孙毓筠一旦下了决心，便采取断然的行动。他变卖家里的良田，在寿州办起了一座小学校，聘请老师向学生进行民主革命的教育。他生性挥金如土，从家里掏出大量银钱支持附近境遇困难的反清志士，从而结识了大批朋友。他又要妻子汪珏带两个儿子到日本求学。今年三月他自己也来到东京，参加了同盟会，并捐款十万银元充做革命经费。孙毓筠对革命的热情，赢得了孙中山及同盟会其他领导人的尊重，大家都推举他为庶务总干事。
孙毓筠到南京后便设法与新军取得联系。当时江苏新军的番号为第九镇，里面有许多革命志士在活动，也有不少士兵和下级军官同情革命。孙毓筠见第九镇基础很好，放松了警惕，很快便暴露了身份，被官府抓了起来。
孙毓筠抱着一死成仁的心愿等待官府对他的审讯判决。但奇怪的是，官府却对他的待遇很好，将他安置在南京城内一个花园别墅里，身边还有两个人招呼。每天好酒好菜地送上来，还有一间书房供他读书写字，一切都不亚于寿州家里的贵公子生活。唯一不同之处，就是院墙外有人持枪守卫着，他不得迈出大门一步。孙毓筠好生奇怪，但从不问身边的人，每天看书写字喝酒吃肉，心里既不多想，便也活得安闲自在。
这样过了将近一个月，孙毓筠成仁之念逐渐削弱，对生命对妻儿的眷恋日益强烈，然而他却不愿以自首来换取自由，他认为那是可耻的行为。他也猜想，这种非同一般的待遇中必有一个究竟，院墙之外或许正在进行着某种不平常的活动。
是的，孙毓筠的分析没有错。他的卷宗由南京巡防营呈送到两江总督衙门时，因出国考察宪政有功，刚从湘抚任上擢升为江督的端方便亲自审阅。
端方字午桥，是一个精于宦术的满洲正白旗人。庚子年，慈禧逃难到西安，那时他正做着陕西巡抚。他看准时机，对难境中的慈禧百般逢迎讨好，亲率军队日夜拱卫在她的身边。端方的忠诚赢得了慈禧的欢心，从此成了慈禧的亲信。出国、擢升，便都是慈禧后来对他的酬谢。
鉴于革命党排满行动得到汉人普遍支持的现实，考察回国之后，他给慈禧上了一道请平满汉畛域的密折，建议改定官制，除满汉缺分名目，撤各省旗人驻防，以示朝廷放心汉人；废止满汉不通婚的规定，允许满汉自由联姻，融合满汉为一家，使革命党无机可乘。他的这道密折，得到慈禧的默认。他尽力做到与汉大员保持较为友好的关系，并看出袁世凯是汉大员中最出类拔萃的人物，日后前途无量，便与袁私下订了婚姻，将长女许配给袁的第五子克权，一旦满汉不通婚之规定废止，便将女儿送进袁府。袁世凯自然也巴不得结下这门亲事，满口答应。
打开卷宗，孙毓筠的寿州籍贯，立即引起了端方的警觉：孙家鼐也是寿州人，此孙与彼孙是否为一家？他拍了一封电报给孙家鼐，问孙毓筠是否华族？回电很快到了南京，然则答非所问：“此子顽劣异常，请严加管束。”
端方拿着这封电报仔细推敲“此子顽劣异常”这句话，显然是长辈指责晚辈的口气，无异承认了他们之间的同一家族的关系。“请严加管束”这一句貌似严厉，实际是叫他网开一面。因为对于煽动军队造反的革命党，早已超出了“管束”的范围，应判处杀头的极刑。到底是状元，电文回得既意思明白，又不落把柄，端方很是佩服，他要借此案来取悦这位汉员中的大老。
就在这个时候，东京同盟会总部也在积极设法营救孙毓筠。有人提出，杨度为五大臣出国考察写禀报，端方为五大臣之一，他与杨度一定有往来。杨度既然能够在《中国新报》上发表悼念刘道一的挽诗，也一定会愿意请端方赦免孙毓筠。
孙毓筠离开东京后接替其庶务总干事一职的是宋教仁。黄马起义失败后，宋教仁从武汉逃到上海，在去日本的船上结识了杨度。宋教仁长相英俊，谈吐倜傥，二人在船上一见如故。于是宋教仁来找杨度，请他帮忙，并指出孙毓筠与孙家鼐的关系。杨度一口答应。
其实，杨度与端方毫无私交可言。原定的五大臣，他仅与徐世昌有过一面之识，后来徐并没有出国，真正出国考察宪政的五个大臣，杨度一个也不认识。杨度之所以答应给端方写信求情，有几层考虑。
一来同盟会是由于他介绍孙、黄相识后的产物，东京总部的主要领导人都是他的好朋友，他对同盟会有感情。二来宋教仁亲来求他。杨度的性格，凡别人有急难之事来求他，不管自己有没有能力帮得了忙，总是先一口答应下来，再想办法。何况孙毓筠毁家办学兴教育，就凭这一点，杨度看定孙是一个胸襟不俗的人，他也乐意倾力相助。三来他要以此检验端方对他的态度，买不买他的人情，由端方的态度可以推测到其他四位出国大臣对他的态度，甚至还可以推测到整个清廷对他的重视程度。四来大学士孙家鼐是孙毓筠的族叔祖，这是一个可以利用的关系，且送一分情谊给他，日后保不了有可用之处。
杨度提笔作书，不谈孙毓筠加入同盟会的事，也回避他此番回国的目的，大谈特谈孙卖田产办小学的事，称赞他是响应朝廷废科举办学堂的号召，是爱国爱民的表现，且本人出身世家，学问优长，乃国家有用的人才。信的末尾说：
午帅自泰西归来，数上奏疏，恳请朝廷早日立宪，声望日隆，国人及海外留学生甚至有伊藤、坂垣之比。且午帅素惜人才，以识才护才为己任，向为士人所景仰。孙毓筠行事或有所孟浪，然心则在救亡图存。望午帅怜其年轻不更世事，宽免其罪，为孙氏留一顶门之柱，为国家存一可用之才。
端方接到这封信后很是高兴。杨度的才学他早已知道，见这个有学问的宪政专家将他视为伊藤、坂垣式的人物，便也就以这两位东洋名相自许，企图通过杨度和孙毓筠与海外留学生搭上联系，网罗其中的人才，组建自己的班底，日后好干一番大业。
端方怀着这种心思，亲笔给杨度回了封信：“孙生文理通顺，门第清华，当秉高谊，求入于轻。”
正因为有如此复杂的外间交易，孙毓筠才得以舒适地生活在小院落里，而这种舒适的生活，又正是端方软化孙的斗志的一个重要手段。
这天午后，孙毓筠午睡刚起，一个五十来岁的中年人，满面春风地走了进来，对他说：“小贵，你不认识我了吧，我是你的乡亲杜宗路呀！”
孙毓筠疑惑地看着来人，一口地道的寿州话是不错，但面孔却陌生得很，名字也未听说过，最奇怪的是，他怎么知道我的乳名？孙摇了摇头。
杜宗路在他身边坐下来，依旧笑着说：“小贵，你自然不会认识我了。我离开寿州那年到过你家，你还只有七岁，一晃二十年过去了。我昨天从苏北回南京，听说午帅软禁的是你，大吃一惊。你虽然长成大人了，但五官轮廓还是跟小时候一个样，我一眼就认出来了。”
杜宗路滔滔不绝地讲着，孙毓筠的脑子里却总想不起这个人来：“你认识家父？”
“岂只是识得，我们还是很要好的朋友哩！令尊比我大八岁，我一直把他当兄长看待。说句不好意思的话，我手里缺钱的时候，令尊大人还常常周济我，我至今仍然很感激他。”
孙毓筠的父亲为人慷慨，亲友们在银钱上凡有所求，他都肯帮助，这个性格也传给了儿子。孙毓筠见他说得真切，相信他是父亲的朋友，说：“这样说来，我该叫你杜叔了。”
“不敢当！”杜宗路说，“我行三，你就叫我杜三吧！”
“那怎么行！”孙毓筠说，“杜三叔，你现在哪里供职？”
杜宗路也不再客气了，笑着答：“因为乡试落第，我离开了寿州，经人介绍到祁门县衙门学做师爷，以后又去绩溪、青阳做师爷，做了十来年，不甚得意。后来听说午帅是满洲三才子之一，最爱才，于是就去投奔他。那时午帅还在直隶做道台。我办的第一件公文就得到午帅的赏识，从那以后跟了午帅已十年。每有机会，他都保举我，我现在已是五品衔的候补知府了。”
孙毓筠笑着说：“师爷做到这个位置也真不低了。”
“这全靠午帅的恩典。”杜老三说，“孙少爷，你何苦放着富贵公子不做，却硬要往枉死城里钻？这次幸好遇到怜才的端午帅，若碰到别人手里，早已没命了。”
孙毓筠已明白了，这个杜老三是端方派来的说客。假若这个说客是一个月前来的话，他会毫不客气地轰之出门。但现在，一种强烈的对生的渴望，促使他欢迎说客的到来。孙毓筠并不是一个卑污的小人，他不愿为活命而当叛徒。这些天来，他在心里盘算过，最好是既能走出囚室，同时又不失气节，只是他一时想不出一个好主意。
“我并不是一心要钻枉死城，因为国家弊病太多了，非要有人起来动员大家革除这些弊病不可！”
“孙少爷，你是一个忧国忧民的青年，我很敬佩你。我们这个国家的确弊病很多，要革除。”杜老三态度十分诚恳，“现在朝廷也看出了这个问题，从太后到令叔祖孙中堂到袁帅、午帅都在力求设法革除国家的弊病。午帅很欣赏你的志向，却为你所选择的方式而遗憾。”
孙毓筠不做声，静静地听着。杜三知他的心思在动，继续劝道：“孙少爷，午帅有心要保全你，他不能当面跟你谈，特为叫我来给你通个消息，只要你承认所主张的是政治革命而不是种族革命，午帅就会向朝廷奏请宽免你。”
孙毓筠说：“杜三叔，你可能不知道，政治革命、种族革命我都主张。在两种革命的次序上，我认为只有先进行种族革命，即推翻满洲人的朝廷，然后再进行政治革命。”
“小贵呀，你叫我杜三叔，我不敢当，但我毕竟比你痴长二十多岁，我今天以兄长的身份开导你，请你听我几句。”杜三轻轻拍着孙毓筠的肩膀，以一种亲切的父执态度说，“你是汉人，我也是汉人，你要从满人的手里光复汉人的政权，我何尝不理解？不瞒你说，二十多年前，我和令尊大人在寿州老家就经常谈满汉之间的问题，也谈曾国藩、左宗棠等人是不是汉奸的问题。满汉之间的民族冲突，从满人入关以来就一直存在着。二百多年来，汉人中的不少杰出人物，远的不说，近世如林则徐，如陶澍，他们都忠心耿耿地为满人的朝廷办事，又如令叔祖寿州相国也是朝廷的干臣，难道他们都是追求富贵而忘记了祖宗的叛臣孽子吗？不是的！小贵呀你还年轻，还不太懂世事，大哥我明年就五十岁了，见的事多了。大哥我对你说句实心话，皇帝由哪个民族的人做不是主要的，关键是要政治清明。满人中的康熙、乾隆，比起历代汉人中那些英明君主来说都不逊色，而汉人中的隋炀帝、明武宗也决不会比同治帝、光绪帝高明。既然满人朝廷愿意立宪，我们为何不促使它一起把这件事办好，非要进行种族革命把它推翻呢？小贵，你想没想过，一旦行种族革命，双方必定是大开战争，遭殃受罪的还不是老百姓吗？”
孙毓筠的反满革命思想本不十分坚定，听了杜三这番话，也觉得有道理，口里没做声，头不自觉地点了几下。杜三高兴，继续说：“你知道吗，你的朋友杨度特为从东京写信给午帅，请午帅宽免你。”
孙毓筠在东京久闻杨度大名，但从未见过面，更无交往，谈不上朋友。不料杨度此时从万里之外致书端方，孙毓筠对杨度顿生感激之情，觉得杨度真正是个好人，难怪能在东京留学生界中有很高的威信。
“午帅说，像杨度这样的人才确确实实是为国为民着想的人。他只谈政治革命，不谈种族革命，他对天下大势的看法可以称得上真知灼见。午帅希望你不要辜负了好友的一番厚意。”
杨度致书说情一事给孙毓筠很大的震动。他对杜三说：“杜三叔，你去告诉端中丞，我要好好想想。”
“是要好好想想，什么时候想通了，就告诉大哥我一声，大哥一定替你帮忙。”
杜三说完出了门。
孙毓筠在舒适的小院落里整整想了一天一夜，他想了很多很多。
假若这次策划新军成功，起义发动了，把个南京城闹得天翻地覆，自己或战死或被捉杀头都值得，因为那将作为一个壮烈牺牲的暴动领袖而播于人口。而现在事情未成，就这样悄没声息地被处死，那就太不值得了。若能活下去，就应该力争活下去，政治革命也罢，种族革命也罢，总之都是革命。放弃种族革命而不放弃政治革命，也不能算背弃革命，因而也就不能算叛徒。既不变节，又能得宽免，为什么不干呢？再说，杜三的话也不无道理，并不一定非要行种族革命不可，政治革命或许才是中国真正的出路。今后出去了，一定要去拜见杨度，当面请教救中国的道理。想到这里，孙毓筠终于拿定了主意，他要身边侍候的人向端方禀告愿写供词。端方见杜三游说成功，立即派人送来一套名贵的文房四宝以示关怀。
孙毓筠花了十来天时间把自己这些年来的思想做了一番清理，写了一份长长的供词。他先叙述自己的家世，然后写由科举功名转向佛学研究，再由佛学研究转向种族革命，继而终于明白了政治革命才是救国的正确选择。最后他向端方建言，以改良政治来达到富国强兵的政治革命派，固然大有人在，而以推翻满人政权实行种族革命的人士也不少，为朝廷计，为午帅计，对行种族革命的人不宜株连太甚，否则将激起更大的反抗。宽赦革命党人，才是消弭祸变的办法。为了让朝廷和端方更加放心，他在供词的结尾部分表示，此番获释后，他将披发入山重新研究佛学，妻儿财产既无所恋，世事纷争亦不再与闻。
