郑成功在南京国子监上学时，明王朝已处于风雨飘摇之中。国内贪污腐化、争权夺利的斗争愈演愈烈，国力到了非常虚弱的程度。虽然官商富足，百姓却越来越苦了。
国内有汹涌澎湃的农民起义军，关外有虎视中原的满清政权。1644年3月19日，李自成的农民起义军攻入北京城，崇祯皇帝朱由检跑到景山上吊自杀。统治了276年的明王朝从此灭亡了。
镇守山海关的将军吴三桂在李自成政权的诱惑下本来要投降农民政权，在投降途中得到父亲被污辱、爱妾陈圆圆被权将军刘宗敏抢占，深感奇耻大辱，怒不可遏，发誓不灭李自成、不杀权将军，此仇此恨难灭。于是顿改初衷，决定与农民政权对抗到底。
由此导致了吴三桂与满清政权联合，共同对付农民军的战争。在山海关，吴三桂与满清摄政王多尔衮所统帅的清兵，一举击败了李自成的10万大军。自此，满清政权已控制了河北、山东及东北等地。南京明朝官员拥立福王朱由崧为皇帝，改元为“弘光”。但福王政权不思复国，各级官员争权夺势，互相倾轧，以致发生了火并，致使江北第一防线顿呈空虚之状。清军乘虚而入，扬州陷落，史可法壮烈殉国。
清朝顺治二年（公元1645年）五月，清朝定国大将军、豫亲王多铎率领清兵打进南京，弘光政权灭亡。郑成功目睹国破民亡的悲惨景象，心情非常沉痛。
此时，郑成功的母亲田川氏回到了中国。恰值南京太学解散，他便回安平老家与母亲团聚。郑芝龙之所以此时能将田川氏接到中国，是因为他在弘光政权中被封为“安南伯”，田川氏被封“国夫人”，日本当局才同意让田川氏回国。母子相见，悲喜交集。郑成功对母亲10多年来的思念之情才得以补偿。
弘光政权灭亡，郑鸿逵、郑彩听说杭州城已经被清军占领，遂率全部兵马退回福建。巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周、安南伯郑芝龙等人，商议在福建拥立唐王朱聿键为监国，闫六月十五日，共奉唐王即位福州，建元为“隆武”。设六部九卿，在福州上、下游各设4府。大量兵马集中在福州为总策应，以谋求反攻收复明朝故国。郑成功的父亲郑芝龙、叔父郑鸿逵都做了首辅。明朝在江西、湖北、广东、广西、四川、云南等地的文臣武将听到隆武政权的建立，纷纷上表称臣，表示拥护。
在清军大兵压境的危机关头，鲁王朱以海和唐王朱聿键两个并存的政权，仍不改“亡国”的习惯，都忙于争夺谁是正统，势同水火；在隆武政权内部，也是矛盾重重。郑芝龙自以为拥立唐王有功，军政开支又都由郑家支付，因此居功骄傲，非常跋扈。隆武帝封郑芝龙为平国公，郑鸿逵为定国公，毕恭毕敬地尊他们为“太师”，但仍不免处处受他们挟制。
隆武帝一心勤于中兴政务，凡有章奏批答，都亲自动手，不借助于阁臣，而且他生活俭朴，布衣蔬食，约束甚严。
隆武帝即位一个多月后，八月十七日，郑芝龙将郑成功引荐给隆武帝。这时的郑成功不仅结交名士，而且亲眼见到了亡国的巨变，经历了险恶的政治风云，在各方面更加成熟了。因为郑家手握重兵，为朝廷所倚重，所以隆武帝对郑成功也格外另眼相看。通过与郑成功对政局国势的交谈，隆武帝发现这个世家公子非一般纨绔子弟可比。郑成功认为为政之道应当“知人善用，招携怀远，练武备、足粮贮，决壅蔽，扫门户”，对天下大事和朝廷政务都有自己的见解。隆武帝惊异他的才华，很喜欢这个年轻人。他说：“惜无一女配卿，卿当忠吾家，勿相忘也！”
皇帝以女儿给人做妻子，这在当时被看成是给予了最高的荣誉。
隆武帝为了表示对郑成功的宠爱，将当朝最尊崇的朱姓，赐给郑成功，并将原名森改为成功。从这时起，郑森的名字成了朱成功。但这朱姓是皇上所赐，又表示荣宠，是不可以随便用的，因此朝廷内外都称郑成功为国姓，普通百姓或他的下级便称他为国姓爷。
隆武帝还封郑成功为中军都督，赐尚方宝剑，在礼仪规格上与附马相同，同时，隆武帝又封郑成功为忠孝伯，命令他统率禁旅。自此，郑成功逐渐走上了一条与其父郑芝龙截然不同的道路，成为一位“逆子忠臣”。
与郑芝龙当海盗求官职经历不同，郑成功自小就受到儒家忠君爱国的教育，他不仅是大明名将之子，也是受皇上宠爱的忠臣。而郑芝龙有过天马行空的经历，已形成了进退都由自己打算的行事作风。
但对儿子的教育，郑芝龙仍不能不教以忠君报国。教者出于形式，听者却在认真领受，这种矛盾导致了后来父子的决裂。
郑芝龙在崇祯末年，曾经主持编修郑氏族谱。在当时的时代，拿不出别的思想武器，除了宣传忠君报国积德行善外，也拿不出别的主张。
郑芝龙给族谱做序时，大发议论，讲了一番做人的道理。他的意思是做人不能忘本，就不能忘亲，不能忘君。他对子孙的具体要求是：
今虔瓣一炷香，上告列祖，下勉我子孙，自今伊始，有力学显亲、国尔忘家、以光吾宗者乎？有廉能倡义，孝悌力田于乡里、称善于人乎？准附诸庙。不然者，匪类招摇，莩葭与滥，祖宗且以罪人视之也。虽位贵显，莫于吾庙溷焉。
这是一篇堂皇正大的宣言，郑氏子孙读之不能不为之肃然，如果不走正路，做不肖子孙，就没有进入宗庙的资格。
这种家教与郑成功在南安县学中所学的完全一致，不能不留给他深刻的影响。当郑成功到宗庙拜祭时，面对祖先的神位，读着堂上“有一点欺，何堪对祖；无十分敬，漫许登堂！”的联语，能不坚定他忠君爱国之心吗？
隆武帝的宠爱和器重，使郑成功大为感动，恨不能披肝沥胆，以重振明朝。
当时清朝统治者似乎对隆武政权比当年的弘光政权更为不放心。在了解到隆武政权抗清力量的发展后，清军曾向朝廷飞檄告急，说：“我皇上若不急发大兵南下，恐两王已定之疆土，非复朝廷之有也。”
而隆武政权在与鲁王争执正统的同时，其内部也败坏不堪。郑芝龙拥兵自重，另有打算。他的目的不是向北抗清恢复明国，而是要挟天子以令诸侯，成为一方之霸主，并借此广置财产。在隆武朝，郑芝龙秉政数月便增置了仓庄达500余所。郑鸿逵为巩固自己的地位，向隆武帝进献美女12人。隆武帝不敢得罪郑鸿逵，但也从不亲近这些美女，只是把他们置于宫中而已。
文武官员一再要求北伐，郑芝龙借口粮饷不足而阻止。郑芝龙手握重兵而不愿出兵，显然心存异志。郑鸿逵对此也认为不对，但不能说服郑芝龙。他因而十分愤恨，甚至想出家为僧，不得已，退居安海。
清军自山海关大战以来，满清政权志在得明朝天下，采取了征抚兼施的方法。清廷命江南经略、内院洪承畴招抚江南，而命御史黄熙胤招抚福建。此二人都是郑芝龙的同乡，简直为郑芝龙树立了榜样，对他很有吸引力。这位海盗出身的大帅，本来就是惟利是趋的，面对清廷的招抚不能不动心。他徘徊观望，迟迟不肯出师，原因是因为心中去向未定。
朝廷被郑氏控制，隆武帝大志不能申，常常闷闷不乐。一天郑成功来到宫中，见到隆武帝的神色不对，便跪问其因。隆武帝说了他不能复国，甚感悲切的心情。郑成功此时已知他父亲郑芝龙并非全心复国，而是另有打算，感到很对不起隆武帝。二人为眼前的艰难形势下不能一展宏图，大感悲痛，不禁相持大哭。
隆武帝问郑成功：“汝能从我行乎？”
郑成功说：“臣从陛下行，亦何能为？臣愿捐躯别图，以报陛下。此头此血，已许陛下矣！”郑成功手中没有兵权，即使跟随隆武帝左右也没有多少作为，此时他已考虑“别图”，另寻报国的出路。
隆武元年（公元1645年）十一月十四日，隆武帝下诏亲征，命唐王、邓王监国，首辅何吾驺随营，命曾樱、郑芝龙留守，负责转饷，命郑鸿逵为御营左先锋，出浙江，郑彩为御营右先锋，出江西。
郑芝龙为了避免招到众人的不满，便分给了郑鸿逵、郑彩各数千人，号称数万，从帝出征。但二郑出仙霞关后，便推托粮饷不足而不再向前。郑鸿逵驻在仙阳镇。隆武帝发出檄文紧急催促，也得不到回答。郑鸿逵担心有人到福州向隆武帝报告实情，便严禁儒生从仙霞关出入。郑彩也以缺饷为由，出关百里又返回原地。
十二月六日，隆武帝出福京（福州）御驾亲征。此次亲征的目的，是要先进入江西，进而取南京北上，但此时，清军南下的攻势非常猛烈。郑芝龙开始越来越明显地阻挠与清军对抗的行动。
郑芝龙不仅自己不肯出关，而且限制他认为是异己的力量。隆武朝中吏部文选郎林垐，主管铨选，他认为此职是太平时期的政务，并非用兵之时的急务，于是便辞官募兵数千人，准备北上抗清，但遭到郑芝龙的多方阻挠。林垐被迫入山，并置备了一副棺椁和一袭布衣，大书“大明孤臣之柩”六字，以待死。
不久，隆武帝决定从汀州进入江西，于隆武二年三月初六从建宁府登舟，顺流而进，于十一日抵达延平。但郑芝龙为了达到挟天子以令诸侯的目的，不愿隆武离开福建，因此坚决请求隆武帝回驾福京天兴府。这也是为最后降清所做的工作。他鼓动了数万军民，遮道号呼，拥阻隆武帝的车驾，隆武帝被迫驻跸延平，就把府属作为行宫。
此后隆武帝被郑芝龙束缚住了手脚，许多北上抗清的策略都受到郑芝龙的限制。不久，清军加强了对南明的进攻。五月初，清军进逼赣州，各路南明滇粤诸军都不敢应战，纷纷溃逃躲避。不久浙东也被攻占。
郑芝龙在这样的紧急关头，竟决定从北边全线撤兵，他决定抛弃隆武帝，退保老家安平。他已与清军暗中来往，对隆武帝只是阳奉阴违而已。他派人打算劝说郑成功，但遭到郑成功的斥责。郑成功驻守仙霞关，因得不到郑芝龙的粮饷供应，军队维持得很困难。他自己的财产都作了军饷，却不能维持多久。他多次派人到郑芝龙处催粮饷，却根本动摇不了郑芝龙降清的念头。
守关兵无粮，也就逐渐逃散了，郑成功不得已，只能伤心而回。清兵南下如入无人之境，当隆武帝逃到汀州后被清兵抓住杀害了。这个成立一年多的南明小朝廷就此彻底失败了。
郑成功又一次经受了亡国的洗礼。强大的清军非但没有打消他复国的念头，反而更激发了他为复国而战的信心。
他做为隆武帝的“本家”，做为一心一意忠君爱国的明朝子民，正积极储备力量、等待机会，准备为复明浴血而战。
