一是股票市场层次结构不完备。中国股票市场主要由沪深主板、中小企业板和代办股份转让系统组成。与成熟市场层次多样、板块有效连通互动的情况相比，中国股票市场层次不清，体系不完备，多层次资本市场体系有待进一步完善和落实。主板市场还需要做强做大；中小企业板市场表面看是一个独立市场，实际上只是主板市场中的一个板块，在上市条件、监管标准等方面与主板区别不大；创业板尚未设立；代办股份转让市场与真正意义上的全国统一的场外交易市场还有很大距离；缺少成熟有效的区域性场外交易市场（OTC市场）。
二是结构倒置。从挂牌公司的数量看，发达国家的资本市场结构呈现为金字塔形：证券交易所上市标准高、挂牌公司数量少，处于金字塔顶端；场外市场上市标准低、挂牌公司数量庞大，处于金字塔底端。我国的情况则相反，证券交易所主板市场拥有1500余家上市公司，形成一定规模，但场外市场建设却明显不足，形成多层次资本市场建设的短板。
三是按照《公司法》的规定，股东持有的股份可以依法转让，但由于转让场所的限制，非上市股份有限公司的股份流通一直没有合法的渠道。有限责任公司，即通常所谓的“非公众公司”的股份，由于我国法律对这类问题一直没有明确规定，导致这类公司的股份转让也一直无法正常进行。实践中，这些公司的股份或者由买卖双方直接协议，或者在各地的产权交易市场进行转让，也导致了不少变相从事股票交易的地下交易市场的存在。
四是交易品种和数量不够丰富。在大部分成熟市场和一些新兴市场上，交易所除进行股票、债券的现货交易外，还有股指期权、期货产品，以及大量的个股期权期货产品进行交易。认股权证和备兑权证等结构性产品十分普及，交易所交易基金（ETF）增长迅速，资产证券化产品和房地产信托基金产品（REITs）也非常发达。相对来说，我国股票市场交易品种则过少。
五是退市机制有待完善。现行的退市标准单一，没有针对不同市场的不同退市标准，不利于多层次股票市场的形成。一方面，现有退市制度缺乏足够的灵活性，退市标准在一定程度上被固化。另一方面，现行退市制度过于强调上市公司的业绩使得标准过于僵化。因此，退市机制的不完善使得市场的优胜劣汰机制得不到充分的发挥。
