此次太宗东征，虽然给与了高丽极为沉重的打击，而且自身损失并不大，甚至可以说是颇有斩获。可是毕竟没有达到平其国，收复故土的战略目标，以这个标准来看，可以说这次的东征是失败了。可是太宗毕竟不是炀帝，炀帝是稀里糊涂的打仗莫名其妙的失败，所以只能是一次又一次的失败，太宗皇帝则大为不同，身为一代名将，历史上最能打的皇帝之一，回去之后便想出了一整套对付高丽的办法。首先便是将被俘虏的高丽人全部释放，让他们平安返回故乡，以此争取高丽国内的民心。再就是针对高丽坚壁清野的堡垒要塞战术不断派小股偏师对高丽进行骚扰。之前已经提过，高丽人的生活生产全都是在城外，只是一接到警报才进入城中防御，而不间断的不以攻城略地为目的的骚扰将极大地破坏高丽国内的农业生产，慢慢消耗高丽的国力。这些措施招招都打在高丽的软肋上，使得之后高丽国内烽烟四起，经济遭到很大破坏，之后高宗继承太宗的遗志最终灭掉高丽也跟太宗在世时候实行的一系列的政策有着很大的关系。
于是在此后，唐军的骚扰部队四处出击。
贞观二十一年（公元647年）五月，李世绩部渡过辽水后，经南苏（今辽宁新宾）、木底（今辽宁新宾）等数城，高丽守军皆背城拒战，李世绩击破其兵，焚其罗郭而还。同年七月，牛进达等所率水军从鸭禄水口登陆，进入高丽国内，经百余战，每战皆捷，先后攻拔石城（位于鸭绿江南）等数城。进至积利城（位于今朝鲜平壤西）下时，高丽守军万余出战，被牛劲达副将李海岸率部击退，斩首两千级。不久，亦从海路回国。
贞观二十一年九月十五日，唐太宗钦令宋州（治今河南商丘）刺史王波利等发江南 12 州工匠制造战船数百艘，准备对高丽再次实施骚扰。贞观二十二年（公元648年）正月二十五日，唐太宗又诏令右武卫大将军薛万彻、右卫将军裴行方为青丘道正、副行军大总管，率水军三万及楼船战舰，自莱州泛海出击高丽。
同年四月，薛万彻等率水军由莱州出海，经大谢岛（今山东南、北长山岛）、龟岛（今山东陀矶岛）和乌湖岛，折而东北行，仍由鸭绿水入海口登陆，进破泊灼城（今辽宁丹东东北），俘获甚众。四月十四日，唐乌湖岛镇古神感率部浮海进击，在易山（似在今朝鲜平壤东北之马山里）与高丽五千守军遭遇，唐军大胜。当晚，高丽万余水军夜袭古神感所率船队，却被古神感设下埋伏，将其击败，之后胜利班师。
在不间断的骚扰下，高丽实在吃不住劲，高丽王高藏只得派其子、莫离支高任武入唐谢罪。可是这种口惠而实不至的“谢罪”是没有用的，太宗不为所动，在坚持骚扰的同时，于贞观二十二年（公元648年）七月，遣右领左右府长史强伟在剑南道伐木制造船舰，最大的舟船其长可达一百尺，其宽约五十尺。另遣使沿江而下，把舟船从巫峡运至江、扬二州，然后从海路齐集莱州。同年八月，又诏越州（治今浙江绍兴）都督府及婆（州治今浙江金华）、洪（州治今江西南昌）等州造海船及双舫一千一百艘，并遣陕州（治今河南三门峡西）刺史孙伏伽招募勇士，莱州刺史李道裕运输粮饷及攻城器械，贮于乌湖岛，准备乘高丽举国困弊之际，于来年发兵三十余万，再征高丽。
太宗最后还是没有圆平高丽的愿望，贞观二十三年（公元649 年）春他患上了疾病。五月，一代英主撒手西归，唐朝遂罢东征之役。
高宗新继位之后，高丽趁太宗驾崩，唐朝新皇继位顾不上他们的时候抓紧时间休养生息了几年，当国力有所恢复之后又开始不安稳起来。于永徽五年（公元654年）十月遣其将安固率高丽、靺鞨之兵北击契丹，与唐松漠都督李窟哥所率契丹兵战于新城，高丽大败，“人死相藉，积尸而冢之”。李窟哥遣使告捷，高宗张贴露布于朝堂；永徽六年（公元655年）正月，高丽又与百济、靺鞨连兵，向新罗北境发起进攻，接连攻占三十三城。新罗王金春秋遣使入唐，乞求援救。高宗遂决定对高丽继续实行骚扰之策，以疲弊其国。
永徽六年（公元655年）二月二十五日，高宗遣营州都督程名振和左卫中郎将苏定方率兵出击高丽军。五月十三日，程名振等率部渡过辽水后，高丽的新城守军见唐军兵少，遂打开城门，渡过贵端水（今辽宁铁岭西南）迎战。名振等率部奋击，大破其众，歼敌千余人，焚其罗郭及附近村落而还。这次骚扰作战乍看与以前的骚扰作战并没有什么特别之处，可是这却是大唐又一名将苏定方沉寂二十余年后的第一次出击，自此一代将星冉冉升起，散发出无穷的光芒。
显庆三年（公元658年）六月，唐高宗又派营州都督兼东夷都护程名振和右领军中郎将薛仁贵率兵渡辽水，向高丽军发动进攻．沿途占据了新城西北的赤峰镇，歼灭高丽守军四百余人，俘获百余人。高丽遣其将豆方娄帅众三万迎击，名振以所率契丹兵出击，大败其众，歼敌两千五百人，引兵而还。翌年十一月，右领军中郎将薛仁贵又率部渡辽水，与梁建方、契苾何力与高丽大将温沙门战于横山（今辽宁辽阳之华表山），薛仁贵少年意气，又是单枪匹马，手持强弓连环急射，所射皆应弦仆。接着又战于石城，高丽有善射者，射杀唐军十余人，薛仁贵见状大怒，单骑突击，高丽善射之人以弓射击，却被薛仁贵枪挑剑砍，全部挡开，霎时冲到此人面前，将此人生擒活捉，于是大破高丽众而还。
后“天可汗”时代
唐之德大矣！际天所覆，悉臣而属之；薄海内外，无不州县，遂尊天子曰“天可汗”。三王以来，未有以过之。至荒区君长，待唐玺纛乃能国；一为不宾，随辄夷缚。故蛮琛夷宝，踵相逮于廷。
——《新唐书》卷二百三十五 北狄列传
四夷君长诣阙请上为天可汗，上曰：“我为大唐天子，又下行可汗事乎？”群臣及四夷皆称万岁。是后以玺书赐西北君长，皆称天可汗。
——《资治通鉴》第一百九十三卷 唐纪九
三战西突厥
贞观二十三年（公元649年）五月十八日，一代军神李靖薨于家，享年七十九，册赠司徒、并州都督，给班剑四十人、羽葆鼓吹，陪葬昭陵，谥为“景武”，其墓依汉卫、霍故事，筑阙象突厥内铁山、吐谷浑内积石山形，以旌殊绩，可谓备极哀荣。就在人们为帝国失去了一位无敌的名将而哀思不已的时候，短短八天后却又传来一个让整个帝国都为之休克的消息。五月二十六日，太宗皇帝天可汗李世民崩于含风殿，享年五十三岁，得谥为“文”，葬于昭陵。一时间在帝国任职的番将们，入长安朝贡的外国使者们闻丧之后均痛哭流涕，他们在太宗的灵前纷纷剪掉自己的头发，割去自己的耳朵，用刀子在脸上划出血泪，表示以身追随，痛不欲生。阿史那杜尔与契苾何力这两员太宗朝最得力的少数民族将军干脆要求杀身殉葬，以伴太宗英灵。
中国历史上君臣知遇的典范，两位不世出的英雄就这样先后而去，由此造成的政治地震影响深远。太宗的死，如同一针兴奋剂，让帝国周边不甘雌伏的势力野心急剧膨胀，太宗皇帝全面恢复的单极亚洲体系面临着严峻的考验。而对于西域而言，头一个试图挑战帝国统治地位的便是西突厥。
西突厥原本于西域称雄，为了对抗当时的“巨无霸”东突厥，而与唐帝国结成了联盟，但是“没有永久的和平，只有永久的利益。”随着东突厥的覆灭，唐帝国的势力扩张至西域，由此引发了西突厥一系列的反唐行动。在这段时间内西突厥虽然内斗不休，但是接连几个可汗均持反唐态度，同唐军在西域进行公开地较量。在经历了高昌、焉耆、龟兹等一系列的较量之后，最终以西突厥方面大败亏输而告终。但百足之虫死而不僵，突厥人百年基业，在西域早已根深蒂固，自然不肯甘心臣服，于是以阿史那贺鲁为可汗，又一次点燃了在西域的战火。
阿史那贺鲁是西突厥始祖室点密可汗的五世孙，论出身是当然的天潢贵胄。对于西突厥来说，阿史那贺鲁更是一个人杰。他原本是西突厥乙毗咄陆可汗麾下的叶护，牙帐建于多罗斯川（今新疆额尔齐斯河上游），统处月、处密、姑苏（哥舒）、歌逻禄（即葛逻禄）、弩失毕五姓突厥。但是在突厥内部争斗之中咄陆可汗众叛亲离，新立的乙毗射匮可汗为了一统西突厥诸部，自然不会放过他这个手握重兵的咄陆可汗党羽，于是向其大举攻伐，阿史那贺鲁不敌，眼见要覆灭。此时恰逢唐军征讨龟兹，他趁机率残部向唐军投降，于是被封为昆丘道行军总管、左骁卫将军。龟兹战役结束之后，西突厥虽败，但并未完全崩溃，乙毗射匮可汗依然以碎叶川（今中亚之楚河）为界，与唐帝国势力相互对峙。
此时对于唐军而言，打赢接连的几场大仗已属强弩之末，继续劳师远征并非上策。但是中原军队一旦撤回，势必乙毗射匮可汗的势力又将卷土重来。为了避免这种情况发生，就必须树立一个在西域有一定力量的亲唐势力与乙毗射匮可汗争斗，如此阿史那贺鲁便成为了当时几乎是唯一的选择，他的身份尊贵，在西突厥部族中又有一定的号召力，与乙毗射匮可汗又是死敌。以当时的情况来看，扶植他的话既可以分化西突厥，削弱乙毗射匮可汗的反唐势力，又可以借助阿史那贺鲁来稳定唐帝国在西域的势力范围，可以说是惠而不费。因此很快唐朝便恢复了阿史那贺鲁在突厥的泥伏沙钵罗叶护的爵位，并在贞观二十三年（公元649年）二月十一日建立了隶属于安西都护府的瑶池都督府，以阿史那贺鲁为瑶池都督，给了他充分的授权，让其召讨“西突厥之未服者。”当然智者千虑必有一失，让西突厥分治互斗，让他们削弱彼此的力量，这样的如意算盘自然打得很好，但是阿史那贺鲁毕竟是一代人杰，并不是什么提线木偶，因此他反而利用了帝国给与的授权，拉起大旗作虎皮，于是“密招携散，庐幕益众”，很快便将碎叶川以东的突厥部族招致自己麾下，实力急速扩张。
