江南大疫，始于江北之人携病而来。
洪承畴对于如何投放瘟疫，方法那是多管齐下，一是将瘟疫、天花等病人的衣物低价贩入江南；二是把患有瘟疫的病人驱赶进入江南，病人唯恐南京兵捉拿，不敢声张其患病，他们为了活命，竭尽所能混入江南各地居住下来；三是直接在上游释放尸体，顺流而下，让尸体上携带的病菌大量进入江南地区。
湿热、人口稠密、城市发展极快的江南地区，显然是爆发瘟疫的绝佳地点。当南京军政府当局收到第一例正式上报的瘟疫情况说明时，疫病早已在江南大地传播开来，且有愈演愈烈之势。
染疫病人，先发烧，次咳嗽，继以吐血，不敷日即身死，死后皮肤呈紫红色。
太医院的人对此束手无策，无奈之下，赵尚义只能重金聘请民间医生来想办法遏制瘟疫蔓延。同时一边广派内务部探子侦缉四方，拘捕可能与瘟疫有关的敌对分子和借瘟疫准备搞事的人，一边动员宣传、粮食等赈灾力量，全力维持江南稳定。
这是一场上至官方，下至民间通力协作的战争，人类与疫病之间的鏖战。
民间素有“三月青蒿能治病，五月六月当柴烧”的流传，通过这些古老的谚语，人们争相开启各种抗疫措施。还有用人痘接种术来应对天花，只是这种方法效果并不稳定，极易导致接种者的死亡，甚至还有可能促使天花的爆发。
官方层面，首先是在城市和大村镇上恢复“病迁坊”制度，隔绝疫病患者。在边境设立检疫站，“凡有入境者，必先遣人查看有无出痘疮者，若有则就地隔离，须待痘疮平愈，方得入境。”
同时规定“弃灰于道着”要被处以罚款；在各地设立“惠民药局”；政府出面妥善安葬亡者，救济抚养遗孤。
凡是与抗疫有关的事，事无巨细，赵尚义和南京幕僚团队必时刻关注。只是这疫病的来源尚且不明，也没有针对性的治疗鼠疫、天花的方法，终究会是隐患。
但更让赵尚义感到无奈和愤怒的，是那些名义上聚集在太子殿下身边的臣子们。他们不仅在大疫期间发国难财，还要借此机会攻讦迪元帅，言说这是上天对西夷乱政的惩罚，唯有迪米特里谢罪于天下，大政奉还。才能平息天怒，消除瘟疫灾祸。
“这帮祸国殃民的败类玩意......”
赵尚义已经两天一夜没有合眼，撑着有些发晕的脑袋，对手下随从下令道：
“两件事，第一，吩咐梁吕龙加强对百官的监察，尤其是有一定的军权的原南京绿营的将官，此辈未受彻底整训，不得不让人怀疑......第二，请拿破仑·波拿巴将军关注南京局势变化，我们要做最坏的打算，如果......南京城战端一启，请拿破仑将军务必以雷霆手段，尽快平息叛乱。”
说完这些，赵尚义就连忙打发下属出去，自己一个人撑在桌上眯了过去。
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早年在孙传庭军中治疗过瘟疫的吴又可，结合多年行医的经验，撰写成了全新的《瘟疫论》一书，大胆提出“疠气”致病之学说，肯定疫病是一种物质，“物者气之化也，气者物之变也”，从而否定了疫病之由是“非其时而有其气”的旧观点。
吴又可在官方的多种举措下，又补充了多种自己所想到的措施，例如所有的医用纱布全部进行高温高压的处理。
由于瘟疫的来势过于凶猛，人民死亡无数，仅南京城郊就露天停放了数千具尸体，无人过问。吴又可发现这个情况后，立刻明白这可能是极为危险的传染源。这无疑是冒天下之大不韪的事情
但好在南京军政府此时的负责人赵尚义知道在这人命关天的紧急时刻，不能再循常理人伦办事。于是由吴又可指挥了这场历史上前所未有的，为消灭疾病而进行的大规模集体火葬，江南各地的焚尸行动足足持续了半个月。
深夜，吴又可在医馆继续处理病患，告诫他们房间通风、勤洗澡、按时服药等等，这些病人们眼中流露出无限的求生欲望，吴又可没走到一处，都会隔着口罩和他们唠嗑，聊聊家长里短，鼓励他们坚强的活下去。
他们在医馆的照料下，存活率也的确不低。吴又可和南京军政府的人们，已经竭尽所能的做到了最好。
只是在这样的精心照料下，患者仍有一半的人会死去，且依旧寻找不到合适的预防方法。
吴又可和赵尚义一样，整日整夜的忙碌，几乎没有正儿八经的躺在床上睡过一觉，都是实在困得不行的时候，随意找一处地方眯上半个或者一个时辰，又继续工作。医馆里的众人也和他一样，是在用自身的煎熬来维持着疫病不大规模扩散。
一个护士来到吴又可面前，递上俩包裹。
“吴医生，这是给您的包裹，其中一个是您夫人给您做的烤鸭，怕您饿着了。她刚刚还在门口呢，说本想亲自送过来，但看您实在太忙，就没来打扰您。哦，还有一个包裹，是一只橘猫叼过来的，包裹上写着十分重要，要您务必签收。”
“嗯嗯，多谢了。”吴又可谢过护士，困到走路都是跌跌撞撞的回到自己的房间，他现在是实在不知是要先吃饭还是先睡觉，一边是肚子饿的咕咕叫，一边是眼皮子打架......
“难不成要边吃边睡......嗨，那怕不是在梦里哦。我还是先看看橘猫给我带来的包裹，到底有多重要吧。”
吴又可打开包裹，只见这是一本署名为“神猫”的一本厚厚的书。
翻开第一页，即全书的目录，只见上面写着：“预防天花的方法——牛痘接种、鼠疫传播渠道及防治办法；安宫牛黄丸、至宝丹、紫雪丹制备方法......”
肚子不饿了，眼皮子也不打架了，吴又可只感到全身充满了活力，又如饥似渴的往后翻了数页，大笑道：“神书！神书啊！疫病有救了，我要立刻见赵尚书......”
然而吴又可才刚刚走出房间，就听见南京城内，响起了炮声。
