推行仁政，弥补裂痕
东晋初，北方人口南迁，而自北方来的世家大族们有了政治上的优势后，自然索求经济利益，良田、美宅是他们必不可少的追求目标。但江南传统富庶地区早就“名花有主”，当地土着大地主们数代经营膏壤良田，怎肯轻易让给这些踉跄从北方跑来的高级难民？因此，南北士族之间的裂痕日益增大。
为了取得南北士族的支持，东晋朝廷对他们采取了宽仁政策。侨置州郡就是其中重要的一项，即在南方设置已非东晋控制的北方州郡政府，也就是流亡地方政府。如侨置南兖州、南徐州于京口，侨置南豫州于芜湖。此外，还先后侨置司、青、冀、幽、并等州，侨置的郡县就更多了。侨置众多的各级地方政府机构，一方面可以为“亡官失守”的北方士族开辟广阔的仕途，以便他们居高官，领厚禄；另一方面，他们也可以在这些地方广占田地，发展封建庄园经济，奴役南渡的北方百姓。如王、谢等着名士族，在会稽一带就占有广大的庄园。侨置州郡的地方一般还未充分开发，江南士族势力相对薄弱，北方士族在这些地方求田问舍，和他们的利害冲突相对少些。东晋朝廷以此缓和彼此的矛盾，使东晋政权的内部斗争在一定程度上得以冷却下来。
王敦·《蜡节帖》
吴兴大族周玘在“三定江南”时被封为吴兴太守，但是周氏宗族的强大武力已引起司马睿的猜忌和恐惧。所以尽管周玘治理吴兴颇有成效，却一直得不到司马睿的信任。同时，周玘还要承受着司马睿心腹刁协等人轻视的压力，这就使得他羞愤万端，决意反抗。周玘联合东莱大族王恢，企图发动兵变把北方的大族赶下台，由南士取而代之。密谋不慎暴露，周玘将逃到他那里的王恢杀掉灭口。司马睿知道后不动声色，下令征调周玘入建康任镇东司马，行至中途，又改授建武将军、南郡太守。当周玘南行到达芜湖时，司马睿复命他返回建康，改任军咨祭酒。周玘终于明白司马睿是在故意戏弄他，忧愤而死。临死前，他对儿子周勰讲，杀死他的是掌权的北方人，并要求周勰为他报仇。
周勰不忘父志，于公元315年，他利用吴人对司马睿政权的不满情绪，与徐馥通谋，以讨王导、刁协为名起兵。他到处收集兵力，当地土着豪强闻讯翕然响应，孙吴的末代皇帝孙皓的族人孙弼，也起兵响应。次年正月，徐馥杀死吴兴太守袁琇开始行动，周札之子周绩随即聚众响应徐馥。徐馥欲奉周札为主，但遭拒绝。由于叔父反对，周勰未敢贸然动作。司马睿闻变，准备发兵进讨。王导反对用兵。他说，多发兵容易给建康造成空虚，少发兵则不易平乱，不如利用周氏家族内部矛盾，派周札的侄子周莛去处理。周莛到达义兴后，设计将从弟周绩杀死，并迅速平定了事变。摄于周氏宗族在江南地区的门望和武力，司马睿既没有惩办周勰，也没有深究此事。为安抚吴人，他改任周札为吴兴太守，并提升了周莚的官职。
公元315年，杜弢所领导的流民起义军终于被司马睿的荆州刺史陶侃打败。两年前，原荆州刺史周岂页被杜弢围在浔水，靠时任武昌太守的陶侃的救援，才侥幸脱险。司马睿调回周岂页，改任陶侃主管荆州。陶侃经过与杜弢的数十次激战之后，才逐渐占据上风。流民军由于伤亡过重，力量不支。杜弢被迫向司马睿请降，但遭拒绝。他复写信给南平太守应詹乞降。在应詹的建议之下，司马睿同意受降。但陶侃等人仍不肯停止对杜弢的攻击，杜弢只得再反。陶侃乘势将其击溃，杜弢败死于道。不久，湘州也落入陶侃之手。
陶侃的成功，引起了王敦的嫉妒。王敦自击灭华轶后，一直坐镇江州，主管西线的军事。由于部属陶侃平定荆湘地区流民起义有功，司马睿封王敦为镇东大将军、加封都督江扬荆湘交广六州诸军事、江州刺史之职。王敦开始自行选置刺史以下的官吏，日益骄横跋扈。他乘陶侃在返回荆州的治所江陵之机，将陶侃扣留。王敦改任陶侃为广州刺史，另派其从弟王虞去荆州出任刺史。但是荆州的将吏拒不接受王虞，而要求陶侃返回。王敦欲杀死陶侃，但顾虑与陶侃有姻亲关系的豫章太守周访干涉，故终未动手。陶侃被迫赴广州。到任后，他再一次显示出自己的政治才能，使那里长期动乱的局面迅速得到安定，切实巩固了江东政权对这一地区的控制。
自晋愍帝司马邺被汉主刘聪围困长安起，司马邺虽然又进封司马睿为丞相，并多次乞师救援，但始终未能盼到江南发来的一兵一卒。
公元316年11月，晋愍帝司马邺在汉军的重围之下，内外断绝，兵疲粮竭，被迫出降。长安不守，汉将虏愍帝北去的消息传至建康，司马睿如果再没有表示，则无法向世人交待。于是，他装模作样地带领将士露宿野营，向四方发布檄文，声称要立即北伐救回愍帝。然而数天之后仍不见有真正的军事行动。为了收场，给自己解脱塞责，司马睿给丞相府的督运令淳于伯栽上“漕运稽期”的罪名，将其斩首。一时间，百姓哗然，怨声载道，连司马睿的心腹刘隗也出面为淳于伯鸣不平，要求惩办与此事有关的周莛、刘胤等人。事已至此，幕后主谋王导被迫出面承担责任，请求免职。司马睿终于承认，冤杀淳于伯是他的过失，但又表示对此案有牵连的人不再追究。
内修政务，蓄意发展
东晋时期，中国处于分裂状态。北方硝烟弥漫，战事不断，而南方相对安定，以致北方大批人口陆续南流。对于这些人口，晋元帝都设法予以了安置，分房授田。南迁的北方人都带来农具、种籽，到南方又有田可耕，就迅速开始了高水平的农业生产。北方人又把先进的生产技术教给南方人民，提高了整个农业生产水平，相处也比较融洽。
公元318年，司马睿为了发展生产而整饬吏治。他下诏说：“二千石今长当祗奉旧宪，正身明法，抑齐豪强，存恤孤独，隐实人口，功课农桑。州牧刺史当互相检查，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪婪秽浊而以财势自安者，若有不举，当受放纵蔽善之罪，有而不知，当受暗塞之责。”这个要求是比较明确和严格的。这年，司马睿在徐、扬二州的肥沃土地上，大力提倡种麦。他还规定军队除少数担任守备任务外，都要参加生产，土地包片，成为解决军粮的生产基地。司马睿选用有才干的官员负责组织流民屯田，寿春县一带开荒治土，广种庄稼，粮食丰收，使荒芜的土地变成沟渠纵横、人烟稠密的富庶地区。
江南的肥沃土地多为世族大姓所霸占，他们把山林、河流据为己有，致使农民不能上山砍柴和下河捕鱼，常常造成事端。司马睿在东晋王朝建立前就下过令，弛山泽之禁，准许群众砍柴捕鱼。当了皇帝后，为了缓和矛盾，对豪强地主给予一定的限制，他要求大家接受西晋亡国的教训，减轻一些人民的负担，使农民得到一点好处。
为了维护和巩固政权，司马睿鉴于西晋时“公卿世族，豪侈相高，政教凌迟，不遵法度”，以至丧乱的教训，提倡节俭，并身体力行。在帑藏空虚的情况下，他带头穿起粗丝织品的单衣，士人竞相仿效。他的弟弟打算为母亲建筑豪华住宅，他便含泪说服劝阻，这比西晋时石崇与王恺斗富、竞相挥金如土，或何曾一餐花一万钱、何劭一餐花两万钱等穷奢极欲的情况，自然要好得多。司马睿害怕听不到下面的呼声，便在宫外设置了谏鼓、榜木，即或咒骂皇帝的话，都可以写在榜木上。举凡关系朝廷得失的奏本，他都一一过目处理。他还修建了一座听颂观，他常到观里办公，听取和处理大案要案。
这些比较开明的政治经济措施，推动了生产的发展，安定了社会，人民得到了一些实惠，一时出现了政治清明和经济繁荣的景象。
北定中原，意求统一
东晋政权建立后，广大中原地区为匈奴、羯等少数民族的统治者所控制。在民族压迫下的北方百姓希望东晋北伐，解除他们的痛苦。东晋统治集团的一些人士也曾有过多次北伐的军事行动，但是，都未取得较大的成就。
时任军咨祭酒的祖逖有感于社稷倾覆，常怀振兴恢复之志。他招募暴桀勇士为宾客义徒，待之如子弟，备加保护，因此受到人们非议，而他若无其事。当时琅邪王司马睿渡江不久，尚未在江南站稳脚跟，来不及也没有力量北伐。祖逖便向司马睿提北伐的建议说，晋朝发生的动乱，并不是上边无道而造成下边怨叛，是由于诸王争权，自相残杀，使得戎狄乘机流毒中原。现在北方百姓被残害，“人有奋击之志。大王诚能发威命将，使若逖等为之统主，则郡国豪杰必因风向赴，沈溺之士欣于来苏，庶几国耻可雪，愿大王图之”。司马睿因此于公元313年任命祖逖为奋威将军、豫州刺史，给他1000人的粮饷、若干匹布，不给兵器，由他自己招募士兵。
祖逖于是从随自己南渡的亲党部族中选百余家北渡长江。船到江心，他敲击着船桨，当众发誓：“祖逖不能清中原而复济者，有如大江。”辞色壮烈，部下都深受感动而慨叹。
祖逖渡江后，屯于淮阴，一面打造兵器，一面招募训练兵士。招募训练成一支2000多人的队伍，然后向北进发。
当时黄河下游地区主要为羯族首领石勒的势力所控制。石勒表面上受匈奴族首领刘渊、刘聪的号令，实际上他以襄国为中心，发展自己的势力，谋求建立自己的政权，占据着今山东、河南、河北的大片地方。
在石勒控制黄河下游的过程中，西晋在这一带的势力逐步被消灭或退出。留在当地的汉人为了抗敌自保，结成许多大小不等的武装集团，大的上千家甚至数千家，小的数百家。他们筑堡而居，称“坞堡”，或称“壁”、“垒”。坞堡主多是大地主或武装集团的首领。坞堡各据一方，一般不相统属，有的还互相吞并，发生战斗。他们与东晋和石勒的关系情况也比较复杂。祖逖北伐进入这一地区后，根据他们的不同情况采取不同的斗争策略。
晋北中郎将刘演在北方与石勒斗争时，曾署张平为豫州刺史、樊雅为谯郡太守。司马睿南渡任丞相后，曾派桓宣前去劝说他们都归附东晋。到祖逖北伐时，他们杀死祖逖派去的使者，勒兵固守。祖逖进攻他们，一年多攻不克，后诱使其部署谢浮杀死张平，进驻太丘。樊雅据谯城与祖逖相拒，祖逖久攻不下，南中郎将王含派参军桓宣率兵500帮助祖逖。后樊雅经桓宣劝说，投降祖逖。祖逖于是进驻谯城。石勒派石虎领兵困谯城，王含再派桓宣增援祖逖，石虎退走。
蓬陂坞堡主陈川自称陈留太守，本来支持祖逖北伐，曾派其部将李头帮助祖逖进攻樊雅。后因其部将率众归附祖逖，进而反对北伐。他大掠豫州诸郡，被祖逖打败后，举浚仪叛降石勒。祖逖率众讨伐陈川，石勒领兵5万援救，被祖逖打败。石勒于是收兵掠豫州，并将陈川部众5000户迁往襄国，留桃豹等守浚仪城，据守城的西半部。祖逖派遣部将韩潜等占据城的东半部。两军同处一大城，对方从南门出入放牧，晋军开东门，相守40日。祖逖军已缺粮，但用许多布袋装满土，然后派千余人连续运进城中；又派几个人担米，伪装极端疲劳而休息道旁。桃豹军来追夺时，他们弃担而走。敌人抢得粮食，便以为祖逖军队运入城中的都是粮食，粮食充足；而他们自己缺粮已久，因而心里害怕，士气低落。石勒派人以千头驴运粮接济桃豹，又被祖逖派韩潜等截获。桃豹于是被迫乘夜撤走，退据东燕城。祖逖派韩潜屯兵封丘以进逼桃豹，自己则进屯雍丘。祖逖其后曾多次袭击石勒军，石勒又派精骑数万袭击晋军，又被祖逖打败。他镇戍的据点因此归附祖逖的很多，控制的地区不断缩小。
