第二章诸神黄昏（开端）
在天神组的领导与维护下，人类的发展逐渐走向正轨，不再受到魔种的侵扰，不过，一切，都只是暂时的表象，这平静水面下，正隐藏着汹涌的漩涡。
由于天神组的人数剧增，日益壮大，其内部出现了大量矛盾纠纷，众神不再为人类着想，反而为了权力与力量互相挤兑，甚至发动战争。另一面，由于日之塔的力量来自于大地深处，同时，这也是众神力量的源泉，为了源源不断地汲取能量，天神残酷地奴役了魔种，让他们为神效力，建立了十二神迹，其中六座日之塔便是十二奇迹之一。与此同时，一些贪婪的人类也对日之塔主塔上的方舟核心垂涎三尺，他们伺机而动，似乎希望战争的爆发。
终于，一场魔种的起义爆发了。领头人正是魔种当中的最强者，号称齐天大圣的孙悟空，与他一起的，还有以霸道控制著称的牛魔和以恢复能力著称的猪八戒。
起义军势不可挡，惊动了女娲和盘古。女娲当即决定开启方舟计划，而执行方舟计划的人选，便是魔道家族中赫赫有名的老者——姜子牙。而他的任务便是将魔种彻底赶尽杀绝。
“女娲娘娘，请您放心，我一定会开创一个没有愚蠢家伙的国度。”姜子牙信誓旦旦地在殿堂之上承诺道。
然而，此计划一出，就立刻遭到了盘古和雅典娜以及堕世之神帝俊的反对，他们认为天神组长期以来压榨着魔种，魔种起义也有人类和天神的责任，不能赶尽杀绝。相反，他们认为部分人类是贪婪的，应该制裁的是人类。就这样，天神组分为两派，一派是以女娲为首的鹰派，一派是以盘古雅典娜以及其他众神为首的鸽派。而波塞东和帝俊则保持中立。
但由于天神组制度的缘故，女娲手下拥有三十三个魔道家族以及杨戬，哪吒等强大的势力，而盘古的势力却远不如女娲，所以即便鸽派有大多数神的支持，但仍然处于劣势。
好在炼药大师太乙真人站在了鸽派，与自己的弟子成了敌人，因为他知道物极必反，一味的屠杀只会带来文明的毁灭。而当年的黄金双子星如今也站在了对立的阵营。
距今约一万年前，人类，魔种，天神三族，以及天神组内部的斗争拉开帷幕。
面对浩浩荡荡的魔种起义军，姜子牙毫无惧色，即便他要对付的是那位号称齐天大圣的孙悟空。女娲对这次计划非常重视，派出了她手下最强的的一股势力去围剿魔种，包括根源之目杨戬，平时她根部不舍得动用的战神。
可即便这样，自己的军队仍然伤亡惨重，残酷的战争引起了许多魔道家族的不满。在他们的心中，魔种并不是什么罪大恶极的怪物，相反，有的家族甚至想要与魔种和平共处，互通有无。
这些举动彻底激怒了女娲，她决心要一鼓作气消灭所有反对的势力。她派出了杨戬前往一线对抗孙悟空。天神毕竟是天神，终究不是凡人所能抵挡的，在与杨戬大战三百回合后，孙悟空败下阵来，想要撤退，可杨戬不会这么轻易的放过，下令追击。关键时刻，孙悟空的队友牛魔出卖了他，让他永远地封印在地狱中。
牛魔卑躬屈膝地来到姜子牙面前，想要得到庇护，姜子牙则讽刺地笑了笑，果然如他所料，魔种都是那么贪婪，自私与卑鄙。
下一秒，牛魔的头颅就被砍了下来。杨戬一只脚踩在头颅上，一边严肃地对剩余的魔种军队喊道：“听好了，要是还有谁再作乱，你们的下场就和他一样！”
群龙无首的魔种军队立刻向四方逃窜，姜子牙决定继续追击，却被杨戬制止。
“他们也都是可怜的物种，放他们一条生路吧。”杨戬恳求道。
“我只是完成女娲娘娘的任务，请不要为难我。”姜子牙带着不容置疑的口气，下令继续追击。
就在这时，一支金黄色的箭“咻”地朝杨戬射来，机警的杨戬迅速用长戟挡下了利箭。
“几十年不见，你的箭术真是烂到家了。”杨戬手握长戟指向后羿，眼神中透出一份锐利和怀念。
“你的动作也迟钝了很多啊。”后羿发出嘲讽的笑声。
战斗似乎一触即发。
就在这时，杨戬收到了女娲的命令。
“你和姜子牙立刻收兵回来，我有要事要说。”
“哼，算你走运。”杨戬不甘心地撤了兵。
而撤兵的原因，是天神组局势的巨变。
