广东总督卢崇峻奏：『广东香山等县如黄、梁都、三灶诸处皆在海岛，为盗贼渊薮，驾艇剽掠；遣发官兵，令广州总兵官张国勋总统，分布搜剿。共擒斩逆贼赵劈石等二千三百余名，边界顿清。张国勋躬亲调度，诸府分猷效力』。下部察叙。又奏：『粤东贼首李宗韬攻劫长乐、永安、兴宁等县界，臣会同提督杨遇明遣官讨平』。下部察叙。
己丑（二十五日），管理福建安辑投诚事务郎中贲岱奏：『伪统领挂宁南将军印左都督陈舜穆率辖下总兵二员、副总兵六员、参将二十员、游击十九员、都司三员、守备一员、兵部主事一员、工部郎中一员、监纪推官二员、兵丁一千名投诚』。
冬十月丁酉（初三日），福建总督李率泰奏：『伪副统领何义，乃郑锦所倚得力之人，今同伪总兵魏明等率众来归；请从优录叙，以示鼓励』。下部知之。
庚子（初六日），四川总督李国英奏：『巨寇刘二虎、李来亨、郝摇旗、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云七家出犯巫山，水陆诸将戮力战守，得全危城；乞迅发大兵乘胜剿灭』。下部知之。
壬寅（初八日），福建总督李率泰奏：『延、建等处皆高山峻岭，贼首王铁佛等倚险结巢；建宁、延平、邵武将弁统兵克期夹剿，三路齐进，奋勇力战，杀贼一百一十七人，生擒王铁佛等六十八人正法』。又奏：『海逆郑锦遣伪副将林维等率舟师由海门欲乘风直入海澄，烧新造战船；提臣施琅密遣守备王明等水师夜半直抵海门，贼〈舟宗〉前来拒敌，我兵奋勇杀伪副将林维等，生擒贼将兵丁共一百二十五名，夺获船只、器械』。得旨嘉奖，下部察叙。
十一月丁卯（初三日），福建总督李率泰奏：『海寇五百余人由梁山侵犯海疆，总兵官王进功、参将折光秋夹击，大败之；杀贼一百六十余人，生擒九人』。下部察叙。
戊辰（初四日），靖南王耿继茂奏：『伪平国公郑芝龙子郑世袭，素蓄归顺之心。缘郑成功携往台湾；及郑成功暴亡，复被逆孽郑经带回厦门，脱身无术。至是，乘间率伪文武官二百二十四员、水陆兵一百二十名家口、船只、盔甲、器械等物投诚。又伪都督郑赓，系同安伯郑鸣骏之弟；携带官兵共三百一十五员名、家属共三百四十二名口投诚』。下部议叙。
乙亥（十一日），靖南王耿继茂奏：『伪左都督杨富纯率伪都督佥事陈宗等文武官二百三员、兵丁三千二百二十五名并战舰、盔甲、器械等物投诚』。下部议叙。
浙江总督赵廷臣奏：『伪靖波将军侯阮美率弁兵家口共三千六十六员名投诚』。下部议叙。
十二月甲午朔，靖南王耿继茂、福建总督李率泰等奏：『十月二十一日，臣等统率大军渡海攻克厦门，贼众惊溃登舟；水师提督施琅会荷兰国夹板船邀击之，斩首千余级。乘胜取浯屿、金门二岛，逆贼郑锦、周全斌等势穷宵遁』。得旨：『据奏官兵进剿海逆，克取厦门、金门，焚毁贼巢；具见王等调度有方、将士用命，克奏肤功，深可嘉尚！荷兰国出海王率领舟师协力击贼，亦属可嘉！在事有功人员，俱着察明议叙』。
丙申（初三日），靖南王耿继茂等奏：『十月二十八日，逆贼郑锦等遣兵五千人突犯云霄；右路总兵官王进功率官兵逆击之，斩杀过半，余众尽赴水死。请将官兵分别赏赉，以示鼓励』。得旨嘉奖，下部察叙。
己酉（十六日），平南王尚可喜奏：『官兵进剿蜑贼，擒伪恢粤将军周玉、伪军师林辅邦及贼兵二百七十六名，斩首二千六百三十七级、焚贼船一百三十一只』。下部察叙。
康熙三年甲辰（一六六四）春正月丙子（十三日），管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：郑芝豹生母黄氏率子侄、眷属等赴闽投诚。下部察叙。
甲申（二十一日），四川总督李国英等奏：『蜀中巨寇刘二虎、郝摇旗、袁宗第抗抚负固，蒙遣西安将军傅额禅、副都统杜敏统领大兵会同督提进剿；于康熙二年十二月二十三日师次陈家坡，偪近贼巢；满、汉兵奋勇剿杀，贼遁入天池寨。杜敏等统兵追剿，刘二虎势穷自缢，郝摇旗、袁宗第夜遁。杜敏等复追至黄草坪，大败贼众。擒郝摇旗、袁宗第并伪王朱宗蒗等。数万巨寇，一朝扫平，无一漏网』。得旨嘉奖，下部察叙。丙戌（二十三日），福建总督李率泰奏：『原任提督侯马得功妻刘氏、子马三奇等呈称：马得功统领水陆官兵攻取厦门、金门二岛，力战身死；请赐恩恤，以慰忠魂』。得旨：『马得功舍身死战，堕水殒生；着从优议恤』。
己丑（二十六日），授福建投诚伪伯陈辉为慕仁伯。
靖南王耿继茂奏：『臣生长边陲，幼〈娴，夕代木〉武备；前蒙太宗、世祖恩加世袭。今年虽未迈，疾病相仍；臣子耿精忠侍从有年，未谙军旅。恳赐遣归，俾臣力疾教训，以备驱策』。上以其情辞恳切，允之。
二月癸卯（初十日），靖南王耿继茂等奏：『福宁总兵官吴万福招抚伪镇林国梁投诚，随遣游击李应先等协同攻克长腰、东蚶二岛；寇巢破灭，伪兵部阮春雷、逆渠张煌言仅以身免。请敕议叙』！得旨：『据奏逆贼阮春雷、张煌言等窃踞东蚶、长腰等岛，合〈舟宗〉狂逞；官兵奋勇夹剿，擒斩贼将、夺获船只、焚毁贼巢，深可嘉尚！在事有功人员，着察明议叙。其伪镇林国梁带领家口倾心投诚，复奋勇自效，同官兵捣贼巢穴，克奏捷功，非寻常投诚可比。着从优议叙』。
丁未（十四日），兵部议准平南王尚可喜奏：『铜山诸逆郑锦、周全斌等各思归诚，请以招抚事宜专责饶平总兵官吴六奇相机料理』。从之。
戊申（十五日），管理广东安辑投诚事务刑部郎中花善等奏：『伪都督杜辉于康熙二年十一月率所属将领一百二员、水陆兵丁二千九十六名、大小战船六十二只，缴伪印、关防、牌札，献南澳地；又伪总兵吴升率所辖伪官三十三员、兵六百九十三名、大小船十三只，缴伪观武将军印投诚』，下部知之。
三月丙寅（初四日），靖南王耿继茂奏：『海逆洪旭、黄廷等拥郑锦残党遁踞铜山，所辖伪将张灿、吴盛等率领兵民渡海投诚；群贼分〈舟宗〉来追，意欲乘机入犯内地。总兵官王进功统兵驰剿，歼贼众于陆鳌、破贼巢于下蔡，斩首千余级，接应投诚人等入界。在事有功镇将及张杰等，均请叙录』。下部察叙。
夏四月甲午（初二日），管理福建安辑投诚事务郎中贲岱奏：伪左都督陈升率大小文武官一百二十三员、兵丁二千六百余人渡海投诚。
己亥（初七日），福建总督李率泰奏：伪左镇林国梁率众投诚。得旨嘉奖，下部察叙。
癸丑（二十一日），兵部议叙伪忠明伯周全斌率左右都督以下杨泮等投诚功，得旨：『周全斌授为三等伯，杨泮、周珍、曾传、黄宝、林英授左都督职衔，张隆、阮星、欧瑞、陈麟、赖工、张岳授右都督职衔』。
五月丙寅（初五日），靖南王耿继茂等奏：『三月初六日，臣与总督李率泰、提督王进功、海澄公黄梧等领兵先后至八尺门，伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款。十四日夜半，渡海进拔铜山，焚毁贼巢，斩首三千二百余级；伪永安侯黄廷、伪都督余宽等率伪官兵家属人等三万二千四百余名出降，所获船只、盔甲、器械无算。逆渠郑锦仅存数十艘，乘风遁走台湾。订闽海地界凡数十岛，贼巢布列；至是，扫灭殆尽』。得旨嘉奖，下部察叙。
癸未（二十二日），授福建投诚周全斌为承恩伯，食三等伯俸。
六月丁酉（初六日），福建总督李率泰以病求罢。得旨：『览奏患病是实，本当即允所请。但闽省投诚兵民、官员最为繁众，着亲行安插，务使得所；事竣之日，解任回京。应作何加级加恩？该部一并议奏』。
己酉（十八日），以朱昌祚为福建总督（由浙江巡抚迁）。
庚戌（十九日），授福建投诚伪侯黄廷为慕义伯。
闰六月壬戌（初二日），福建总督李率泰奏：『总兵官李长荣等出洋会剿逆寇张煌言，击败贼众五千余人，擒伪总兵张贤等，并获船只、器械』。下部察叙。
癸亥（初三日），颁赐荷兰国王段匹、银两，以二年冬助剿「海逆」有功也。
浙江总督赵廷臣奏：伪将军郑殷就抚。
秋七月甲午（初五日），管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：『自康熙元年至三年止，合计投诚文武官三千九百八十五员、食粮兵四万九百六十二名、归农官弁兵民六万四千二百三十名口、眷属人役六万三千余名口、大小船九百余只』。下部知之。
丁未（十八日），以福建水师提督施琅为靖海将军，承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富副之；征剿台湾。
八月戊辰（初九日），浙江总督赵廷臣奏：伪兵部侍郎蔡昌登等投诚。
甲戌（十五日），浙江总督赵廷臣奏：『逆渠张煌言盘踞浙海多年，其下伪官节次招降，独张煌言抗不就抚。臣与京口将军刘之源先后发书遣使谕以祸福，劝其去逆效顺；张煌言至死不悔，虽将随从兵弁船只起发进关，犹借名归隐，徜徉海外。臣即驰赴定海会商水陆提督哈尔库、张杰，分遣将士、配坐船只，由宁、台、温三路出洋搜剿；毁其贼巢，歼其余党。侦知张煌言披缁远遁，密令饶勇将备徐元、张公午扮成僧民，随带健丁火器潜伏普陀山一带，仍拨将弁扼守要路以防奔窜。至七月二十日，瞭望朱家尖有赶缯船一只；急举火器前击，获有活口林生、陈满等，知张煌言见在悬山范岙。徐元等即驾所获贼艘，尾随八桨兵船，令活口林生等仍扮差回原船，使之不疑；乘夜进一小港，从山后觅路突入账房，遂擒张煌言及其亲信余党。搜出伪视师兵部银方印一颗、伪关防九颗，枪炮、盔甲、旗伞等物。三省之出没渠逆，一旦生擒；凡经过宁、绍、杭各府，百姓聚观如堵。从此奸宄绝迹，海宇肃清』。得旨嘉奖，下部议叙。
己卯（二十日），湖广总督张长庚奏：『靖西将军都统穆里玛、定西将军都统图海等率禁旅与三省绿旗兵合剿西山巨逆郝摇旗、刘汝魁等，业经授首。独李来亨拥众茅麓山，最为险峻；官兵昼夜环攻，贼势穷迫，其党陆续下寨归降。八月初五日，李来亨全家自缢，举火焚巢，官兵搜剿余党。楚寇荡平，金师奏凯』。下部议叙。
九月丙午（十八日），广东总督卢崇峻奏：『平南王、将军、提督等统领官兵于八月十二日进剿碣石卫贼巢，擒斩贼首苏利，俘获余党万余；贼寨荡平』。得旨嘉奖，下部察叙。
癸丑（二十五日），福建总督李率泰奏：『官兵会剿茶子畬山寇，生擒贼首余角，余党俘斩无算，各峒寨悉平』。下部察叙。
冬十月丙寅（初八日），靖南王耿继茂奏：『荷兰国出海王于八月十六日带领番船十只、番兵千人抵闽安镇，约九月二十至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻贼巢，候风便进取台湾』。下部知之。
戊辰（初十日），「海逆」张煌言伏诛。
康熙四年乙已（一六六五）春正月庚戌（二十三日），福建总督李率泰奏：『闽海厦门各岛前已荡平，惟南山、镇海、佛潭桥一带余孽盘踞，总兵官刘进忠等进剿，于三年九月初四日亲统官兵阵斩逆贼七千有奇，招抚男妇一万三千余名。在事有功人员，应请议叙』。下部议。
二月己未（初二日），广东潮州总兵官许龙奏：『舟师直抵碣石，逆贼苏利势穷，逆属及伪副将陈耀等就抚，获贼艘九十七只』。
丁丑（二十日），谕吏部、兵部：『广东逆贼苏利反叛，地方官多罣罪戾。今思苏利以投诚住居内地仓卒叛乱，与外来贼寇失于防御者不同。且当苏利反叛之际，该省王及将军、总督、提督即以本省兵力将逆贼剿灭，地方荡平。其系苏利反叛一案，凡地方大小各官之罪，俱着宽免』。
夏六月丙辰朔，调朱祚昌为直隶山东河南总督（由福建总督调）。
秋七月丁酉（十三日），正黄旗精奇尼哈番郑世袭奏：『微臣悔罪归诚，乞赐母子完聚』。得旨：『郑芝龙罪大正法，因将伊妻收养；郑世袭知伊父之罪，既经投诚，其母颜氏着给伊完聚』。
己亥（十五日），平南王尚可喜奏：广东饶平总兵官吴六奇老疾不能供职。上念吴六奇有投诚防汛功，命其子吴启丰以副将管广东饶平总兵官事。
八月庚午（十六日），兵部议叙康熙二年进取金门厦门、康熙三年改克铜山等处功，加靖南王耿继茂俸银一千两，赏海澄公黄梧大蟒貂裘、鞍辔等物，加黄顺等二十人为左督都、施琅等六人为右都督、陈斌等十一人为都督同知、黄英等十一人为都督佥事。
总兵杨富以进援中伤落水复出，授拜他喇布勒哈番，准袭二次。各将士加等、授职有差。
九月己丑（初六日），福建总督李率泰奏：水师右路总兵官杜永和连破「海寇」，斩伪将乌角车等。
冬十月庚辰（二十八日），浙江总督赵廷臣奏：郑逆伪左都督朱英自澎湖率众投诚。
十二月己卯（二十八日），兵部议覆广东镇海将军王国光奏：郑逆贼伙向泊铜山、炫锺等处，复驾船七十余只冲入甲子所港口挽泊。得旨：『设立水师提督、总兵官等，原为防御海寇。今福建铜山、炫锺等处贼船挽泊，提、镇官等并末带领官兵扑剿；至贼船飘往广东，并未跟踪追杀，又不豫檄广东各官在前截杀。后贼船直冲入甲子所港口挽泊，广东水师各官亦未迎截。如此，则设立水师提督何用！以后贼船再至，提、镇官如不亲领官兵扑灭，贼遁不跟踪追剿及不豫檄附近省分截杀，仍沿旧习若罔闻知，定行治罪』。
