阿富汗对于本·拉登来说，有着一份特殊而复杂的情感，如果说沙特是一个让他无法热爱的国家，那么阿富汗就是他不得不爱的国家。其实早在苏丹经营基地组织期间，本·拉登就已经开始以阿富汗为中心在全球编织网络，他知道这里才是梦想最终能够实现的地方。而对于苏丹的巴希尔和图拉比政体，本·拉登虽然与他们来往密切，但本·拉登几乎时刻都在提醒自己，和他们之间的来往，仅仅只是生意或者说是交易而已。也正是因为如此，本·拉登虽然染指了苏丹政权诸多事务，也赚取了无数财富，但无论是巴希尔还是图拉比，都对他非常尊重。据美国中央情报局后来公布的一项数据显示，即使是美国对基地组织打击最严厉的时候，苏丹的巴希尔政权和本·拉登之间也保持着联系，而且如果本·拉登愿意，苏丹随时可以为本·拉登提供庇护。但是毕竟，本·拉登热爱着阿富汗这片土地，这里有他的战友，有他的梦想和事业。
1996年5月，本·拉登一来到阿富汗，立即开始着手将阿富汗打造成为新的泛伊斯兰运动中心，尽管他实际面临的困难还有很多。在当时，阿富汗仍然处于各派武装的混战之中，这些武装或者有着自己的部族势力，或者有着国际背景，相互针锋相对谁也不肯让步，最后倒霉的还是阿富汗的老百姓。而在本·拉登离开阿富汗之后，为了减小目标并保存实力，他留在阿富汗的势力精简成了情报机构，并长期服务于和本·拉登关系密切的塔利班组织。此时，再次踏上阿富汗的土地，本·拉登已经不想再像五年前那样充当和事佬了。他不仅拥有了庞大的现代化武装集团，纵横全球的财物和情报网络，同时受到巴希尔和图拉比影响，本·拉登也看到了建立一个属于自己的政权有多么重要，并且学会了一些必要的手段。
安定下来之后，本·拉登首先在全球范围内激活了他的情报组织“卡伊达”，并将情报中心设在了阿富汗。在这个情报组织的帮助下，本·拉登对全球尤其是英美等主要西方国家的情况已经了如指掌。一项来自美国中央情报局披露的信息表明，本·拉登的“卡伊达”情报组织人数多达上万人，并且还只是精明强干的核心骨干力量，他们以各种形式，各种身份潜伏在全球数十个主要国家。而且由于本·拉登曾经接受过美国中央情报局的“无私”援助，他的情报组织包括人才、设备和技术，以及传送方法，都是世界上最前沿的，其中有些环节连美国国家安全局都无法比拟。英国媒体就此曾经发表文章评论，认为本·拉登之所以能够为所欲为，就是因为这个强大情报网络的存在。与此同时，本·拉登的全球财务网络也开始全面运作，源源不断的资金通过各种秘密途径进入阿富汗，这也让本·拉登在极短的时间内，就在阿富汗建立起了一支强大的武装力量。
雄兵在握的本·拉登仍旧保持着理智和腼腆，面对阿富汗各派别的内战，他还是举行了一次大规模的和谈。如果说上一次和谈本·拉登还是想充当和事佬的话，那么这次就多少带着一点威胁的色彩了，因为布利斯提出了只有自己认为合理的要求，即各派系全部解除武装，统一听从他的指挥，各派武装首脑都表现出了愤怒。然而，因为本·拉登此时强大的势力，伴随着这些头目的愤怒还有更加强大恐惧。谈判期间，本·拉登不仅实际管制了各派头目的人身自由，还带着他们参观了自己的军队，真正意义上的军队，其中包括坦克、装甲车、加农炮、穿甲弹、火箭弹和武装直升机，甚至还有“毒刺”导弹。在抵抗苏联的战争中，阿富汗各派武装之所以能够坚持下来，除了本·拉登的大量援助之外，主要就是依靠他们熟悉的地形和深厚的群众基础。但是这些优势在本·拉登面前，将变得不复存在，但是因为除了塔利班之外没有人愿意归顺，大战还是开打了一触即发了。
而在接下来的战斗中，各派武装力量也用他们的实际表现说明了什么叫做不堪一击。因为有了本·拉登的支持，塔利班组织就扫荡了大部分势力，本·拉登的直属部队基地组织出马后，一些武装势力负隅顽抗的据点也很快被拔出。再加上本·拉登强大的宗教势力的攻势，阿富汗各派势力归附的归附，逃散的逃散，短短数月时间，阿富汗全国已经完成了基本统一。新的政权虽然建立起来了，本·拉登为了避免树大招风，最终并没有亲自担任首脑，他甚至把基地组织的活动也转入了地下，而是借塔利班的“壳”组建了阿富汗新政权。
平定了阿富汗国内局势后，本·拉登立即把目光转向了世界，并于1996年2月，组织了“伊斯兰反犹太人和十字军国际阵线”，掀起了又一次以阿富汗为中心的泛伊斯兰革命运动。于是，散布在全球的伊斯兰极端主义信徒纷纷前往阿富汗，阿富汗由此成为阿拉伯人民心中的又一个革命圣地。后来，“伊斯兰反犹太人和十字军国际阵线”虽然因为目标太大而转入地下，但是其主要的武装组织“伊斯兰圣战组织”却闻名于世。这个组织，也是本·拉登在世界各国发动恐怖袭击重要力量，一直让美国情报部门如芒在背。
一切准备停当，本·拉登终于把目光转向了他最大的敌人——美国，时间是1998年6月21日。这一天，本·拉登在互联网上发表了一段讲话，要求美军士兵立即全部撤出阿拉伯世界。美国对此没有做出任何回应，而这也在本·拉登的预料之内，他这样做的目的，只不过是“先礼后兵”的伊斯兰教义所驱使。同年8月，本·拉登撕下伪装，连续三次在互联网上发布“战争宣言”，开始了直面美国的武装作战。本·拉登的“战争宣言”，在某种程度上引起了美国的注意，但是他们不会想到，本·拉登已经决定要让所有美国人对他的轻视，以及对阿拉伯世界的侵犯付出代价。
在世界的另一角，索马里战争已经进入第七个年头，以美国为首的西方势力强行进入索马里“维稳”，结果越维越乱，搞得索马里人民生不如死。1998年8月13日，美国驻索马里摩加迪沙军事基地忽然接到线报，索马里最强武装力量首脑法拉赫·艾迪德的位置已经确定，美军立即派出军队前去抓捕。四十分钟后，美国直升机伞兵部队准确降落在法拉赫·艾迪德所在的大楼楼顶，并顺利将其制服。但是正当他们准备离去的时候，大批索马里士兵赶到，通常情况下，这些索马里士兵对美军是无可奈何的。因为他们手中只有自动步枪，无论是对美军地面的装甲部队，还是对天上的武装直升机，都无法形成致命杀伤力。但是这一次，坐在直升机里悠然等待离去的美军士兵，看到楼顶上的索马里人朝他们架起了火箭筒。
这名美军士兵惊慌失措的狂吼没有挽救整机人的性命，直升飞机被火箭弹命中，并很快坠落。紧随其后，美军再次派出空中和地面武装力量拯救坠机人员，但是依然受到索马里民兵的攻击却越来越凶猛。由于索马里民兵手中有了火箭弹，美军的空中力量受到很大程度削弱，地面的抵抗也越来越无力。最终，美军虽然美军狼狈逃回了基地，但是却不得不抛下两架直升机，五辆装甲车和十九具美军士兵的尸体，狼狈地逃回了基地，其余逃回基地的直升机和装甲车，包括七十余名美军士兵，也都有不同程度受伤。这次事件，也成为美国自越战之后最严重的一次军事失利，后来还被拍成电影，即《黑鹰坠落》。
事实上，由于美国人的严密封锁，索马里人手中是不应该出现火箭弹的，而且即使被火箭弹击中，美国的武装直升机也具备一定的抵抗能力，至少逃走是没有问题的。但是有一种情况除外，那就是火箭弹击中直升机最薄弱的螺旋浆或者尾旋浆部位，而很明显，索马里民兵所攻击的正是直升机的这两个部位。这一切都让美军感到太蹊跷了，因为所有的迹象都表明，索马里民兵得到了“高人”的指点。再结合索马里民兵的进攻方法之后，阿富汗游击队对付苏联伞降部队的身影不禁浮现在他们脑中，那么又有谁会将这种方法传授给索马里民兵恩？就这样，本·拉登终于进入了美国人的视线。本·拉登也没有让美国猜测太久，因为在索马里坠机事件发生后，本·拉登一改之前的低调做法，不仅出面声称对此事负责，还高调宣扬伊斯兰教义，号称全世界的穆斯林起来发动圣战，反抗美国人的暴政。
美国人愤怒了，他们认为自己的尊严受到了挑战，各种疯狂的报复行为开始向本·拉登展开。然而，本·拉登也为美国人的愤怒准备好了一系列镇静剂。1999年3月，美国驻肯尼亚和坦桑尼亚大使馆接连发生爆炸；同年6月，美国科尔号驱逐舰遭到不明身份武装分子袭击；同月，约旦王储阿卜杜勒（亲美人士）遇刺受伤；7月，美军驻索马里军事基地遭遇汽车炸弹袭击；2000年1月，天主教（西方主要宗教）教皇保罗二世遇刺受伤；6月，埃及总统穆巴拉克（亲西方人士）遇刺受伤；11月，苏丹利雅得美军军营内被放置炸弹并引爆；同月，美国驻巴基斯坦和埃及大使馆遭汽车炸弹袭击；2001年1月，美空宰赫兰军住所被炸；4月，美国旅游团客车在埃及开罗被炸。
一些列系列的恐怖袭击事件，让自诩为世界警察的美国人忙的焦头烂额，他们从来没有发现，本·拉登的控制网络已悄然经覆盖了全世界。美国媒体曾在此期间发文抨击政府情报系统，称其自以为掌控着全世界，其实在被全世界玩弄。美国中央情报局也在此期间高效运作起来，企图挽回他们丢掉的颜面。但是让他们想不到的是，已经发生的一连串恐怖袭击，只不过是一些小小的前奏曲，在本·拉登高度运转的头脑中，一张庞大的恐怖网络已经罩向了全部美国人，而且爆发点就定在了美国最为繁华的纽约世贸中心。
