辛亥革命后，根据枟清皇室优待则例枠条文规定，宣统皇帝仍然保持皇帝尊号并暂居故宫内廷，其宗庙陵寝及皇室私产受中华民国特别保护。奉天皇宫也被置于民国政府保护之列，专设机构进行管理。
第一节 内务府办事处
民国初年，沈阳故宫作为皇室产业，名义上仍属溥仪小朝廷所有，并沿袭清末旧制，设盛京内务府办事处机构进行管理。其下分设广储司、营造司等，负责承办有关皇宫建筑维修、物品管理等诸项事务，例由上三旗挑选甲兵，组成警卫守护皇宫内外。但在实际上，此时内务府对有关奉天皇宫事务的处理，已不完全凭逊清小朝廷降旨钦定，而须经由中华民国政府相关部门批准决定。
民国2年2月21日，内务府办事处坐办英锐，为美国绅士详览故宫库储各事，呈文奉天都督张锡銮：“本月五日承准公署秘书厅函开，兹有美国绅士三人，拟即瞻视库存宝物等项，奉帅谕传知贵府，届期派员接待，并预备一切。等因函知前来，遵派职处委员侯锡桐妥为导引，并知会广储司查照……”。另外，由于民国初建，地方政局不稳，内务府办事处经费拮据，于掌控事务更显艰难。据英锐呈报“该美绅等于一月六日起，每日上午十点入库至五钟止，当至翔凤阁库逐一按件搬出细看，并将各名目样式写画上簿，始至瓷器库。若照伊等挨柜写画，共瓷器八十余柜，连同飞龙阁铜器等，为数极多，不知何日了期，敝司员役等逐日下晚必得在街从俭吃饭一次，每日约需洋三元左右，敝司现无余款，即据该司移请，自应按照教育部派员每日给发饭费案办理”。 民国2年2月22日隆裕皇太后逝世，民国政府通令各地官署自即日起27天之内下半旗“以志哀忱”。就此事，内务府办事处特呈文致奉天都督，言称“内务府系皇室范围以内，自应遵照。现在国服期内，凡属普通、外人参观，暂行停止，应请令行交涉司转知驻奉各领事馆一体遵照”。据此可知，内务府办事处权限已非清朝帝制时期可比。
内务府在宫殿维修和物品管理上，也须听命于政府机构的安排。据档案记载，民国元年，掌握奉省军权的陆军中将、二十七师师长张作霖，为结交政界要员所用，特安排其部下从故宫瓷器库藏品中选取“霁红小高瓶”、“冬青釉带盖高罐”、“冬青釉蒜头口大肚瓶”等精致瓷器数件，作为贵重礼品亲携往北京赠送。 继而，这里的藏品又被大规模运往北京“古物陈列所”，于文华殿、武英殿、太和殿、中和殿、保和殿开辟展厅，对外公开展览。次年，又将奉天皇宫所藏文溯阁枟钦定四库全书枠及枟钦定古今图书集成枠两部珍贵典籍运至北京，置于保和殿等处以备展出。经过这两次大的迁运，奉天皇宫珍藏大部分外流，其中除文溯阁枟四库全书枠和枟古今图书集成枠后来被运回外，其余各类文物再未复归，奉天宫殿中专门用做贮藏皇室宝物的飞龙、翔凤二阁及东、西七间楼于此时，已是物去楼空，损失惨重。
第二节 筹办皇产事宜处
随着奉天皇室产业的流失及皇宫藏品的大量外运，内务府所需管理有关奉天故宫的皇室事务大为减少，加之经费支绌等项原因，民国三年（1914年）7月，经报请奉天巡按使公署批准并于财政厅、警察厅备案，盛京内务府将宫内警卫一律裁撤，遣散归旗。宫墙内外改由警察厅派警兵、卫队设岗守卫。 民国四年，办事处又对下属机构进行了改组，废撤冗员及旧有各司，改设文牍、会计、守卫三科室。各设科长一人，科员十人，守护长一人，书记八人，兵役十八人，仍设坐办、帮办、会办官职主掌三科事。及至1921年，办事处又改称“筹办皇产事宜处”，主事官为总办、会办，下设总务、会计、守卫三科，分别配置科长、科员等进行管理。 几经改组的内务府，规模和权力逐渐减削，在很大程度上失去了皇室管理机构的真正作用。
在此期间，奉天皇宫常以奉地方政府批文的特殊形式，对部分前来观瞻、考察的国内外人士实行开放，由内务府负责办理有关接待事项。如有外国人瞻仰，由外交部驻奉交涉司发给“可使用数日听便观览之一纸”，并派译员前往协同接待。于是，宫禁日开，奉天皇宫因此成为民国政府涉外活动的场所。据有关文献记载，在民国建立后的两年中，先后有意大利、奥国、美国、法国、德国、日本等国家的官绅和文化界人士，通过外交部与奉天地方政府联系，进入奉天故宫观览和考察。民国刚建立不久，热衷于东洋史研究并积极主张侵华战争的日人内藤虎次郎，再度来到奉天并以考查名义进入故宫，在藏有“皇家秘籍”的崇谟阁，除全文拍摄了枟五体清文鉴枠以外，又在未经允许的情况下，偷将枟满文老档枠全部拍摄，盗取了珍贵的清代文献史料，并且还挑选出文溯阁所藏枟四库全书枠的部分珍本进行抄录，连同上述两部典籍的底片万余张一并携归日本。数年后“东洋文库本”枟满文老档枠在日本出版，内藤虎次郎因此而成名，其盗窃清宫重要文献的行径亦公之于世。1924年7月，日本满铁工业专门学校助教伊藤清造，率建筑系学生来故宫考察中国建筑，对主要宫殿建筑依次进行实地测绘亦分别制图，并拍摄百余张照片，据此编辑出版了枟奉天宫殿之研究枠、枟奉天宫殿建筑图集枠等书。
第三节 地方政府接收后的管理
1924年10月23日，直军将领冯玉祥发动“北京政变”控制了北京政权，与摄政内阁制定枟修正清室优待条件枠，并据此通电全国，宣布永远废除皇帝尊号，将溥仪赶出紫禁城，宫禁之地连同宫内物品全为政府接收。奉天皇宫也因不再是皇室产业而收归为政府所有。1925年初，奉天省政府正式接收了皇产事宜处管理的奉天宫殿及所有藏品，计有：敬典、崇谟二阁原储玉牒、实录、圣训，西七间楼内外运后尚存书籍档案，以及后移入翔凤阁内的清宁宫等处祭器、御笔匾联等，另有立柜、圆方桌、宝座等宫内用具七十余件，及鹿皮、熊皮和布匹等数项件杂物。自此，这座具有整三百年历史的清代宫殿，彻底脱离了皇家统治体系，在所有关系上实现了重大转换，这意味着其在管理和使用上将进入一个新的历史时期。
然而，经历了民国初十几年动乱的奉天宫殿，此时已经非常破旧，不仅部分房屋倒塌，尚可使用的建筑也由于被外界占用而遭到很大破坏。1923年，内务府办事处尚掌管宫殿事务时，由军政府创办的东北无线电台办公地点即设在皇宫院内，装有马可尼收发报机。次年春，又扩大规模，改称世界收信处，于大政殿内装置可供收受欧美各国电报的新式收发报机机组。原本陈于殿中的皇帝宝座，连同屏风等被堆置一处，以后竟不知去向。中、西路部分宫殿也被奉系陆军第二旅所属部队借用居住。其中，文溯阁后九间殿为第一营营部所在地，嘉荫堂及文溯阁前后值房为一至三连及机关枪连所占；颐和殿、继思斋等东西所房屋为第三营官兵占据。“二营七、八连尚有士兵两排，在院内架设帐篷居住”。从伊藤清造在枟奉天宫殿建筑图集枠中的照片中可以看到：戏台天井院内及两侧廊房檐柱间，横竖交叉拉有数道晾晒绳并挂满军服衣物；迪光殿门右侧钉有“第十一连护兵室”木牌；大政殿外廊柱上钉挂“世界收信处”标牌等，直观记录了故宫被外界占用的真实情况。故宫归属省政府之后，正值奉系军队大力扩充整编，兵员居所无定之时，军队借占情况更加严重。在以后的一年中，经省长公署批准，又有东北陆军步兵第六十四团、镇威第三方面军卫兵连、东北陆军修械公司卫队、宪兵教练所等陆续入居故宫。其间虽有间或移出者，但很快又为其他机构占据。如1926年6月陆军六十四团从文溯阁迁出，省教育会随即呈文，以原会场狭隘为由请批迁入故宫，省长公署批复：“戏台一处现尚空闲，可以照拨，唯崇谟阁房间已为宪兵教练所占用，应俟该所迁出再行拨给”。据此，教育会占据了嘉荫堂、戏台处，以及崇谟阁下层、迪光殿前值房三间等多处建筑。此外，还有奉天法学研究会也在东所颐和殿办公。上述单位的分别占用，使原本破损的建筑再度遭到破坏。以大者计，西路，教育会在嘉荫堂一组建筑处修起礼堂，戏楼建筑已非原有面貌。中路，东、西所宫殿内部原装修大部分被拆毁。大清门外南区，原有五龙影壁被推倒，代之以新建楼房。东西两处朝房在1925年被东北长途电话局占用后，于其西侧另建了新式楼房，破坏了沈阳故宫建筑的整体格局和原有的历史风貌。
