元太宗窝阔台系成吉思汗正妻孛儿台所生第三子。青年时代辅佐其父南征北战，功劳卓著，表现出优秀的军事指挥才能和掌管政事才能，堪称汗位的继承人。成吉思汗也确实在1219年就做出了这样的安排。然而，成吉思汗1227年死后，窝阔台没能立即继位，而是由其幼弟拖雷监国达二年之久，直至1229年窝阔台才得以正式即位。何以出现既被指定为继承人却又不能立即继位的结果呢？这必须从蒙古选汗制度说起。
按蒙古人的传统，幼子有优先继承父业的习惯。一户蒙古家庭，长妻所生幼子，蒙语叫斡惕赤斤，意即“守炉灶之主”，是留守家业之人，而他的兄长成年则要另自成家。若循此习惯，成吉思汗的幼子拖雷在继任汗位上拥有极大优势。然而成吉思汗凭着他的成就和威望，打破了这一传统，没有以拖雷为继承人，而是选定了窝阔台。
成吉思汗为何要如此做呢？据波斯史家志费尼《世界征服者史》记载，成吉思汗从窝阔台的言谈举止中，时时看出他是皇位的适当人选，日益发现他治理朝政和卫国御敌的英豪气魄。于是，通过提示和讽喻，成吉思汗经常把这个印象铭刻在他诸子的心里。而他的其他三个嫡出儿子却不具有如此的才能和特长。由此可以看出，成吉思汗之所以视传统习惯而不顾而选窝阔台为继承人，实出于才能与特长的考虑，换言之，成吉思汗在择立储君的标准上做了大胆变革。而对于其他三子，他经过慎重考虑也做了适当安排：长子术赤管狩猎，次子察合台掌法令，幼子拖雷统军队。
在四子中，汗位究竟谁属？成吉思汗心中亦曾经犹豫过。事实上，成吉思汗最宠爱的是幼子拖雷，每有战争必携其俱往，且称其为那可儿（即伴侣）。就军事才能而论，窝阔台亦自认不如拖雷，因此成吉思汗也曾想因循传统传位于拖雷。但最终他还是否定了这一选择，为了弥补拖雷失去汗位的损失，成吉思汗采取了一种折衷做法，即一方面将治理国家的重任交给了窝阔台，另一方面，则将他的大斡儿朵的管理权和绝大部分军队的统辖权交给了拖雷。如此做的结果虽然在二子之间做了一定的平衡，缓和了其间的矛盾，但从长远看，又给后来窝阔台系和拖雷系之间的汗位之争事先做了倾斜性的实力分割。后来拖雷系之所以能从窝阔台系手中夺去汗位实有赖于其所握有的军队与财富。
对于汗位这一敏感性问题，四子间形成两大营垒，矛盾深伏其间。察合台和窝阔台为一党，术赤与拖雷为一党。当成吉思汗向诸子透露他的选定时，术赤与拖雷党虽没公开表示异议，但内心是不服的，其不满情绪首先由术赤表现出来。
当成吉思汗命令除拖雷以外的三个儿子西征花剌子模的都城兀笼格赤时，术赤与察合台发生冲突，致使攻城不下。术赤遣使向成吉思汗请示：“如今俺三人内听谁调遣？”继位人选既已明确，为何还要请示以谁为首呢？这只能说明术赤根本反对窝阔台为继承人。除此之外，不可能有其他根本原因。后来在窝阔台的调解下，二人委曲求全，三子暂时团结起来，终于攻克其城。之后，察合台和窝阔台往塔里寒与成吉思汗会师，而术赤则违反父命径赴他在也儿的石河的营地，对此成吉思汗非常生气，认为他反迹已明，准备派兵亲征，后因术赤死讯传来，方才罢兵。由此可见，那种认为诸子对成吉思汗的决定皆心悦诚服的说法是不符合事实的。
成吉思汗也察觉到诸子间为此事而耿耿于怀，惟恐诸子因此而彼此结怨从而影响到帝国的统一大业，所以在临终前特召诸子于帐前，谆谆教诲，要他们团结一致，服从窝阔台领导。他一再给他们讲一支箭易折，多支箭合在一起难折以及一头蛇和多头蛇的故事。后者是说在一个严寒的夜晚，多头蛇想进洞御寒，但诸头互相反对，互相牵扯，结果谁都没进去，皆冻死洞外；另一条一头蛇却顺利进洞。其用意再明白不过。
造成汗位空虚达二年之久的另一个根本原因是汗国时期仍残存的原始民主制。即使是成吉思汗也不能完全摆脱传统的束缚和影响。按汗国传统，帝国之大事，包括征伐、创制、选汗及宗亲的惩罚等必须要通过由诸王、权贵参加的忽里台大会的共同议决。而且有法令规定：如果任何人由于骄傲，自行其是，想要当大汗，而不经过诸王的推选，那么他就要被处死，决不宽容。所以窝阔台要正式即位，必须要例行忽里台大会的推选。
1229年7月，各地的宗王、皇子以及皇帝驸马、公子和万户、千户诸官陆续来到怯禄连河的阔额阿剌勒的地方，准备参加忽里台大会。会议预定开40天，前三天照惯例，大摆筵席，狂欢滥饮。此后便开始讨论汗位问题，经过35天的争议，至8月24日仍“议犹未决”。时任监国的拖雷本就不愿窝阔台即位，而他作为忽里台大会的主要召集人和主持者，内心对忽里台大会就怀有异意，所以他计谋在拖，不愿交出大权。耶律楚材深明其中奥妙，知道旷日持久的争议可能会造成内讧从而影响统一大业，故而挺身而出，禀奏拖雷“宜早定宗社大计”，拖雷对曰：“事犹未集，别择日可乎？”楚材以二十四日正是吉日，请求立断，错过“无吉日矣”。众人一向敬服耶律楚材，闻此言纷纷附和，拖雷见人心所趋，知拗不过众人，只好退让，表示支持其兄继位。窝阔台循旧俗再三推让，最后才表示同意。窝阔台就此正式登上汗位。
窝阔台即位后，重用耶律楚材，采取多方面措施，以加强大汗的权力，从而大大推进了蒙古国家政权的发展。在继续推行军事扩张政策的同时，对内实行朝臣跪拜之礼，制定赋役制度，保证赋税征收，分封民户，建立驿站，营造宫城，强化政权组织建设，改行文治路线，为元帝国的统一大业做出了贡献。
