维新运动被镇压下去以后，主张和支持变法的人物或被捕杀，或被迫出逃。光绪帝也被慈禧太后囚禁在皇宫西苑南海中的瀛台，在瀛台涵元殿过着名为皇帝，实则罪囚的生活。
其实，慈禧太后甚至连这么样的皇帝也不想让他当。传说慈禧不让给光绪帝送吃的东西，当其得知有太监看到光绪帝饥饿难忍，把烧红薯送给光绪帝充饥时，她竟下令将这位太监处死。结果，堂堂大清帝国的皇帝被活活饿死。然而，戊戌政变以后，光绪帝的皇帝名义毕竟被保留下来了。这当然不可能是慈禧太后一时的大慈大悲，而是荣禄等人努力争取的结果。
从情理上看，荣禄有必要保全光绪皇帝。
作为封建官僚，忠君的观念是根深蒂固的。在慈禧与光绪之间争夺权势的斗争很尖锐的情况下，作为臣子，两边是都不敢得罪的。当然，两边都不得罪，这是最安全的。虽说后党掌握实权，光绪帝是傀儡，但毕竟光绪帝才30多岁，而慈禧太后已经是60多岁的老太太了，慈禧死后，还是光绪掌大权。所以他们不能不给自己留条后路。谭嗣同对袁世凯剖白了“锢后杀禄”的计划，袁世凯由于认为该计划并非光绪帝的决定，而纯属维新派的阴谋，所以他才赶回天津向荣禄告密，目的是出卖维新派，向后党顽固派邀功请赏，又可不伤光绪皇帝。当然，袁世凯向荣禄告密后，荣禄、袁世凯二人都不能不考虑，光绪皇帝虽然未参与“锢后杀禄”密谋，然而维新派的游说活动却是光绪皇帝支持的，所以维新派的密谋被揭露以后，光绪皇帝不可能完全摆脱干系。一旦光绪帝因此而被废除，那还是他袁世凯和荣禄告密的结果，必然会深深得罪光绪帝，将来万一光绪有重新掌权的机会，他们还会招来杀身之祸。所以，他们不能不给自己留后路。
从史实上来看，荣禄确实有保全光绪皇帝的行动。
当荣禄奉慈禧之命离津赴京前，他曾与袁世凯相约誓死保全皇上。当时袁世凯说：“中堂（指荣禄）现居要职，而皇上万一不安，世人将如何看待您呢？我亦世受国恩，倘皇上有不测，唯有以死相报。”荣禄说：“不必担心，这事绝不会累及皇上的皇位。西太后如同祖母，皇上如同生父，作为子孙，夹在祖母父亲之间，只有竭死力调和。至于母子关系的变化，非子孙所忍言，非子孙所敢闻。”荣禄离天津时，袁世凯等到车站送行。当时的报纸报道，荣禄走后，袁世凯率布政使、道员等人在天津的圣安棚遥祝圣安。此时，光绪帝已完全是傀儡，时刻都可能被废掉，而袁世凯竟还率下属遥祝圣安，这说明荣禄与袁世凯确实有保全皇上的约定。
袁世凯和荣禄要保全皇上，并不仅因为他们世受皇恩，最根本的原因是担心废除光绪会引起外国人的干涉。戊戌政变以后，康梁得到英国和日本的保护，梁启超对于所从事的维新事业并没有失去信心，他从日本政府的援救行动中看到一线希望，期望日本会出面干预。光绪二十四年八月十二日（1898年9月27日），他在大岛号上致信当时尚在访华的伊藤博文和林权助代理公使，请求日本联合英美等国出面保护，救出光绪。当时，英、日与沙俄在争夺中国的侵略特权上矛盾很尖锐，沙俄一贯支持以慈禧为首的后党顽固派，而英、日、美为了削弱沙俄对清政府的控制权，支持光绪皇帝，以削弱慈禧的权势。所以，荣禄和袁世凯唯恐废除光绪，会触怒英、日、美等列强。如果真的出现各国干涉的局面，那将会危及以慈禧太后、荣禄为首的后党的统治。一向靠仰洋人鼻息过日子的慈禧，自然最担心外国干涉。而要避免出现这种危险局面，就必须保全光绪皇帝。《自书戊戌纪略后》也说：当康梁谋乱之时，国家正处于危难之中，如果政变后荣禄不立即进京竭力调和，力争保全光绪皇位，各国必将借口干涉，这样变法派与洋人内外结合，局势将不可收拾。当时报纸上确实已有外国行将干涉的言论。光绪二十四年八月十一日（1898年9月26日），身在上海的买办资本家盛宣怀，特意致电荣禄：近日洋报纷议，殊骇听闻，英尤虑俄为所欲为，大有先发制人之意。废黜光绪的举动不可操之过急，以防列强借口干预内政。这份电报对荣禄说服太后不要轻易废黜光绪皇帝起了十分重要的作用。后来盛宣怀至京谒见荣禄时，荣禄专门就他所发电报之事向他致谢，称“幸得汝电而止”。据当时报纸报导，自荣禄进京后，政局平稳多了，太后的行动和缓一点了。
荣禄进京后，不仅太后的行动有所收敛，而且光绪帝的处境也得到了明显改善。记载皇帝日常生活的档案从一个侧面反映了这一变化。
档案记载，光绪二十四年八月初六日（1898年9月21日），光绪到中和殿阅视祝版，然后去烧香。烧香后去勤政殿，见军机大臣后，又回到涵元殿。次日，光绪帝先去祭社稷坛，然后去勤政殿。见军机大臣后，回到涵元殿。光绪皇帝见军机大臣的记载说明，在宣布训政的最初两天，光绪帝是随同太后在便殿办事的。
慈禧太后接到密报后，光绪帝的处境就恶化了。慈禧太后大约在初七日晚得到天津方面来的密报，得知维新党人有谋乱计划。富有警觉的慈禧，自然怀疑光绪帝也要卷入其中。于是从此之后，她就不再让光绪帝和她一起在便殿办事了。
从档案资料看，初八日这天，光绪帝的活动很多，但都是礼仪性的。比如，到中和殿看祝版，率诸王大臣至勤政殿向慈禧太后行礼，祭月坛，至妙应寺烧香。这些活动中没有一项是行政事务。
八月初九、初十和十一日，光绪帝的活动也都是些吃饭穿衣、烧香磕头之类的事情。这表明，光绪帝已被囚禁在涵元殿，就连随同太后在便殿办事的权利也没有了。
八月初十（9月25日），慈禧以光绪皇帝的名义，发布一条上谕，宣布光绪帝已经病了数月之久，医治无效，必须在全国范围内征求名医，企图造成光绪帝业已病势严重、危在旦夕的假象。这等于暗示太后很快就要废掉光绪帝了。
但是，八月十一日（9月26日），荣禄进京后，情况又不同了。八月十二日卯时整，光绪帝向皇太后前请安，然后又去见军机大臣。见军机大臣后，又回到涵元殿。这次所见军机大臣包括荣禄，并且光绪帝是和太后一起，先单独见荣禄，后见军机大臣。另外，档案还记载，八月十三日，直隶总督荣禄到京请安，光绪帝召见荣禄。此后连续几日都记有大臣给皇上请安，皇上见军机大臣，至纯一斋看戏等内容。其中八月十五日见军机大臣后，光绪帝上午、下午各看了一场戏。看来荣禄一到京，光绪帝的病就好了，政事活动也正常了，并且还天天看戏娱乐。
光绪皇帝处境的变化与荣禄来京有关，说明荣禄确实曾尽力保全光绪帝。
正是为了保全光绪帝，荣禄建议：无须审讯就杀掉谭嗣同等人，以免在审讯中牵涉到光绪帝。因此荣禄进京仅三天，即八月十三日，“戊戌六君子”被杀。十四日，清廷公布康有为、谭嗣同等人结党营私，谋围颐和园，劫持皇太后的罪状。政变至此以流血的方式结束。
这次政变更显出兵权的重要性，慈禧也更加倚靠和信任荣禄。1898年9月，荣禄被任命为军机大臣，并管理兵部事务。直隶总督兼北洋大臣一职由另一位叫裕禄的官员担任。但北洋各军仍归荣禄统领。又过一个月，慈禧太后发懿旨任命荣禄为练兵钦差大臣。当时宋庆所部毅军、董福祥所部甘军、聂士成所部武毅军、袁世凯所部新建陆军以及北洋各军，都由荣禄节制。一般来说，臣子位重权高，是君王的大忌。在清代，作为军机大臣，一般是不可能再授予如此重的兵权的，荣禄此等待遇，有清一代，绝无仅有，由此可见慈禧太后对荣禄宠信之深，也是绝无仅有。应该说，正是戊戌政变，使慈禧与荣禄二人之间更加信任彼此，慈禧把军政大权统于荣禄之手，这使他们的政治命运也更紧密地联系在了一起。
兵权在手、踌躇满志的荣禄干的第一件大事，就是决定把宋庆、董福祥、袁世凯、聂士成所部四军联成一军。在荣禄的计划中，他以此四员大将分别为前、后、左、右军，自己亲领中军，并统一指挥各部。自此以后，荣禄在加强练习新军、振兴朝廷军事方面，下了相当大的工夫。荣禄在这方面也显示出很强的能力，在当时的清军中也很有威望。袁世凯就是由他推荐去操练“新建陆军”的，荣禄又通过与董福祥结为兄弟，将其罗致门下。义和团运动期间，袁世凯、董福祥、聂士成都成为风云一时的人物，且都表现出武将的骁勇霸道之气，为清朝立下汗马功劳，说明能赏识他们并能指挥他们的荣禄，的确有他的过人之处。可以想见，当时荣禄必定有虎虎生威的大帅之相。
这年12月，荣禄上奏提出这一计划，并请求朝廷筹拨经费。慈禧立即允准。这也表明慈禧对荣禄的信赖程度非同一般。
第二年，也就是1899年的3月，荣禄所统的北洋各军就正式定名为武卫军了，荣禄奏准得以刊刻颁发他的“钦命节制北洋各军武卫全军翼长关防”。他以聂士成部为前军，驻天津芦台，为京师门户；以董福祥部为后军，驻蓟州；以宋庆部为左军，驻山海关内外；以袁世凯为右军，驻天津小站。荣禄自己统领一万人，分为二十七营，作为中军驻南苑。根据这一规划，可以看出，荣禄的目的就是建立一支由他控制的、直接听命于慈禧调遣的中央军。这样，一来可以加强对京都的护卫；二来可以加强朝廷的兵力，与地方督抚抗衡；三来可以保证慈禧及其后党执政的政治优势。这样调整之后，一时之间，清军气势似乎大有增强，北京城也好像固若金汤。只可惜晚清时局瞬息万变，义和团运动中，武卫军作为作战的主力部队，还是损兵折将，元气大伤。董福祥被罢用，聂士成战死，天津、北京、保定次第陷落。随着荣禄于1903年去世，武卫军在短短的四年里就烟消云散了，所成全的就只有袁世凯一人。
荣禄走的是武官的路子，最终能掌握军政大权，实在是不容易。他以练兵起家，以重振清军、进而实现朝廷的中兴为其事业，此时统建武卫军，是他一生事业的顶点，但现实的残酷终究使他无法实现其目的。
经过“百日维新”一事，慈禧太后深恨光绪帝，与他势不两立，必欲除之而后快。慈禧训政后，便开始琢磨着废掉光绪，另立一个小皇帝做傀儡。这时在她身边也聚集了一帮急欲改朝换代的王公大臣，其中以端亲王载漪为首，此外还有崇绮、徐桐以及协办大学士刚毅等人。
荣禄怎么会不知道主子的心思呢，何况他也是光绪帝最痛恨的人。如果有朝一日能翻云覆雨，光绪帝重掌大权，荣禄的日子绝不好过。所以，这时他是赞同慈禧的想法的，但又有所保留。老谋深算的他认为，废立皇帝可是朝廷大事，搞不好就会背上谋逆的罪名，为天下人所不齿，并留下千古骂名。就当时情况而言，光绪翻身的可能性也不大，有必要如此孤注一掷吗？而且在各国驻华使节眼里，光绪是比较开明的皇帝，他执政能有利于抑制朝廷里的排外倾向，使西方人在中国能得到更深入的发展。所以，他们是不愿意光绪帝被废的。如果各国洋人、国内地方督抚都表示反对，将来成败得失，孰轻孰重，恐怕很难把握。因此，荣禄建议慈禧应多探探虚实，再行筹划。
于是，慈禧对外宣称光绪病重，暂时不能处理朝政。各国使臣也已听到有关废立的说法，便将计就计，借关心为名，请求派西医诊病。慈禧当然不同意，但经不过洋人们的屡次请求，何况既然病重，竟还不准医生诊治，这也太有违常理，反而会使大家怀疑光绪是否有病，于是只好允许一位法国医生入朝，为皇帝看病。结果这位医生说光绪没什么大碍，慈禧非常不高兴，但也没有办法。此时，荣禄也暗地里把慈禧的这层意思曲曲折折地写信告诉了两江总督刘坤一。刘坤一坚决反对这件事，他在回信中义正词严地规劝荣禄说：“君臣之义已定，中外之口难防，坤一为国谋者以此，为公谋者亦以此。”
经过这两件事情之后，荣禄更加觉得废立之事鲁莽不得，他必须从自己和慈禧的切实利益出发慎重考虑。于是他向慈禧提出，鉴于刚刚训政，政局动荡，重点应该放在整顿朝政、与外交好、稳定大局方面，此议可暂缓，慢慢来，不用着急。慈禧认为他说得很有道理，于是这件事就暂时放下了。但实际上，慈禧等人仍然在暗地里筹划进行这件事，最后演变为“己亥建储”，并成为慈禧与各国交恶的主要原因，更埋下了清廷向各国开战的伏笔。荣禄既然是慈禧的亲信和谋士，自然与此事脱不了干系。
转眼过了一年，经过在暗中多方筹划，慈禧还是决意要废掉光绪，载漪等人也急欲促成此事。光绪二十五年（1899年）冬，废立之议又起。但各驻华公使看到，在积极密谋废黜光绪帝的王公大臣中，很大一部分是保守派，不知开眼看世界，只知盲目排外。他们担心保守派全面把持朝政后，清廷会重新回到闭关锁国上去。在这种情况下，光绪帝的存在对他们来说就显得非常重要。正因为害怕引起政局动荡、列强反对，荣禄此时对于废掉光绪显得忧心忡忡，但慈禧并没有把他的意见听进去，她责成荣禄想办法，荣禄也不得不听她的。
慈禧继续以光绪病重为借口，想寻机行废立之事。各驻京公使听说光绪病重，又轮流到总理衙门打探消息，并再次选派医生入宫给光绪帝治病。慈禧十分恼火，但洋人的从中作梗使得慈禧不敢贸然行事，于是她让荣禄想法探探洋人的口风。荣禄于是拜访了李鸿章。李鸿章因为签署《中日马关条约》受到朝野上下的广泛谴责，当时以大学士之职在京赋闲。荣禄想听听李鸿章对这件事的意见，同时也想让李鸿章到各国使馆探探消息。李鸿章目睹朝政混乱，一心想远离避祸，于是他对荣禄说：“我早已成了闲人，很少与使馆交往。如果任命我为总督，各国公使一定会来祝贺，我可以顺便探一探他们的口气。”慈禧果然于12月29日下诏，由李鸿章以大学士署理两广总督。果然，各国公使前来李鸿章的住所，向他表示祝贺。还没等李鸿章试探，他们却首先提起了废光绪皇帝的话头。李鸿章宣称这是“谣言”，并声明假如真有这种事，也只不过是中国的内政而已，外国人用不着干预吧。公使们则明确表示，他们只认得“光绪皇帝”，至于其他什么人当皇帝，他们是否予以承认，要去请示本国政府。于是，李鸿章告诉荣禄外国人不同意中国废皇帝，这使荣禄更坚定了不能废光绪皇帝的决心。据说促使他下此决心的还有李鸿章的另一番话，当他以将行废立之事告知李时，李鸿章猛地站起身来大声说：“此何等事，讵可行之今日。试问君有几许头颅，敢于尝试此事？若果举行，危险万状。各国使臣，首先抗议，各省疆臣更有仗义声讨者，无端动天下之兵，为害曷可胜言。”他还建议荣禄将其中利害仔细密陈给慈禧。这一番慷慨激昂的话，使荣禄有如大梦初醒，原先还一直抱着一丝侥幸，现在他决定力阻慈禧废帝。
就在此时，崇绮、徐桐等人拟好了内外大臣联名请求废立奏稿，先拿去给慈禧看了看，慈禧毕竟有点顾虑，于是要求他们先与荣禄商议，因为荣禄当时总统武卫五军，大权在握。荣禄接过奏稿刚看两行，便借口肚子不舒服跑入内室，与他的幕僚樊增祥商量如何回答。回来后他再接过稿子看了几行，便投进火炉里烧掉，一边还念念有词，说不敢看。崇绮、徐桐非常生气，说：“这是太后让我们拿给你看的，你怎么敢烧掉。”荣禄对他们说：“太后不愿做此事，如果真是太后的意思，我一人认罪就是了。”荣禄知道，如果慈禧真正从自身利益考虑，是会接受自己的看法的，他有这个把握，才敢这样做。第二天，荣禄请求单独面见，他替慈禧权衡利害：太后要办，谁敢反对。只是考虑到皇帝罪行不明，外国公使会横加干涉，不得不谨慎。慈禧对洋鬼子的这种态度痛恨不已，但暂时又无计可施。荣禄趁机表明忠心，认为这样冒险太不值，如果招来大变，自己死不足惜，只是心痛圣母皇太后。一番话说得委婉中肯，加上他叩头大哭不止，慈禧仔细考虑后决定暂时放弃废帝念头。但她认为，事情已经败露，该如何处理才能圆满呢？荣禄进而提出了个折中之法，他说：“皇上年事已高，尚无皇子，不如在宗室近支中挑选一子，立为大阿哥，养在宫中，以便将来继承帝位。”慈禧沉思片刻后同意了这一办法，决定立下大阿哥（相当于历代王朝的太子），以慢慢取代光绪。
光绪二十五年（1900年1月24日），也就是旧历的己亥年十二月二十四日，慈禧召集王公大臣到仪鸳殿，以光绪帝名义，颁布上谕，立端亲王载漪年仅11岁的儿子溥俊为大阿哥，这一事件就叫做“己亥建储”。慈禧为此设宴招待外国公使，希望他们表示祝贺。但各国公使不但不置一词，还有人冷言冷语，说三道四。这对慈禧、载漪等人又是一次沉重打击。他们对“洋鬼子”更加恨之入骨。卑鄙的私利、权力欲的支使，使一向对洋鬼子敬畏有加的慈禧及王公大臣们丧失了理智，对洋人真恨不得生吞活剥，方泄心头之恨，一心想要报复这帮洋人。
机会说来就来。就在慈禧有气没处出的时候，轰轰烈烈的义和团运动犹如一场新的风暴，席卷华北和京津地区。慈禧最终利用义和团不明智地向列强开了战，最终又以签订《辛丑条约》而告败，并再一次出卖了国家的主权，使中国完全陷入了半封建半殖民地的深渊。荣禄是反对这种做法的，但慈禧以及载漪等王公大臣已经被强烈的报复和盲目排外心理蒙蔽了心智，这使荣禄再次处于一种很难堪的境地。
