我们都很害怕生病，包括山姆教授在内。但一个令人不解的问题是，我们为什么会生病呢？有时候上午还好好的，下午就肚子疼，是什么让我们这么难受呢？
一般来说，让我们得病的原因有一次几种：
（1）生物性因素。包括病原微生物与寄生虫、细菌、病毒、立克次体、螺旋体、真菌及支原体等。
（2）营养性因素。是指维持集体正常代谢和生命活动所需的蛋白质、糖、脂肪、水、无机盐及维生素的缺乏或过剩。
（3）物理因素。包括各种机械力、温度、电流、光线、声波、电离辐射或放射能、大气压力改变等。
（4）化学因素。包括强酸、强碱等化学物质的直接损伤与汞、铅、磷、砷、镉及聚氯二酚等经口和呼吸道、皮肤进入体内引起的中毒。
（5）遗传因素。是指遗传物质的异常，如染色体畸变或基因突变等可引起遗传性疾病。
（6）内分泌因素。是指内分泌腺功能减退或亢进以及靶细胞反应性的改变。
（7）免疫因素。异常免疫反应如变态反应，常引起机体损伤。
（8）精神因素。包括喜、怒、忧、思、悲、恐、惊这些情绪活动，属于人们正常精神活动，但若过分激烈或持续太久，就会引起疾病。
尽管任何疾病都有一定的原因，但有时是单一的因素致病，有时是各种因素复合致病。另外，病因作用于人体，能否致病，还取决于人们的抵抗力。
生物学家曾认为，人体是一座生理之岛，完全可以自行调控身体内部的运转。我们的身体能分泌消化酶消化食物，合成营养物质维护身体组织和器官；可以感受到自身发出的信号，比如饥与饱；免疫细胞能识别危险的微生物（病原体），向它们发起进攻，同时避免伤害到自身组织。
但在过去10多年中，研究人员发现，人体并不是一座自给自足的世外小岛。它更像一个复杂的生态系统，一个庞大的社会。在我们的身体内，住着数以万亿计的细菌和其他微生物。它们寄生在我们的皮肤、生殖器、口腔，特别是肠道等部位。实际上，人体细胞并不是人体内数量最多的细胞，共生细菌的数量是人体细胞的10倍。由微生物细胞和它们所包含的基因组成的细菌群落，不仅不会危害我们的健康，反而对人体有益，能帮助身体进行消化、生长和防御。
绿灰链球菌生活在我们的口腔中，全凭数量来阻止带来感染的入侵者。
小小的细菌居然有如此大的影响力。生物学家已经对人体内数量最多的一些细菌，进行了深入研究。最近，他们又开始研究其他细菌。这些研究，有助于我们更加了解自己身体的功能。也让我们更清楚，为什么有些疾病发病率越来越高，比如肥胖症和自身免疫性疾病。
虽然相对而言有害菌的种类很少，但是这少数细菌导致的破坏却是惊人的，它们所引起的症状很严重，因之而死的人数很多。
我们都不愿意生病，生病后医生总是告诫我们要注意卫生，其实就是不为了防止细菌入侵我们的身体。但是，并不是所有的细菌都会让我们生病。能让我们生病的细菌医学工作者称之为病原细菌，即一些能够导致人类疾病的细菌。一般的致病菌是指那些依靠自身的性质就可以导致疾病的细菌；而需要依靠细菌以外条件的改变，例如机体的损伤、机体免疫能力下降、或导致细菌进入它们通常不存在的机体环境的疾病、损伤或人为因素才能导致疾病的细菌，称为条件致病菌。
你或许会问，当人成为地球上的一员，人体自然也成了细菌的家园，我们的皮肤、五官、消化道、呼吸道等都有细菌的存在，细菌一直在人体上生存着，为什么人却没有生病呢？
人类真正认识细菌是从显微镜发明开始的，我们意识到并很直观地看到它们，还有很多其他种类的微生物。但是从认识它们的那一时刻起，就把它们当成了敌人。因为细菌好像总是与很多疾病一起出现，并且往往会在生病的部位大量地集结和繁殖。这种集结和繁殖，可以导致人体中一系列症状的产生。
在细菌性感染的疾病中，我们忽略了一个最重要的问题：凡是细菌过度繁殖的部位，基本上都是人体自身先出现了问题的部位。首先身体有了异常，细菌才会乘虚而入，这才是真正的因果关系。
而不断增加的细菌，不断冲击人的免疫系统，当细菌的力量占了上风时，人的疾病就来了。
更比如，很早的时候人类就知道葡萄球菌是致命的，但它们生活在人体之内。看上去这似乎是个矛盾，但事实上并非如此。
葡萄球菌与健康人体是处于平衡状态的。但当人的某个部位出现问题，导致细菌乘虚而入，数量增加得太多，需要免疫系统去处理的时候就会惹出麻烦。
一旦葡萄球菌的数目多到一定程度，人体的免疫系统便开始行动。称作巨噬细胞的白血球，这种担任整个身体组织警卫的“大食客”等待的正是这样的入侵者。如果需要，巨噬细胞会穿过组织去帮助其他的细胞与感染做斗争。这些“自杀的细胞”会消耗掉来犯细菌及其毒素，结果它们自身也会死亡，严重的感染会因此被阻止。
如果入侵的细菌数量太大，巨噬细胞将会被压倒；虽然许多巨噬细胞会完成使命，但是更多的葡萄球菌仍会突破它们的防线，继续去侵蚀血红细胞。在一场全面发动的进攻中，血红细胞消耗如此巨大，以致躯体开始因缺氧而窒息。
所以，应该认识到，健康与否主要取决于人体自身的环境是否正常而非细菌，细菌并不等于敌人。
