当初，也先诸多要挟，都是由喜宁策划的。于谦秘密下令镇守大同的将领抓了喜宁，把他杀了。又给王伟想办法，让他引诱杀了间谍田小儿。而且利用间谍实行离间，请求特别释放了忠勇伯把台家，答应封给爵位，让他从中想办法。也先开始有放回上皇的意思，派使者来联系，京师的戒备才稍稍放松了一点。于谦上言：“南京重地，需要有人加以安抚稳定。中原有很多流民，假如遇上荒年，互相呼应聚集成群，这是很值得担心的。请敕令内外守备和各处巡抚用心整顿，防患于未然，召回派往内地召募发兵的文武官员和镇守中宫。”
到了八月，上皇被留在北方已经一年。也先见中国没有什么事端，更想讲和，使者接连前来，提出把上皇送回。大臣王直等商议派使者前往迎接，皇帝不高兴地说：“朕本来不想登大位，当时是被推上来的。”于谦从容地说：“帝位已经定了，不会再有更改，只是从情理上应该赶快把他接回来罢了。万一他真有什么阴谋，我就有话说了。”皇帝看看他便改变了面色说：“听你的、听你的。”先后派遣了李实、杨善前往。终于把上皇接了回来，这是于谦的功劳。
上皇已经回来，瓦刺请求朝贡。先前贡使不过百人，正统十三年增加到三千余人，对给予的赏赐总不满足，便入侵。”现在又派三千人来朝，于谦请求列兵居庸关以备不测，在京师隆重陈兵，设宴招待。因此说到和议很难依靠，逐条进上安定边境的三个策略。请求敕令大同、宣府、永平、山海、辽东各路总兵官增修墙准备防御。京兵分别隶属于五军营、神机营、三千营，虽然各设有总兵。但不相统一，请求选择精锐十五万人，分为十营团操，从此开始了团营的制度。这事记载在《明史·兵志》中。瓦刺入贡，常常携带以前掳去的人口来。于谦一定奏请酬劳使者，前后赎回了几百人。
当初，永乐年中，投降过来的人被安置在京畿附近的很多。也先入侵时，很多成了内应。于谦想分散遣送他们。因为西南有战事，每次出征，都挑选他们精锐的骑手，从厚资助他们前往，然后再遣送他们的妻子，内患得以平定。杨洪以独石入卫，八个城都给了敌人。于谦使都督孙安率轻骑兵出龙门关占据了它，招募百姓屯田，边战边守，八个城得以收复。贵州苗未平定，何文渊建议撤去布使、按察两司。专设都指挥使司，用大将镇守。于谦说：“不设两个司，是放弃了这地方。”建议遂作罢。于谦认为上皇虽然回来了，但国耻未洗雪，正值也先和脱脱不花结怨，请求趁机派大军，自己前往征讨他，以报复从前的仇恨，清除边患。皇帝不准。
于谦主持兵部工作时，也先的势力正在扩张，而福建邓茂七、浙江叶宗留、广东黄萧养各自拥有部众和自封的封号，湖广、贵州、广西、瑶、侗、苗、僚到处蜂起作乱，前后的军队征集调遣，都是于谦独自安排。当战事匆忙急迫，瞬息万变的时候，于谦眼睛看着手指数着，随口讲述奏章，全都能按照机宜采取正确的方针方法。同事和下属接受命令，彼此看着都感到惊骇佩服。号令严明。虽然是勋臣老将稍有不守法度，立即请圣旨切实责备。一张小字条送到万里外，没有不谨慎小心执行的。他才思的畅通敏捷，考虑的周到仔细，一时没有人能比得上。他性情淳朴忠厚过人，忘身忧国。上皇虽然回来了，一点也不说自己的功劳。东宫改易以后，景帝命令凡是兼东宫太子宫属者支取两份俸禄。诸臣都表示推辞，只有于谦一再推辞。自己的生活很简单俭朴，所居住的房子仅仅能够遮挡风雨。皇帝赐给他西华门的府第，推辞说：“国家多难，臣子怎么敢自己安居。”坚决推辞，皇帝不准。于是把皇帝前所赏赐的玺书、袍服、银锭之类，全部封好写上说明放到那里，每年去看一看罢了。
皇帝很了解于谦，所议论奏请的事没有不听从的。皇帝曾经派使者到真定、河间采择野菜，去直沽制造鱼干，于谦一说便马上停止。任用一个人，一定悄悄访问于谦。于谦实事求是地回答，没有隐瞒，也不躲避嫌疑怨恨。因此那些不称职的人都怨恨他，而不像他那样被皇帝信用的，亦往往嫉妒他。当敌寇刚刚撤退时，都御史罗通立刻上奏章弹劾于谦登记的功劳薄不实在。御史顾(日翟)说于谦太专权，干预六部的大事奏请实行，好像他就是内阁一样。于谦根据祖制反驳他们，户部尚书金濂亦上疏为他争辩，但指责他的人还是不断收集他的材料。各御史多次用苛刻的文词上奏弹劾他，全靠景泰帝力排众议，加以任有，他才得以尽量实现自己的计划。
于谦的性格很刚强，遇到有不痛快的事，总是拍着胸脯感叹说：“这一腔热血，不知会洒在那里！”他看不起那些懦怯无能的大臣、勋臣、皇亲国戚，因此憎恨他的人更多。又始终不赞成讲和，虽然上皇因此能够回来，但上皇并不满意。徐(王呈)因为提出迁都南京，受到于谦斥责。这时把名字改为有贞，比较得到提升进用，经常咬牙切齿地恨于谦。石亨本来因为违犯了军法被削职，是于谦请求皇帝宽恕了他，让他总理十营兵，但因为害怕于谦不敢放肆，也不喜欢于谦。德胜门一仗的胜利，石亨的功劳并不比于谦大，而得到世袭侯爵，内心有愧，于是上疏推荐于谦的儿子于冕。皇帝下诏让他到京师，于谦推辞，皇帝不准。于谦说：“国家多事的时候，臣子在道义上不应该顾及个人的恩德。而且石亨身为大将，没有听说他举荐一位隐士，提拔一个兵卒，以补益军队国家，而只是推荐了我的儿子，这能得到公众的认可吗？我对于军功，极力杜绝侥幸，绝对不敢用儿子来滥领功劳。”石亨更是又愧又恨。都督张辄因为征苗时不守律令，被于谦弹劾，和内侍曹吉祥等都一向恨于谦。
景泰八年正月壬午，石亨和曹吉祥、徐有贞迎接上皇恢复了帝位，宣谕朝臣以后，立即把于谦和大学士王文逮捕入狱。诬陷于谦等和黄囗制造不轨言论，要另立太子，又和太监王诚、舒良、张永、王勤等策划迎接册立襄王的儿子。石亨等拿定这个说法，唆使科道官上奏。都御史萧维祯审判定罪，坐以谋反，判处死刑。王文忍受不了这种诬陷，急于争辩，于谦笑着说：“这是石亨他们的意思罢了，分辩有什么用处？”奏疏上呈后，英宗还有些犹豫，说：“于谦实在是有功劳的。”徐有贞进言说：“不杀于谦，复辟这件事就成了出师无名。”皇帝的主意便拿定了。丙戊改年号为天顺，丁亥，把于谦在闹市处死并弃尸街头，抄了他的家，家人都被充军边疆。遂溪的教谕吾豫说于谦的罪应该灭族，于谦所推荐的各文武大臣都应该处死。刑部坚持原判这才停止了。千户白琦又请求写上他的罪行，刻板印刷在全国公布。一时要讨好皇帝争取宠幸的人，全都以于谦作为一个话柄。
于谦自从土木之变以后，发誓不和敌人共生存。经常住在值班的地方，不回家。一向有痰症病，景帝派太监兴安、舒良轮流前往探望。听说他的衣服、用具过于简单，下诏令宫中造了赐给他，所赐东西甚至连醋菜都有了。又亲自到万岁山，砍竹取汁赐给他。有人说皇帝太过宠爱于谦，兴安等说：“他日夜为国分忧，不问家产，如果他去了，让朝廷到那里还能找到这样的人？”到抄家的时候，家里没有多余的钱财，只有正屋关锁得严严实实。打开来看，都是皇上赐给的蟒袍、剑器。于谦死的那天，阴云密布，全国的人都认为他是冤枉的。一有个叫朵儿的指挥，本来出自曹吉祥的部下，他把酒泼在于谦死的地方，恸哭。曹吉祥发怒，鞭打他。第二天，他还是照样泼洒在地表示祭奠。都督同知陈逢被于谦的忠义感动，收敛了他的尸体。过了一年，送回去葬在杭州。陈逵，是六合人。曾被推举为有将领之才，是从李时勉门下举荐的。皇太后开始时不知道于谦的死，听说以后，叹息哀悼了几天。英宗也后悔了。
于谦已死，由石亨的党羽陈汝言任兵部尚书。不到一年，所干的坏事败露，贪赃累计巨万。皇帝召大臣进去看，变了脸色说：“于谦在景泰帝朝受重用，死时没有多余的钱财，陈汝言为什么会有这样多？”石亨低着头不能回答。不久边境有警，皇帝满面愁容。恭顺侯吴瑾在旁边侍候，进谏说：“如果于谦在，一定不会让敌人这样。”皇帝无言以对。这一年，徐有贞被石亨中伤，充军到金齿口。又过了几年，石亨亦被捕入狱，死于狱中；曹吉祥谋反，被灭族，于谦事情得以大白。成化初年，将于冕赦免回来，他上疏申诉冤枉，得以恢复于谦的官职，赐祭，诰文里说：“当国家多难的时候，保卫社稷使没有危险，独自坚持公道，被权臣共同嫉妒。先帝在时已经知道他的冤，而朕实在怜惜他的忠诚。”这诰文在全国各地传颂。弘治二年，采纳了给事中孙需的意见，赠给于谦特进光禄大夫、柱国、太傅，谥号肃愍，赐在墓建祠堂，题为“旌功”，由地方有关部门年节拜祭。万历中，改谥为忠肃。杭州、河南、山西都是历代奉拜祭祀不止。
于谦一生，可谓历经千锤万击，烈火焚烧的磨难。先是参加科举考试时，以状元的文才被降到三甲第九十二名，几乎名落孙山。无它，就因为他不肯对主考官溜须拍马招致妨恨而已。等到当上官，又因为敢于为民请命，严惩作奸犯科权贵，而受到排挤打击。人家当官前呼后拥，尽显官威；于谦当官便服一套瘦一匹。同僚并不以其为谦虚清廉，却说他坏了官场规榘。
公元1449年，蒙古侵略军席卷南下，明英宗偏听全无军事常识的太监指划，结果土木堡一战，明朝五十万大军全军覆没，明英宗做了阶下囚。消息传到京城，有人主张南逃，有人主张投降。危急关头，于谦挺身而出，痛斥种种逃跑主义投降主义，调集各路兵马保卫京城。敌方以明英宗为人质，要明朝朝廷投降，否则就杀掉英宗。有人又主张献城投降以保英宗之命。于谦却义正词严地质问：到底国家民族重要，还是英宗的个人生命重要？坚决拒绝敌军最后通牒。于谦带领22万大军，坚守京城，一次又一次打退敌人的进攻。侵略者见死伤惨重捞不到半点油水，又顾虑中原毕竟国大力大，正所谓烂船尚有三斤钉，一个不小心被于谦反攻过来恐怕后果堪虞。就卖个顺水人情，在退军之时将明英宗送回明朝廷。明英宗回朝登位不思于谦抗敌之功，却恨于谦不听蒙古兵之劝，几乎命丧刀下，就找个借口把于谦下狱，随即斩首，一泄私愤。一直到明英宗死后，明献宗登位，才为了平息民愤收买人心，下令为于谦落实政策，平反昭雪。生衰死荣，令人握。怪不得民谚说：忠忠直直，终须乞食，奸奸狡狡，朝煎晚炒。
