法国生理学家比夏从解剖学、生理学的角度考虑不同结构对有机体功能的重要性，提出有机体由21种组织构成，但他的观点并不是很全面，因为他轻视显微镜的观察结果。法国生理学家马让迪继比夏之后也承认“生命力”，在其科学生涯中，他既利用物理学来类比生命活动，又告诫人们不要过分寻求用支配无机界的定律去解释一切生命活动。马让迪肯定英国生物学家贝尔提出的两种神经根具有不同功能的观点，并证明了脊髓神经的前根向外传导运动冲动，而后根则从周缘传递感觉至中枢神经系统，他还研究了毒药和催吐剂，从而开辟了实验药理学的新领域。
马让迪的学生贝尔纳在消化生理、糖代谢、交感神经作用、病理生理学等方面充分利用物理学和化学的技术，开展许多工作。比如，他发现胰液的消化作用，肝脏的糖原合成功能，控制血管舒张和收缩的神经，箭毒、一氧化碳以及其他毒性物质的作用性质等。贝尔纳认为身体是一个整体，身体并不是由各具独立功能的器官所组成，他认为身体各器官的功能彼此相关，身体各器官的功能从属于机体的生理需要，贝尔纳在此基础上提出了生理综合概念。根据这种认识，贝尔纳认为高等动物生命的特点是保持内环境的稳定使其不受外环境的干扰，他写的《实验医学研究导论》一书奠定了现代实验生理学的方法论基础。贝尔纳虽然不是活力论者，但他认为还原论是错误的，同时也否认一切有机过程可以还原为物理化学定律。
《生理学纲要》一书，体现了动物生理学学科的近代精神，这本百科全书式的著作的作者是瑞士生理学家哈勒。哈勒通过实验并应用动力学原理，以解剖学和生理学相结合，研究各种器官及器官系统的形态和功能，特别是是对肌肉的“应激性”和神经的“感受性”进行了大量的研究。
弥勒是一位著名的生理学家，他排除一切干扰，开创了德国生理学实验研究的新时代。他发现了“特殊性神经能力律”，即刺激神经的反应取决于受刺激的有机物的特性，而不在于刺激的性质。他还设计一些实验，用直流电在蛙腿的离体神经肌肉上测定引起肌肉收缩的条件，这个实验成为电生理研究的最初进展之一。他用简单的实验肯定了贝尔—马让迪定律，并通过切断蛙的神经后根与前根进行实验，发现失去知觉和肢体麻痹有不同的反应。此外，弥勒对颜色感觉的解释、对内耳的阐述、对发声器官结构与功能的阐述也都是近代生理学的重要起点。弥勒的《人体生理学手册》是继哈维的《动物心血管运动的解剖研究》以来的生理学巨著，此著作中不仅包括他的许多研究成果，而且首先在生理学上综合了比较解剖学、化学、物理学的成就。他还培养了一批像施万、亨勒、菲尔肖、海克尔、亥姆霍兹和杜布瓦—雷蒙等著名科学家。
以物理化学定律来阐明生命现象是德国生理学的研究在弥勒之后出现了的一个趋势。1835年，施万进行了肌肉实验，主要是对生理现象进行了物理测量，这是对活力概念的直接挑战。1839年，施万在细胞的学说论述中强调细胞形成过程与无机界晶体形成过程的某种相似性。1847年，路德维希、亥姆霍兹、布吕克、杜布瓦—雷蒙4位德国生理学家聚在一起，表示应在化学物理学基础上建立生理学。这时，用化学、物理学与物理学数学名词来解释生命现象非常流行，然而以物理学为方向的实验并非简单易行，相反，活体解剖或组织学研究要比以物理学为方向的实验容易得多。因而到了19世纪70年代，这四位生理学家的研究发生了一些改变，除杜布瓦—雷蒙继续电生理学研究外，亥姆雷兹已放弃生物物理学与生理学的研究，转而研究物理学，其他两人则主要从事一般生理学的研究。他们的学生继续走着他们的道路，这些学生致力于经典生理学的两个生物物理学领域的研究，即用力学和热力学方法研究肌肉收缩和用电学方法研究神经冲动，他们的反活力论立场以及在生理学研究中提倡用物理、化学技术的实验方法确实为推动实验生理学的发展做出了贡献。
生理化学也得到了发展，李比希、贝尔纳、巴斯德以及沃勒、弗兰克兰等在有机化学方面的工作将生理化学往前推进了一步，这主要是用化学分析方法了解生命过程中各种物质的化学本质和作用。在生理化学方面对蛋白质的研究较早，在19世纪30年代末蛋白质就已定名。19世纪60年代前后，蛋白质已被认为是在生命过程中起重要作用的物质，其组成单位氨基酸到19世纪末已有12种被分离并测定。德国生理化学家霍佩—赛勒及其后的许多学者研究了有机体内起作用的几乎一切物质，从而丰富了生理化学方面的认识。19世纪70年代，霍佩—赛勒主张“生理化学”从“医学生理学”中独立出来，并于1877年创办了第一个“生理化学”期刊。1869年，他的学生、瑞士生理学家米舍尔用胃蛋白酶水解脓细胞，得到一种不同于蛋白质的含磷物质，他称之为“核素”，以后因核素呈酸性故又称为“核酸”。1878年，屈内把组织器官分泌出的酵素同组织内存在的酵素相区分，称前者为“酶”。1894年，菲舍尔证实酶的专一性，并用“锁钥原理”解释酶与底物之间的关系。以上许多工作都为生理化学的发展奠定了基础。
