遭劫掠。当初美国人宾汉姆（Bingham）偶然发现马丘比丘的时候，它已经被几个世纪以来的树林灌木、苔藓藤蔓遮盖，只能隐约看到些断壁残垣。今天，杂草藤蔓虽然被清除了，但是想要瞻仰古城，仍然得耐心等待笼罩古城的山中云雾散尽。这也就是为什么马丘比丘被叫做“云雾中的城市”的原因。等待是漫长的，可是也正因为这样，当那层神秘的白色面纱最终消失，马丘比丘更像是上天额外赏赐给人类的礼物。
马丘比丘古城到底有多古老？学术界的正统看法是：这座城堡的兴建日期应该是公元15世纪左右。然而，一些备受敬重的学者却敢于质疑，时时提出不同的意见。例如，1930年代，德国波茨坦大学天文学教授洛夫·穆勒找到确凿的证据，显示马丘比丘古城在建筑上的一些重要特征，反映的是重大的天文现象。他以数学方式，仔细计算过去几千年中星星在天空的位置（由于一种名为“岁差”的天文现象，星星的位置会随着时间改变），得出这样的结论：马丘比丘城堡的最初设计和建设，肯定是在“公元前4000年到公元前2000年之间”完成。
在正统历史学家眼中，这简直就是信口胡说。如果穆勒的推算正确，马丘比丘城堡的历史就不是短短500年，而是6000年了。这么一来，它就比埃及的大金字塔古老得多（正统学者认为，大金字塔的兴建日期约莫在公元前2500年左右。）
关于马丘比丘城堡的历史，还有其他学者提出异于正统学界的意见。跟穆勒一样，他们大多认为，这座城堡的部分遗迹，比正统历史学家所认定的日期古老好几千年。
就像组合在马丘比丘城堡墙上的多角形巨石，乍看起来，这个观点似乎能够配合其他碎片，组成一幅完整的拼图，让我们得以解开历史之谜，一窥秘鲁古老的面貌。维拉科查是这场拼图游戏的一部分。传说中，他的首都设在帝华纳科。这座伟大古城的废墟，如今坐落在玻利维亚境内一个名为科尧的地区。
如果汉克的假设“马丘比丘的建设者”是远古时代“维拉查科”的杰作成立的话，那么，我们也可以这样假设：“马丘比丘”乃是“太平洲”幸存者的又一杰作。但他们为何偏偏将城堡建在海拔达2700米高的山峰之间呢？在如此高的地方修建城堡，连生计也成问题呀？这是不是“太平洲”人的陆路逃难者向他们的太空探索者留下的“醒目”标志，以便“太平洲”的太空探索者找到“世外桃源”后回来发现他们，并将他们接走呢？
强大的印加帝国为什么要建设这样一座空中城堡？多少年来，考古学家对这个神奇的古城产生了众多的猜想。
一种说法是祭祀太阳神。印加人崇拜太阳，太阳神是他们最重要的神灵，印加王都自称为“太阳之子”。选择这样高的位置建设如此规模的一座城，为的只是和太阳更近一些。
另外，有考古学者推断，这是一个宗教祭祀典礼的活动中心。平时有一些人居住在这里照料寺庙和祭坛，大部分人要到宗教节日才到这里来。考古学家在城中发现的头骨中，绝大多数是女人的头骨，他们推断这些都是为了敬献给太阳神的祭品。这个城市是如何建造的？又为何离开这个“世外桃源”呢？种种未解之谜吸引着人们继续不断地探索。
哈图莎的毁灭之谜
公元前1595年，立国三百多年的古巴比伦走到了尽头。汉谟拉比的荣光、众神的眷顾最终也未能使古巴比伦逃脱灭亡的命运，来自北方的赫梯人攻入了巴比伦城，毁灭了古巴比伦国。从此，赫梯人走上了历史舞台。经过了繁荣的300多年，赫梯也走向了衰亡。据说，当最后一个赫梯王离开都城哈图莎的时候，他对这座城市下了诅咒，诅咒它永远被弃置。公元前1190年赫梯帝国毁灭后，古城真的在历史中消失了。
随着古城消失的还有曾经辉煌一时的赫梯文化。几个世纪之后的人们都不知道赫梯的存在，直到1834年，一位法国建筑师兼文物古董商在土耳其才偶然发现了它。
赫梯文明繁荣了5个多世纪，但到了公元前1200年，灾难降临了。到公元前1150年，赫梯王国已经不复存在。那些在城市毁灭时幸存的赫梯人四散奔逃，在许多年之后最终被别的民族所同化。
考古发现，灾难不仅仅降临到赫梯人的首都哈图莎，从目前已辨认出的零零散散的其他赫梯城市来看，有大量的证据表明，它们也遭受了类似的破坏。1993年德国考古学家在赫梯首都以东125英里的库萨克里，挖出了一座土砖墙被大火烧毁的巨大建筑群。在其中的54个房间里到处都是散落的巨大的赫梯陶器堆，有些陶器因受大火的高温烘烤而熔化。总之，赫梯人遭到了灭顶之灾，所有的赫梯城镇都变成了废墟。
虽然赫梯王朝的覆灭来得迅猛而突然，但致使它遭此灭亡的各种因素却并非出于一朝一夕。考古界一直为哈图莎的毁灭原因而争论不休。
