对这个报告，邓小平批示：“这个问题搁了很久了，应迅速解决，故拟予同意。”中央其他领导也同意了这个意见。12月27日，中央军委发出了《关于组建航空、舰艇、军事无线电电子学等三个研究院的通知》。通知说：经中央批准，决定成立这3个研究院，属国防部建制，业务归国防科委领导；通知还规定这3个研究院的代号分别称第六、七、十研究院。
此后，父亲要总政治部抓紧物色3个研究院的领导人选。父亲分别同他们谈话，勉励他们做好工作。3个研究院建院之初，普遍住房困难，父亲要国防科委尽力设法解决。在人员方面，父亲主张3个研究院机关要力求精干、必须的技术人员和设备，也要国防科委设法解决。
父亲在同3个研究院领导谈话时，分别提出了各院的基本任务，在边研究边建院的条件下：六院要在仿制米格-21的基础上，自行研制2.5倍声速的歼击机，在仿制杜-16轰炸机的基础上，研制自己的中程轰炸机；七院要在仿制苏联潜艇、快艇的基础上，自行研制潜艇、快艇、驱逐舰及舰用导弹；十院要努力配合“两弹”攻关，进而增强电子技术这个我国国防工业中最薄弱的环节。在以后的岁月里，父亲经常听取3个研究院的汇报，赋予他们任务，帮助解决碰到的各种难题。
六、七、十院创建不久，原国防工业部已分建出航空工业部、电子工业部、兵器工业部、船舶工业部，有关部门即提出，3个研究院应分别同航空、造船、电子工业部合并。
父亲从一开始就不赞成部院合并。
他在1962年11月30日听取罗瑞卿汇报国防工业办公室扩大会议的情况时，对罗瑞卿说：“科学研究必须独立发展，几个研究院不能与生产部门合到一起，否则，科学发展就会受到影响。至于个别单位，可以考虑调整。”父亲最担心和忧虑的是，好不容易集中起来的国防科技队伍又给分散了，刚刚开展起来的科研工作被影响和削弱了，父亲说：“研究院与几个工业部是否合并到一起的问题，现在思想认识不统一，长期争论不休，影响工作。我愿意把几个研究院交出去，但我有些担心。研究工作、学校工作，过去在工业部时没有人花精力抓，领导的精力都集中去搞生产任务。同时，每年投资压得也很紧，一压缩就削减科研费用；一精简一调整，首先是砍科研机构。因此，我担心。”
在此后的酝酿过程中，父亲多次表示不同意部院合并的做法。他的基本意见，一是当时国防工业部门生产的武器装备性能都比较落后，大多是仿制前苏联第三、第四代产品，甚至是性能更落后的产品。我们要迎头赶上，必须适当集中科研力量，在仿制消化技术的基础上，自行研制所需要的武器装备，才能逐步摆脱落后被动的局面。二是从事研制导弹、原子弹的庞大的系统工程，绝不是哪一个研究院能完全独立完成的，由国防科委统管，有利于大协作，有利于早出成果。三是工业部门忙于完成生产任务，实践证明，容易忽视或削弱对新型武器装备的研制。四是3个研究院的领导班子都是军队干部配备组成的，从上到下都强烈希望留在国防科委系统内。一次父亲给罗瑞卿打电话时大声说：把我的意见再给中央反映一下嘛，我也是一票嘛。可是，由于种种原因，父亲的意见当时没有得到应有的重视，1964年秋，“部院合并”已成定局。
父亲是在北戴河得知中央决定将六、七、十研究院合并到有关工业部这一消息的，当时接电话的周均伦秘书说：“那是9月中旬的一个傍晚，聂帅正在海边散步，得知这个消息后一直默默地在沙滩上来回散步，一声不吭，走了很久很久。”
父亲是一名政治纪律观念极强的共产党员，只要是中央决定的事情，尽管自己有不同意见，仍然要坚决执行。
回到北京后，他先后向罗瑞卿、周恩来表示：同意以国防部第五研究院为基础成立导弹工业部；同意国防部第六、七、十研究院和对口工业部门合并。此后，父亲反复给国防科委领导做工作，坚决服从中央的决定，改变了几个研究院的领导关系。父亲强调：“六、七、十院的领导关系改变后，移交工作要交好，同各方面的关系应划分清楚，工作分清，责任分清，要有利于工作，不要再长期争论不休，影响工作。六、七、十院交出时，应介绍合并以前的情况和今后应当如何办的意见。我们不能一推了事。
同时，为防止这次“部院合并”后削弱科研试验，父亲和国防科委的领导反复研究，重新安排国防科研的分工和工作方法，做了不少补救工作。针对有人说国防科委也要解散的说法，父亲坚定地强调：国防科委一定要存在，哪里也没讲要取消，国防科委的任务很重要，没人抓武器的发展工作不行，有很多工作要做。两头要抓，中间这一段也要管，总还有一个组织协调问题。任何一种武器，特别是尖端的、复杂的武器系统，不是一个部门可以完成的，这个工作靠谁做，要靠国防科委。我从来没有想过国防科委要关门，中央也没有提出过不要国防科委。父亲说：我不是简单地考虑国防科委存在与否，也不是说这个机关能干这个事，那个机关就不能干这个事。我考虑的是：需要有一个专门机构，来专门抓国防科学技术。他说：“这个问题关系太大了，关系到我军的现代化，关系到整个国家科学技术发展。没有国防科委这一环，国家科研的工作就会脱离国防要求。国防现代化受影响，整个国家的工业现代化、科学技术现代化受损失。所以，这一段时间，我相当着急。”父亲还对有关同志说：“我年纪大了，身体也不好，本来准备交班了，看现在这种情况，我还要干下去，累死我也要干。”
在父亲和有关同志的共同努力下，重新调整、明确了国防科委的编制、任务和职责，使国防科研管理体制得以保持和延续，保证了以“两弹一星”为主要标志的国防尖端事业的进步和发展。
科技队伍刚刚稳定下来，有些单位又要实行“厂所合并”，再度造成人心浮动和工作上的不利影响。父亲得知这一情况后，1966年2月11日，上送了《关于国防科研单位不宜搞厂所合并的意见》。
主张“厂所合并”的，仍然是“部院合并”的那些理由。父亲在《意见》中都一一据理分析。父亲讲：“科研必须面向生产，结合生产，这是没有疑问的。但结合的途径很多，并不是非将这些国防研究所合并到工厂不可。合起来究竟对战备、对我军装备的现代化与赶超世界先进水平是否有利，需要深入调查，慎重考虑。”
父亲从五个方面阐述了不宜搞“厂所合并”的理由，最后说：“毛主席提出阶级斗争、生产斗争、科学实验三大革命运动，把科学实验作为一项革命运动提出来，是有极其深远的伟大意义的。国防科学技术多年来走过的道路证明，要真正自力更生，实现国防现代化、赶超世界先进水平，必须加强科学实验。这两年由于各种干扰、吹冷风，体制一变再变，很不稳定（民用工业部门反而稳定得多），后果如何，我很担忧。办任何事情，一定要深入调查，听取各方意见，权衡利害得失，经过深入研究后提出意见，不能草率从事！”
看到父亲的《意见》，周恩来总理2月18日指示：“请赵尔陆同志告各部，暂停厂所合并，并将各部主张合并的理由和程序见告，以便处理。”
但当时“文化大革命”来势凶猛，领导机关受严重冲击，指挥不灵了，总理的批示没有落实，合并的势头也没完全控制住，国防科研力量更加分散了。
父亲又给毛主席写信，建议成立18个研究院，在动乱中尽最大的努力稳定和保护国防科技队伍。
“部院合并”这场争论的实质，是如何处理科研与生产的关系和如何配置科技资源的问题，在这两个基本问题上，父亲的观点和做法始终是明确而坚定的，这就是：科研要先行，科技力量要集中。父亲在晚年说：“回想组建科研机构的整个过程，我认为在当时我国大量的科学研究工作，尤其是像导弹、原子弹、现代高性能飞机和舰艇、复杂电子设备等完全处于空白状态的情况下，在机构建设上我们采取集中力量，形成拳头的做法是正确的。实践证明，这样做，能够较快地摸清情况，开展工作，组织协作，攻破难关，取得研究成果。”
回顾当年部院合并的这场风波，对我们今天仍然不无启迪。我们常说社会主义的优势是能够集中力量办大事，真正把力量集中起来，把这个优势发挥出来，从来都不是一件容易的事情。从实际出发，实事求是，科学决策，着眼长远，把握大局，需要我们经常思之慎之。
刘华清说：“用现在的眼光看，如果当时研究院能稳定几年，有些院不实行‘厂所合并’，而发展成科研—生产联合体，会更有后劲，更有竞争力，更有利于赶超世界先进水平，增强我国海军乃至国防实力，同时牵动国民经济的持续发展。”我赞成他的观点。
“部院合并”
（《刘华清回忆录》301～306页）
1964年11月，中央决定国防科研设计部门与国防工业部门合并。1965年1月1日，七院并入了第六机械工业部，我任六机部副部长兼七院院长。5月30日，正式办理了合并移交手续。
坦率讲，对当时的“部院合并”，我认为是一次决策错误。
一般来讲，撤消或合并一个单位，这个单位的主管可能会有感情上的惋惜，从而影响判断力。我当时不同意合并非由于感情因素的影响，而是反复思考后，觉得弊大于利。
尽管我的发言权有限，但是这一决策还在酝酿的过程中，在中央没有正式形成决议的时候，我还是做了积极努力。我和七院的几位领导，用集体的或个别的、会议上或会议外、书面的或口头的多种形式，多次向有关领导机关反映不同意的意见，陈述理由。
1964年9月11日，国防工办召开会议，讨论贯彻战略方针、加强三线建设的问题，我利用机会，讲述了七院不宜合并的理由：
主要是“当前生产与科研工作中存在的问题，并不是影响生产与科研体制的根本问题”，科研体制调整，应具体问题具体分析，“不可采取千篇一律的办法”，“设计工作与研究工作密切结合，不宜放在工业部门；施工设计与生产联系密切，放在生产部门较为有利”。七院目前除担负基本的科研工作外，还担负着使用部门和工业部门的部分研究任务，既要搞船舶原理、舰体研究设计，又要搞各种武器装备、舰船配套设备的研究设计，与地方多个工业部门对口，不宜合并到一个工业部门。“舰船是一个整体，所有技术研究工作，必须有一个统一机构来组织协调”，七院合并到六机部势必与其他工业部门发生横向交叉，影响工作正常开展。“科研机构的一些重要东西要集中起来，形成拳头，以突出尖端，解决技术问题”，等等。
9月18日，国防科委召开各研究院领导人会议，座谈关于“部院合并”问题，我又针对当前体制“科研影响生产”等说法，谈了我的不同看法。有人不同意我的意见，举二机部为例，说可以合并。我说，“二机部的工厂实际是试制厂，合起来可以，以科研为主”，每次产品只一二个；其他部门就不一样了，要批量生产。“工厂考虑七院的，是生产和施工工艺问题，它考虑不到新型号的研究设计。科研单位与生产部门合并，既无助于解决工厂的工艺设计问题，又不能解决科研单位的试制加工条件。科研、试制和加工全都放在工厂，也有一定困难，会打乱它的生产线。”我也举例说：“如柴油机厂有一套试验设备（试车台），是为生产服务的，科研单位要挤用，两家肯定有矛盾；而在科研中，单缸试验、单机试验要经常做，工厂无法完全配合，所以科研单位合并到工业部门，也得各建一套试验设施。”我强烈建议，七院刚开始发展，还未形成拳头，“还是再搞一个阶段好”。我们的呼吁并未引起广泛关注。但我坚持认为这是两个大的决策，不应该失误，我要尽到自己的责任。我去找罗瑞卿总长，想当面向他汇报，却始终未能如愿。我不甘心，多次找他。后来，他派金子谷秘书听我讲了情况和意见。罗总长听了秘书汇报后，认为我讲的七院不宜合并有道理。我又找了六机部部长方强，对他讲：“七院并到六机部，你这个部长不好当，也不好管。舰艇研制工作牵涉到国家这么多工业部门，你下通知，人家不理你，不好办。”我还和戴润生找海军党委汇报，海军司令员萧劲光、政委苏振华、副司令员刘道生等海军党委常委都出席了。事后，海军党委上报了《关于海军装备研究工作机构问题的建议》，反映了我们的意见。
可是已经晚了，“部院合并”已成定局。
1964年11月18日，在我们提议下，六机部和七院党委联合向上提交了“建议采用将七院整体与六机部合并，七院要担负的任务，全部由六机部承担的方案”。说明这将有利于完整地保存七院现有力量和今后发展，不会在合并中拆散、分散和削弱现有力量，且变动小，合得较快。存在的一些问题，有些与兄弟部门对口的科研机构和工厂，例如火炮、鱼雷、水雷、水声、汽轮机、舰载导弹等，如何更好地解决，“经过一段时间的实践和调查研究”，“再有计划有步骤地”解决。最后，这些意见被上级采纳。这是合并工作进展比较顺利的重要原因。
