关于沈阳故宫的早期管理包括机构、官员等，缺乏比较系统的史料，只在太祖、太宗实录以及枟满文老档枠的零星记载中，或多或少地有一些反映。清入关后，盛京皇宫成为陪都宫殿，时称盛京宫殿，清廷对其进行了相应的保护与修缮。康熙帝首创东巡盛京之制后，沈阳故宫管理制度趋于完善。乾隆以降，由于拓建新宫而增加诸多建筑及运送大批宫廷珍藏等，盛京宫殿的管理又增添了诸多相关的新内容。
第一节 宫殿管理机构
沈阳故宫的早期管理机构为何，目前尚无明确的史料记载，作为国家中枢的宫殿管理，当时应归皇太极直接统辖是无疑的。天聪六年，皇太极始设六部，工程建筑归于工部，宫殿修缮自应在工部辖属，但受八旗制度的影响，其八旗官守各有分属，对于盛京皇宫的管理也不例外，如盛京宫殿即由两黄旗巴牙喇守卫。
顺治元年，清迁都京师，“监往代留都之制”，“悉裁诸旧制，以内大臣一员，副都统二员，及每旗驻防章京留守沈阳。三年，改驻防大臣为昂邦章京，给镇守总管印。户礼刑工四曹悉隶留守之昂邦章京掌焉”，“十五年始复设礼部，置侍郎。十六年，复设户部、工部，皆置侍郎，与其官署。康熙元年，复设刑部，置侍郎，改奉天昂邦章京为镇守辽东等处将军。……三十年，复设兵部，置侍郎，于是五部备矣”。户部掌奉天钱粮赋税，旗地官庄及棉靛盐庄中江木苇诸税皆领之；礼部掌奉天礼仪祭祀朝会燕飨及司园池养息牧牛之事；兵部掌奉天驻防驿递之事；刑部掌奉天满洲蒙古八旗刑狱之事；工部掌奉天营造制器物料及管诸色工匠，凡黄瓦厂、席厂、灰厂、缸厂、炸子厂、木炭厂等壮丁俱隶籍焉。故盛京五部虽称作部，但各部只设侍郎一人，并无尚书，与京师各部额员设置不同。
与此同时，顺治初年，又设立了盛京内务府，“盛京内务府，顺治初年定，盛京包衣三旗设佐领三人，奏简一人掌关防”。盛京内务府治事之所位于大清门东南，在盛京将军直接兼管下，对盛京宫殿进行管理。关于盛京内务府各司所设官吏员额，计有三旗佐领镶黄旗佐领一员，正黄旗佐领一员（俱顺治三年设），正白旗佐领一员（顺治八年设），佐领下骁骑校各一员（康熙十七年设），堂主事一员（乾隆十九年设），委主事一员（乾隆二十九年设），管理三库事务内管领一员（乾隆二十九年设），笔帖式十五员（顺治十三年设八员，后续增至十六员。乾隆二十九年于笔帖式内设委主事一员，现在十五员），三仓掌领达一员，仓达三员。三旗属下分营造、广储司、掌仪、都虞、会计五司。营造司承管催总二员，领催六名，乾隆八年，添设太监五名，承管匠役、估修宫殿等处（今俱故，并未补设）。三旗各项匠役四十四名，扫院丁二十七名。广储司承管司库二员，库使十六员，领催三名兼领三旗织造库催总三员，笔帖式三员，领催十五名，三旗商人九名……掌仪司承管催总二员，……都虞司承管催总二员，笔帖式一员，领催九名，……会计司承管催总二员，笔帖式二员，领催九名……。于是，盛京内务府成为管理盛京宫殿的机构，有关宫殿的诸项事务一般均由盛京内务府掌关防三大佐领承办。乾隆十七年正月，“庚辰，设盛京总管内务府大臣。谕曰：盛京包衣三旗佐领等官，皆系职分相等之员，并无统领办事之人，难保无互相推诿及掣肘遗误之处。盛京地方最为紧要，应行设一总管内务府大臣专辖，将永著为令。现应增设之缺，著将军阿兰泰兼管”。同年二月，又铸盛京内务府大臣印信。迄光绪末年，盛京总管内务府大臣均由盛京将军兼任，进一步加强了对盛京宫殿的有效管理。
第二节 宫殿管理具体事项
清代关于盛京宫殿的管理，涉猎较广，史料分散，归纳起来主要有：
一、宫殿的守卫
清入关前的宫殿守卫制度于崇德元年四月正式确立，规定“其内门、两翼门及大清门设守门人役，命严加看守，稽察出入人等。内门止许守门人役常直，勿容闲人。值日官稽察之”。此前的天命八年五月二十二日，努尔哈赤对于当时汗宫的守卫也曾降旨，即巴牙喇之值班人等，待门闭后，始得入坐。仅限值班人等，他人不得入内。守门人亦不得入内，坐于门。鸣板唤之，乃入。鸣板毕，即出。有事之欲入，则立于门，由门人往告内班之人，请示于汗，准入则入。虽有事不问而入，则罪所入之人。若门人不阻而放入，则罪门人。内班值宿之人，于翌日晨，俟汗、福晋起身及尔等值日班之人入后，方准离去。汗、福晋起身之前，若值宿班之人擅自离去，则罪所无能为力之人，若值日班之人入，则罪所入之人。值宿之人，尔等当于日在接差，若日落始来，则罪之 。
清入关后，“以内大臣一员，副都统二员，及每旗驻防章京留守沈阳。三年，改驻防大臣为昂邦章京，给镇守总管印”。康熙十一年时，“宫殿各门额设甲丁六百七十八名轮班看守”。乾隆时期，据枟奉天将军达勒当阿为陈明增设看守宫殿之堆拨披甲缘由事奏折枠得知，乾隆八年以前盛京宫殿内共设九处堆拨，三旗看守宫殿披甲共六百九十名，自乾隆十二年，于盛京宫殿内外共设十二处堆拨守卫，每处设披甲九名，连领催在内共十人，每班为一百二十名披甲，六班共需七百二十名披甲 。
二、宫殿的修缮
清初盛京宫殿的修缮史料很少，仅见有崇德三年八月“正黄旗半个牛录章京刘光先建成崇政殿有功，启心郎索宁、主事宁古里以启知和硕睿亲王奏闻，上命……半个牛录章京刘光先再加半个牛录章京为牛录章京”和崇德五年四月，“辛酉，修笃恭殿兴工，以阿山、金玉和董其事”两条记录。
清入关后，从顺治时期即开始对盛京宫殿的建筑进行修缮，如据康熙初年的满文档案枟掌关防佐领辛达里等为奏准清宁宫凤凰楼大清门崇政殿牌楼鼓楼等处之油漆木雕由盛京工部修缮事的咨文枠称，“康熙三年三月二十七日，准总管内务府衙门咨开，据内工部呈称，准工部来文内开，本部具奏：为修补清宁宫、楼、殿事。准盛京工部咨开，顺治十七年六月来文内开，饬令修缮清宁宫、凤凰楼、龙楼、崇政殿”。康熙年间对盛京宫殿的修缮活动则较顺治时期更为频繁，如康熙十一年重修关雎宫、衍庆宫、麟趾宫、永福宫，康熙十三年修缮（清宁宫两侧）两配宫，康熙二十年修缮崇政殿并将原十间肉楼建成拐角楼等。
乾隆年间，因财力雄厚，乾隆帝对盛京宫殿进行了大规模的改建和增建，除对旧有建筑进行维修外，还增建东西所行宫、太庙及西路诸建筑，详见前述。
到了嘉庆、道光时期，对于盛京宫殿的修缮日渐减少，如嘉庆九年（1804）：重修大内宫阙并大政殿、文溯阁等建筑 。道光八年（1828）十一月至道光九年（1829）二月，修理介祉宫、继思斋、保极宫等 ，修缮工程越来越少。至清末，国力日衰，盛京宫殿能够维持现状已是相当不错的事情了。
三、宫内文物的管理
自盛京宫殿具有清帝东巡之行宫这一使用功能后，既出于不忘祖宗发祥之根本，也为皇帝驻跸盛京旧宫时的需要，乾隆帝特命移送玉牒、实录、圣容、玉宝、玉册以及金、银、玉、瓷、书画、图籍等等运至盛京宫殿尊藏，盛京宫殿的管理又增添了新的内容。
乾隆十一年奉旨钦派大臣，恭五朝圣训实录于盛京尊藏……原贮凤凰楼，四十三年六月，命盛京将军弘晌择吉，恭移崇谟阁尊藏。
乾隆十五年敬贮玉牒于敬典阁，二十五年、三十三年、四十三年续贮三次。凡恭遇玉牒告成，预令钦天监诹吉，宗人府奏派王公一人，礼部、工部各奏派堂官一员恭送，领侍卫内大臣奏派侍卫十员前引，玉牒馆派提调官一员，纂修官二员，礼部工部各派司官一员后护，钦天监派择吉官一员，恭同送往。届期，校尉恭舁彩亭凡旗仗仪卫与玉牒恭送皇史宬同。出城更换行驾，顿宿之所建盖彩棚安奉，兵弁巡逻。经过地方，文武官员俱朝服出郊跪迎送。关以内兵部派兵弁沿途护送。关以外，盛京将军派员率满洲兵护送至盛京日，预行扫除警跸，将军、五部、侍郎、府尹等俱朝服出郊跪迎，鼓乐恭导至崇政殿前，陈设宝案，行三跪九叩礼。届尊藏吉日，盛京礼部堂官前引至敬典阁前，送往之王公大臣官员及将军以下等官各于彩亭前，行一跪三叩礼。提调、纂修各员率同盛京五部司员恭捧至敬典阁上，敬贮金柜。恭送圣训实录一应仪卫礼制，与送玉牒同 。
又乾隆十五年，恭奉五朝圣容于凤凰楼，仪注与恭送圣训尊藏同。又十一年，尊藏御宝十于凤凰楼，有御制宝谱序，以记始末。大清受命之宝、皇帝之宝三、奉天之宝、天子之宝、奉天法祖新贤爱民、丹符出验四方、敕命之宝、广运之宝。
又乾隆四十五年，奉旨恭送重绘太祖战图实录于盛京尊藏。
对于“所有列祖御器俱用黄袱罩护，敬谨周密，极为全备矣”，而关于清帝册宝、圣容、实录、圣训、玉牒以及御用器具、陈设工艺品、书籍、墨刻的送往、收藏等管理事务的档案辽宁省档案馆收录很多，涉及盛京将军衙门、礼户工刑兵部五部以及盛京内务府都虞司、广储司等诸多衙门，迎送、尊藏、晾晒、取潮脑、油布挖单事无巨细，都按例而行。
四、其他
从清代档案史料中，对于盛京宫殿的管理还可以了解到以下内容：
宫殿防火。乾隆四年正月十七日，在“多罗淳郡王弘暻为盛京宫殿修缮已毕请设激桶防火事奏折”中，多罗淳郡王弘暻因盛京宫殿修缮工程告竣，奉命抵沈。提出“盛京城中户口滋繁，环绕宫殿，自宜小心火烛”。建议酌量设立激桶，以备陵寝、宫殿之用。此事引起朝廷的重视，乾隆四年三月二十日，在“奉天将军额尔图为拟设激桶以备盛京宫殿及陵寝等处防火事奏折”中得到回应，即“备用激桶理应计其敷用设立……大政殿设立激桶二只、内宫设立激桶四只”，并交付盛京工部制造。是为首设宫殿防火设施，此前未有。
张挂门神、对联。乾隆八年十一月初二日，盛京内务府掌印佐领石图为请在盛京宫殿张挂门神对联之事上奏折称，“本年圣上驻跸盛京宫殿，在清宁宫内挂福字、绦镶、对联，门口贴门神、对联。宫内所挂福字、绦镶、对联，奴才等谨取黄绢遮盖外，门口所贴门神、对联，不便取下遮盖，仍在原处。查得，盛京宫殿内大清门旧有门神、对联各三对，凤凰楼前后二门有门神、对联各二对，其余宫殿门口未挂门神、对联。又查得大清门原有对联三对，凤凰楼原有对联二对，系康熙五十六年前任佐领噶达浑召集该处贡生秀才编写，每逢年节张挂至今。奴才等窃思，清宁宫现已供神主，宫殿门口理合张挂门神、对联，相应将现存旧有门神之尺寸、对联之文字、其余宫殿门框之尺寸，另缮汉折一并呈览，请皇上明鉴施行。若蒙允准，饬交工部乘便送至，以便年节张挂。为此谨奏请旨”。从此档案中，可知盛京宫殿年节张挂对联只在大清门和凤凰楼，而大规模张挂则始于乾隆八年乾隆帝第一次东巡期间，即“乾隆八年乾隆帝驻跸盛京宫殿时，在清宁宫内挂福字、绦镶、对联，门口贴门神、对联”。此后，年节或皇帝驻跸盛京宫殿期间，张挂门神、对联即成为定例。对于后来新增建的建筑也依例而行，如乾隆十四年五月二十八日“盛京将军阿兰泰等为在中路新修宫殿门口张挂门神对联事奏折”中即称“恭查得，清宁宫两侧新修宫殿，于乾隆十三年五月竣工，工程处虽将宫殿交付奴才等衙门看守，然并未将宫殿门口所挂门神、对联交付。奴才等伏思，中间宫殿门口于乾隆八年十一月二十三日谨遵谕旨张挂门神、对联，现新修宫殿门口亦应照中间宫殿之例张挂门神、对联。再，修新宫殿时，中间旧有飞龙阁等楼均经拆毁重修，原挂门神、对联尺寸已不相符，请准将新修飞龙阁等楼房门框尺寸，门神、对联数目，另缮汉文清单一并呈览，伏乞圣上明鉴。如蒙允行，请饬该部制成，逢年节仿照中间宫殿张挂。为此谨奏请旨”（并附有清单一份）。
另外，据枟大清通礼枠记载，作为陪都的特行之制，每月初五、十五、二十五日之常朝日，盛京城内将军、副都统、五部、奉天府、承德县等各衙门官员着朝服于大政殿前排班，象征性地行常朝之礼，谓之“坐班”。其时，盛京工部管理大政殿官员率壮丁10人，将殿前庭院地面打扫洁净 。而据枟大清会典枠所云，元旦（农历正月初一）、冬至日、万寿节（皇帝生辰日）“三大节”时，盛京官员还要按制在大政殿前恭行朝贺礼仪，那么这些归盛京工部管理的大政殿官员及相关人等，亦应完成其份内职责。
