康熙初年财政困难。明末清初，中国大地经历了长达数十年的战争，社会经济受到严重破坏。据不完全统计，康熙登基时，即顺治十八年（1661），全国耕地面积，民田为 549 万余顷，若加官庄、屯田等，耕地总面积则在 570 至 580万顷，比明朝万历年间少 150 至 200 万顷（明万历年见，民田总数为 701 万余顷，加上屯田、官田，耕地总面积达 770 至 780 万顷）。康熙元年（1662），全国人丁数为 1920 余万，并从此不断减少。而且，康熙十三年（1674）到二十年（1681），丁数又有减少。直至康熙十年（1671），号称“天府之国”的四川仍有可耕之田，而无耕田之民。康熙从他父亲手中接收的是一座毫无分文的国库，不仅无积蓄，而且每年入不敷出，缺饷 400 万两。虽然康熙有“希望天下义安，生民乐业，共享太平之福”的美好愿望，但暂时无法实现，甚至不得不继续增加人民的赋役任务。顺治朝赋役沿用明制以按地亩交纳的“田赋”和按人丁（满 16 至 60 岁的男子）分担的“丁役”作为国家的主要收入。其中，除供官吏和军队俸饷的漕粮才收本色外，其他均折收银两，故总称地丁银，或地丁钱粮。不过，清初不是在广泛丈量耕地和清查户口基础上断定各州县的赋役额数，而是按明朝万历年间会计簿征收。比起明末横征暴敛、任意加派的情况和明万历年间的赋税相比并不算太重。明末清初几十年的战乱，人丁逃亡，土地荒芜，仍按万历旧额征收，人民负担定比万历年间繁重。例如，山东新泰县，根据顺治九年（1652）统计，其人丁不及先前额 1/3，地亩仅及 1/5，仍按原额缴纳丁银及地税。人民赋役负担加重二三倍。不仅如此，顺治年间所修《赋役全书》，除恢复万历旧额外，还把增加的辽饷纳入正额赋税。仅这一项，全国即增田赋 520 万两。清初因军饷急需，在地丁银的使用上，起解中央者大幅度增加，存留地方者日益减少。地方存留少，开支从何出，必然向下加派，导致人民苦不堪言。
康熙继位之初，情况并未改善。因顺治帝山陵大工及滇省用兵，吴三桂等相继叛乱，军费猛增，地方存留进一步裁减。同时，催征日益紧迫和严格。顺治年间拖欠钱粮，有司参罚，仅涉及知府以下官员，知府以上虽有拖欠，仍能升转。
康熙继位后，谕令吏部，户部：今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，都一体停其升转，必待钱粮完解无欠，才许题请开复升转。吏、户 2 部据此制订《直隶各省巡抚以下州县以上征催钱粮未完分数处分例》，奏准实行。并根据世祖遗志，部署了打击抗粮绅衿（地方上有功名有地位有知识的人）的“奏销案”。
顺治十八年（1661）三月，凭康熙皇帝名义谕令户部：直隶各省，钱粮拖欠甚多，征收难以完成。原因是不遵从法则，抗粮不纳，地方官瞻徇情面，不依法催收。
嗣后令该督抚，责令道府州县各官，立法严加稽察，如仍抗粮，从重治罪。地方官不行察办，一并重处。此谕虽指明直隶各省，但因江南抗粮最多，清廷重点抓欠粮最多的江南苏州、松江（今上海一带）地区，予以严惩，以告诫全国各地。
江宁（今南京）巡抚朱国治上疏：苏州、松江、常州、镇江 4 府属，并溧阳县，未完钱粮文武人员共 13517 名，应照例议处，衙役人等 254 名，应加以惩罚。于是，以皇帝名义降旨：绅衿抗粮殊为可恶，该部照定例严加管理。严到什么程度，据当时记载：不问官职大小，不分欠税多少，凡在籍绅衿，按名革职，现在缙绅（有官职的人），概行降调。即按朱国治所报，其中乡绅张玉治等 2170 名，生员史顺哲等 11346 名，都遭降革。其中包括当时江南地主中的有名人士叶方蔼、吴伟业、徐乾学、徐元文、韩锬、汪琬、彭孙遇、宋德宜等。尽管其中许多名士后来都通过各种途径复官，陆续高升、被重用，但也有一些被黜生员，或因无人提拔，或因经济拮据，从此一蹶不振，再未涉足仕途。这起“奏销案”，除江南之外，至少还涉及山东、浙江、福建、广东、江西、陕西、安徽等省，但唯有江南处罚最重。这次打击，给人们留下了永远难以忘怀的记忆。此后政府征税则比较顺利，即所谓：“官乘大创之后，十年并征，人当风鹤之余，输将恐后。”康熙初年，赋役繁重是不可否认的事实。它是在清初财政困难的条件下，为巩固一统江山、镇压分裂割据和反清势力所采取的应急措施。从康熙财政经济思想和政策的总体来看，它是权宜之计。康熙所重视的是恢复与发展农业生产、开财源而充富国库，一旦条件允许，就采取轻徭薄赋、与民共享的政策。
康熙关心农业从多方面入手。为保证军粮供应，他亲自部署边疆屯田。二十五年（1686）三月，命副都统马喇赴黑龙江督调理农务，指示说：农事关系兵饷，须积贮充足。驿递人夫也令其合力播种屯田。你们前去，一定改进农政，以期收获饶裕，年胜一年。三十一年（1692）二月，他命都统瓦代等往达尔河（可能是
科布多地区达尔钦图河，今蒙古人民共和国西部丘亚河）等 3 地耕种。针对边外气温低的特点，指导及时广播麦种，深耕田垄，勤谨铲耥，耘时别将土压住草根，以免其重新发芽；耕种太稠密，禾苗虽壮观，但收获少，稀疏耕种，反而得好收成。三十二年（1693）二月，他命内大臣公坡尔盆等去归化（今呼和浩特）等地督耕，因该地风寒，特叮嘱：田垄要高，一般作物不收，种早熟的麦与油麦、大麦、糜黍有好处，可向当地人请教宜种何谷。还说：我曾问老农，都说，将雪拌种可以耐旱，你们可试试。当他得知该地缺乏耕牛、农具时，立即告之：所用耕牛在御厂内取用，铁器农具支用库银制造，从驿站运送。他用更多的精力鼓励垦荒。顺治帝在位时，曾一再发布谕令，鼓励垦荒，但效果不大。康熙即位后，许多官员先后上疏，强调国家生财之道，以垦荒为主；并总结经验，提出改进办法。
河南道御史刘源漕认为，产权不稳和起科太急是影响垦荒事业发展的两大障碍。
他在奏疏中说：南阳（今河南南阳市）、汝宁（今河南汝南），荒地甚多，应急于开垦。但无人承种的荒地，耕熟后往往有人认业，兴起讼端，经官方裁断，开垦者资产荡然；3 年起科虽有定例，开种之初，杂项差役便不能免。此所以官员劝耕、民终裹足不前的原因。针对此问题，他建议：嗣后请先给批文，开列姓名年月，和荒田的位置、四至坐落，以杜争端。每年由县申府，而道，而院，则刁讼自息，再宽徭役以体恤穷困百姓。除 3 年起科之外，如河工、供兵等项差役，免10 年，以示宽大之政，则人尤鼓舞。此疏经皇帝批准，采纳实行，其中，主要以明确产权和延长起科年限为两大重点。关于产权问题。首先遇到的是为数不小的废藩田产。明代藩王庄田，包括皇庄及皇家至亲庄田，从顺治初年以来，统称废藩田产。垦种废藩地亩的百姓负担特别重，他们既要按藩产租额缴租，又要按民田额赋纳粮。康熙曾于二、三年陆续将部分地区加增额赋或增租免除。但因藩产的名义犹存，一切触免只能是临时性的。这样，未开垦者无人问津，即使已经开垦者亦有重新被撂荒的危险。有鉴于此，康熙决定永远革除“废藩名色”，改变废藩田产所有权，给予耕种者所有。其变更方法，先是于康熙七年（1668）十月，查故明废藩田房，变价出售，照民地征粮。后因以地易价，又征其他钱财，农民负担太重，又于第二年三月决定：免于变价。将现在未变价田地，由该督抚给与原种之人，令其耕种，照常征粮。至于无人承种的余田，则召民开垦。农民开垦耕地，永准为业，与民田照例输粮。这种奉旨免其易价，改人民户的废藩田
产，名日：“更名田”。“更名田”分布在直隶（河北）、山东、山西、陕西、甘肃、河南、湖北、湖南等省，总数不下 20 万顷。承认这部分土地归垦种者拥有，有利于鼓励人们继续垦荒和耕种，对发展农业生产无疑是一大促进。有些地主将土地抛荒，一旦农民将它们开垦起来，地主便以产权所有前来索要，或干脆不许农民开垦。针对这种情况，朝廷明确规定，凡地土有数年无人耕种宪粮者，即归为抛荒，以后如已经垦熟，不许原主过问。使这部分开荒者，也获得土地所有权。
农民获得土地，其生产积极性便大大提高。关于起科年限问题。康熙七年（1668）四月，云南道御史徐旭龄提出科差不应太急。他认为：田有多少不等，故起科年限也不应强求一律，必须新荒者 3 年起科，积荒者 5 年起科，极荒者永不起科，则民力宽而佃垦者众。十年（1671），康熙采取官员们的建议，决定放宽起科年限，令新垦荒地，3 年后再宽 1 年，即 4 年起科。第二年，又宽延到 6 年。到康熙十二年（1673）十一月，康熙考虑到小民拮据开荒，物力艰难，恐催科期迫，反致失业，又决定：嗣后各省开垦荒地，俱再加宽限，通计 10 年方行起科。因“三逆”叛乱，筹饷紧迫，10 年起科的规定未能执行。平叛期间，基本是 3 年起科，个别地方，如四川，如刚来报垦，就有索其丁赋者。康熙十八年，平定湖南，康熙重新规定：开垦荒田，仍准 6 年起科。此后，虽然有些地区恢复 3 年起科之制，但在闽浙沿海、贵州、甘肃、湖广等地，仍是 5 年、6 年之后起科，甚至永免升科。随着国家经济状况日见好转，已开垦而未升科的土地越来越多。康熙了如指掌，但他态度很明确：国用已足，不事加征。让民间分享一些垦荒的实惠。康熙朝对土地从未进行大规模衡量，所谓清查也不严格，全靠自报。如业主隐瞒土地，后来自首，则按惯例，从出首之年起科。总的精神是放宽对新垦土地的起科年限，从而调动农民垦荒的积极性。
据《清会典》记载的全国民田总数：顺治十八年（1661），为 549 万余顷，康熙二十四年（1685），增至 608 万余顷，雍正二年（1724），则达到 683 万余顷。
这里尚未包括将近 40 万顷的军漕屯田、17 万顷的内务府官庄和八旗庄田，以及各省的官地、学田等等。此外，从康熙中期起，以有不少人在山区荒岛从事开垦，更有大批农民则从山东、河北、山西、陕西等省，到内蒙古及东北地区开垦荒地。
因此，在康熙后期，全国田土总数实际上已达到了甚至超过明代万历初年的水平。
耕地面积迅速增加，流移农民与土地重新结合，使残破的小农经济结构得到恢复。
在垦荒过程中，相当一部分土地归垦种者所有，更加激发了农民的生产积极性。
因此，农业经济很快得到恢复和发展。为了促进农业生产发展，康熙在西苑（今中南海）新建丰泽园，辟稻畦数亩，植桑数十株，理政余暇，在此种植农桑，有时亲自耕耘，进行实验。某年六月下旬，水稻刚出穗，康熙循行阡陌，忽然看见一棵高出众稻之上，实已坚好，便将其收藏，留作种子。次年试种，验其是否早成熟，果然又在六月成熟，较一般水稻早两三个月。从此生生不息，岁取千百，终于用“一穗传”育种方法，培育出早熟新稻种。以其生自苑田，故名御稻米。
御稻米色微红而粒长，芬芳美味。由于生长期短，适于北方外，南方则可一年两熟。种植成功后，不仅宫廷内全食用此米，而且推而广之。康熙心中充满实验成功的喜悦说：“今御稻不待远求，生于禁苑，与古之雀衔天雨者无异。朕每饭时，尝愿与天下群黎共此嘉谷也。”康熙试种御稻成功之后于五十三年（1714）决定向大江南北推广，意欲发展双季稻。他首先把一石御稻种发给苏州织造李煦、江宁织造曹倾（扔），令试种双季连作。康熙渴望“一岁两种，则亩有倍石之收”
但李煦与曹倾初次试种御稻双季连作，因下种太晚，没成功。其第二季结实甚少，或根本未能成熟。康熙并不灰心。翌年，他派专人去苏州指导，提早于三月插秧，结果获得成功。第一季亩产与其他稻种相当，第二季亩收两石一、二斗至两石七，八斗，亩产量大幅度提高。双季稻并非康熙首创，我国南方早有水稻双季以糯和粳的连作。康熙发展了水稻连作制，打破了糯粳连作的传统，实现了同种粳稻双季连作。御稻种深受欢迎，两年以后，这种技术传播到江苏、浙江、安徽、两淮及江西等地。
因为害虫是农作物的大敌。康熙为防治虫灾，查阅文献，学习古人治蝗虫办法，出巡时观察蝗蝻（nan，蝗虫的幼虫）滋生情况，提出一系列切实可行的办法。他反对不扑听其自去的宿命论观点，斥之为无知之言，强调依靠人力战胜虫灾。主张“去恶务绝其本”，令地方各级官员要防患于未然，消灭幼虫，冬天预掘蝗种，冬春之交及早耕田，用土压住蝗种，一旦蝗虫出现，就即令地方官组织百姓到田间共同扑打，直到消灭为止。
康熙的重农思想和采取的有力措施，对农业的发展起了促进作用。
康熙改革赋役制度的基本点不是增加人民负担，而是尽一切努力使赋役均平，以减轻人民负担，安定生活，发展生产，增加社会财富，充实国库。人民负
担过重，主要来自两个方面：一是国家索取太多，二是贪官污吏舞弊营私。康熙除澄清吏治、奖廉惩贪外，着意改进相关制度和办法，把住关口，以减轻人民负担。抑制豪强，制止官员擅自加派以中饱私囊。改进地丁银征收办法，是均平赋役负担、防止不法官吏舞弊的一个重要方法。地丁银征收办法的改进主要有：
1、易知由单：即通知单。上面开列上、中、下则，正、杂、本、折钱粮，最后为总数。此法曾用于顺治六年，康熙初年沿用。其意在提早通知纳户，使之明了应交钱粮数目，作好准备，免遭欺骗。如果经手官吏擅自加派或以完作欠，纳户可凭单及交纳钱粮收据告发，经手官员及州县官将受到处罚。但后来直隶巡抚于成龙发现，由单不仅不能制止私派，反而成了经手官员及州县官加重私派的借口，不肖官员，以收取通知单纸板工费名义，用一派十，民受其苦，故申请停止刊刻。康熙征得各省巡抚同意，于二十七年（1690）九月决定，一体停其刊刻。
2、均平里甲：又叫“顺庄法”。康熙初年，始在无锡推行，将邑中田亩配拾均平，截然划一，通计 414 图（里），每图（里）额编田 3000 亩，每甲以 300亩为率，不论绅衿民户，一概编入里甲，均衡徭役，民户不偏累。其目的是按田亩均役，实际也便于征赋。其时，吴兴祚降孙无锡知县，清丈通县田，编号绘图，以田征赋，杜绝了隐匿虚报。此后各省纷纷效仿。康熙十二年（1673），河南巡抚佟凤彩决定仿效他省，采取均分里甲办法，令州县按征粮地亩册，如州县有地1000 顷；原分为 10 甲者，每里均分 100 顷，1 里之中各分 10 甲，每甲均分 10顷。遇有差徭，当按里甲分，则豪强无法逃避，贫弱不致偏累。康熙见均平里甲为人心所向，遂决定进一步全面推广，于十三年（1674）议准：江南（今江苏、安徽）有隐占等诸弊；皆因赋役不均。宜通计该州县田地总数，与里甲之数，均分办粮当差。不许豪户多占、隐役，苦累小民。均分里甲，取消了绅户的免役特权，这样利于均役，而且百姓欢迎，朝廷受益。
3、总征通解：明代万历年间推行一条鞭法，其特点是总征分解。清初基本推行此法，即从州县统一征收之后，分别解送，地丁银解送户部，其他杂项分解送到其他部寺。但因总征之后要分解，所以易知由单中地丁及其他杂项均分别开列，并由各部寺分管催收，导致款项繁多，易生奸弊。并且分解还要多付解费，人民负担很重。例如，有的县正额钱粮仅 3000 余两，而起解分 10 余项；有一项钱粮只一两六七钱，而解费至二三十两者。康熙即位不久，就采纳官员建议，取
消了繁杂款项名目。自康熙三年起，一切杂项统称地丁钱粮，作 10 分考成。除每年正月拨兵饷外，其余通解户部。每省各造简明赋役册送部查核。易知由单发给民间的，尽除别项名色。各部寺衙门应用钱粮，年前预报数目，第二年，由户部支给，仍是年终核报。总征通解，在各省所造赋役册及易知由单上都除去了繁杂项目催报统一，支给统一，对贪官巧立名目、中饱私囊，或乘隙舞弊将负担转嫁于他人，是一种制约。
4、截票法：将每户实征地丁钱粮按月分为时限，于开征日给银票，依限完纳者截票，未截按数追纳。限票分两联，官民各执其半，铃印在两联中间，也称串票。顺治十年，始行 2 联串票，康熙初年继续沿用。但奸吏在征收时，往往借口核对，将纳户票强留不给，以完作欠，以多作少，从中贪污。为防止此类事件，康熙二十八年（1689），改 2 联为 3 联票法，一存州县，一付差役催征，一给纳户执照。如果官吏在纳户完后不填写，及无票付执，许民间首告，以“监守自盗”
论处，罪加一等。与截票法类似，还有挂比、甘限、版串等法。这些办法既用于催征，又防官吏作弊。
5、滚单法：康熙中叶湖广征收钱粮，官吏往往私行科派，其名不一。三十九年（1700）郭绣任总督，设滚单以杜其弊。即在每里之中，或 5 户或 10 户合制 1 单，列上名字，名下注明田地若干、银米若干、春秋应各完若干。分为 10限，发给甲首，由甲首依次滚催，自封投柜。1 限之后，2 限、3 限……依次滚催，停搁不完不缴者严惩。滚单较截票更为严密，防止官吏私行科派，兼有利用保甲连坐以督催税收之意。上述各项征收方法的改进，主要目的在于让人民心中有数，而官吏不得多取。后来概括为“催科四法”，即：以分限（分期征输）之法纾民力，以轮催（滚单）之法免追呼，以印票（3 联票等）之法征民信，以亲输（自封投柜）之法防中饱。初步解决了赋税征收中的一些问题。
由于清代土地、人丁统计极为混乱，不便用降低每亩、每丁单位税额的办法减轻赋税，于是蠲免钱粮成为康熙推行轻徭薄赋政策的主要政策。据记载，康熙在位 61 年，先后在全国 20 多个省区，蠲免税粮、丁银、逋（bu，拖欠）赋达545 次，其中重要的有 30 多次。这些蠲免措施，大致可分为灾荒蠲免、逋欠蠲免及大规模普遍蠲免 3 类，简称灾蠲、逋蠲和大蠲。灾蠲，是清朝赈灾措施的重要部分。凡地方遭遇风、火、水、旱、虫、雹、霜、雪、地震等自然灾害，除赈
济外，还根据受灾情况，分等蠲免田赋。顺治年间，一般受灾 8 分至 10 分的，免 3/10；5 分至 7 分的，免 2/10；4 分的，免 1/10.康熙年间，又进一步放宽。
康熙四年（1665）三月，朝廷为防止地方官报误报灾情，或先征后蠲，致使蠲免有名无实。因而决定：以后被灾州县，将本年钱粮，先暂行停征 3/10，候题明分数，照例蠲免，使小民得到实惠。这说明最低蠲免分数是 3/100 遇有重灾则全部蠲免。例如，同年六月，山东济南、兖卅、东昌、青州 4 府，旱灾 10 分，应照例蠲额赋 3/10；登州、莱州 2 府，旱灾七八分，应照例蠲 2/10.但皇帝降旨：山东济南等 6 府所属地方既已被灾，将康熙四年分应征钱粮，俱予蠲免，张榜通行晓谕众民。这之后曾定加一蠲免之例，即 3 分之外，再加 1 分，共蠲 4 分。实际上此例用于被灾 7 分和 8 分者。而被灾 9 分和 10 分者，仍是全免。不久又定例：
被灾 9 分和 10 分者，全蠲本年额赋，被灾 7 分和 8 分者，于应蠲外加免 2 分，即 3 分加 2 分，共免 5 分。受灾过重，田地不能耕种者，免赋时间延长，一般是免 3 年，或永远免除。康熙七年十一月，河南安阳、临漳，水冲沙压地，免征赋3 年。次年正月决定，因陕西嵋（mei）县（今眉县）山水暴发，民屯田地被冲堆压沙石不能耕种，其赋额永为免除。此外，凡水冲沙压及坍江地额赋，均永远免除。蠲免分数的不断提高，表明康熙初年国家财政经济状况有所好转。
康熙四年（1665）正月，新上任的左都御史郝维纳，发现以前受灾地方都免田粮不免丁银，结果有丁无田之户，不能与有田之户同受恩泽，上疏请丁银均如田粮分数蠲免，康熙批准。此后还注意到佃农，为使耕种土地的佃农也从免赋中得到好处，康熙于九年九月批准：灾荒蠲免，或有穷民租种官绅富户土地，其应纳租谷租银，他令地主照分数免征。至康熙二十九年七月，又具体规定：嗣后直隶各省，遇有恩旨蠲免钱粮之外，以 7 分蠲免业户，以 3 分蠲免佃农。这样，各阶级都能从蠲免钱粮中得到程度不等的利益。为了防止州县官在蠲免钱粮过程中欺上瞒下、借机侵欺，康熙于六年二月采纳山东道御吏钱延宅的建议，令各督抚在奉蠲地方，每图（里）都取现任里长证明该里蠲免无误的具结，收存该地方，分缴部科查对并详定处分条例：凡用各种手段侵吞蠲免利益者，州县各官均以违旨侵欺论罪：如上司不进行稽察，道府均降 3 级调用，督、抚、布政司全降 1级调用。蠲免逋欠，是蠲免多年积欠的赋税。逋欠数目庞大，自顺治元年至十七年，直隶各省共拖欠银 2700 万两有余、米 700 万石有余，超过康熙初期全年额
赋（银 2500 万两，粮 600 万石）。如此巨额逋欠，民力不胜负担，与其催征旧逋，引起新欠，莫如蠲免旧逋，以保证当年钱粮按时征收。但全部蠲免，在“三潘”
平定之前，又为国力所不允。因此，逋蠲是逐步、审慎进行的。康熙三年（1664）蠲免顺治十五年之前的各省民间逋欠。次年三月初五日，又以地震星移为警诫，赦免直隶各省顺治十六、十七、十八年催征不得各项旧欠钱粮。康熙八年（1669）二月，山西、陕西总督莫洛及甘肃巡抚刘斗，以连年灾荒、民困至极，请免平凉、临洮、巩昌 3 府属各州县卫积欠银 78000 余两，粮 16 万多石。户部以各省多有拖欠钱粮，进行蠲免，兵饷必致有缺为由，议复不准。康熙认为该 3 府所属地方，屡次灾荒，与他省不同，降旨特准，命将旧欠钱粮，全免追征，不为例。
据康熙四十八年（1709）十一月户都统计：自康熙元年以来所免钱粮，已达1 亿两有余。这时，康熙酝酿着普免天下钱粮。曾拟于康熙五十年一年之内，将天下应征钱粮一概蠲免。后经户部尚书希福纳、张鹏翮建议，改为从康熙五十年起，3 年之内通免 1 周。其具体蠲免省分、年分及数量如下：这次蠲免涉及到所有征收地丁银的 19 省个区，全年地丁银总数为 27854000 余两。当时全国总收入除地丁银两之外，还有额征盐课及官差银 600 万余两，加地丁银共为 33854000余两。这次普免，地丁银加历年旧帐，共 32064000 余两，近于全国一年总收入。
此后每年仍有蠲免，其中大项为康熙五十六年（1717 年）的蠲免带征银两。这年各处丰收，风调雨顺，康熙想到仅有带征一项尚为民累，便对户部说：近来民力虽已稍纾，然念分年带征银两，若不格外优免，则小民 1 年所获，分纳 2 年之赋，以其赢余养赡室家，断难充足。因而决定：免直隶、安徽、江苏、浙江、江西、湖广、西安、甘肃等 8 处带征地丁屯卫银 2398000 余两，以及安徽、江苏所属带征漕项银 495000 余两、米麦豆 1146000 余石之半。康熙五十七至五十九年，因征伐策妄阿拉布坦之役，西北人民备受苦难，故重点蠲免甘肃、陕西、山西，共近 400 万两。清代地丁钱粮，是从上至下摊派征收，通过蠲免，为了减轻百姓负担。尤其是大规模轮流普蠲，更能有效控制官吏中饱，故有人认为：“惟蠲免钱粮，率土均沾实惠。”康熙王朝蠲免钱粮，其总数约 14000 万两，数量之大，亘古所无；已远远超出赈济范畴，实际上是赋役改革和实行轻徭薄赋发展生产的有效措施。
康熙对灾荒向来重视，把无灾视为“养民”之举。而且牢记明朝末年官员匿
灾不救，以致民饥为乱的历史教训，要求及时报告灾情，痛恨地方官员匿灾，认为：自古弊端，匿灾为甚。因此定例，凡报灾迟延者都要受到处罚。康熙三年，山西省太原、大同 2 府所属 50 州县及部分卫所发生严重旱灾，督府隐瞒灾情不报，照常追逼、如数征收钱粮，直到 30 城居民饥饿至极，再也无法掩饰，才于四年二月奏请蠲免钱粮。康熙十分气愤，除派人采取紧急措施，用地方存贮一切钱粮米谷赈济外，特令吏部议处该督抚。此后因匿灾而受罚的督抚屡见不鲜，甚至有因匿灾被降 5 级调用的。相反，因情况紧急，擅自动用正项钱粮赈济灾民，虽属违例但免予处罚。
康熙在普遍重视赈灾基础上，尤其关注淮扬、直隶及陕西 3 个重灾地区的灾情。九年二月，康熙以淮安府（江苏淮安）属的海州、安东等 9 个州县，扬州府（江苏扬州）属的高邮、兴化等 4 州县水患频频，八年夏秋又罹霪雨，谕户部令督抚，即发仓粟，赈济饥民。但淮扬储存积谷在上年已用于赈济，户部不同意动用正项钱粮。康熙为慎重起见，于七月派部院廉能大臣一员，急速前去查看，如灾情严重，百姓无以为生，即会同督抚动用正项钱粮赈济灾民；若是次灾，即照部议。并特别指示，赈济务必使小民得到实惠。岂知这年汛期，黄滩交替涨水，堤岸冲决，淮扬地区又遭大水，百姓房屋被淹，夏麦未收，秋禾难播，百姓已深陷苦难之中，康熙闻讯立即于十月命令户部特派部员速行查看，准备动正项钱粮、存积银米，赈济饥民，同时速行蠲免应征钱粮。事后，康熙仍挂念不已，十年三月，差往江南郎中禅塔海回京奏事，康熙向他询问民生状况，得知淮扬等地水患未消，人民饥饿流离，虽得救济，仍难以糊口，康熙深切悯恻，立即谕户部，即刻派官前去赈济，不惜截留漕米和买米发给饥民。四月，户部遵旨议复：发银 6万两赈济淮扬灾民。康熙说：饥民待食甚迫，给银无益，仍坚持截留漕米 6 万石，再拨仓米 4 万石赈济。御史徐越提出赈济的具体办法：在各府州县分设若干米厂，使饥民无奔赴守候拥挤之患，然后计人给米，每日各人 1 升，每 3 日发放 1 次，1 石米可供 1 人百日用，万石米可供万人百日用，10 万石米可救 10 万灾民，百日后麦收就到了。康熙很赞同这个办法，令前去赈济官员速依照实行。此后淮扬等地受灾，康熙仍一再令予赈济。
康熙十八年（1679）七月二十七日，京师发生严重地震，波及附近通州、三河等州县，房倒屋塌，旗、民人等死伤甚多。京师是八旗兵故乡，地震灾害牵动
前线每一位八旗官兵的心。康熙非常重视，令拨银 10 万两，酌量给发，并令赈济通州、三河等近京州县。这年冬天，京师聚集许多饥民，康熙令在五城设厂赈粥。到次年三月，御史奏请遣回饥民，但康熙认为不到麦熟时遣回饥民还会流离失所，令再行赈粥两月，待麦收时再各回乡里。到六月，又展期 3 个月，并派医生 30 人为灾民治病。对直隶各州县卫所饥民的赈济，也因春麦已枯展延至秋收。
从此，每年冬天从十月初一到年终，便在五城设厂，煮粥赈灾，成为惯例。康熙经常下令增加银米、宽展期限、增设粥厂、修理五城栖流所诸事。
二十八年（1689），直隶旱灾，粮谷未收。除蠲免征收钱粮外，康熙先后下令户部发库银 35 万两，赈济灾民。对八旗护军兵丁特别关照，多给一倍钱粮。
因灾难以度日的庄屯人口及穷官护军拨什库兵等的庄屯人口 22400 余人，所以每人给米 1 石。此外，旗人单身寡妇、退甲护军、拨什库及无马甲只给 1 两钱粮者，其家口屯庄共 63700 余人，每人亦给米 1 石。二十九年（1690）正月，康熙想到春耕在即，又令给受灾州县卫所贫苦民人及八旗屯庄人口资助耕牛和种子，以便及时春播，不违农时。为弄清这次救济是否落实到小民头上，特差侍郎索诺和、阿山，席珠、齐穑、李振裕、李光地、王维珍、徐廷玺等 8 人，分 4 路巡察、回奏。
康熙想过许多办法加强抗灾能力。他曾提倡地方各级设仓贮粮，州县设常平仓，村镇设义仓和社仓。夏秋收割之际，劝谕百姓重力集输。并将捐助者姓名及数量注册上报；州县官论功记录加级，年内劝输米 1 万石以上者加 1 级，到春季将这些仓粮贷给缺粮户，秋季如数收回。遇到一般灾荒，仓米便可应急。二十八年，直隶发生旱灾，康熙察觉地方官员并未实心奉行，贮粮数字有名无实，灾害发生后不能济事，仍要靠国家赈济。到他晚年时，因浙江地方灾荒，官员几乎被百姓殴打，想到明末李自成起义军专攻地方粮仓，以开仓济贫集聚饥民，便从根本上否定了建立社仓的必要。康熙又另辟粜（tiao）米平价一途。所谓粜米平价，即米贵时卖出，便宜时买入；从丰收之地采购，运到欠收之地粜卖。旨在平定物价，救济灾荒，而非趁机赚钱。三十一年（1692）二月，直隶部分州县欠收，康熙批准奉天粮米进关转粜，并命通州以东至山海关，所有皇庄、王庄，将存贮米粮，全部照时价转粜。同年五月，他见山西平阳府等地风调雨顺，丰收可望，预料米价将跌，谕令户部遣贤能官员，前往购买，预为积贮，既可使米价不至太贱，
保证农民收入，又可使国家积贮大批粮食，为欠年粜卖作好准备。这年陕西西安、凤翔等府因旱灾米贵，流民回籍不多，十二月，康熙决定派专人前去输米平粜，以招流民。其办法是：自襄阳运到西安的米，照湖广价，只加运费卖出；用卖米所得的钱再到湖广买米，转输平粜，直到陕西米价降下来，到流民返回本籍之后为止。这种做法反映了康熙袒护富民、戒备穷民的阶级意识，但也有利用价值规律调节粮价及保护商人合法权益的一面。
康熙朝的战费等负担极其沉重，而赈灾和蠲免钱粮又是大规模的、一惯的。
其能够如此，是康熙经过长期努力，扭转了农业生产凋敝、国库亏空、财政困难、民生贫苦的状况，恢复并扩大了农业生产，调整了社会经济负担和分配关系，使社会步入发展的轨道，功绩卓越，意义重大。首先，其各项措施都有利于把人力、物力、财力用于恢复和扩大农业生产，从发展生产人手来解决财政问题，增加了社会财富，提高了社会生产能力。其次，在生产恢复和发展的条件上，增加了国家财政收入。国库丰盈，国用富饶。在不断大量蠲免钱粮的情况下，到康熙四十一年（1702）以后，户部存银达 5000 万两。最后，通过改革赋役制度、赈灾等措施，调整了各阶级的关系，人民负担相对减轻，既照顾了地主阶级利益，又巩固了清王朝统治的阶级基础，也在一定程度上改善了农民的处境，从而有利于社会生产的发展和阶级矛盾的缓和。在此过程中，康熙所表现的“养民”原则和改革精神很值得钦佩。康熙的蠲免政策得到普遍的赞扬，但他清楚地知道，问题并没完全解决，其中丁银一项矛盾就很明显。清沿明制，地税、丁银分征，田赋蠲免不等于丁银减少。虽丁银也屡蠲免，但人丁并无进行彻底清查，各州县均以万历年间丁额分担丁银，丁少时，人民不免受包赔之苦；丁增之后，超过万历年间丁额，仍按原数申报，不但对国家不利，而且丁役负担也没减轻。这种怪现象是怎样造成的呢？康熙年间，随着各项政策的实施，战争的减少或结束，生产的发展，人口也在增加但大量人丁不入户籍，各州县统计人丁数（原额和增长的人丁）与实际出入很大，名为实在人丁，并不实在，只是税额标志而已。如浙江石门县，顺治五年，编审户口为 66447 丁口，至康熙五十年，仍是 66447 丁口；湖南茶陵州，明万历二十年，有实在成丁 8295 名，至康熙五十年，仍是 8295 丁，竟 1丁不差；福建汀州府，从顺治九年至康熙五十年，近 60 年仅增 17 丁口。同类例子尚多，不一一枚举。另外，河南、山西、陕西、山东、江苏、安徽、江西、湖
北等地有一些州县，康熙五十年丁额，甚至低于清初原额。据统计，康熙五十年实在人丁低于清初原额者，仅山东一地即达 39 州县。从全国统计看，人丁增长也极为缓慢，顺治十八年为 2106 万，至康熙五十年为 2462 万。50 年间，仅增350 余万。就是这 350 余万也并非真正增加之数，其中大部分是靠垦田派丁和将三等九则丁银一律折成人丁而增加的。也就是说大量人丁被隐瞒下来，根本不入国家户籍。康熙出巡发现：1 户或有 5 丁、6 丁，却只 1 人交纳钱粮，或有 9 丁、10 丁，亦只 2 人、3 人交纳钱粮，其余人丁并无差徭。所谓无差徭，是指对朝廷，问题就在这里；对朝廷无差徭的人丁，不负担或少负担丁役，而地方官吏分毫不放过他们。地方官吏威吓户长滥报，超过原额的丁银大部被地方官员贪污，或一部分为地方豪绅所隐占。如江苏无锡均分里甲，将土地、人丁十甲均分，以次轮役。这应该说是很好的均役办法。然而，实际仍不均平。因为富户贿买税书，选择优势区域，每甲土地、人丁多超过平均数，而自然条件极差的沿塘诸里，土地、人丁均远远不及平均数，又都零星佃户，贫不堪应役。在这种情况下，各甲轮流应役；或负担同样数量的丁银，必然富者愈轻，贫者愈重。
五十一年（1712）二月二十九日，康熙宣布实行“滋生人丁永不加赋”政策。
令省督府，将现今钱粮册内有名丁数，勿增勿减，永为定额。其自后所生人丁，不要征收钱粮，编审时，只将增加实数查明，另造清册题报。他说明，这样做的目的是欲知人丁实数，不会加增钱粮。
滋生人丁永不加赋，把全国丁银总额基本固定，从中央到地方都不得随意加减，使广大农民负担相对减少，减少逃亡，有利于生产。滋生人丁永不加赋实施之后，各州县每年上报滋生丁，使国家掌握的人丁户口有所增加，据统计，康熙六十一年全国人丁为 25309178 丁。逐渐接近实在人丁数，这就有助于稳定社会秩序。滋生人丁永不加赋的最大意义，在于推动了全国统一赋役“摊丁人亩”制度的实行。但是长期不加赋与保持丁银总额不变存在矛盾。滋生丁不加赋，同时死亡人丁也不免赋。丁有死亡，由各家补充。而额丁子孙多寡不同，多者，甚至十百丁承担 1 丁的丁银；少者，或 1 丁承一二十丁之丁银；亡丁无后者，找同族或同家人抵补。补丁之余，才是永不加赋的滋生丁。如此转移除补，很难公平合理。人们为逃避补丁，仍隐瞒户口，不如实申报。所以要想真正做到既保持原有丁银总额，又能使新生人丁不再补丁加赋，必须摊丁入亩。而且经过丁银数额的
基本固定，也更易于摊人土地。
明朝天启元年（1621），给事中甄淑就曾请行摊丁人亩。明末政治腐败，未予采纳。清代不仅采纳，并且予以推广。清代最早摊人地亩的是盐钞银和匠班银。
康熙十一年，就以浙江盐钞银均入地亩。匠班银出自明代，康熙中期，陆续摊人地亩。最早将匠班银摊人地亩的地区是江西。接着，浙江在康熙三十六年将实征匠班银 7 万余两，奉命均派于通省地丁下带办。此后，湖北于三十九年、山东于四十一年，均照浙江例，都将该省匠班银摊人地亩。匠班银摊人地亩，废除匠籍，有利于推动手工业生产发展。史家认为：“嗣后丁随地起之例，实肇于此。
康熙五十三年（1714）云南道御史董之燧总结各省部分州县实行摊丁人亩的经验，疏请统计丁粮，按亩均派。户部商定，以不便更张为由，予以拒绝。然而除此别无良法，故广东、四川两省先行之。康熙五十五年二月，董之燧鉴于农民失去土地，而丁银地税尤存，贻累无穷，又上疏建议：嗣后民间买卖地亩，其丁随地输。康熙批准实行，此后所买卖土地，丁随地输。到雍正年间，摊丁人亩制，陆续通行全国各省。摊丁入亩的推行，从总的方面说，并没有减轻封建国家对劳动人民的剥削，因为地主能将摊入地亩之丁银负担，并以高价地租的办法转嫁给佃农。但是从表面上看，无论绅衿、富户，不分等给，一例负担，地多的多缴，地少的少缴，无地的不缴，给人一种公平合理的感觉，对缓和日益尖锐的阶级矛盾十分有利。同时，因解除无地农民的丁银负担，便于吸引流民户籍，减少了户口隐漏，有利于稳定社会秩序也固然取消原有的人丁编审制度，封建国家又利用无孔不入的保甲法来控制所有各类城乡居民，只是无地农民被强制束缚在土地上的情况有所缓解，大量剩余农业劳力可以流入外乡，或佣工，或租佃，或从事其他各种手工业，有利于农业、手工业生产的发展。
自古吏治，向来是国家盛衰治乱的关键。吏治优劣直接关系民心向背和王朝统治的安危。康熙皇帝要做一番巩固清王朝统治的事业，就必须特别重视吏治。
康熙皇帝在吏治方面一贯的指导思想是“端本澄源”，“源清流洁”。他认为：
“朝廷致治，惟在端本澄源。臣子服官，首宜奉公杜弊。大臣为小臣之表率，京官为外吏之观型，大法则小廉，源清则流洁，此从来不易之理”。出于这一认识，他把察吏安民重点放在考查高级官吏上。其中主要是总督、巡抚及在京三品以上高官。
康熙皇帝的这一指导思想是符合当时实际的。总督、巡抚是明中叶以后开始出现的地方高级官员。明制清承，督抚成了地方固定的最高官员。明代中原地区建制为两京（南、北直隶）、十三省。清初改南直隶为江南，又分江南为江苏、安徽，分湖广为湖北、湖南，分陕西置甘肃，初步形成十八省。每省设一巡抚，一、二省设一总督。总督为正二品，加尚书衔者为从一品，主要掌“综治军民，统辖文武，考核官吏，修饬封疆”，权力极大。巡抚为从二品，加侍郎衔者为正二品，权力仅次于总督，主要掌“宣布德意，抚安济民，修明政刑，兴革利弊”。
督抚受到皇帝委托，全面负责一切地方事务，并有单独向皇帝奏事之权，其地位不容忽视。而且督抚在地方，远离朝廷，直接对府州县发号施令。京官掌握官员任免权与钱粮奏销权，权势很重，故督抚往往攀结京官。因此，高级官吏的优劣，与王朝安危关系重大。
高级官吏中存在的严重问题的确令康熙皇帝担心。康熙六年（1667）六月，即康熙皇帝亲政前一个月，应下诏求言。内弘文院侍读熊赐履遵旨条奏，认为民间的疾苦，皆因督抚贪酷所致，建议大加甄别。他直言不讳地指出，人民的疾苦因为守令不贤，而守令贪廉又缘于督抚。不仅是上行下效，而且贪酷的督抚，常常唆使或迫使守令等下属官吏贪污、勒索、压榨小民。问题还不止于督抚，更深的根源在部院大臣。京官不能直接向人民搜刮，但可借助手中的官吏任免权与钱粮奏销权，向外官勒索贿赂。外官攀结京官，惟恐求之不得，借口“令节生辰”，以搜刮的民脂民膏向京官敬送厚礼，夏有“冰敬”，冬有“炭敬”。康熙皇帝对上述有损吏治的不良风气极为重视，清楚地认识到“民生不遂，由于吏治不清。长吏贤，则百姓自安”。
康熙皇帝亲政后，事实促使他必然重视对高级官吏的考查。起初，他对外官与京官勾结行贿纳贿之事，进行教育、警告，提出禁止。但“未见悛改”，并且在外文武官吏，尚有因循陋习，借名令节生辰，剥削兵民，馈送督抚提镇司道等官。督抚提镇司道等官复苛索属员，馈送在京部院大臣科道等官。在京官员亦交相馈遗。
康熙皇帝认为，“兵民日渐困乏，只此之由”。所以应严加制止，于是谕令吏、兵二部：今后有重蹈前辙者，“事发之日，授受之人一并从重治罪，必不姑怠”。
可是十年之后，问题仍未解决。康熙十八年（丑 679）七月，京师发生强烈地震，
康熙皇帝集中部院三品以上官及科道、在外督抚等官，直言政治得失，要亲自修省，指出各方面存在的问题，其中第一条即指出：“民生困苦已极，大臣长吏之家日益富饶。民间情形虽未昭著，但却家无衣食，将子女入京贱鬻者不计共数”。
其原因在于“地方官吏谄媚上官，苛派百姓，总督、巡抚、司道又转而馈送在京大臣，以天生有限之物力，民间易尽之脂膏，尽归贪吏私囊”。为割断督抚与部院大臣的非法联系，特规定：凡督抚司道官员与在京大臣各官，彼此谒见、馈送，因事营求，以及派家人“问候”、来往者，将行贿者及受贿者“俱革职”；官员本人不知其事者降二级，但将经手此事两家家人“俱正法”。如此严禁之后，情况有了好转。
经济上结伙贪污，政治上很难秉公从事。九卿会推官员，亦不能至公至正，或草率苟且，或立议争胜，极力推荐自己意中人、亲朋、同乡、门生。官员间往往结成党援，互相包庇，徇私舞弊。康熙皇帝对督抚与部院堂官营求结纳，分立门户，处理政事不讲原则的弊端深痛厌恶。山西巡抚穆尔赛，贪酷已极，秽迹显著。当康熙皇帝向大学士、九卿等问其居官善否时，满大学士勒德洪等竟不据实上奏，企图包庇。康熙于二十四年（1683）二月，将勒德洪等各降二级，将满九卿科尔坤等各降三级，将穆尔赛拟以绞监候，秋后处决。康熙皇帝发现，“河工诸臣，一有冲决，但思获利，迟至数年，徒费钱粮，河上毫无裨益”，他认为根源在工部。他亲自主持，经数年清查，终于查实工部自尚书、侍郎以至分司官员，是一个大贪污集团。于是分别予以惩罚。
康熙四十二年正月，康熙皇帝第四次南巡时，途经济南，出观趵突泉，书匾额“源清流洁”四字。此时，他的这一吏治指导思想已完全成熟。
康熙皇帝将源清流洁思想用在吏治上，具有广大意义。任何朝代，严格约束和考察高级官吏都是吏治第一任务。因为，他们身居重职，廉贪贤劣事关重大，首先直接影响下级官吏，或者带出一批清廉贤能者；或养成一群庸劣无才、贪赃枉法之徒。其次甚至也关系到左右重大朝政，包括财政、人事、决策、立法等能否按正确轨道行事。从这个意义上说康熙皇帝重点考察高级官吏的实行和某些措施，很值得后世借鉴。
康熙皇帝考察官吏的主要途径是：职能部门考察、亲察、密奏。其中，最注重亲察。
职能部门考察官吏，沿用明代方法：京察、大计和军政等。京察就是考察京官，六年一次；大计为考察外官，三年一次；军政是考察武官，五年一次。届时，由在京三品衙门堂官以上，地方督抚及提督、总兵自述功过，吏部、都察院开设事实具奏候旨。其下属官员，分别由京堂、督抚、提督填注考语，造册开送吏部、都察院。上述被考察官员，凡清廉自守者荐举卓异，贪酷不谨者予以论劾，然后分别按例升赏、降革。
康熙皇帝依旧用旧制，但是并不墨守陈规，他根据实际情况，有改进新的制度。鉴于原制度实施已久，有些只是形式，督抚和提镇对大计和军政根本不认真负责，“每将微员细事填注塞责，至真正贪酷官员有害地方者，反而瞻徇庇护，不行纠参，以致吏治不清，民生莫遂”；“贪酷庸劣之辈，无所戒惩，而守法奉公宣劳尽职者，遏抑不彰，无所激劝”，故于大计、军政之外，另实行“两年举劾”
之制。这种制度是由军政长官举劾属下功过，分别奖惩。因京察间隔时间较长，康熙皇帝传谕各处衙门堂官，对属下随时甄别、指参，以示警告。同时，康熙还提出增加注册考核制度，规定部院官员，因病因事不上衙门者，均需注册，以凭分别勤惰。通过注册，康熙皇帝了解了官员出勤情况，康熙五十三年（1714）二月，翰林等官告假者达三分之二。据此，他决定，“翰林院修撰、编修、检讨、庶吉士、教习进士，并科道官员，有告病回籍者，悉令休职”，解职回家。
亲察，是康熙皇帝经常采用的方式。主要是通过亲自接触官员，进行考察。
其方法很多。总督、巡抚及各省文武大吏离京赴任前，向皇帝告别，称陛辞。陛辞时，康熙皇帝就针对性地同他们研讨问题，提出问题，做初步考察。康熙十八年（1679）八月二十六日，山东巡抚施维翰陛辞，康熙皇帝同他讨论了防止兵丁变乱一事。康熙二十四年（1685）二月十三日，漕运总督徐旭龄陛辞，康熙皇帝同他研究了禁陋规、节冗费、整理官吏队伍问题。康熙皇帝知道徐旭龄任山东巡抚居官清慎，鉴于以前几任漕督都不称职，故将他升任此职，对他说：“源洁则流清，尔为大吏，务正己率属，官吏自不为奸”。徐旭龄感激康熙皇帝知遇之恩，提出一套禁陋规、节冗费的计划回奏说：“凡官吏营私莫如钱粮火耗，臣在山东曾行严禁。今者漕运陋规，巧立名色，积习相因，不可枚举。即如漕运过淮，例应盘验，乃经管官吏专事需索，以致旗丁穷困，盗卖漕粮，亏损国课。臣到任后，务彻底清理，以舒军民之困。至额设标兵六千，臣衙门非有防守之责，似应量裁，
以节冗费。前任漕督原系满官，故一应本章皆用笔帖式翻译。臣是汉人，奏疏只用汉字，所设笔帖式亦应裁撤。官省则弊亦省，似于地方有益。”对此，康熙皇帝表示赞赏，说：“此等应行事宜，尔到任后即具本来奏，朕自允行”。
康熙皇帝还和即将赴任的广东提督许贞研究缉捕广东盗贼问题。许贞以前是郑成功部将，降清后担任左都督，驻赣县垦荒。耿精忠叛乱，他起兵剿贼，屡立战功，授为总兵，后晋提督，以英勇善战著称。康熙对他说：“尔在江西著有战功，朕嘉尔劳，故简任提督。近闻广东盗贼未尽，尔宜加意缉捕，以安民生。”
许贞回奏：“广东地方多有溪水，盗贼出没其中，最难捕治。臣今设法打造小船，或三里或五里安设水路塘兵，昼夜巡哨，庶盗贼可息”。康熙皇帝闻奏，非常满意。
康熙皇帝在审阅各省大员所上的奏疏时，也从中考察官员。原任偏沅巡抚韩世琦，奉命采集楠木，借口四川酉阳土产楠木合式，请令蜀省督抚办理；及其改任四川巡抚，又奏称酉阳楠木数目丈尺因路远不便察看，请行文湖广督抚就近察看。康熙皇帝从中看出他“前后题疏，参差不合”，故令吏部严加议处，将其革职。陕西灾荒，原任甘肃巡抚布喀，擅停宁夏等处济运陕西之粮，而将西安所属长武等州县之粮私自挽运；运粮迟延之责，皆委过于西安所属官员。及其调补陕西巡抚，又请令甘肃巡抚将宁夏之粮挽运，迟慢之罪又推给他人。康熙皇帝见此人只顾个人功名利禄，不顾军民乏食，贻误军机，品德恶劣，特旨拟斩监候，秋后处决。康熙皇帝亲阅刑部秋审重囚档案，察觉九卿阅视档案不全面，“阅视数月，其字句错误处并未看出一二”；刑部刊此档案“先不详审，殊属不合”。此类文书，关系人命，康熙皇帝认为一字一句的错误均不能有，故令都察院“严加议处”。此后，凡专务逢迎、以谬言相奏、冗长浮泛之类的奏章，康熙皇帝都一一提出，有的甚至给予处分。
康熙皇帝巡游时，均作察吏之举。他执政期间曾六次南巡，多次东巡盛京、吉林，西巡宁夏、山陕，北巡塞外蒙古，还经常巡视京畿周围等。每次出巡，各有视河、谒陵、狩猎、避暑等具体目的，但以周览民情、察访吏治为主要任务。
康熙八年（1669）二月，康熙巡行京畿，发现通州知州欧阳世逢、州同李正杰，庸劣无才，副将唐文耀不娴武事，俱令革职，并追究直隶督抚不早点参奏之责。
康熙二十三年（1684）十一月，康熙皇帝第一次南巡，驻江苏宿迁，发现漕运总
督邵甘问题严重，将其撤职，令随旗行走。康熙二十八年（1689）康熙第二次南巡，返京第二天，据所掌握的情况，任免了一批高级官吏。如：令漕运总督马世济，以疾原品休致，由兵部右侍郎董讷补之。原河道总督靳辅，实心任事，劳绩昭然，因此复其原品。以杭州副都统朱山庸劣解任等等。康熙皇帝还用亲察发现的问题教育官吏。康熙出巡时亲察的特点是察吏与察访民情、听取民间反映情况相结合。康熙曾深有体会地说：“凡居官贤否，惟舆论不爽。果其贤也，问之于民，民自极口颂之；如其不贤，问之于民，民必含糊应之。官之贤否，于此立辨矣”。这是他多年考察官吏的经验总结。
康熙皇帝晚年经常注意了解和考察部院司官。这些司官官职虽低，但能力较大，日后可以委以重任。康熙皇帝放眼未来，对他们寄以重望，有意多加了解和培养。对满洲司官，令其轮班佩刀，可在侍卫处行走，“如此贤否始见。”清朝旧例，满洲官员不管文武，出征时均在夸蓝大（营长）、章京（负责人）等处行走。
康熙皇帝令满司官佩刀，有参照旧例之意。部院汉司官等，“应照现今翰林官分班行走例，令伊等分班引见”后来具体规定为“汉官每遇奏事，派六员引见”。
对轮班引见的部院司官，“出题考试”。据说“完篇者居多。即不能诗文之人，所书出身履历亦甚明顺”。康熙皇帝通过这些办法，基本了解了部院司官。
除亲察外，康熙皇帝对亲信密奏比较重视。特别是后期，阶级矛盾、统治集团内部矛盾日益尖锐，各级官吏很少据实上奏，康熙皇帝为了解真实情况，把密折视为特别耳目，谕：“朕令大臣皆奏密折，最有关系，此即明目达聪之意也。
其所奏之事，或公或私，朕无不洞悉；以后一切奏折，都由朕亲批”。他还认为准许密奏有约束官吏之意：“诸王文武大臣等，知有密折，莫测其所言何事，自然各加惊惧修省矣”。
密折来源不一。有派遣到各地办事官员回朝复命时，受皇帝之命，将所见所闻密报；有的钦差可专折密奏；康熙四十一年（1702）十月，因派出钦差等人有在外地为非做歹者，给督抚密奏并擒拿歹徒之权，大臣、总督、巡抚、提督、总兵官皆许密奏。密奏曾收到一定效果，皇帝又增加一个掌握众官员情况的渠道，有些通过其他途径难以查清的问题，经密奏得以明了。
康熙二十三年（1684）十月，奉差福建、广东开海的内阁学士席柱复命时，康熙皇帝向他询问了广东督抚、原任江南总督、河道总督、福建提督等人的情况。
当时有一侍卫到铁索桥挂匾，“彼地督抚，馈银六千余两”一事，康熙是从回奏中才知道的。康熙五十年（1711）江南科场案被揭发后，发生督抚互讦事件。江苏巡抚张伯行疏参两江总督噶礼与考官通同作弊，揽卖举人，勒索银两，噶礼挟嫌诬陷疏劾张伯，监毙人命等七大罪状，加之审理之人偏袒噶礼，问题出现复杂状态。康熙皇帝令江苏织造李煦调查此案、密奏审案实情。江南群众反映噶礼与张伯行动状态等。这对于他力排众议，果断审理此案极为有利。江南三江口及山东地方，盐贼横行，导致官盐雍塞，商旅受害。当地督抚提督总兵官“并无一人据实奏闻”，而织造“曹寅、李煦有密折启奏”，康熙皇帝闻奏，钦派禁旅，清除盐贼。
但密奏并不一定可靠，隐恶扬善者有之；诬陷他人者有之；借密奏取得功名者亦有之。有人“以为吾曾陈奏，遂刊刻传播。或有未经陈奏，即行刊刻者”。
康熙皇帝日：“密奏亦非易事，稍有忽略，即为所欺”，关键是对其认真鉴别和正确掌握。这是康熙皇帝经过多年从政实践中积累的经验。
康熙执政期间，考察官吏的专门机构和专门队伍是六科给事中和各道监察御史，简称科、道官。清以前御史曾属御史台，给事中曾属门下省，所以也简称台省或台谏。二者都是皇帝的耳目，虽品级不高，但职权颇重，由皇帝亲自挑选。
给事中掌规谏封驳，主要是对上；御史专主纠劾百官，主要是对下。康熙年间，科、道官规谏和封驳之权越来越小；而纠劾官吏、察治奸邪的任务越来越重，如经常巡盐、巡仓、巡视京师五城等。不过，与雍正年间六科给事中完全归属都察院不同，康熙年间仍沿用明制，御史和给事中分属于都察院和六科衙门，六科给事中至少在名义上仍保存规谏皇帝和封驳制敕之权。正如康熙皇帝所说：“上之则匡过陈善，下之则激浊扬清”。康熙皇帝对科道官采用既利用又限制的态度。
他利用他们纠劾百官，稽考庶政；限制他们结党营私，以防侵犯皇权。
限制科、道官的主要方法是禁止风闻言事。清朝沿袭明制，原有风闻言事之例，世祖顺治时予以禁止，康熙执政时继承了顺治时的做法。所谓风闻言事，即将没有经过证实的情况或传言上奏给皇帝，作为考察官吏的参考。风闻言事利弊应具体分析，若言官借机诬陷或毫不负责地以虚情上奏，颠倒是非，只能制造混乱，对考察官吏无益，理应禁止，甚至予以处罚也是必要的。但对位高权重者的问题，一般人很难了解全貌和内幕，即使所言完全属实，言官为保护揭发者不被
报复，也推说“风闻”，以拒绝提供资料来源。再说，科、道官的“风闻”，追与不追，信与不信，还在于皇帝。从这个意义上讲，风闻言事，对于察吏，尤其是考察权贵们的劣行不失为一种措施，对于那些贪官污吏等邪恶势力来说，也是一种威慑力量。
康熙皇帝之所以限制科、道官的权力和禁止风闻言事，其主要原因有两个：
一是，对明末科、道官员参与党争而危害朝政的教训甚为重视。认为以风闻言事，伐异党同，假公济私的不屑之徒用以干扰政事，且所言多举细事，无益于检举大奸大贪。二是，康熙亲政前期，立足于安定，政务宽平。由于粉碎鳌拜集团，财政经济比较困难，人民需要休养生息，皇帝治国还缺少经验，一切以安稳为宜。
正如康熙皇帝所说：“从来与民休息，道在不扰，与其多一事，不如省一事”。根据这一指导思想，认为风闻是多余的干扰。
康熙十八年（1679）八月京畿发生大地震后，康熙皇帝及汉大臣认为这是上天警示，是权臣为乱的结果。所以，汉大臣主张恢复风闻言事，基于此，康熙皇帝亲自组织一场与主张允许风闻言事的代表人物吏科给事中姚缔虞的辩论。姚缔虞认为，自禁止风闻言事的一段时间以来，“言官气靡，中外无顾忌”，主张“嗣后如有矢志忠诚指斥奸佞者，即少差谬，亦赐矜全；如或快己恩仇，受人指使者，纵弹劾得实，亦难免有徇私之罪。如此，则言官有所顾忌却不敢妄言，中外诸臣有所顾忌而不敢妄为”。他的这些见解虽不无道理，但康熙皇帝一心禁止风闻言事，不但没有采纳，反而在辩论中公然指责科、道官“直言说论者不过几人，徇私好名者不可胜数。”各部尚书、侍郎及部分科、道官根据皇帝意图，纷纷反对风闻言事。姚缔虞等开启风闻言事禁条的努力再次失败。
然而，事实证明，康熙皇帝禁止风闻政策是错误的。由于言官不放开口，皇帝视听范围有很大的局限性，而幕后大奸大贪之人很难暴露出来。康熙二十五年（1686）冬，审拟湖广总督蔡毓荣利用攻陷昆明之机侵吞吴三桂逆产，并向部院大臣行贿一案时康熙发现背后有更大的贪官。倘若欲察明底细，不允风闻言事，是难以做到的。所以他决定以“广开言路，为图治第一要务”，重开风闻言事之例。次年十一月二十日，康熙在乾清门处理完政事，便向大学士等宣布，重新恢复“风闻纠弹之例”。他说：凡参劾贪官，其受贿作弊处，因并未目睹，无所对据，恐言事不实，不行参劾者甚多。今间有弹章，亦止据风闻参劾耳。苟非通同
受贿，何以深知？天下岂有通同受贿，而尚肯题参者乎？自来原有风闻之例，世祖皇帝时及辅政大臣停止。如若再行此例，贪官似有畏惧。若有挟仇参劾者，必须审明，果是挟仇，自有反坐之例。
风闻纠弹之例一经实行，立即生效。山西道御史陈紫芝闻风而起，于同年十二月参奏上任刚满一年的湖广巡抚张菜贪污搜刮的行为，并提出保举之人可能也受贿。此案涉及到大学士明珠，举朝为之震动。康熙皇帝支持陈紫芝的参劾，事后将张菜革职，并破格提拨陈紫芝为四品大理寺少卿。在审理张菜贪污案的同时，科、道官又提出河务问题，也牵涉明珠。由此导出明珠一系列重大的罪状。御史郭绣于二十七年（1688 年）二月上奏，纠劾大学士明珠、余国柱背公结党，纳贿营私。郭诱奏章一上，在朝中极有威信的大学士明珠的各种贪贿、专权之事暴露无遗。康熙皇帝很快便宣布对有关人员的处分：革勒德洪、明珠大学士，交与领侍卫内大臣酌用；革大学士余国柱职；令大学士李之芳休致回籍。当时内阁只有五名大学士，除王熙外，竟全部撤换。除此之外，满吏部尚书科尔坤以原品解任，满户部尚书佛伦及汉工部尚书熊一潇亦解任。康熙皇帝告诫说：“嗣后大小臣工，各宜洗涤肺肠，痛改陋习，勉尽职权，以副朕宽大矜全，咸与维新之至意”。
明珠等人之案处理完结后，张菜贪污案得以从宽处理。经详审，张菜因勒索属员和派收盐商银共九万余两，罪行极其严重，拟绞监候；保举张菜升任巡抚的相关人员也全被革职；湖广总督徐国相，以不行参奏，亦予革职。
长期禁止风闻言事造成的影响一时不能彻底清除，尽管禁令已除，言官亦不敢畅所欲言，进言者寥寥无几。为了广开言路，康熙皇帝一再放松对科道官的限制，以创造有利条件：允许科、道官随时到畅春园面奏。奏言不限事之大小，“若必大事始言，则言官难分事之大小，言有不当亦不坐罪，对包括皇帝在内的所有人的过失均可进言。同时严禁被参之人报复。广东巡抚彭鹏，因受御史纠劾，在遵旨回奏时，扣压进行报复。对此，康熙皇帝对彭鹏严厉指责。
康熙三十六年以后，地方督抚擅自加派，引发人民反抗，康熙皇帝为做到及时察吏安民，求言之心更加急切。康熙三十九年（1700 年）四月，颁御制《台省箴》，要求言官“通明无滞，公正无私；以充分发挥。
康熙皇帝察吏的主要途经是奖廉惩贪。对官吏的考察以操守为主，才能、政绩、年龄均次之。根据操守，决定奖惩。奖廉惩贪中又侧重奖廉。就是考察罗城
地处深山，县衙设在丛林之中，每天接待百姓问民疾苦。任内“洁己爱民，建学宫，创养济院，任事练达。”康熙六年（1667），这为四川合州知州；康熙八年（1669），升湖广黄州府同知。康熙十三年（1674）二月，升武昌知府，后任黄州府知府。
吴三桂叛军占踞湖南时，煽动湖北数县叛变。于成龙曾往麻城“单骑直入贼寨，谕胁从者免罪，贼众遂降”；当时叛军号称十万，逼趋黄州。因为援军皆赴湖南，有人建议退保麻城。于成龙认为黄州乃七郡咽喉之地，“弃之则荆岳瓦解”，“誓死不去”，集乡兵数千，亲冒矢石，率众拼杀，剿抚兼施，瓦解贼众，只用了二十四天，即平定黄州，从而打通了平叛战争之后方运输通道，有力支援了荆州大军。康熙十四年秋天，黄州“大饥”，于成龙及时赈挤，“全活数万人”，受到人民的爱戴。后连升江防道员、福建按察使。赴按察使任时，数万百姓一直将于成龙送至九江，临别时哭声振天如江潮。按察使任内，被荐为“廉能第一”，上升为布政使。康熙十九年（1680）于成龙又迁直隶巡抚。上任后，是非分明，支持廉洁官吏，劾奏贪黩县令。康熙皇帝得知于成龙事迹，在康熙二十年二月初五在懋勤殿亲自召见他，表彰他说：“尔为当今清官第一，殊属难得”。鼓励他“始终一节”，赏赐白金、良马、御制诗等，嘉其廉能。于成龙提出蠲免钱粮、赈济灾荒等要求，康熙皇帝一一答应，意在支持。同年年底，提升于成龙为江南江西总督。于成龙感激康熙皇帝知遇之恩，至江南后，越加勤奋，诫属吏，革加派，剔积弊，治事每日达旦，“官吏闻风改操”。
因为康熙皇帝奖励清官，为官吏树立榜样，扶正抑邪，引导官吏走正途，因此清官不断涌现。继于成龙之后，又有闻名海内外的清官傅拉塔。傅拉塔，姓伊尔根觉罗氏，满洲镶黄旗人。历任内阁中书、内阁侍读、御史、陕西布政使副都御史、吏部侍郎。康熙二十七年（1698）四月，傅拉塔升任两江总督。临行，康熙再三叮嘱他：“尔此去当洁己行事。前任江南总督数人没有超过于成龙者，尔如其所行可矣。”傅拉塔遵旨上任后，清弊政、斥贪墨，处理刑狱尤为明慎。康熙皇帝对他所采取的可行的措施大为支持。赣县（今江西赣州市）知县刘瀚芳私征银米十余万，并蠹役不法。主管官吏如赣南道、布政使、按察使等为其庇护。
傅拉塔奏请康熙皇帝批准，将他们概行罢免。大学士徐元文及其兄原任尚书徐乾学，乃昆山巨姓，纵子弟争利害民，沐阳降调侍郎胡简敬恃强凌弱，巡抚洪之杰徇私袒庇，傅拉塔先后疏劾，分别予以惩治。傅拉塔于康熙三十三年（1694 年）
闰五月卒于任所，康熙皇帝看到他的遗疏，以痛惜的心情对大学士等说：“江南江西总督居官善者，自于成龙以来，只有傅拉塔一人。傅拉塔和而不流，不畏权势，仰体朝廷委用之意，爱恤军民，甚属可嘉”。破例派人赴江宁祭拜，赠太子太保，谥清端，予骑都尉世职，令其子承袭。康熙四十四年，康熙第五次南巡，路经雨花台，赐御书“两江遗爱”匾额，令悬傅拉塔之祠堂。
继承于成龙任直隶巡抚的满洲镶蓝旗人格尔古德和继傅拉塔任两江总督的汉军镶黄旗人范承勋、被康熙皇帝称为“情廉总督”的闽浙总督王骘等，这些都是名著一时的清廉官吏。
康熙皇帝采取积极措施培养清官，是很有成效的。他曾令于成龙荐举廉洁可以大用之人。于成龙升任两江总督，临行前荐举数人。其中一人为通州知州名亦于成龙，被称为小于成龙。以后不久，江宁知府员缺，康熙皇帝以小于成龙补上。
然后在使用中培养。康熙二十三年（1684）十一月，康熙南巡至江宁，经察访与在京所闻无异，证实小于成龙清政廉洁，特予以嘉奖，赐亲书手卷一轴，传谕小于成龙：“人靡不有初，鲜克有终，尔必自始至终坚持操守，务效前总督于成龙，正直清廉，乃无负朕优眷之意”。康熙皇帝还发现和培养了张鹏翮、彭鹏、郭诱、陈殡等廉吏。二十三年（1684），两江总督于成龙去世时，消息传遍京城，康熙皇帝临朝痛悼，问九卿等：“今天下清廉官如于成龙者有几？”廷臣提出七人，其中便有当时任山东兖州府知府的张鹏翮。次年秋，康熙皇帝南巡，路过兖州，故意观察，发现他果然“居官甚善”，从此就不断提升，累迁至浙江巡抚、兵部侍郎、左都御史、两江总督、河道总督、吏部尚书等职。
彭鹏，福建古田人，任三河县知县时，康熙皇帝谒陵往返，“稔知其贤”，后累升至广西巡抚，调广东，逝于任所。康熙皇帝褒奖他“实心供职，克尽勤劳”。
郭诱，山东即墨人，任江苏吴江知县。康熙皇帝南巡经过吴江，“百姓俱称其贤”，所以特旨行取授御史，疏劾大学土明珠、余国柱等，声震朝野，升左都御史，后任湖广总督。
康熙皇帝晚年发现了杰出的清官陈殡。他是广东海康人，康熙四十八年（1709），任四川提学道，为官不讲排场，只有一人相随，衣物只是够穿，对公事竭尽所能，又杜绝请托，一意甄拔人才。康熙皇帝发现后，曾将陈殡操守廉洁事绩向四川全省官吏公开表彰。后任台厦道，他将应得银三万两，全用于公事；
署总督印务，应得银两，也分毫未取。超擢偏远巡抚，单骑袱被赴任，僚属竟不知道他就是新来上任的巡抚。陈殡认为：“贪取一钱即与千百万无异”，所以不义之财一钱不取，衣食住行以俭朴就行。莅事后，屏苞苴、革火耗、劾罢累民之横役、贪官。康熙五十四年（1715）十一月，入觐，康熙皇帝指着他对众臣说：“此苦行老僧也”。同年十二月，调福建巡抚。陈殡于康熙五十七年（1718）十月病故，康熙皇帝对他大为称赞：“朕亦见有清官，然如陈殡者实罕见”，“诚清廉中之卓绝者，不以表扬，何以示劝？”令追授礼部尚书，照尚书例议恤，荫一子入监读书，“以示优礼清廉大臣之意”。赐给他的谥号，与于成龙、傅拉塔一样，也是“清端”。
康熙皇帝宣传清官，鼓励官吏们都当清官。他对地方官员讲其中道理，说：
“尔等为官，以清廉为第一。为清官甚乐，不但一时百姓感仰，即离任之后，百姓追思，建祠尸祝，岂非盛事？从来百姓最愚而实难欺，官员是贤不是，人人有口，不能强之使加毁誉。尔等各宜自勉”。当然，这是康熙皇帝对广大官员的鞭策和希望，力图使之取信于民。
惩贪，是康熙皇帝惩治内外官员的重点措施。不过，他亲政初期，整饬官员，主要不在反贪墨，而在清除鳌拜之党。康熙八年（1769）五月智除鳌拜之后，对在京三品以上部院满汉堂官及在外督抚“详加甄别”。至九月，经皇帝亲自批准，革职、降级、休致的在京满汉官就有八十三人。其中包括尚书、侍郎、左都御史、内阁学士等高级官员。此外，还将十余名总督、巡抚等封疆大吏革职、降级。
其后，惩贪的具体内容也随形势的变化而变化。平定“三藩”叛乱后，整饬内外官员主要在处理侵蚀兵饷及人官财物等重大贪污案件。其中，第一个重大案件是宜昌阿、金僬贪污逆产案。户部侍郎宜昌阿被派往广东查看尚之信家产，同广东巡抚金僬贪污兵饷及人官财物，收受尚之信、商人沈上达财贿，共白银八十九万余两，还有财帛等物，恐沈上达事后告发，将其杀害灭口。案发后，经半年多的审理、讨论，于康熙二十三年（1683）五月十八日结案，宜昌阿、金僬及郎中宋俄托、员外郎卓尔图，另尚之璋、宁天祚、王瑜等拟斩，道员王永祚拟绞，“俱监候秋后处决”。奉差审理此案的刑部侍郎禅塔海，没有审出谋害沈上达之事，被“革职”。
另一重大案件是蔡毓荣贪污逆产案。蔡毓荣是汉军正白旗人，吴三桂叛乱时，
任湖广总督，后被授绥远将军总统绿营官兵，同定远平寇大将军贝子彰泰从湖广一路进军云南。攻克云南省城昆明时，蔡毓荣将吴逆应入官之家财侵吞归己，并大量馈送贝子及其他大臣、官员等。
康熙皇帝对蔡毓荣的贪污行为早有耳闻，曾在康熙二十三年二月对工部官员说：“前用兵之时，蔡毓荣每于销算估计营造等事，多行浮冒侵渔而己，云南军前官员孰有不得其财者”。康熙二十五年十月，蔡毓荣被改调兵部侍郎。次年十二月，前奉差云南的侍卫纳尔泰，向领侍卫内大臣佟国维告友蔡毓荣，向纳尔泰行贿白银九百余两；内务府新从云南归旗的革职知州文定国，检举蔡毓荣隐匿应人官妇女及徇纵逆党等情。康熙皇帝闻奏，命将蔡毓荣及其子蔡琳革职拿问，并谕令刑部尚书禧佛等：“如此大恶之人若不加惩罚，何以使其余警戒？尔等详加严审，务将情弊尽快察出”。
但审理此案，阻力重重。因蔡毓荣行贿范围广阔，牵连甚多，包括大将军贝子彰泰，以及几乎所有大臣。而蔡毓荣本人，除上述揭发的问题之外，仅供得黄金二百两、白银八千两。康熙皇帝对这一审理结果极不满意。知其距实际甚远，系“瞻徇党类”，但因证据不足，又涉及满洲大员太多，不便尸概处理，所以也无法重处蔡毓荣。结果是：“蔡毓荣从宽没有被处斩，籍没家产，著枷号三个月，鞭一百。并分家子发往黑龙江”。刑部官员因“不秉公严讯，律拟失当，显系徇庇”，分别受到处罚。
在清理重大侵欺逆产案件的同时，康熙皇帝自二十三年起，派人清察各省钱粮，着于解决和防止督抚侵欺挪用库存银两，以防作欠，蒙混销算诸弊。查出广西巡抚施天裔，将康熙二十年（1681）、二十一年存贮仓库银采，捏称民欠具题，照样隐例革职。但查核钱粮效果不甚显著，为此，康熙皇帝重申其意义和决心：
“财富出于间阎，凡查核钱粮，必彻底澄清，不致以完作欠，额外科派，方于小民实有利益”。
康熙皇帝从严整饬吏治并不过分。他在巡视中目睹官、民生活富贫两极相差悬殊越来越大。前文说过，康熙在位期间多次大量蠲免钱粮、赈济灾荒，民生应当有所改善。但实际上小民很少得到实惠。三十八年（1699）二月至五月，康熙皇帝在第三次南巡时，发现浙江百姓“生计大不如前”。在他看来，旧欠已尽行蠲免，灾荒已普遍赈济，百姓应比过去丰足。为何反不如从前呢？经调查得知：
“皆因府、州，县官私派侵取，馈送上司”；或上司“因事借端索取更甚者。甚至微小易结案件，牵连多人，迟延索诈者甚多。此等情弊督抚全都知道，乃不厘剔察参，反将行贿官员荐举，廉正官员纠劾，以致民生失所”。回京次日，康熙皇帝向大学士、九卿、詹事、科道等官针对上述情况，征求解决办法，他语重心长地说：“若各省督抚具体朕爱民至意，实力奉行，自然吏治澄清，万民乐业。
科道不畏人，不徇情，能将不肖官员察访纠参，则有司亦知忌惮。今作何永革横派，严禁贿赂以察吏安民，尔等会同确议具奏”。大学士等遵旨会议，并经康熙皇帝批准，发布谕旨：督抚必须“洗心涤虑，正己率属；凡有贪污害民官员，不及时查参；地方应革积弊，尽行革除。如该督抚仍照前因循，专恃虚文塞责，徇庇属员，或被科道纠参，或被受害人告发，将该督抚等一并从重治罪”此类谕旨，以后不只一次发布。如此看来，康熙皇帝确认了民变的根源在官而不在民。
康熙皇帝晚年处理的重大案件是噶礼、张伯行互参案。噶礼，满洲正红旗人，清朝开国功臣何和礼四世孙。他在康熙三十八年（1699）七月至四十八年四月山西巡抚任内，即因贪婪无厌，加派私征、虐吏害民屡遭御史劾奏。康熙皇帝却因其矢口否认，未加深究，错误地作被诬告解决，将御史等分别革职降调，并于四十八年（1709）七月提升噶礼为两江总督。噶礼更肆无忌惮了，上任数月，即将江苏巡抚、布政使、按察使等官一律劾罢，并与新任巡抚清官张伯行发生矛盾。
康熙五十一年正月，张伯行疏参噶礼，告他在辛卯（康熙五十年）科场案中，以银五十万两，徇私贿卖举人，噶礼不肯审明实情；“自履上任后，所辖两省文武属官，逢迎趋附者，虽秽迹昭彰亦可包荒藏垢；守正不阿者，虽廉声素著难免吹毛索疵”。噶礼反过来参劾张伯行七项罪行，并否认得银五十万两之事。
康熙皇帝先后指令尚书张鹏翮、总漕赫寿、穆和伦、张廷枢严审，但他们偏袒噶礼，问题无法澄清，康熙皇帝对此十分不满。他看到此案已经不仅仅是贪污案件，而且涉及满汉关系，必须明确表态，因而坦率地对九卿等说：“噶礼操守，朕不能信，若无张伯行，则江南地方必受其腹削一半矣。即如陈鹏年（苏州知府）稍有声誉，噶礼久欲害之，将其虎丘诗二首，奏称内有悖谬语，朕阅其诗并无干碍。又曾参中军副将李麟骑射俱劣。李麟在口内迎驾，朕试彼骑射俱好。若令噶礼与之比武，定不能及。朕于是时已心疑噶礼矣。互参一案，初次遣官前往审理，为噶礼所制，审不出来，及再遣大臣往审，与前无异。尔等诸臣皆能体谅朕保全
清官之意，使正人无所疑惧，则海字长享升平之福矣”。然而九卿等再议时，仍不肯单独处罚噶礼，只说：“噶礼、张伯行并任封疆，不思和衷集事，互相讦参，玷大臣职，均应革任”。于是，康熙皇帝只有亲自审理此案，在五十一年一月十二日决定：“命张伯行仍留原任，噶礼依议革职”。后因噶礼欲毒其母，经审实，令自尽，妻亦从死，养子干泰发黑龙江，家产人官。
奖廉惩贪与扶正抑邪相辅相成。在社会风气败坏的清王朝，贤能清廉之官，往往遭到贪劣之辈的嫉妒、戒备与恐惧而备受压抑、打击甚至陷害。清官与贪官势不两立，一旦得到线索，便揭露其周围及其属下的贪劣行为，并在其职权范围内进行惩治。贪官得势又必然欺压并千方百计除掉清廉正直的官员。惩贪，尤其惩治大贪大奸的官员，清官才能成长并施展其才智。在康熙奖廉惩贪的制度中，此类事例带有普遍性。蔡毓荣和赵良栋之间关系的变化即是一例。
平定吴三桂叛乱时，湖广总督蔡毓荣受命为绥远将军，统领绿营官兵进入云南，接受攻取吴三桂老巢昆明任务后，按兵不动，拖延时日。后赵良栋担任此任务，仅用三天时间，便破南坝，夺玉皇阁，取新桥等地，敌人震惊，发生内乱，最后投降。昆明既克，蔡毓荣等进城，抢夺子女玉帛。赵良栋则戒令属下秋毫不犯。蔡毓荣以侵吞吴三桂应人官财物向贝子、大臣行贿，投机钻营，巧夺他人军功，战后叙功，其官兵功加十三等。而赵良栋正直不阿，平日对明珠及其侄吴丹将军也有得罪，常受欺压。此次叙功，竟以他此前未能援救建昌为由，对其官兵不予议叙。当然了，赵良栋不援建昌有一定过错，但也不足以抵消战功。蔡毓荣的罪行彻底败露后，二十五年四月，康熙皇帝封赵良栋正名，著复其勇略将军、兵部尚书、兼都察院右副都御使、总督原衔。
康熙皇帝亲征噶尔丹时，还曾亲自召见并求教于赵良栋。赵良栋去世后，康熙皇帝仍经常称赞他的节操。
康熙皇帝察吏安民，费尽苦心，取得的成果，对其一生统治事业有重要意义。
亲政初期整饬吏治，消除了辅政大臣的影响，重建以皇帝为中心的从中央到地方的政治体系，不仅赢得了八年平叛战争的胜利，而且巩固了包括台湾在内的全国统一，稳定了清王朝的统治秩序。他坚持长期不懈的整饬吏治活动，掌握情况相对及时，明辨是非功过，实行奖惩，以正抑邪，使官吏受到约束和引导，防止了事态的进一步恶化。同时他革除一些恶吏，提拔清官，官吏队伍多少有所改善。
保证了国家财政收入不断增长。使大量赈济、蠲免得以实施。由于以民声好坏作为考察官吏优劣的标准，随着察吏工作的进展，一定时期内某些地区人民生活也有了提高。
