著述：《先秦史》、《古史辨（第七册）》、《论历代兵制》、《国文教学贡疑》、《汉世亭传之制》、《自契至于成汤八迁考》、《魏晋科斗文原于虫书考》、《诸葛亮随身衣食悉抑于官不别治生》、《汉人赀产杂论》、《秦汉移民论》、《道教起源杂考》、《拓跋氏先世》、《春秋史记皆史籍通称》、《记府》、《空籍五岁》、《本纪世家皆史记前已有》、《史记于众所习知之事皆弗论》、《名他如之学》、《神异经》、《博物志》、《拾遗记》、《述异记》、《五伦》、《肉食与素食》、《蔬食（上）》、《蔬食（下）》、《学校与考试》、《论禄米之制》、《论禄米之制续篇》、《论学术的进步》、《从我研究历史的经过说到现在的历史研究（1-4）》、《青年修养》、《青年教育问题》、《两封值得重提起的信》、《追论五十年来之报章杂志》、《史学上的两条大路》、《生活的规范（上、下）》、《读史随笔·公厨、蔬食、民生简便食堂、善举》、《诗经与民歌》、《读崔东壁遗书》、《龚定庵吕思勉百年祭》、《俞理初吕思勉年谱序》。
1942年，59岁事略：是年8月，吕思勉回常州故里，旧宅已被敌火炸毁，一家在废址上盖小屋两间，勉强暂住。吕思勉认为论生活之窘困，当以乡间农人为甚，个人生活并不足忧，但“觉风俗人心堕落甚速，此则愀然不乐者也”。其时，吕思勉诗作颇多，且多为感伤时局、忧国忧民之句。
1942年至1943年，吕思勉在城外游击区湖塘桥青云中学和坂上镇大刘寺辅华中学两处同时兼课，开设的课程有中国文化史、中国近百年史、国学概论、国文等课程。又“与开明书店约定，编撰两晋南北朝史，藉以自活”。
著述：《论上古秦汉的文学》、《关于上古秦汉文学及其他》、《中国近百年史讲义》、《蒋竹庄吕思勉七十寿序》、《童丕绳〈春秋史〉序》、《庄育民喉科真髓序》、《笔记·常州物价纪实（1942－1945）》、《日记·更生记序》、《致李汉怡信》、《倭寇入犯，遁迹沪滨。辛已冬，租界沦陷，翼年秋，微服返里，旧居尽毁，茸小屋以居，卧室隔墙，即以种菜》、《周君畏容，尝见其子，年未二十，而英气勃发，旋去从军隶三十五师，日寇至，战死娄河。劫后返里，过旧时谈燕处，怆然陨涕。》、《书所见》、《稍觉》、《检书毁损过半》、《见猎》。
1943年，60岁事略：1942至1943年间，吕思勉还在苏州中学常州分校兼任国文课，讲授《古文观止》，文史专家黄永年曾从业问学，称吕思勉讲课议论纷发，精彩迭出，多有真知灼见。可见吕思勉之文学造诣实不逊于其史学成就。
著述：《三国史话》、《〈古文观止〉评讲录》、《西王母考》、《太康失国与少康中兴》、《姜克群君兴学记》、《日记·文舆记序》、《致陈楚祥两封信》、《荣女三十》、《再示荣女》、《春父七十》、《归少时旧居》。
1944年，61岁著述：《吕著中国通史（下册）》、《本国史提纲》、《论魏史之诬》、《沈延国〈周书集释〉序》、《崔浩论》、《论疑古考古释古》、《两年诗话》、《上海人的饮食——辟谷》、《上海人的饮食——烹调》、《朱君祠堂记》、《致陈研因、徐哲东信》、《笔记·士子应举》、《日记·彊为善记序》。
1945年，62岁事略：是年10月光华大学复校，吕思勉偕女儿翼仁至上海。
抗战胜利之年，吕思勉精神极为振奋，先后撰写了《抗战的总检讨和今后的方针》、《战后中国经济的出路》、《战后中国之民食问题》、《怎样将平均地权和改良农事同时解决》等一系列文章，检讨历史，筹划未来，对战后国家之重建充满期望。
著述：《历史研究法》、《蠹鱼自讼》、《连丘病案》、《论文史》、《历史上的原子弹》、《论中学国文教科书》、《五都》、《闻之痛心》、《关于平卖的一个建议》、《致光华大学校务委员会书》、《日本降服了》、《如何培养和使用人才》、《抗战的总检讨和今后的方针》、《战后中国经济的出路》、《战后中国之民食问题》、《怎样将平均地权和改良农事同时解决》、《因整理土地推论到住的问题》、《实行宪政时期的政党》、《清查户口与清除匪患》、《改良邮寄手续》、《民国三十四年大事记续》、《论外蒙古问题》、《对于时局的误解》、《抗战何以能胜建国如何可成》、《日本天皇的前途》、《发现新世界者为谁》、《治水的三阶段》、《到朝鲜去搜书》、《上海路名亟宜复旧议》、《论新闻自由与说服异己》、《凤鸣朝阳》、《中韩文化序》、《古代战区比节考序》、《笔记·东南中学校歌》、《题王芝九及其夫人毛佩箴风雨同舟图》。
1946年，63岁事略：光华校舍已毁，由教育部将上海虹口区欧阳路日人在战时所设日本高等女子学校拨充为大学校舍，1946年秋，光华大学迁到新校舍，吕思勉一家也随至搬入欧阳路学校宿舍。
1946年至1947年间吕思勉应复旦大学政治系主任耿淡如邀请，在上海复旦大学教授中国政治制度史，又应邀在诚明文学院兼课。
著述：《初中本国史》、《初中本国史补充读本》、《从章太炎说到康长素、梁任公》、《章太炎生平与思想研究文选》、《从民族拓殖上看东北》、《南京为什么成为六朝朱明的旧都》、《胜利年大事记》、《论保甲》、《三国之校事》、《飞行术》、《汲冢书》、《再论汲冢书》、《郡县送故迎新之费》、《策试之制上》、《策试之制下》、《汉儒术盛衰上、下》、《滑国考》、《忠贞》、《革命与道德》、《学制诌议》、《学制诌议续篇》、《中国文化诊断的一说》、《中国文化诊断续说——教育界的彗星》、《如何培养广大的群众的读书兴趣》、《论美国助我练兵事宜暂缓》、《新生活鉴古上、下》、《读书生活发刊辞》、《读书的方法》、《读书与现实》、《吕思勉谈派报问题》、《还都征故》、《滑稽乎？严重乎？禁锢可乎？》、《东北地方沿革及其民族序》、《张咏霓吕思勉创办光华大学记》、《汪春馀吕思勉寿序》、《日记·扬眉记序》、《张钦奇唐秀仪晶婚》、《赠先之》、《赠文木》。
1947年，64岁著述：《秦汉史》、《东洋史上的西胡》、《节注说文议》、《史情——中国人为什么崇古》、《史情自序》、《九品正中》、《访问》、《后魏吏治之坏》、《治都邑之道》、《江南风气之变》、《限年入仕》、《唐以前无断代史》、《论晋书（1至7）》、《沈约宋书》、《历日》、《用人以抚绥新附》、《无赦》、《法粗术非妙道》、《校郎》、《父为子隐子为父隐》、《寒素》、《江淹齐史》、《崔浩魏记》、《吴均齐春秋》、《三国史话之余——司马懿如何人》、《司马氏之兴亡》、《晋代豪门斗富》、《脉法》、《马先之左氏纂读跋》、《六经皆史之弊》、《州郡秩奉供给》、《开国之主必亲戎》、《减寿致寿》、《手术》、《绝菜患肿》、《山涛》、《贼杀郡将不得举孝廉》、《父母杀子同凡论》、《为法急于黎庶缓于权贵》、《古今所无何八议之有》、《御史不宜司审理》、《赦前侵盗仍究》、《吉翰》、《行钞奇谈伪钞奇技》、《论宋武帝与陈武帝》、《还都纪念罪言》、《学风发刊词》、《如何根治贪污》、《历史上的抗战夫人》、《梁启超新评价》、《国防答问》、《许君松如传》、《潘正铎文木天南旅稿序》、《日记·忘食忧记序》。
1948年，65岁著述：《两晋南北朝史》、《梁末被焚书籍》、《父子相似》、《四部》、《吐蕃缘起》、《金人》、《轮回》、《沙门致敬人主》、《沙门与政上》、《沙门与政下》、《唐代吐蕃兵力》、《儒将》、《因祸而为福转败而为功》、《日记·思渠记序》。
1949年，66岁著述：《女国》、《西山八国》、《唐代市舶》、《官南方者之贪》、《光华大学小史》、《张寿镛吕思勉传略》、《致朱琨三封信》、《日记·独立记序》。
1950年，67岁事略：4月，吕思勉为光华教职工友一致选举为校教育工会主席。
著述：《唯物史观中国史校记》、《论房地产税》、《日记·谨庸记序》。
1951年，68岁事略：9月，光华大学召开最后校董事会议，吕思勉为校董并任代校长，为学生毕业文凭签字盖印，处理学校结尾工作。10月，光华大学并入华东师范大学，吕思勉遂入华东师范大学历史系任教，并迁入华东师大一村教工宿舍。
著述：《论大学中文系散文教学方法》、《关于中国文字的问题》、《致叶圣陶周建人建议便利汉字部书》、《日记·除恶记序》、《女弟子杨丽天至北京，入军事学校，书来索诗，赋此却寄》。
1952年，69岁事略：吕思勉参加三反及思想改造运动，学习结束时写有《三反及思想改造学习总结》。《总结》分四部分：（一）个人历史简历、（二）思想演变回顾、（三）三反及思想改造检讨、（四）教学、著述之检讨。结尾处言及今后之希望：道德贵于力行而已，不欲多言，学术上（一）欲删定旧作。（二）研究《道藏》之书，为后人之研究开启途径，不知此愿能偿否？
著述：《拟编中国通史说略》、《拟中国通史教学大纲》、《中国通史的分期》、《中国通史晋朝部分纲要》、《魏晋南北朝史纲要》、《断代史札记》、《三反及思想改造学习总结》、《日报版式印数诤议》、《书店宜印行完全书目议》、《题付傅安遗墨》、《日记·致知记序》、《联语》（刊于《吕思勉遗文集》下，吕思勉一生所联语甚多，均附记在日记中，1952年，吕思勉整理残存日记，从中辑出47则。（后又发现若干草稿，共50则）
1953年，70岁事略：1953年，吕思勉最后一本断代史《隋唐五代史》写成完稿，但出版无望。计划中的《宋辽金元史》、《明清史》，已做了史料上准备，但都未能最终完成，遂成学术史上永久之遗憾。
著述：《〈史籍选文〉评述》、《致解放日报再议报纸发行书》、《致解放日报读者来信组书》、《致陈楚祥两封信》、《日记·老学记序》、《癸已重九约真期集沪上公园啸篁最先成即次其韵》。
1954年，71岁事略：是年春夏之间，吕思勉为毕业班作“中国史籍读法”讲演，但开学不久即患病，在家休息时，便将“所拟讲演之语，病闲后曾写出崖略”。是为吕思勉最后讲授之课程和最后所写之讲稿，距吕思勉1905年执教于溪山学堂，至此已整整五十年。
著述：《中国史籍读法》、《日记·庄敬记序》。
1955年，72岁事略：吕思勉身体逐渐衰弱，自知已不能工作，遂把师大的住房还给学校，回常州故居养病。来上海治病时，只能住在女儿在山阴路兴业坊租赁之寓所。
是年，吕思勉被聘为江苏省第一届政协委员，因病甚请长假，未尝赴南京出席会议。
著述：《笔记·高敬轩》、《笔记·树木老人》、《日记·馀生记序》。
1956年，73岁事略：年初，上海市高教局为照顾知识分子生活，将复兴西路271号二楼的一套寓所配给吕思勉一家居住，并于农历春节前迁入了新居。5月6日，吕思勉抱病回常州，“在家检书至廿九日毕”，将重要札记、书稿托运至沪，计划作进一步的整理。7月8日返回上海，即开始研究工作。
1957年，74岁事略：吕思勉的《隋唐五代史》有望出版，10月4日编辑送来清样属校。自10月4日到8日，吕思勉一直抱病校阅。8日夜，病情转剧，肺气肿与心脏病并发。9日清晨，病情严重，送至华东医院，遂即组织抢救，至深夜病逝于医院，享年74岁。
10月13日，吕思勉生前友好于上海万国殡仪馆举行公祭大会。吕思勉夫妇灵柩安葬在上海虹桥路万国公墓M区343-344两穴，墓穴毁于1966年文化大革命中。
著述：《论文字之改革》、《古学制》、《宦》、《乡校》、《古史时地略说（上、续）》、《笔记·金华亭》、《笔记·盛康续经世文编》、《庄仲威吕思勉传》、《汪叔良茹茶室诗序》、《弈棋之经历》、《外王父程君传》、《先考妣事述》、《文木过沪出箑属书口占相赠》。
