崇祯九年五月，卢象升部的官军，秘密齐集于河南洛阳一带，堵住了义军由陕西经潼关，折回中原的道路。
陕西巡抚孙传庭，三边总督洪承畴的官军，则充当此次围剿高迎祥的主力。两支官军，兵据要道，随时向高迎祥，发起猛烈攻击。
早在崇祯九年一月初，高迎祥在南直隶作战不利，于二月率部西返河南，一度屯聚在登封鲁山南召山里。不久，会合闯塌天蝎子块等部，转入陕西兴安汉中地区。
崇祯九年七月十五日，高迎祥带领疲惫的义军，刚刚从盩厔西南黑水峪，走出峪口，突然遭到埋伏在峪口，孙传庭两万官军的猛烈攻击。
高迎祥见峪口，有官军伏兵，连忙组织义军将士奋起反击。两军遂在黑水峪方圆十里地，展开激烈厮杀。
刹那间，黑水峪口，硝烟弥漫，杀声震天，尸横遍野。
以逸待劳的官军，居然被远道而来的义军，打得抱头鼠窜，令在远处观战的孙传庭，惊愕不已，大失所望。
高迎祥的义军，初战告捷，击败参将李遇春部官军。
孙传庭见形势不妙，连忙施出招降一招，对高迎祥义军将领，许以高官厚禄，实施分化瓦解之策。
在孙传庭分化瓦解攻势下，乾公鸡张二一斗谷黄龙等将领，竟然瞒着高迎祥，私下向贺人龙，接洽投降的事宜。
不久之后，在马召原的战斗中，乾公鸡张二一斗谷黄龙，利用雨后大雾天气，待高迎祥下马，张弓射敌之机，偷偷将高迎祥坐骑，以及部卒悉数调走，致使高迎祥孤军作战。
待到高迎祥发现时，已经为时已晚，只好脱下身上甲胄，慌忙藏在附近齐腰深的草丛里，后来仍然被官军所发现，不幸当了孙传庭的俘虏。高迎祥心腹爱将刘哲及黄龙，也被孙传庭所俘获。
高迎祥没有想到，已经出了峪口的义军，会遭到官军人马突然袭击，更没有想到，手下几位心腹将领，居然会在危急时刻，降了官军，以致只身落入孙传庭之手。
当初，高迎祥决定进子午谷，经黑水峪北袭西安时，心腹将领刘哲黄龙，曾力劝高迎祥，另觅它途，以免在子午谷黑水峪，遭遇不测。
高迎祥例举当年韩信，“暗度陈仓”之举，执意从子午谷，经黑水峪北袭西安。如果有不从者，当以军法处置。刘哲黄龙见高迎祥执意走险，不觉面面相覷，只得悻悻然作罢。
孙传庭看着五花大绑的高迎祥，得意地吩咐心腹将领，快快解开紧捆的绳索：“高将军，本帅已经等候多时。没有想到，高将军真从子午谷而来。须知，古人多次试图从子午谷，北出奇兵，却没有一人，取得成功。本帅才疏学浅，只是偶然来了灵感，料定高将军，会从子午谷，出黑水峪，突袭西安，故而在黑水峪，埋下伏兵而已。高将军也是足智多谋之人，竟然没有想到，本帅会在此处，等候将军吧？”
看了看志得意满的孙传庭，被解开绳索的高迎祥，轻轻活动一下麻木的筋骨，不禁轻轻叹了一口气：“俗话有言，天算不如人算。既然孙将军，已经擒了迎祥，迎祥也是无话可说。将军不必再多费口舌，要杀要剐，任由将军处置！”
高迎祥知道，落入孙传庭之手，凶多吉少，打定主意，一死了之，不觉对孙传庭的诱降，嗤之以鼻。
孙传庭走到高迎祥身旁，上下打量高迎祥一番：“皇上正等着本帅，将将军押解进京。将军也是聪明之人，难道不知道到了京城，会有何样的后果，等着将军吗？”
孙传庭也是老谋深算之人，待高迎祥说完话，两眼盯着高迎祥，试图从高迎祥的举止之中，看出些许惧怕和悔悟。
高迎祥瞪了孙传庭一眼，突然“呸”的一声，将一口浓浓的粘痰，吐在孙传庭狰狞的脸颊之上：“即使被崇祯斩首于西市，迎祥也毫不畏惧。休得忘形的孙将军，在此处枉费口舌！”
孙传庭抹了一把脸上的粘痰，恶狠狠地指着高迎祥：“已经死到临头，还似烫死的鸭子，嘴壳子硬！看来，将军真是不撞南墙，就是不回头啊！”孙传庭说完话，抹去脸上的粘痰，径直扬鞭策马而去。
七月的北京，正是酷暑时节。
崇祯坐在乾清宫里，翻阅各地送来的奏折。
此时，陕西两军战事正酣，鹿死谁手，依然没有一点消息。在孙传庭的奏折里，已经提及在黑水峪，设伏袭击高迎祥之事。崇祯看罢孙传庭奏折，竟然也不以为然，在心里默默一笑了之。
高迎祥是足智多谋之人，难道会涉险进入子午谷？孙传庭虽然老谋深算，却武断地以为，高迎祥会从子午谷，北出黑水峪。如果如孙传庭所言，能够兑现的话，那高迎祥，岂不让孙传庭，逮了个正着？
崇祯百无聊赖，在乾清宫里走来走去，想起孙传庭的奏折，一边笑一边摇头：“天底下，竟然有如此巧合之事？无论如何，朕打心里，是不会相信的。”
崇祯一边想着孙传庭，想着洪承畴，想着卢象升，一边想着一些奇奇怪怪的事，竟然自顾自地笑了起来，却又连忙轻轻摇了摇头。
“皇上！皇上！捷报！捷报！陕西捷报！”高起潜气喘吁吁莲步而来，举着手里的加急奏折，急吼吼地柔声嚷嚷着。
崇祯看着跌跌撞撞的高起潜，心里突然霍地一惊：“究竟是何捷报，让爱卿累得如此模样？难不成，洪爱卿又打了个大胜仗？”
高起潜一边走，一边摇着头，看着诧异的崇祯：“皇上，是孙大人，打了大胜仗。孙大人在黑水峪，活捉流寇首领高迎祥啦！”
高起潜因一时的高兴，点无胡须的脸颊之上，洋溢着滑稽的笑容，既有女人般的红润，又有女人似的俏美，活脱脱的呆萌模样，让崇祯看得有些发愣。
“孙爱卿活捉了流寇首领高迎祥？爱卿不可以谎报军情。如果谎报军情，那可不是闹着玩的！”崇祯不相信高起潜的话，连忙将信将疑，向高起潜走去。
崇祯一边走，一边看着高起潜的脸颊，想着与嫔妃们云雨时的情形，不觉有些猴猿意马。
“皇上，孙大人的奏折上，已经写得清清楚楚，难道还有假吗？奴才刚才瞅了一眼奏折，白纸黑字明写着，方才斗胆如此说话来着。”高起潜摇晃着手里的奏折，几步就挪到崇祯跟前。
高起潜因为过于兴奋，说起话来颤颤巍巍的，竟然与皇后周氏的话音，颇为几分的相似，闹得本是男人的崇祯，置于胸腔里的那颗雄心，竟然如一头小鹿般乱窜。
崇祯得知高迎祥被擒的消息，得意之极而彻夜难眠，朝中大臣也为之振奋，纷纷在向崇祯道贺的同时，嘉语官军的勇猛和孙传庭的智慧。
崇祯连夜草拟谕旨，派快马急送陕西前线，令孙传庭将高迎祥，火速押解进京，在紫禁城皇极殿前献俘。
同时谕命在陕西的洪承畴，择当员役，沿途拨兵严防，毋致疏虞，确保高迎祥在押解途中，不被义军人马所截走。
一个月之后，高迎祥被孙传庭，派重兵押解至北京，关押在刑部大牢，受尽酷刑而不屈不挠。
崇祯鉴于高迎祥威望，曾经多次前往大牢，百般诱降高迎祥。
高迎祥是铮铮铁汉，怒斥崇祯的种种劣行，绝不降于朝廷和崇祯。不久，高迎祥在北京西市，被崇祯凌迟处死。
崇祯九年初，皇太极改后金国号，为“大清”，年号“崇德”。
五月，皇太极带领清军铁骑，第二次绕道山海关，从蒙古方向攻击长城，突破长城独石口一线防御。
七月，清军铁骑在延庆一带，大败朝廷守军。八月，皇太极的铁骑猛攻昌平，京畿又一次处于危险境地。
此时的崇祯，依然沉浸亢奋之中，接到清军铁骑，经由宣府大同，又一次入侵，劫掠京畿，在延庆大败官军的塘报时，惊得一时说不出话来。
高起潜见状，顿时手足无措，连忙结结巴巴看着崇祯：“皇、皇上，何以不诏、诏令卢大人回、回师京畿，以保京畿万、万无一失呢？”
崇祯听罢高起潜的话，连忙从惊愕之中回过神来：“高爱卿言之有理！即刻传朕御旨，命卢爱卿，务必于十天之内，领兵来京勤王。再赐卢爱卿尚方剑一柄，督师京畿各部兵马，拱卫京城。”
此次清军入侵京畿，领兵将领是阿济格和阿巴泰。
由于朝廷主力陷在陕西，京畿一带兵力不足，八旗骑兵则有十万之众，不日连克十二座城池，俘获人蓄十七万九千余，将京师附近的财物，洗劫一空。
官军将领摄于清军声势，纷纷怯战，只是尾随其后，眼睁睁看着清军骑兵，满载子女金帛，慢慢扬长而去。
卢象升接到崇祯勤王密旨后，马不停蹄从河南进京。
洪承畴则依然在陕西，围剿张献忠李自成。孙传庭此时则在北京，与清军仓促应战，以保紫禁城不失于清军之手。
当卢象升带领官军，到达京畿时，皇太极已经掠得大量财物，沿着长城一线，浩浩荡荡，满载而归。
洪承畴在卢象升，带领官军主力，进京勤王之后，虽然没有放松对陕西义军的进攻，但是仍然让在陕西的张献忠李自成，得到暂时的喘息机会。此时形势的发展，慢慢向有利于义军的方面转变。
然而，高迎祥之死，对义军的打击很大。
在诸路义军队伍里，离队逃散的人马日夜增多，纪律松弛，人心涣散，加之官军可能再次全力围剿，张献忠李自成罗汝才，不得不面对依然严峻的局面。
高迎祥兵败之后，李自成收编高迎祥两万多余部，不日由原来的“闯将”，承袭高迎祥的名号，自称为所部义军的“闯王”，转战于陕西南部和四川东北部，养精蓄锐，以图东山再起。
张献忠也从陕西安康商洛的秦巴山区，向潼关以东的豫西转移，以甩掉官军人马的追击围剿，伺机向河南湖广南直隶游击发展。
