（1）一次发酵。是堆肥始终在菇房外堆积，腐熟后直接进房上架，立即播种。此法发酵时间长、质量差、病虫害多。但操作比较简便。
（2）二次发酵。分两步进行，第一步是先在室外堆积发酵，这一过程称前发酵；第二步是前发酵的堆肥7～8成熟时，及时转移到菇房床架上，再给予特定条件继续发酵，这一过程称后发酵。这两种发酵过程合起来就叫做二次发酵。二次发酵所需时间短，堆肥质量好，病虫害少。但要求的技术高。
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