老洛克菲勒对儿子取得的成绩感到欣慰，同时也为他指派了更多更艰难的任务。随着老洛克菲勒身体状况的日益恶化，他将手中巨大的权力以及肩上的重担都交给了小洛克菲勒，自己则退到幕后协助儿子管理家族的石油帝国。小洛克菲勒被委派参加花旗银行、美国钢铁公司辛迪加、新泽西标准石油公司、科罗拉多燃料与钢铁公司、芝加哥大学以及美国几家重要铁路公司的董事会。此时的他已经成为全美国17家最大的金融机构和工业财团联盟的主席。
1916年，美国联邦政府通过了一部《遗产继承法》，其中规定，继承超过500万美元的资产将征收20％的继承税；1917年，又规定继承1000万美元以上的资产要增收25％的继承税。这部法律的出台解决了小洛克菲勒在财政上的独立问题。1917年，老洛克菲勒趁着自己还在世，便开始将自己的财产转让给儿子：先是新泽西标准石油公司、纽约标准石油公司、印第安纳标准石油公司以及其他托拉斯分公司的巨额股份，然后就是他耗费30年才积累的工业财产。直到1921年，这次财产转移才全部完成。
这个时候，小洛克菲勒的手中大约有5亿美元的资产，而老洛克菲勒的手中则只剩下了2000万美元用于投资股票。虽然小洛克菲勒感觉自己并非这些财产的真正主人，所有的计划一定要征得父亲的同意才能实施，但他并没有什么怨言，他理解父亲的这种行为：“父亲是一个充满力量、具有顽强意志的老人，我无法怀疑他，更不能指责他。”
上帝赋予的使命
商场上的征战是永无止境的。小洛克菲勒认为，每项权利，每个机会，每份财产中都隐含着一种责任。从其性格和个人兴趣来看，小洛克菲勒似乎更适合在慈善基金会工作，而不是在标准石油公司。而实际上，小洛克菲勒一直在照顾家族利益和扩大慈善活动规模之间寻找平衡点。小洛克菲勒认为，刚刚成立的慈善基金会其实就是一个崭新的金矿，但老洛克菲勒对慈善事业却没有太大的兴趣。因此，小洛克菲勒抓住一切机会向父亲提出自己的看法，劝他发展慈善事业。终于，老洛克菲勒了解并认同了儿子的计划。
于是，在随后的十几年中，老洛克菲勒在慈善事业中先后投入了4亿美元的巨额资金。在这一系列的慈善事业中，小洛克菲勒担任了重要的职位，而且参与了一系列的事务管理。
但是，人们不会忘记老洛克菲勒不光彩的发家史。小洛克菲勒明白，要想维持慈善家的形象，就要放弃同标准石油公司的种种联系。
于是，他找到父亲，将自己的想法跟父亲说了一遍。父亲听完他的话后，依旧淡淡地对他说：“是上帝派你来继承这份家业的，约翰。上帝派每个人来到人世，都赋予他一定的使命，你只要完成了上帝赋予你的使命就可以了。你会知道你应该做什么，不应该做什么。无论你选择了怎样的道路，我都会支持你的。”
有了父亲的理解和支持，小洛克菲勒很快辞掉了标准石油公司和美国钢铁公司副董事长的职务，很快，其他公司的董事职务也相继辞去了。他只担任一家不起眼的公司的董事，就是科罗拉多燃料与钢铁公司。这家公司位于一个名叫勒德洛的小镇上，在洛克菲勒庞大的家族企业中，它的确只能称得上是一个无名小卒。
在20世纪初，洛克菲勒只是占有这家公司的一小部分股票而已。
但是，随着资金的不断增加，洛克菲勒家族到处寻找投资目标。后来，老洛克菲勒对科罗拉多燃料与钢铁公司加大了投资力度，第一次投资金额就高达600万美元。在后来的日子里，他又把投资额增加到2000万美元以上，最后，这家公司的绝对控制权被洛克菲勒牢牢地掌握在手中。
最初，科罗拉多燃料与钢铁公司的经营状况并不是很好，在盖茨的推荐下，公司起用了一个叫拉蒙特·蒙哥马利·鲍尔斯的人，此时他已经60岁了，但为人精明干练，在梅里特企业中，他曾建立了一支铁矿石运输队，对梅里特兄弟的成功起到决定性的作用。
1907年，鲍尔斯接管了这家公司。当时，美国的报纸正在不断地批判对工人的剥削，工会也常常活动，指责“工业专利主义”。而鲍尔斯在管理科罗拉多燃料与钢铁公司时，采用的就是通过压榨劳动力来追求高利润的“工业专制”制度。工人们的工资非常低，而且还是用代价券代替，这种代价券只能在公司专门设置的“宰人”的商店中使用。矿区周围搭建了一排低矮的棚屋区，都是用木板搭建的，非常简陋，租金却很高。有时，矿工一家人只能挤在一间屋子里，一旦遇到下雨或者下雪的天气，那种凄惨的情景简直难以形容。而一旦公司辞掉某个工人，在3天之内，他和他的家人就会从这里被赶走。公司每年都会花费2万美元雇佣一批密探、矿警和奸细，以保证工会主义不会影响到这里。但是，公司从来不肯在改善工人的医疗卫生等方面多花费一分钱。
科罗拉多燃料与钢铁公司在当地是最大的公司，也是主要的政治势力，所有的行政司法长官和科罗拉多燃料与钢铁公司的掌权人一样成为工人的对立力量。在鲍尔斯的矿井中，根本没有什么安全设施，所以经常出现工人伤亡事故，但那些因工导致伤残的或者死亡工人的家属却根本得不到一点补助。
工人们的愤怒和不满不断地积累，终于像火山一样爆发了。他们自己组织了一个工人联合会，在集会的时候，揭露鲍尔斯种种恶劣的行为，以表达自己的愤恨心情。鲍尔斯很快起来反抗，他表态说：
“这样一些人，伙同低贱的大学教授和一些揭丑杂志的那些更为低贱的作家，再加上许多言语乏味的说教者们……竟然被允许来攻击建立伟大工业的企业家们……采取强有力的措施的时候已经来到了。”
1913年9月，这个偏僻的矿区，终于爆发了工人大罢工，参加人数达到9000人，有20多家公司的工人参加。鲍尔斯又雇佣了一些密探充当打手，来对付罢工的工人。很快，这场罢工就发展到了武装冲突。在这场战争中，许多工人及其亲属失去了生命。特别是当两名妇女和一名儿童的尸体被发现之后，民众对资本家的暴行的愤怒达到了顶点。其他地区的罢工者也纷纷开始袭击矿区的管理者。最后，连威尔逊总统也不得不命令联合部队进驻这个地区来控制混乱的局面，以防止发生全面战争。
在罢工初期，小洛克菲勒就对这场事件予以密切关注，他同样面临着巨大的压力。但是，当威尔逊政府要求小洛克菲勒以自身的影响力来将这件事解决好时，他却拒绝了，理由是他只不过是科罗拉多燃料与钢铁公司的一个股东。得知他的这个态度，社会舆论开始纷纷谴责他。但是，此时事情发展得已经越来越严重了，没有办法，威尔逊总统只能对双方进行调节。很快，众议院成立了矿井和采矿小组委员会，并就此问题召开了听证会。2月初会议开始进行，3月，小洛克菲勒应召出席了听证会。
听证会上，小组委员会主席马丁·福斯特向小洛克菲勒频频施加压力，直接地质问他：“你就不该稍稍注意一下发生在科罗拉多燃料与钢铁公司的流血罢工事件吗？你在那里有1000名员工，而你对他们的关心似乎有些不够。”但小洛克菲勒巧妙地回避这个问题，他这样说道：“这个问题已经不是某一家公司或者某个行业的问题，而是应当由国家管理的事务——是否允许工人在自己选择的条件下进行工作。事实上，在生死攸关的问题上，我们宁可损失自己所有的钱，也不愿意看到我们的工人失去工作。所谓为了自身利益而强迫工人们接受我们的规则是毫无理由的。不幸的是，很多人并不理解这一点。”
马丁再次问道：“那么，如果以你的全部财产并且杀掉你的全部雇员作为代价的话，你还会坚持这一原则吗？”
小洛克菲勒郑重地回答：“这是一个非常重要的原则问题。”
