伯驾受过正规医学教育，拥有丰富的医学专业知识，这使他的医院在其初始阶段即获得很大成功。《中国丛报》报道说：“在六个星期的时间内，我们看到有450名病人得到了一个外国人的医治。”伯驾医院开始时以广州地区的下层群众为主要对象，后来其病人的来源有所扩大，来自全国各地各阶层。伯驾在广州的外侨和中国人中，一下子就声名鹊起。
裨治文非常高兴伯驾在中国的成功，因此，他鼓励美部会派遣更多有医学技能的人来中国，认为他们的到来能给广州居民提供有益的服务，从而提高传教士的声誉，为传播福音提供更多的机会。他说：
医院不仅能治愈病体，从而展现“蛮夷”的技术和善良，而且能有大量绝好的机会为有精神疾病的人服务。我们认为，应该采取措施让这种机构永远存在。
所以，1836年裨治文、伯驾和郭雷枢共同倡议在广州成立医药传道会，呼吁各国派遣医药传教士，借医务工作进入中国社会传教。
1838年2月，中国医药传道会成立，郭雷枢任会长，裨治文、伯驾、查顿、因义士等人任副会长。裨治文与郭雷枢、伯驾一道起草并发表一份关于医药传道会的宗旨和规则，宣布组织的宗旨是：
通过为中国人治病，向他们传授医学知识和上帝的福音，使他们消除长期存在的偏见和民族排斥情绪，使他们认识到他们所仇视的人有能力并且愿意帮助他们摆脱苦难。
由此可见，裨治文等人做医务工作的目的，还是为了消除中国人的偏见，从而接受西方的基督教教义。
中国医药传道会成立后，为扩展欧美各地联系，又在美国波士顿、纽约、费城、巴尔的摩、华盛顿，英国伦敦、爱丁堡、格拉斯哥等地设立代理，至5月，已筹得9366.75美元作为开办费。
1838年4月24日医药传道会举行第二次会议，决定在修葺广州眼科医院的几个月期间，让伯驾到澳门开一所医院。裨治文费尽心思收购了郭雷枢曾开设过诊所的房子（其时，郭雷枢医生因为个人原因被迫离开澳门，所以他建立的诊所暂时没有医生）。1838年7月5日，伯驾医院重新开业。开业3个月间，病人高达700人次，大多数以眼科为主。当伯驾回到广州时，由于没有合格的医生代替他，诊所不得不关闭。
医药传道会在1838年11月召开了首次年度会议，1839年后随着中英关系的不断紧张，该活动一度中断。但鸦片战争期间，裨治文和伯驾等在华传教士仍力图维持该会事务，在裨治文的主持下，第二次年度会议于1841年7月在澳门举行，会议继续选举郭雷枢为会长，伯驾、裨治文等10人为副会长。
在医药传道会主办下，伯驾的广州眼科医院维持了好几年，它的病人上至达官贵人，下至平民百姓，给传教士提供了大量与中国人接触的机会，在一定程度上消除了中国人对外国人的敌视与偏见，也给后来的中美谈判带来便利，这是后话。
裨治文等人倡办的广州眼科医院，成为中国近代最早的西方医学院，孙中山曾就读该院，其后数度合并成为中山医学院。
由于医药传教比散发宗教小册子和在民众中直接布道效果更为显著，欧美各教会组织十分重视派遣传教医生来华工作，及至五口通商，医药传道会所属医生均在各地设立医院，如，玛高温（Daniel J.McGowan）、卡明（W.H.Cumming）在厦门，海茨博格（H.J.Hischberg）在香港。对于传教士创办的西式医院对中国的重要性，大家不难认识。陈邦贤谈及新教传教士开设的医院时说：
各医院之功绩不独为治愈疾病，减少死亡率，而且训练甚多中国助手，翻译传布西国医学知识于中国，其功亦不少也。
而这些医院和药房都由医药传道会提供资助。可以说，中国近代医院之发展，与中国医药传道会有直接关系。而裨治文在医药传道会的形成、组织中起着主要的作用，犹如他对马礼逊教育会一样。
当然，裨治文等人在教育、出版、医药等方面的活动，最终目的都是为了传播基督教教义，用传教士自己的话说：
不仅使中国人同外国人更加广泛地友好交往，而且传播欧美的艺术和科学，最后向他们宣扬上帝的救世福音，消除盘绕在他们脑子里的迷信思想。
第五节 裨治文与中文《圣经》的翻译
不管是教育传教还是医药传教，传播福音是早期来华新教传教士的最终目的，为此，翻译《圣经》是他们来华后一直在持续的一项工作。
新教传教士翻译中文《圣经》自马礼逊起。马礼逊于1808年任职东印度公司后，根据巴黎外方传教会的传教士巴设的《新约》译稿（部分）翻译了《新约》。
1813年译完《新约全书》，并雇人秘密出版。1814年起，马礼逊和米怜合作翻译《旧约》，1819年11月全译本译毕，在马六甲排印，1823年全部出版，取名《神天圣书》，《旧约》称《旧遗诏书》，《新约》称《新遗诏书》。1835年，裨治文就和麦都思、郭实猎、马儒翰组成四人小组，以马礼逊译本为依据而加以修订。据专门对《圣经》中译作过研究的伟烈亚力称，《新约》的修订主要由麦都思进行。《旧约》于1838年完成，1840年印行，大部分为郭实猎所译。郭实猎又再修订麦都思《新约》，以《救世主耶稣新遗诏书》出版。
虽然新的译本比旧的有所进步，但是传教士们认为“无论新旧译本都不符合（汉语）语言习惯。几乎所有的传教士都越来越强烈地希望出现更好的译本”。
1843年8月22日至9月4日，裨治文出席在香港举行的一系列传教士大会，讨论联合修订《圣经》中译本。裨治文作为美部会代表，被委与浸信会粦为仁牧师（Rev.William Dean）讨论Baptizo（洗礼或浸礼）之中文译词问题。会议还决定由每个传教站组成一个地方委员会，所有传教站的传教士均为成员。修订工作先由各地方委员会分头进行，再由每个创建者派代表组成“代表委员会”，对所有修订之处作最后的裁决。之后，将整个译本提交给英国和美国的圣经会。会议选举麦都思为总委员会秘书。这次会议导致了“委办本”（Delegates'Version）的出现。
为进行“委办本”中文圣经翻译，裨治文于1847年7月来到上海。此后，他长期居留上海，与克陛存共事翻译《圣经》。在修订过程中，由于裨治文极力主张译经原则应按照原文逐字逐句翻译，而不重于文辞典雅的意译，所以与以麦都思为首的英国传教士在翻译上意见相左，如在“God”或“Theos”、“Deus”的翻译问题上产生分歧，从而展开“译名之争”。
早在1843年的香港会议上，麦都思、马儒翰等主张把“神”改译为“上帝”，但是遭到以裨治文为首的美国传教士的反对，他们主张继续使用“神”。他们最后决定，每个传教站现在可以使用其喜欢的中文翻译God，留待总委员会议作最后的决定。
从1845年开始，《中国丛报》就成为双方笔战的论坛，直至终刊。裨治文、麦都思、郭实猎、文惠廉等纷纷发表长篇论文，进行论战。对于这种分歧状况，卫三畏在1850年作了概况说明：“除了少数例外情况，所有主张使用‘上帝’为译名者都属于伦敦会，而所有美国人都站在美部会传教士一边。”1850年8月，《新约》修订完成，凡涉及有争议的译名之处，都留下空白。同日，在上海的传教士宣布组成《旧约》委员会，裨治文仍为委员之一。1851年，麦都思等人退出委员会，裨治文被选为原来的“代表委员会”主席，克陛存为秘书。
裨治文以忠实于原文，“一点不改变，一点不增加，一点不减少”为原则，使之“风格像通行的英文本《圣经》一样忠实、简洁、平实和纯正”。他在克陛存和文惠廉的帮助下，继续以“神”名译《旧约》，1862年新旧约全书译就，由美国圣经会斥资出版，被称为“裨治文、克陛存译本”（Bridgman and Culbertson Version）。
裨治文翻译的版本为美国公理会在华最具代表性的圣经，一直比较流行，其中《新约》部分到1920年时销售量还达1005本。
