清真寺是伊斯兰教重要的组织设施，穆斯林视为“安拉的房子”，宗教的灵魂。伊斯兰精神，是以清真寺为媒体渗入穆斯林的心灵，穆斯林礼拜和敬事安拉，又是通过清真寺而上达。清真寺在穆斯林的宗教生活中，乃至社会生活和政治生活中的地位至关重要，与穆斯林的关系极为密切。回、东乡、撒拉、保安族穆斯林至今对它一直保持两种称呼。一是沿袭伊斯兰教阿拉伯语的原称，直呼为“麦斯至德”(Masjid)，义为叩头、礼拜之处。或以阿拉伯语“哲玛尔提”(Jama"t)称之，义为集合、聚众，包含有群体之意，也就是穆斯林所置的公共宗教场所。通常回族穆斯林建立新的清真寺坊，或是由原属教坊分离出来，另行建立寺坊，统称为建立“哲玛尔提”。再则就是汉语称呼。汉语称呼在历史上很不一致，最早唐时，见于中国典籍中，称为“礼堂”。宋代有“回回堂”之称，元时称“回回寺”，或称为“礼拜寺”、“清真寺”。据说元延佑二年(1315年)咸阳王赛典赤·瞻思丁奉敕重修陕西长安寺，奏请赐名“清真”，以称颂“清净无杂”的真主。到明代才比较普遍地称为清真寺。因为，明代开始把伊斯兰教称为清真教，伊斯兰教的寺院也随着被称为“清真寺”。此后它就是广泛流行的汉语称呼，成为回族伊斯兰寺院的汉语定称。但礼拜寺的称呼，至今在一些穆斯林地区也还流行着。
“寺”原为我国古代官署名称，如鸿胪寺、太常寺、大理寺等等。相传东汉明帝时天竺僧人迦叶摩腾、竺法兰以白马驮载佛经到达洛阳，作为来自佛国圣地的贵宾，由朝廷掌“朝贺庆吊、赞导扬礼”的鸿胪寺接待，住于鸿胪寺。迨洛阳雍关西建立起佛教庙宇，高僧移驻其中，仍以“寺”相称，命名为“白马寺”。中国佛教庙宇定称为“寺”，就来源于此。其他外来宗教的处所，也多援例称之为寺。如基督教的“大秦景教寺”，摩尼教的“大云光明寺”等。后来，伊斯兰教的活动场所也就相沿称之为“寺”。
清真寺建筑沿革
穆斯林对清真寺的建造，历来极为重视。伊斯兰教刚刚在阿拉伯兴起时，就开始建造清真寺。622年9月，先知穆罕默德从麦加迁徙麦地那途中，在麦地那东南三公里的库巴，首次修建了一座简易的礼拜寺，后来称为古巴仪清真寺，这是先知开始传教后，伊斯兰教出现的第一座清真寺。先知到达麦地那后，便在麦地那又修建了一座比较正规的礼拜寺，这就是后来着名的麦地那先知寺，它成为当时伊斯兰教政治和宗教的活动中心。这两座清真寺的建筑当时都很简朴，先知曾说过：“真主并未命令我把清真寺修得非常宏伟。”先知寺原先是用坯垒起来的，屋顶枣椰树枝，梁柱是枣椰树杆。伊斯兰教第一世纪时，阿拉伯帝国几乎所有的清真寺都沿袭这种风格，简易实惠，朴素大方，成为那时修建清真寺的榜样和优良传统。
随着伊斯兰教由阿拉伯半岛向外扩张，先知谢世后，继承先知的第二任哈里发欧默尔命令出征的将领，每开拓一个新的地方，就要在那里建造清真寺，以期伊斯兰教植根于当地，巩固伊斯兰教的胜利成果。根据欧默尔的命令，早在公元637-638年，出征伊拉克的欧特白·伊本·盖兹旺在伊拉克的巴士拉营地修建了一座清真寺；另一位出征伊拉克的将领赛尔德·伊本·艾卜·宛葛斯，于638-639年在库法城也修建了一座清真寺；642年，阿慕尔·伊本·阿斯在埃及弗斯塔特(今开罗)修建了阿慕尔清真寺；670-675年，奥格巴·伊本·那非尔在突尼斯的凯鲁万城修了奥格巴清真寺。从此以后，修建清真寺就是伊斯兰教的重要任务，成为穆斯林的信仰实践和宗教义务，哪里有穆斯林，那里就有清真寺，经过伍麦耶王朝到阿拔斯王朝，伊斯兰教达到鼎盛时期，清真寺遍布各地城乡。
伊斯兰教传入我国后，在唐宋初传时期，首先在东南沿海地区就出现了清真寺的建筑。相传广州怀圣寺、泉州清真寺、杭州真教寺、扬州礼拜寺、长安清教寺以及北京牛街礼拜寺，都是建造于唐宋时我国伊斯兰教中最早的清真寺。前四寺又分别称为麒麟寺、狮子寺、凤凰寺、仙鹤寺，是我国东南沿海地区的四座古老的伊斯兰教清真寺，清教寺(今西安化觉巷清真寺)、牛街礼拜寺是我国西部和北方的两座伊斯兰教古寺。
唐宋时期的穆斯林大抵是来华“住唐”贸易的阿拉伯和波斯、西亚一带的商人，虽为数不少，由于大多数分居内地大城市和通商的港埠，所以，他的影响不是广泛的，后来不少也渐渐华化，所建清真寺自然不会很多。到了元朝，情况就大不相同了，伊斯兰教在我国的发展出现了一个极大的转机。有元一代我国伊斯兰教进入了一个全面发展的新的历史阶段。元蒙统一中国的战争中，签发大批中亚、西亚的军士、工匠进入我国，随着战争的结束，他们就地入社定居下来，分布全国各地，尤以西北为多。他们绝大部分原不曾携带家眷东来，定居各地后，多与当地汉族、蒙古族居民通婚，繁衍子孙，穆斯林人口大幅度增加。元代，中国与中亚、西亚诸国均在蒙古帝国一体之内，陆路交通畅通无阻，海上交通更加发达，东西方贸易空前繁荣。来华的穆斯林商人数量远胜于唐宋时期，并且也有不少学者、达官贵人、教职人员、旅行者纷纷而至，他们不仅在一些港埠，而且进入内地许多城市留居下来。故谓“元时回回遍天下”。元时，对伊斯兰教基本持宽容态度，回回人的社会地位较高，仅次于蒙古人，而高于汉人、南人，穆斯林无论在政治、军事、文化和经济上，都有较大的实力和影响。许多穆斯林上层受到朝廷的重用，跻身于统治阶级的行列。散居各地农村的回回亦建立起以农业为主的经济生活。在城市中出现了不少以擅长经营着称的回回富商大贾，拥有相当的经济实力。凡穆斯林集居地方普遍兴建清真寺，对唐宋时期已经衰败的清真寺也进行翻修和重建。据史书记载，中统四年(1263年)左右，元大都有回回人2953户，按每户五口人计算，约共十万五千人。当时建有清真寺三十五座之多据传今北京东四清真寺、普寿寺、法明寺、东直门外二里庄清真寺等，都创建于元代。河北着名的定州礼拜寺、泊镇清真寺、威县清真寺等，也都是元时所建，泉州在宋时只有两座清真寺，到元时就增加到七座，元至正九年泉州吴铿《清净寺碑记》中有谓：“今泉造礼拜寺增为六七。”广州的清真寺也增加不少。江苏松江清真寺、苏州敏惠礼拜寺、浙江宁波回教堂等，也是元时所建。上海、澉浦、温州、庆元也是当时回回商人集居的地方，元朝政府曾在这些地方设有市舶司，也应有伊斯兰教建筑。云南元代时回回人多，仅次于陕、甘一带，而且咸阳王赛典赤父子治滇多年，颇有建树，自然建造不少清真寺，《马可波罗游记》载称：“押赤(昆明)城中，几乎全是穆斯林，建有清真寺十余座。”记载虽不免夸大，但穆斯林和清真寺之多，应是无可怀疑。相传昆明南城清真寺和永宁清真寺就始建于元代。至于西北陕甘宁青诸地，则是中、西亚大批被签发东来的穆斯林首先进入的地区，在这些地区回回人集居最多，元朝政府在这一带设置不少色目人屯垦区。咸阳王赛典赤也曾任陕西行省平章政事。特别是皈依伊斯兰教的蒙古亲王阿难答，袭封安西王，坐镇长安和开城(今宁夏固原县开城乡)，统治秦蜀(甘肃东部和宁夏全部地区)之地，所以，陕甘宁青一带，元时当有更多清真寺的建造。元时，还有朝廷敕建的清真寺，《元史》载：泰定帝元年六月，“作礼拜寺于上都及大同路，给钞四万锭”。
到元末，全国建造的伊斯兰教清真寺已达到非常可观的数量，据至正八年(1348年)定州《重建礼拜寺记》碑文载：“……今近而京城，远尔诸路，其寺万余，俱供西向以拜天之礼，而殿则空焉……”我们认为这个数字，如果包括当时新疆伊斯兰教清真寺，并非夸张之词。元末到东方来游历的摩洛哥大旅行家伊本·白图泰，在《游记》中记载：中国“各城中皆有回教人居地，建筑教堂，为礼拜顶香之用”。说广州：“其处有回教总寺及分寺，有养育院……”可见当时广州又增加了不少清真寺。既然有总寺、分寺之说，那么分寺决不只一座，总在数座以上，伊斯兰教称为罕依·麦斯至德或扎米尔·麦斯至德的清真寺就是总寺或中心寺，通常统辖数座至数十座分寺。他只提到城市清真寺如此之多。广大农村更多的清真寺还没有计入。
进入明代，因太祖朱元璋起自当时回回人较为繁盛的淮上，左右近臣和开国功臣中有不少回回人，历朝文武大员中给事内庭的回回人也很多，对明代军事、政治、经济、文化都有较大的贡献。因此，有明一代，对穆斯林基本还是实行怀柔之策，历朝帝王对伊斯兰教也多持宽容保护的态度。明太祖即位不久，便敕建清真寺于南京三山街及西安子午巷。又据传说，还亲撰《百字赞》赐清真寺。
成祖时，又有谕米里哈吉的“敕谕”，申令保护伊斯兰教清真寺，谕文曰：“谕米里哈吉。朕惟能诚心好善者，必能敬天事上，劝率善类，阴翊皇度，故天赐以福，享有无穷之庆。尔米里哈吉，早从马合麻之教，笃志好善，导引善类，又能敬天事上，益效忠诚眷兹善行，良可嘉尚。今特授尔以敕谕，护持所在，官员军民，一应人等，毋得慢侮欺凌。敢有故违朕命慢侮欺凌者，以罪之。故谕。永乐五年五月十一日。”此“敕谕”，许多清真寺都刻石立碑于寺院中。原件于1956年在扬州普哈丁陵墓世袭伊玛目兰晓阳先生处发现，现珍藏于北京民族文化宫。原件为一裱褙的横幅，幅高77厘米，宽108厘米，用汉文、波斯文、蒙古文三种文字书写。
据传明武宗曾评各教，推崇伊斯兰教，说：“儒者之学，虽可以开诚成物，而不足以穷神知化。佛老之学，类似穷神知化，而不能复命皈真。盖诸教之道，各执一偏。唯清真认主之教，深原于正理，此所以垂万世与天壤久也。”又曾题诗溢美尹斯兰教。诗曰：
明代，回族穆斯林人口繁衍益盛。明初，王朝统治者曾一度推行的“不许本类自相嫁娶”的同化政策，客观上却促进了回族穆斯林的繁衍发展。与外族通婚的结果，不论男娶女嫁都使对方自然改宗伊斯兰教，使穆斯林人口大量增加。加以明时，又有不少中亚归附的穆斯林部族，被安置内地城乡，加入了回回民族行列。由于封建统治阶级的怀柔政策，有明一代，回族伊斯兰教的发展处于有利的环境，加以回族各民族穆斯林经济发展，人口迅速增长，因而明中叶以来，回族伊斯兰教清真寺建筑出现了一个高峰，明成祖迁都北京后，政治中心北移。运河两岸以及由济宁西达新疆的沿途城镇，不少随“燕王扫北”的回族穆斯林普遍居留沿途各地。所以这一时期，曹州、开封、郑州、洛阳、西安、兰州等地，兴建起不少清真寺。但历经战乱，年代久湮，多数清真寺也早已荡然无存。
回族伊斯兰教清真寺建筑的这个高峰一直继续到终清数百年。清王朝统治时期，回族农业经济仍继续发展，大运河和其他交通沿线，回族商业和手工业十分活跃。与先民传统有关的香料、制药、制瓷行业相继出现。云南回族穆斯林还从事银、铜矿的开采和冶炼，凿井制盐者也不少，人口空前增长。乾隆四十六年(1781年)署理陕西巡抚毕沅奏称：“查陕西各属地方，回回居住较他省为多。西南城及府属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳及同州府属之大荔、华州，汉中所属之南郑等州县，回族聚堡而居，人口更为稠密。仅西安城内回民不下数干家，城中礼拜寺共七座。”当时，在甘肃(包括今宁夏和青海)已形成几处大面积的穆斯林聚居区域，青海东部、临夏地区居住的穆斯林，占居当地人口的大多数。“宁夏至平凉千里，尽系回庄”，清真寺建筑林立，所在皆是。同时，明末清初，随着西北经堂教育大兴，以及东南地区汉文译着问世，南北遥相呼应，趋于衰微的伊斯兰教又有振兴趋势，广大穆斯林十分关注伊斯兰教的命运，引发立坊建寺的激情。并且，苏非神秘主义在甘宁青广泛传播，产生了许多苏非门宦，自成系统，纷纷立坊建寺。因此，清代中叶又成为回族伊斯兰教清真寺建筑大发展的一个时期。在此时期，甘宁青穆斯林又建造了大量清真寺。东北城乡回族穆斯林也陆续建起了清真寺。广西桂林清真寺增至十五座，其中明代的仅二座，其余十三座建于清代。道光年间，南京清真寺增至四十八座，号称“四十八坊”。成都清真寺增至十余座。我国伊斯兰教建筑史上素负盛誉的济南东大寺、泊镇清真寺、成都鼓楼清真寺、兰州桥门街清真寺、济宁东、西大寺、朱仙镇清真寺都是这一时期的产物。
