相传，千年以前，六道仙人为了获取和平，收复了十尾，并亲手封印了自己的母亲：辉夜。而后创立忍宗，将十尾分离成九只尾兽，开启了忍者的时代。仙人膝下育有二子，分别是阿修罗，因陀罗。
二人为了争夺忍宗的支配权，而且在黑桃的唆使下，开始了宿命之争，二人死后，查克拉并没有消散，而是转生到了，宇智波斑和千手柱间的身上。斑和柱间共同结束了战国时代，建立的忍村和大国制度，后来由于思想分歧，最终导致了二人的开战而且以宇智波一族的落败告终。随后木叶经历了第二次，第三次忍界大战之后，终于迎来了短期的和平发展。而现在的时代，就是关于九尾人柱力-漩涡鸣人的故事！忍者的时代即将开始！
地点：水门家
沉浸在孩子出生喜悦的水门，将孩子抱起亲昵了一翻，对着玖辛奈笑着说：“就叫他鸣人吧，相信他以后会成为一名优秀的忍者的。”玖辛奈望着满面春风的水门，喜极而泣的说：“快把孩子抱给我看看，水门。”玖辛奈摸着孩子的脸颊，开心的说：“以后就叫漩涡鸣人了呐，鸣人……”水门刚想去给玖辛奈端杯水，可是突然，窗子传来了破裂的声音，“砰”，一名带着暗部面具的忍者说：“四代大人，九尾突然袭击木叶，三代和其他宗家已经应战。”水门先是一惊，然后眉头紧锁，说：“知道了。”暗部队员领命走后，水门穿上了影之披风，带好护额，对着玖辛奈说：“我马上回来。”玖辛奈回应：“水门，小心。”施展了飞雷神之术的水门以极短的时间到达了战场。三代看到水门说：“四代，奈良家已经初步把九尾控制住了，我怀疑这次不是尾兽暴走，而是有人特意为之，要小心啊”水门应声，问：“控制他的是谁，有没有侦查到”秋道丁座回答说：“是一个面具男，已经逃往了西南树林”水门坚毅的说：“村子就交给各位了，我马上回来。”
水门到达树林之后，果真发现一个面具男正在施展术式。面具男也看到了他，并以极快的速度攻击过来，水门将身一闪，避开了这次攻击，心想了一下“好快！”紧接着对面具男发动了螺旋丸，发现居然打穿了面具男！水门心头一震，宇智波的人！而且实力强悍！还极有可能是宇智波斑！水门站稳说：“不管你是什么人，既然袭击了木叶，就别想不付出代价出去。”面具男冷哼一声，攻击过来，水门知道对方运用的也是时空间忍术，所以早就在与面具男第一次对阵中留下了飞雷神术式，所以也发动飞雷神二段，将面具男打成重伤。水门心想此人不可深追，九尾才是最重要的敌人，然后使用了契约封印接触了面具男对九尾的控制。
但是九尾仍然在袭击着木叶，水门无法，只能将九尾和玖辛奈鸣人带离村子，来到一片空地中，并准备发动尸鬼封尽，封印九尾。玖辛奈哭着说：“水门！为什么要让鸣人承担这份责任，他没有错！”
水门抱着玖辛奈和鸣人说：“正因为我是火影，我也相信我的孩子有能力背负着这份承担。”玖辛奈停止抽泣说：“一切为了村子吧，只不过委屈了鸣人，希望我们死后鸣人可以被当做英雄看待，好好成长吧”水门站起来对着九尾大声说：“九尾！有我在你休想伤害村子！正因为我有敬仰和爱的人，所以我有自己不输给任何人！”水门利用九尾的阴属性以尸鬼封尽将九尾和自己一同封印在死神体内，又把九尾阳属性查克拉封印在鸣人的体内，又将自己和玖辛奈残存的查克拉封印在了鸣人体内。在水门夫妇临死之前，水门苦笑着对着玖辛奈说：“应该有很长一段时间不会看到鸣人了，有什么话现在说吧”玖辛奈：“鸣人，不要多挑食，要快快长大，然后要交值得信赖的朋友，还有，你可要小心自来也老师哦，鸣人，接下来还会有很多痛苦和辛苦的事，你要好好把持自己，要有梦想，要有实现梦想的自信。我还有好多好多的事情想要教给你，好多好多的话想对你说，鸣人，妈妈爱你……”玖辛奈早已泣不成声，水门也强忍着泪水对鸣人说：“鸣人，爸爸想要说的也差不多和妈妈啰嗦的差不多吧，能为了儿子，心甘情愿的赴死，也是做为父母的一种义务吧……”
九尾终于被封印，木叶也重归了平静……一切与往常无异，只是木叶墓地多出了俩座英雄的墓碑……
