洛克菲勒意识到，当初自己决定让弗拉格勒加入公司是一个多么明智的举动。有了弗拉格勒的加入和协助，洛克菲勒更是如虎添翼，继续为企业的壮大而努力着。后来的事实证明，正因为有弗拉格勒的加入，才使得洛克菲勒的“石油帝国”的建立有了关键性的人才保障。
在两个人出色的经营下，洛克菲勒-安德鲁斯石油公司和标准石油炼油厂的业绩都得到了飞速的发展，很快成为美国石油业的第一位和第二位。
1867年10月的一天，弗拉格勒向洛克菲勒提出了一个建议，将洛克菲勒-安德鲁斯石油公司和标准石油炼油厂合并为一个企业。因为这样他们在美国石油业中的势力会更加强大，更有话语权，从而会有更多的资金和人才加入。这样他们就可以很快地成为美国石油业的寡头，从中赚取更多的财富。
洛克菲勒对于这个建议进行了仔细的考虑，最终他认为这是一个非常好的想法，他很快就接受了这一建议。
不久，原来的洛克菲勒-安德鲁斯公司和标准石油炼油厂改组为洛克菲勒-安德鲁斯-弗拉格勒公司，这就是标准石油公司的前身。
此消息一经公布，便引起了强烈的反应。很多人都认为这个公司的建立可以推动整个美国石油业的发展，社会所需要的石油的价格很快就会降下来。
标准石油公司的建立也标志着约翰·D.洛克菲勒在石油业上取得的巨大成功，这也让洛克菲勒家族从一个名不见经传的普通家族一跃而成为美国上流社会的豪门望族。
公司成立后，正如弗拉格勒所预料的那样，很多资金和人才都纷纷走进了标准石油公司的大门，为其垄断美国石油业打下了坚实的基础。
联手铁路巨头
1869年，标准石油公司的石油日产量从最初的每天2600多桶增加到了每天7800多桶，这样的日产量，使得公司在美国石油业中确立了龙头老大的地位。几乎没有哪一家石油公司可以和它相抗衡。可以说，他们离垄断石油业更近了一步，但此时，铁路运输线却阻碍了公司的发展。
当时的美国有三大铁路系统，分别是宾夕法尼亚铁路、纽约中央铁路和伊利铁路。这三大铁路系统对石油业的发展起着至关重要的作用。石油业的快速兴起，让这三大铁路运输系统的运营商们非常眼馋，他们也想趁机从中分一杯羹。这些运营商为了抢运原油与提炼油的生意而互相杀价，采用给回扣的手段拉拢客户，这样反而让那些石油公司占了便宜。在当时的美国东部，有两个大名鼎鼎的铁路霸王：
范德比尔特和古尔德。在克利夫兰市的石油运输业中，宾夕法尼亚铁路公司占有垄断地位，因为他们的铁路通向重要的开采基地——匹兹堡。他们利用这个优势，向匹兹堡的各个炼油厂收取高额的运费。
为了巩固自己的霸主地位，宾夕法尼亚铁路公司还采用各种手段，削弱克利夫兰的炼油厂。很快，克利夫兰的地位就要被匹兹堡取代了。很多炼油厂听到这个消息后，都极为惶恐，很多老板还准备将工厂搬迁。但是洛克菲勒很快就将他们的企图识破了。他认为，这个机会应该好好利用一下，或许坏事还可以变成好事。
当时，拥有纽约中央铁路的科尼利尔斯·范德比尔特，是位投机老手，外号“小偷贵族”。1794年，他出生在纽约斯坦顿岛上的一处农场，从小没有读过几年书。年轻时他曾经在斯坦顿岛船上当水手，后来经营了一个小酒店，用挣下的钱买了一艘小船。1812年英美战争时期，他驾驶着他的小船为军队运输军用物资，很快就积累了一大笔钱。到1817年他23岁的时候，他已经拥有了1万美元和一个船队，很快又成为航运业的老大。南北战争期间，他又抓住机会，大发了一笔。后来，他花钱买通了政府职员，将竞争对手全部打败，获取了纽约中央铁路的经营权，就此打下了铁路大亨的基础。
纽约中央铁路公司是由几家小铁路公司合并而成的，控制着从纽约到芝加哥的铁路，中间经过石油、钢铁和煤炭的主要产地，是一条黄金线路。
当范德比尔特在纽约中央铁路的地位巩固之后，他又开始想尽办法和手段以达到控制纽约到芝加哥的铁路，从而实现控制全美铁路的野心。
伊利铁路成为最关键的铁路，因为它是纽约到芝加哥最短的铁路。一旦占有这条铁路，不仅可以拥有与其相关的巨大利益，而且范德比尔特的称霸野心也就很容易实现了。于是他开始大量购买伊利铁路的股票，但此时，一个有力的竞争对手出现了，此人就是另一位铁路霸主——杰伊·古尔德。
出生在1836年的古尔德也是在南北战争时期突然暴富的。他靠倒卖皮革起家。这个人以眼光独到，心狠手辣着称，曾以逼迫老板自杀的方式，将一个皮革公司占为己有。他将皮革公司赚来的钱投资到纽约州的小铁路上，并使铁路的经营逐渐有了起色。
在掘金方面，古尔德和范德比尔特相比，可以说是有过之而无不及。他的皮包里也同样塞满了现金，在必要的时候就随手塞给每个议员一个红包，每个红包中装着10万美元，比范德比尔特还多2.5万美元。巨大的付出得到了更巨大的回报，他如愿以偿地取得了伊利铁路的经营权。在这场争夺伊利铁路所有权的斗争中，洛克菲勒也站了出来，而且和范德比尔特结成同盟，这又是怎么回事呢？
作为一名石油商人，洛克菲勒非常清楚石油和铁路的关系。所以，在刚刚涉足石油业的时候就对铁路运输做了深入的了解。距离标准石油公司最近的铁路运输系统就是纽约中央铁路。另外，当时的美国石油业也主要分布在纽约州附近。要想垄断下游企业，就必须从铁路运输下手。而在这一点上，弗拉格勒的观点又和洛克菲勒不谋而合。
当时通过克利夫兰的铁路有两条：一条是范德比尔特的湖滨铁路，另一条就是古尔德的伊利铁路。洛克菲勒炼油厂所生产出的精炼油，一定要通过这两条铁路才能运到纽约或者费城。
一天，洛克菲勒和弗拉格勒再一次就公司的发展和竞争力等问题进行了讨论。弗拉格勒分析说，原油产地的石油公司一般总是在需要的时候才想到铁路，如果不用的时候就将之丢弃在一旁，所以导致铁路上经常没有生意可做。铁路公司的老板对此非常头疼，但如果这个时候有人和他签订合约，每天给他们固定的运输量，这样，和他签约的那个人就会得到大大的折扣。
洛克菲勒听到弗拉格勒的分析后，眼睛一亮，对啊，如果和铁路公司签订合同，从中收取回扣来扩充自己的实力，这样，铁路公司就会发生恶性竞争。而这种竞争一旦爆发，就会导致你死我活的结果。
但对自己的石油公司是绝对有利的。这真是一个非常好的办法。但问题是，谁去和铁路公司谈判呢？
弗拉格勒主动要求去尝试一下。他和洛克菲勒商定，先去和范德比尔特谈。
此时，范德比尔特刚刚聘用了一位叫詹姆斯·迪贝尔的人担任纽约中央铁路的董事长。这个人是南北战争中非常有名的一位将军，铁路的相关事宜都由他来主管。这位将军刚一上任，便以军人的气魄，将大刀挥向了对手古尔德，想趁他毫无准备之际，先下手为强。而这正给洛克菲勒创造了机会。
在弗拉格勒去找迪贝尔谈判之前，洛克菲勒又开始准备实施另一个酝酿好的计划：将一切可以装运石油的油罐列车，还有油轮、油桶等全部包租下来。相信用不了多长时间，那些准备打运输石油主意的竞争对手们就会发现，在运油的铁路上他们已经没有可以运油的列车了。因为洛克菲勒的公司已经控制了所有的列车使用权。
这简直就是致命的一招。
运输业最重要的工具就是油舱和货运车厢。洛克菲勒将这些设备全部包租下来就意味着石油业入侵运输业。这样，洛克菲勒就可以强制铁路公司降低运价，进而打败迪贝尔，这也等于是打败了范德比尔特和他的纽约中央铁路。
但这个时候，又出现了一点意外。本来这个计划是秘密进行的，但不知什么地方出现了纰漏，湖滨铁路公司和伊利铁路公司同时来找洛克菲勒谈合作的事情，也难怪，标准石油公司已经成为石油业的龙头老大，各铁路大亨们都想拉住这位大客户。
经过巧妙的安排，弗拉格勒先找迪贝尔去谈。
这是一场利害攸关的谈判，迪贝尔要争取到对自己一方最有利的方案，弗拉格勒毫不相让，因为他这一方占据着主动。如果达不到自己想要的结果，谈判会立即中止，另一场与古尔德的谈判也会随之展开。迪贝尔当然不能让这位大客户从自己手中流失掉。双方激烈谈判，讨价还价，最终达成一致。
弗拉格勒所谈下的折扣价，也让自己吃了一惊。双方约定的运费是，从产油区装运原油运送到克利夫兰，每桶油为0.35美元，折扣价为0.07美元；而精炼油从克利夫兰运送到东海岸，每桶的运费为1.3美元，折扣价为0.7美元。后来，弗拉格勒还回忆说：“我记得，我们的炼油厂得到它的第一次运费折扣后，我们实在是太高兴了。我们打了一个大胜仗。”
没多久，这个秘密商定的协议就“不幸地传遍了整个美国”。
之后，美国的三大铁路系统因为这个事件相互之间展开了竞争，互相打价格战，一些中小石油企业也开始因为石油运输费用的降低而感谢约翰·D.洛克菲勒。
当时，这种折扣之风非常盛行，而且任何一个商人都觉得这很合理，丝毫也不觉得有什么羞愧。事实上，这种折扣风，这种无序的竞争，带来的只有贪污、混乱、浪费、损失，对社会是一种灾难。
到80年代，美国金融界的风云人物J.P.摩根对铁路进行了一系列的重组兼并，从而控制了铁路，铁路的无序竞争有所好转，到1903年颁布《埃尔金斯反回扣法》禁止运费回扣，铁路上的回扣风才基本刹住。
洛克菲勒和弗拉格勒内心都很清楚，他们所做的这件事并不光彩，会受到非议。因为所有的优惠条件都是秘密达成的。为了给自己留条后路，他们和铁路公司的交易并没有进行签字仪式，而是通过握手的方式达成的。当然，这种口头达成的协议要想反悔非常容易。
洛克菲勒始终声称自己的公司在拿回扣上没有得到比其他石油公司更多的利益，但实际上，标准石油公司每周都要运送数千桶原油和精炼油，按照这个折扣价计算，仅仅在这一点上，洛克菲勒就大发了一笔。在1867-1870年之间，标准石油公司在同行中产量最大，生意最多，争取到回扣就更容易。不可否认的是，他们在管理、经营和技术等各方面也都很努力，所有才具有如此强的实力。
