就在这时，门口传来一阵杂乱的脚步声，司礼监掌印太监王安、首辅方从哲和两个御医走了进来。
方从哲问：“你给皇上下的什么药？”
“万岁爷是邪热内蕴，肚腹郁结，应服泻药，我开的是大黄、石膏等通利药。”只见崔文升舀起一匙先自己喝下，然后又用那根象牙签子撬开朱常洛的嘴，一匙一匙给朱常洛喂下。
看着在场的郑贵妃和李选侍，王安、方从哲和两个御医虽然有些担心，却也不好说什么。
不久，朱常洛双眼微睁，两手撑床，要爬起来。
“水……水……给我……水！”李选侍忙把水端到朱常洛嘴边。朱常洛竟咕咚咕咚一气喝个净。喝完水，朱常洛说话时口齿已经很清晰：“什么时辰了？”
“正午了，皇上可要用午膳？”李选侍问。
工夫不大，午膳摆上。
朱常洛吃过不久，就觉得肠胃蠕动，疼痛难忍，要大解。
一宫女忙把一只景泰蓝便盆端至御床下，解了他的腰带，又搀他蹲下。那大便却尽是稀的，喷射而出，溅了宫女一身。
朱常洛这一大解，一发不可收拾，过一小会儿便要解一次，从正午一直闹腾到次日天亮，连泻三四十次。
当时，朱常洛的生母王氏、原皇太子妃郭氏两家外戚都认为朱常洛突然腹泻其中必有阴谋，他们一齐赶到宫中来，看望朱常洛，然后走遍各个衙门，求见所有官员。每遇见一位朝臣，他们都声泪俱下地诉说，抱怨宫中对朱常洛的安全禁卫太松懈了，无论如何不该将郑贵妃的心腹安置到朱常洛身边，还直接说：“皇上这次一病不起，全是崔文升的药所致。崔文升并非失误下错了药，而是郑贵妃和李选侍包藏祸心，事先安排好的。”
朝臣们都很同情两家皇亲，同时也感到事态严重。
这一天，司礼监掌印太监王安眼见朱常洛病危，又不知何故，急得团团转，也走出慈庆宫，来到内阁与六部九卿官员面前，哭诉朱常洛病危之情。
八月十五日，方从哲接到了朱常洛召他进宫安排顾命事宜的圣旨。王安称新皇帝病急乱投医，昨天竟擅自斥退御医，而请不懂医术的崔文升看病。崔文升开了一个方子，皇帝吃后大泻不止，一天泻了三四十次……王安称朱常洛已昏迷不醒，急请内阁想想办法。
方从哲看了公函，二话不说，带着阁臣们赶往太和门。当方从哲带着阁臣们赶到太和门时，内廷已经乱成了一团，朱常洛昏迷不醒，阁臣们紧张地等待太医的诊断结果。
半晌，领班的老御医私下向方从哲透露说：“皇帝的病不妙。冰冻三尺，非一日之寒。皇上精损过重，太医们一直给皇上服用一些固精建中的药物。这类药物药力来得缓慢，皇上埋怨这些药没有效果，便滥用泻药，搞得我们花了半个月来调治的心血全都白费了。”
“皇上是否还有救？”
老太医叹了口气，说：“如果不再乱用庸医，只以充血生精之药来调理，还是有望的，只怕……”
方从哲赶紧说：“我马上进宫劝谏，请皇上按太医院的医案调养。”
话音刚落，只听太和门里一声传呼：“皇上急召首辅入宫。”
方从哲火速进了慈庆宫，来到皇帝榻前。朱常洛伸出有些颤抖的手握住方从哲，讲了一些遗嘱之类的话后便大骂太医院的庸医。方从哲立即建议广召名医。
朱常洛病情加重的消息传到外廷，朝内人言纷纷。凡是听说的人都神情惊惧，一致说崔文升误下泻药，居心叵测，是受郑贵妃直接指使的，是一场阴谋。
在内阁会议上，礼部侍郎孙如游一针见血地说：“只因郑贵妃没有当上皇太后，就授意崔文升加害皇上，以泄私愤，以保自身，天理国法难容！”
给事中杨涟满怀激情地说：“郑贵妃害怕新账旧账一起算，竟下此毒手，此乃最毒妇人心也！崔文升贪财害主，罪不容诛！一个奸妃，一个奸臣，相互勾结，谋害天子，不凌迟不足以平臣民之愤！”
东林官员兵科给事中杨涟、浙江道御史左光斗认为郑贵妃应该立即搬出乾清宫，为了切断她与李选侍之间的联系，应严格限制她的活动范围。
首辅方从哲见群情激昂，生怕事态扩大，不好收拾，就以折中的态度说：“司礼监王安所言之内情，不可不信，也不可全信。此事非同小可，若无真凭实据，决不可早作结论，望众位大人慎之又慎。郑贵妃乃先帝之宠妃，还谈不上国法处置。可以让郑贵妃移居慈宁宫，以切断她与李选侍的联络。”
众大臣听罢，思忖片刻，觉得方从哲言之有理，立刻联名上疏，奏请郑贵妃移出乾清宫。
八月十六日，原是朱常洛亲朝的日子，因为他病重起不来，下令免朝。
内阁首辅方从哲等人赴宫门候安，说：“圣体尚未康复，我们希望您能清心寡欲，以葆元气。”
朱常洛降旨：“因为腹泻，朕几夜不能睡，每次食粥不满一碗，现在，我感觉头晕目眩，四肢软弱，不能动身。”
得知朱常洛的病况，加上新天子朱常洛在登基后依然偏居慈庆宫，这极不正常。大臣们围绕朱常洛的身体健康和郑贵妃的移宫问题议论纷纷，矛盾开始激化起来。
此时，最急切的是吏部尚书周嘉谟、兵科给事中杨涟和御史左光斗。郑贵妃所献的八名美女两三天就将朱常洛整病了，不久，又发生了崔文升进泻药事件，朱常洛给整得一病不起。愤怒至极的大臣在杨涟、左光斗的牵头下，直接向郑贵妃的家人施加压力。
周嘉谟派人把郑贵妃的侄儿郑养性（郑贵妃的哥哥郑国泰已经在梃击案中被逐出京师）叫来，向他晓以利害：“你快快去告诉郑娘娘，赶快迁出乾清宫才是知趣，否则惹出麻烦，后悔可就晚了！”
于是，郑贵妃的侄子郑养性请求收回封郑贵妃为皇太后的命令，朱常洛顺水推舟准旨。
刑部主事孙朝肃、徐世仪，御史宋宗周等乘势而起，上书方从哲，指斥他误用崔文升，说朱常洛大病不起，是由于服用泻药的缘故，斗争的目标，随着郑贵妃的移宫和停封，转移到方从哲身上。方从哲，字中涵，祖籍浙江德清，家于京师，人称其为“浙党”。他是万历十一年（1583年）进士，官至礼部尚书兼东阁大学士。自万历四十三年（1615年）迄泰昌元年（1620年）十二月，连任内阁首辅。他的性情柔弱，为相期间，无所建树，声名狼藉，是当时东林党的主要攻敌之一。朱常洛刚继位时，遵从万历皇帝的遗诏，命方从哲封郑贵妃为皇太后，廷臣群起反对，而方从哲则时刻想促成这件事，引起东林派大臣及其他大臣的极大不满。现在，朱常洛同意收回封郑贵妃为皇太后的诏令，这在方从哲看来，自然也是自己的失败。他凭借多年的政治斗争经验，十分敏感地意识到自己的处境不妙。从此，方从哲更加小心翼翼地讨好朱常洛。
在大臣们的压力之下，郑贵妃感觉势单力孤，生怕大祸临头，只得搬出乾清宫，移居慈宁宫。这样，这位已经即位了好些日子的新天子朱常洛，才得以住进了中宫乾清宫。
郑贵妃搬出乾清宫，意味着郑贵妃时代的终结。这样，郑贵妃要求封皇后进而晋升皇太后的愿望落空了。这个变化对李选侍也很不利，她开始感到被孤立。因为李和郑二人是皇宫中的政治同盟者。
但是，郑贵妃在移宫之时，把心腹太监李进忠留给皇帝之宠妃李选侍，有意安下一颗钉子。她这步棋下得非常阴毒，竟让明朝江山被李进忠搅得濒临灭亡！
八月二十一日，朱常洛再次召太医院内官诊病，赐银六十两。当时京师流行一则民谣，叫“翰林院文章，武库司刀枪，光禄寺茶汤，太医院药方--全都是废物”。朱常洛服了太医院医官开的药以后，病情也没见好转。
这时，鸿胪寺丞李可灼来到内阁门外，向阁臣说，自己有仙丹及其用法的奏章要进献给皇上。
这一天，方从哲因一贯主张移宫可从缓而请假未入宫问安。
八月二十二日一大早，方从哲便上疏说：“臣已询问医官，得知圣体膳食减少，兼有痰喘，恳请圣上一意调养，不要过分劳累。服药尤需慎重。以往有人说治病以服药有效为上策，以不服药保养为中策。一旦欲寡心清，则元气自固。若用药不当，其害将不可言。唯望圣明留览。”方从哲一再奏请朱常洛寡欲清心，本意是为依阿自守，保持禄位。但是，他是有针对性的，因为倒在病床上的皇帝，此时仍然没有停止纵欲。即使病入膏肓，还照样服用春药，尽可能地寻欢作乐。
朱常洛召见方从哲时问：“广召名医的事办得怎么样了？”
方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼曾上本说他有仙方可治万岁病症，但臣与内阁诸臣商量了一下，觉得不可轻信，所以已将他斥退了。”
朱常洛嗔怪地说：“太医没用，仙方又不能信，难道叫朕等死？”原来，从嘉靖皇帝起，明朝的皇帝大都信奉道教，以求长生不老。如今，朱常洛病入膏肓，更加盲目求助于仙方仙丹。
“微臣怎敢？只是李可灼的话实在是不可信，请皇上三思。”
朱常洛听到这里，害怕药不好反被其害，只好作罢。
八月二十三日，朱常洛传示锦衣卫官校入内，于乾清宫暖阁御榻前亲自召见首辅方从哲等大臣，包括在朝勋爵、内阁、部院大臣及吏科、河南道御史，六品的给事中杨涟也在召见之列。
群臣问安论药以后，朱常洛又特别召出皇长子朱由校与群臣见面。显然这是为自己的后事做准备，暗示群臣将来要好生辅弼这个皇嗣。
方从哲乘机极力献媚讨好朱常洛和皇长子朱由校，准备为自己留一条后路。他见到朱由校以后，立即拍马屁说：“皇长子天姿伟岸，这是国家的福气。”朱常洛大喜，朱由校也暗暗得意。方从哲更为自己善于见机行事、阿谀奉承而高兴。
这次召见，破例有锦衣卫人员参加，群臣估计是因杨涟上疏忤旨得罪了朱常洛，肯定要受到廷杖，所以大家都为杨涟捏着一把汗，都嘱托内阁首辅方从哲到时代为解救。方从哲听后当面劝杨涟上疏引罪。杨涟感到自己无错，因此对方从哲说：“死就死吧，我杨涟有什么罪？”表示自己决不屈从于舆论压力。
等到朱常洛正式接见时，宫中一片肃静，廷臣之间默默互视，屏住气息，认为马上就要宣布廷杖杨涟了。其实朱常洛内心认为杨涟是位忠心耿耿之臣，好几次用眼上下打量他，每次都注视好久，并慢声细语地对群臣说：“现在国家事务繁重，你们都要协力齐心，外面所传一些流言都不必相信。”
此后，朱常洛凡是接见大臣都要连同杨涟一齐召见。由此可见，朱常洛同意杨涟的观点：贼臣崔文升不知医。接着，朱常洛接受杨涟建议，下令将崔文升关入司礼监大牢。
原来，日前杨涟专疏劾崔文升：“谁实误皇上困顿至此……传闻为内官崔文升也。崔文升如不知医，就不当以国家圣人贵重之身，妄为尝试。如其知医，则医法为有余热则泄之，阳气不足则补之。此事明白易晓。皇上因日理万机，丧事哀痛，精神受到损耗，按医法宜清补。崔文升却投用相反相伐之药剂。于是圣体动履艰难，睡眠、饮食俱困如此。日前外面传言，说是由于近侍蛊惑，皇上起居没有节制。崔文升借此掩盖其误药之奸，其党还四出煽援流言，企图掩饰外面攻击崔文升之口。崔文升既加重圣上的病情，又损坏圣德美名，割他的肉亦不足以食。听闻崔文升于达官贵人之家调护多年，不闻误用一药。皇上初用崔文升一剂，便泄、补倒置如此，是有心之误，还是无心之误？有心误，则将他碾成粉末，也不足以赎其罪。如无心之误，岂可一误再误。皇上如何将这样的贼臣置于宫廷之内……恳请将崔文升发往司礼监究问处分，传示中外，使知圣体不安，全是用药差误所致，以解街头纷纷传言之口。”
杨涟这份奏疏，是东林党人投向宦官的一颗炸弹，也是刺向方从哲的一把尖刀。因为方从哲是内阁首辅，朝廷第一大臣，是他不究治崔文升，杨涟才要求把崔文升送法司治罪。
朱常洛得到杨涟的上书，感到了问题的严重性，立即下令第二天在乾清宫召见大臣，并让朱由校也参加。
八月二十六日，朱常洛病情加重，还伴有痰喘诸症。这一天，他强打着精神，再次于乾清宫召见大学士方从哲、刘一燝、韩爌，英国公张维贤，吏部尚书周嘉谟，户部尚书李当华，礼部尚书孙如游，兵部尚书黄嘉善，刑部尚书黄克缵，左都御史张问达，给事中范济世、杨涟，御史顾造等人。
朱常洛在东暖阁内御床上，半倚着身子，靠着小几。皇长子朱由校、皇五子朱由检当时也都侍立于前。
大臣们问安后，朱常洛让大家稍微向前移近一些，接着说：“朕见到你们很高兴。朕在东宫感寒症，调温未愈，值皇考妣相继大丧，典礼殷繁，悲伤劳累。朕不进药已两月余。卿等大臣勿听小臣言。”所谓“小臣言”，是指外面流传的朱常洛病起于女宠的言论。说完，他怕自己的声音太小，各位大臣没有听明白，又叫朱由校重复一遍。
这朱由校虽然一天到晚只知玩乐，不问政事，但为人倒还聪明。他明白父亲让他重复一遍的用意，不仅是怕大臣们没有听明白，更重要的是希望他能记住父亲所说的话。于是他一五一十地重复了一遍。又因为事关重大，他把这些话牢牢地记在了心里。后来，他就一直坚持这么说。
方从哲请求说：“皇长子朱由校已经十六岁了，应该将他立为皇太子，移入东宫慈庆宫居住。”
朱常洛非常不放心地说：“不能让他到别处去。”
方从哲说：“请圣上审慎用药。”
朱常洛说：“朕十多天都不服药了。”
过了一会儿，朱常洛传旨，要封李选侍为皇贵妃。李选侍立即从后面出来，大为不满地将皇长子朱由校推到前面。
李选侍见朱由校没有吭声，就直接对朱常洛大声说：“我要封皇后！”朱常洛没有答应。群臣见状，十分惊讶，立即退出。
由此可见，朱常洛虽然在美女面前不能自持，但他内心对郑贵妃和李选侍还是有清醒的认识的。郑贵妃封后愿望的落空，应该是朱常洛和礼部孙如游的双簧戏。长期在宫廷斗争中成长起来的朱常洛完全具备这个政治能力。他重用曾经支持自己的东林党人，也体现了他的清醒。在崔文升进药后，他干脆不吃药了，除了对医官们医术的不信任，也怕被暗算。不过，他最终没有躲过李可灼这一劫，这也是病急乱投医所致。
八月二十九日，朱常洛又一次在乾清宫召见内阁首辅方从哲等十三名大臣，此时他已经预感到自己病势严重，命在旦夕。朱常洛伸出有些颤抖的手握住方从哲的手，说：“朕这几日头晕目眩，身体软弱，不能临朝，一切大事都烦先生操劳了。”
方从哲赶紧道：“万岁天恩浩荡，从哲敢不竭尽全力报效国家？”
朱常洛说：“朝中政事先生可代朕朱批，太子生性懦弱，也望先生扶持，后宫妻妾尚未来得及册封，先生可依旧例拟定名分。”这几句话无疑是交代后事了。
方从哲说：“原定颁旨册立太子之日期应移到近期，早日办完此吉祥大典使皇上心中得到安慰。”
朱常洛因此回头看皇长子朱由校，训示道：“你们要辅佐他成为尧舜之君。”
方从哲忙安慰说：“万岁春秋正富，偶染小疾，原无大碍，望安心调养，千万不要误信流言，作践龙体。”
朱常洛摇了摇头突然问道：“寿宫可曾齐备？”
方从哲感到十分为难，思索了一阵才说：“万岁放心，大行皇帝已安葬完毕，天寿山地宫于前天开始复土……”
没等他说完，朱常洛打断说：“朕问的是朕之寿宫。”
方从哲慌忙颤声劝道：“太医院御医已禀报，万岁目前不过是体质虚弱而已，哪里会有天崩地裂的事？”
朱常洛厌烦地说：“太医院一帮庸医，朕信不过。”
