1月21日。日、俄强烈反对美国提出的满洲铁路中立计划。上年11月间，美国国务大臣诺克司向日、俄、英、法、德等国提出，现在北满铁路归俄国所有，南满铁路归日本所有，双方时有争执，长此下去，将来必然会发生冲突。美国认为，为防止后患，建议由各国筹集巨款，将日、俄两国在满洲所经营的铁路全部收买，作为各国的公共产业，由各国派员成立一个总公司督管。满洲铁路应为纯商业性经营，不应带有政治色彩，收买后的满洲铁路，禁止运输军队及军用物品。这样便可消除隐患，确保各国利益平等。对美国政府的这一提议，英国表示同意，但认为首先应得到日、俄两国的支持。德国也认为美国的建议甚为公平，但也称应征求日、俄的意见。法国认为从政治上讲应当支持美国的建议，但须视日、俄、英意见而定。并且英、德、法三国在中国也都有各自的铁路权，也怕有此开头后，对己不利。因此，美国的建议无法得到各国一致同意，尤其遭到日、俄坚决反对。本日，日本外务大臣小村在致美驻日大使欧卜伦的照会中说，美国的提议与中国政府认可的《朴次茅斯条约》的条文相违背，日本对南满铁路的经营，是根据中国“原让与权”的规定进行的。况且在满洲日本铁路所影响的区域内，兴办大量日本工商业，日本政府不能不负起保护责任。日本政府不相信以国际组织代替国家经营会更有益。认为“如果实行此种制度，必将导致政治危机，并将因责任不明而对公众不利及损害营业”。俄国外交部在致美国大使洛克希尔的备录中称，俄国政府认为在满洲现状下，没有任何理由将美国政府的建议提到议事日程。设立一个国际管理机构经营满洲铁路，将严重侵害俄国公私双方的利益，“从而帝国政府不能接受此项建议”。
1月23日。四川嘉定起义。本日，四川革命党人在嘉定再次发动起义。事前，佘英派同盟会会员分别到彭山、眉州等地进行秘密联络，廖宗伦也在嘉定秘密设立总部。税钟麟、秦炳等率领数百人，突然袭击了嘉定城外的童家场、白马埂、土主场、新场等处的团练局，缴获一百几十支快枪，随即在新场宣布起义。24日，起义的革命党人，顺流东下，直奔嘉定城。清军早有准备，凭借河势布置严密防守。革命军渡河失败，转而奔赴屏山，欲图夺取叙州府。在前进到宋家村时，与追击的清军展开激战。这时由马边赶到的清军也对革命军发起攻击，革命军腹背受敌，被迫向屏山撤退。沿途又多次与追击的清军交火，损失惨重。战至天黑，革命军弹尽粮绝，死伤200余人，只好突围四散，起义失败。
农工商部奏请在沿江，沿海各省筹设渔业公司、水产学校。奏称该部早在光绪三十年间，即与沿江、沿海各省督抚协商，合力筹办七省渔业。前两江总督周馥，经奏准设立浙江渔业公司。近年沿江、沿海一些省份还开设了一些水产学校，如江苏的吴淞水产学校、山东的烟台水产小学校等。其他各省有的拨款补助办学，有的正在订立章程进行试办，就连热河、奉天也招商试办“渔泡”，立禁裁革牙行。若使我国渔业得到进一步发展，只有广设公司，才能聚集雄厚的财力，以提供经营保障。还须多建学校，以培养专门人才。农工商部提出将与沿江、沿海各省将军、督办会商，结合各地具体情况，量力兴办，或者筹拨官款，或者招集商股。已设立公司、学校的，要进一步扩大规模，仍未设立的，要尽快设立。
农工商部奏请在产茶各省分别设立茶务讲习所。农工商部在奏折中称，据调查，日本东京、横滨等城市，均设有中央会议所、联合会议所、茶叶组合所、检查制茶所，在茶叶生产、销售方面不遗余力，奋起直追，对中国茶叶生产、销售构成巨大威胁。中国上海、汉口虽然设有茶叶会所，江西义宁州近来还设有茶叶改良公司，但相互缺少交流，研制方法也很落后，解决不了根本问题。因此，有必要在产茶各省筹设茶务讲习所，让更多人学习种茶、施肥、采摘、烘焙的先进方法，对生产工艺能做到精益求精，使种茶户和商人都能从中获利。农工商部请旨与产茶各省督抚一起尽快兴办。
八旗士民请愿速开国会。本日，京师有200余名八旗士民，聚集在振华学校召开速开国会请愿会，会上推举文耀、恒钧等人为请愿代表。28日，文耀将八旗士民要求速开国会的请愿书送呈都察院。要求终止九年预备立宪，在一年内速开国会。
1月25日。山东赎回德国人占据的矿产。德国人在山东茅山等地占据的五处矿产，最早由山东保矿会倡议赎回。巡抚孙宝琦到任以后，多次派员与驻济德国领事、贝斯矿务公司总办石谧德会谈，协商赎回事宜。德国人最初索要赎金250万马克，合华银80万两。经反复谈判，降为华银34万两，分八年付清，每年交银42500两，并加息五厘。第一期赎金于本日交清。
清廷准德格土司改土归流。会议政务处上奏获准，命将四川德格土司全境收回，改土归流。
1月26日。苏州商人罢市。本日，苏州商人为抗议巡警局拆除沿街柜栏、逮捕店主，而举行罢市。
1月27日。学部奏准成立京师图书馆及《京师及各省图书馆通行章程》。奏折对章程中所述正在筹建的京师图书馆及各省图书馆的办馆宗旨、命名、建筑、机构、职责、图书管理等，都有详细规定。清廷准奏，本日，京师图书馆成立。11月4日，京师图书馆委员会成立，由缪荃荪、徐坊任正副监督，借什刹海广化寺为馆址。11月7日正式开馆。是北京图书馆前身。
清廷委任贝勒载润代替奕管理陆军贵胄学堂。
1月28日至6月19日。川军入藏，达赖出走，英、俄干涉。7日，清廷以川军已由三十九族间道进入西藏，命边军遥为声援。22日，西藏公会致电外务部，请求将驻藏办事大臣联豫及其所率兵队撤回查办。本日，为阻止川军入藏，驻守工布的藏军将清军在江达所存粮食抢烧一空。30日，达赖喇嘛派出亲信到江孜，告知英国商务委员川军正在向西藏大举进军，要求英国、印度两国政府电告清廷外务部，命令川军停止前进。另有西藏官员抵达加尔各答，敦请英国和印度向西藏提供帮助。31日，印度总督明托向英国政府建议“必须向北京提出抗议”，声称如果西藏局势长期混乱不安，英国将不得不向亚东及江孜地区增派卫队。同日，奉命入藏的川军前队管带陈庆驰率军抵江达。2月1日，川军与藏军激战，藏军溃败，川军乘胜追击，直趋拉萨。
2月5日，督办川滇边务大臣赵尔丰奏报，进藏川军已越过察木多（昌都），由三十九族间道入藏，驻边各军仍然遥为声援。清廷令入藏川军指挥、知府钟颖，率领所部谨慎前进，如果遇到番兵或藏民阻抗，要设法开导，劝其解散。达赖为阻止川军入藏，命藏军沿途抵抗，均被川军击溃。
2月8日，川军进抵工布江达，藏军焚烧驻藏大臣积存在这里的粮草，并在此组织抵抗，又被川军击溃，川军乘势向拉萨逼进。
2月9日，达赖喇嘛请尼泊尔驻藏代表出面斡旋，邀请清廷驻藏大臣温宗尧前往布达拉宫，商讨川军入藏问题。在川军即将到达拉萨前夕，双方于2月11日达成协议。“达赖面允三事：一、将各处阻兵番众立即调回；二、渥荷朝廷封赏，咨请奏谢；三、仍尊重联大臣，一切供应照常规复。”温宗尧大臣也允诺四件事：“一、川军到日自必申明纪律，维持安定秩序，小至骚扰地方；二、诸事均和平办理；三、达赖固有教权不加侵害；四、决不杀害喇嘛、焚烧寺庙，以昭信守。”达赖要求相互写下立据文书，温宗尧经与联像协商，删去“和平办理”一条，单衔具文。同日，英国驻华代办莫勒照会清廷，主要内容是：（一）英政府对于扰乱彼邦和平的行动，不能漠然视之，如果形势险恶，势必采取相应手段处置；（二）中国对藏政策若有改变，事先必须向英方做出解释；（三）关于西藏未来局势，英国政府要求继续保持西藏强力政府的存在，必要时英国将进行一切交涉。
2月12日，知府钟颖率领川军先头部队的骑兵480名、步兵200名，先行抵达拉萨。正值藏历正月，拉萨大昭寺举行魔难术（默朗木）大会，聚集二万多名喇嘛。川军抵达时，先头部队中押有俘获的10余名藏兵，行至孟公桥，藏军拥上前去想夺回被俘的藏兵，双方发生武装冲突。大昭寺济仲大喇嘛中弹身亡，一些僧众负伤，引起全城震动。达赖喇嘛于当日下午命噶尔丹墀巴策满林呼图克图担任摄政，代理西藏政、教事务。半夜时分，达赖潜往罗布林卡。在到达曲水时，联豫派来的追兵赶到，达赖命令卫队隔江抵抗，后越过当拉山前往亚东。英国驻亚东商务委员麦克唐纳奉英国政府命令，准许达赖在亚东英国商务委员公署“避难”。达赖一行2月20日到达亚东后，要求英国政府保护他前往印度。
2月21日，达赖的代表在京会晤英国公使朱尔典，请求英国给予援助。
2月22日，达赖一行在英国保护下，自亚东逃往印度。行前，达赖发表声明，请求英国政府给予保护。
2月23日，英国向清外务部提出抗议，声称对于西藏的局面不能“漠然视之”，“有必要为了保护他自己的利益而采取步骤”。“有权力要求中国政府在两藏采取某种政策之前，先向英国做出恳切的解释”。
2月25日，清廷颁布渝诏，谴责达赖自从执掌西藏事务以来“骄奢淫侈，暴戾恣睢”，以至于发展到“跋扈妄为，擅违朝命，虐用藏众，轻起衅端”，抗阻川兵入藏，又“迭次擅离”，“实属上负国恩，下辜众望，不足为各呼图克图之领袖”。宣布立即革去“阿旺罗布藏吐布丹甲错济寨汪曲却勒朗结”达赖喇嘛名号。命令驻藏大臣联豫迅即寻访灵异幼子数人，缮写名签“照案入于金瓶掣定”，从整另立新达赖。同日，英国驻华代办莫勒照会清外务部，强烈要求对此做出解释和答复，否则，英方将视之为“破坏西藏政务条款”，不得不采取相应手段。外务部即日答复莫勒称：“达赖十三，自光绪二十一年，掌理藏事以来，屡抗朝命，对于中英所订条约，毫无遵守诚意……此次中国派兵入藏，即恐其再蹈前辙，发生动乱，备供镇压之用。至达赖劣迹甚多，不胜枚举。总之，褫革达赖名号，实吾朝廷行使主权，与英国毫不发生关系，盖英藏《拉萨条约》，乃英与西藏政府所订立，非与达赖私人所订立，达赖名号之褫革，乃达赖个人之事，实与西藏全体无甚关系。”
2月26日，英国政府向清外务部提出抗议照会“惟称英政府望仍存西藏切实政府，以便随时按两次条约商办事宜。”对革去达赖名号一事再次予以干涉。
2月27日，清外务部复照英使，说明了川军入藏及革去达赖名号的原因。照会称达赖无端出走，应该认定为自动放弃职责，声明：“中国政府重视印藏条约，毫无破坏之虑；决不因一人之去留，于全局情形有所改动。”
2月28日，俄国驻华公使廓索维慈照会清外务部，向清廷提出抗议。
3月5日，英国驻华代办莫勒会晤外务部尚书梁敦彦，要求中方对派兵进入西藏、革去达赖喇嘛名号及传闻将西藏改为行政省等问题给予答复。梁尚书郑重声明：赵尔丰所辖军队仍然驻扎在昌都、德格一带，并未进入西藏。目前派驻西藏的清军，除驻藏大臣原有卫队外，只有2000名川军。“此次派兵入藏，目的是保障条约之履行，保护各处商埠，并维持彼邦秩序与和平，决无改变西藏内政，或干涉西藏宗教之企图”，而且中国原有三十九族驻藏士兵，此次不过是正常调换新军，根本不存在改变西藏内政，或者是干涉西藏宗教的意图。仅有一处寺院，因寺中喇嘛截杀驻藏大臣及卫队而被烧毁，所传驻藏大臣及赵尔丰建议改西藏为行省之说，“纯系捕风捉影之谈，中国政府决无此意向”。梁尚书历数达赖种种劣迹，声明达赖被革职只是他个人的事，“与西藏政体毫无关系”；“处置达赖个人之问题，则中国当局自有权衡。”
3月9日，清外务部致书答英国代办莫勒的质问并公布达赖罪状，外务部称：达赖自光绪十三年管理西藏事务以来，跋扈骄淫，恣行不法，称兵动众，民怨沸腾。所派总办军务之降巴丹增，同恶相济，并不约束兵丁，一味需索地方，任意掳掠，所过之处十室九空。光绪三十年（1904年）三月，英员荣赫鹏由江牧照会驻藏大臣，商办事件。该达赖不肯供夫马，反阴遣降巴丹增肆为扰乱。嗣经驻藏大臣谕令回布达拉山，谨护高宗纯皇帝圣容，该达赖亦不敬遵，竟于是年六月间，昏夜逃出藏境，经有大臣列款纠参，奉旨暂行革去名号。自是游行库伦、西宁一带，又二年有余，沿途骚扰，并无回藏之意。朝廷终冀其自新悛改，饬令地方官一面存问照料，一面敦促启程回藏。光绪三十四年来京入觐，朝廷不追既往，赐加封号，赏贲骈蕃，该达赖回藏后，宜如何虔修经典，感激图报，而乃冥顽不改。初到藏时，驻藏大臣亲往迎接，仅见一次，后屡约其面谈要事，彼皆托故不见。且时复嗾令藏人调兵内犯，初则攻打干崖，继复窥伺巴塘、盐井等处。迭由驻藏大臣转饬退兵，该达赖并不遵照。此次川兵入藏，原为保护开埠、绥靖地方之用，为数不过2000，又且分起开行，本无所用其疑虑。达赖不惟不照章供应，竟密令藏兵沿途抗阻。既焚掠江达存粮，劫杀兵民，又派兵赴墨竹工卡，希图拦截。历经剀切开导，置若罔闻。逮川兵前队甫抵拉萨，该达赖即行乘夜潜逃。以此种种谬妄，劣迹昭著，不得不革去该达赖名号，另行选定，以维黄教……该达赖性喜弄兵，已不足胜掌理黄教之任。况复违抗朝旨，迭次擅离藏境，何可更事宽容……所以藏中交涉事宜，自有藏印条约，中国政府照旧实行。”
3月14日，达赖在加尔各答请求印度总督明托“驱逐汉人在西藏的势力”，恢复当年达赖五世的地位。声称“非待一切问题获得解决，决不回藏”。并要求英方承认西藏是一个“独立的国家”。
3月19日，清廷致电驻藏大臣联豫，命联豫传谕各呼图克图等，认真访寻灵异幼子，作为替代达赖喇嘛的真正呼毕勒罕。
