公元前104年，司马迁着手编写中国的第一部纪传体通史。正当司马迁专心著述的时候，大祸从天而降。
公元前99年，汉将军骑都尉李陵奉命率领5000步兵出击匈奴，不幸被匈奴8万骑兵包围，经过几昼夜的激战，李陵得不到汉武帝爱妃的长兄李广利所率领的主力部队的后援，结果因箭尽粮绝，寡不敌众，战败投降。
汉武帝为战败之事非常生气。汉武帝问司马迁对此事有何看法。司马迁认为：
敌我兵力悬殊，李陵以少数兵力，转战千里，后无援兵，杀伤敌兵近万。这样英勇，古代名将也不过如此。他虽然力竭投降，还是有可能找机会立功报答国家的。
司马迁的话其实是在指责李广利没有尽到他的责任。不料汉武帝认为这些话是为李陵开脱，盛怒之下，立即下令把司马迁投入了监牢，并处以死刑。
按汉朝的法律，死刑有两种减免的办法，一是用50万钱来赎罪，一是受“腐刑”。司马迁是个小小的史官，家里很穷，拿不出钱来赎罪。只好接受了这种对人肉体上、精神上最残酷的摧残，以及对人格的极大侮辱。为此，司马迁痛不欲生，几次想自杀，一死了之。但是，他顾及到《史记》尚未完成，便隐忍苟活，成一家之言，以实现父亲的夙愿和自己的理想。
他忍辱负重，矢志不移，终于在公元前93年完成了千古不朽的名著——《史记》。
