1531年以后，哥白尼逐渐减少了从事多年的公共服务工作，开始投入较多的时间从事自己所喜爱的科学活动。哥白尼虽然属于神甫会中年事最高的长者和任职时间最长的人，但仍然只是一位普通神甫。青年时代熟悉的人大多已经离职，接替他们的是比哥白尼整整晚一辈的青年人。哥白尼跟他们没有太多的共同语言，因为这些年轻人的生活阅历和知识都无法和哥白尼相比。青年人以十分崇敬的目光看待哥白尼，把他看成一位智慧老人，但在路上相遇却对他多加以回避。在他的老朋友中只剩下了从前的一位同学——蒂德曼·吉斯。另外一些担任了重要教会职务的人，早已把与哥白尼相识之事忘得干干净净，用冷漠的、甚至有时是不友好的态度对待他。哥白尼没有多少朋友，甚至能与自己一道分享天才发现的熟人也很少。
在意大利以北的一些国家里，在当时一个旨在改革宗教的思想运动正在兴起，后来发展到反对教会、教皇及其整个统治系统。这场宗教改革运动是和德国威丁堡教授马丁·路德的名字联系在一起的。马丁·路德是16世纪宗教改革的介导者。他强烈谴责教会从事的赎罪券交易，否定主教会议的绝对正确和教皇的权威，要求取消宗教等级制度。他把福音书看做是信仰的唯一基础，他摒弃了许多宗教仪式，取消了对圣人的崇拜和修道院的宣誓活动。他要求神职人员完全贫穷，剥夺教会占有的财产。路德学说的拥护者被称为新教徒。不久，德国新教徒与罗马天主教徒之间开始了一场宗教争斗，罗马天主教徒以皇帝卡罗尔五世为首。德国贫民把改善命运的希望寄托在宗教改革上，德国农民奋起投入了反对封建主和封建社会剥削的斗争。明策尔成为农民起义领袖，他宣布了人人平等的原则。他的拥护者被称为反洗礼教派信徒，他们实行两次洗礼，因为他们认为婴儿时的洗礼是无效的。路德宗教改革的影响遍及所有西欧和北欧国家。
在法国和瑞士，约翰·加尔文掀起了另外一种宗教改革运动，他像路德一样摒弃了教会学说，把圣经看做是信仰的基础。加尔文不承认多数宗教仪式，在取消宗教仪式方面比路德走得还远，他把音乐和绘画从教堂中排除出去，礼拜活动也只局限于布道、合唱和接受圣餐。加尔文的改革思想首先席卷法国、荷兰、英国、苏格兰和瑞士的一部分，匈牙利和波兰也出现了加尔文派的拥护者。在波兰赞成加尔文思想的主要是渴望实行改革的波兰小地区的贵族。在立陶宛也出现了加尔文思想的拥护者。在波兰又从加尔文思想派生出一个叫做波兰兄弟会的激进派别，他们的口号是人人平等，他们要求改善农民的命运。
宗教改革运动在波兰遇到了适宜的气候。当时正值波兰着手进行诸多改革的时期，贵族正在为争夺国家领导权而斗争。成立摆脱教皇控制的民族教会的思想，赢得了许多拥护者。同欧洲重要宗教改革家提出的主张无关，波兰一些思想家提出了自己的改革建议。
齐格蒙特·斯塔雷国王试图反对宗教改革运动，为此他发布了一系列布告和禁令。在当时贵族和神职人员之间经常因为什一税和教会审判权等问题发生冲突，正是这种冲突为宗教改革运动开辟了道路。
路德改革思想很快席卷了波兰，并在骑士团普鲁士扎根。在王属普鲁士，其中包括哥白尼的永久逗留地——瓦尔米亚，改革思想也得到了迅速传播。宗教改革运动对瓦尔米亚神甫会构成威胁，因为这种运动将会抹杀它存在的意义。为此，与这种改革运动的斗争要比同一种新的宗教斗争还重要。哥白尼对这些神学辩论不感兴趣，他也没有谴责宗教改革者。哥白尼懂得，如果他谴责宗教改革者，那将会是非常不道德的，因为他自己所从事的研究工作也正是反对正统教会思想的。他对社会改革的兴趣主要是经济性质的问题。他从来没有像神甫会其他同事那样厌恶路德的信徒，他的第一个学生就来自马丁·路德身边。
在市民阶层看来，路德主义是一种廉价的宗教，并不要求人们为教会做出多少贡献。封建地主和穷人都对路德主义寄予希望，希望能把教会的巨大财富分掉。正是基于这样一种认识形成了有助于宗教改革思想传播的条件，这一点哥白尼是十分清楚的。
布拉涅沃成为瓦尔米亚宗教改革运动的重要中心。该城市的老百姓和市议会发生了尖锐冲突，并多次发生骚乱。对各种改革思想，其中包括路德学说来说，这里有良好的传播基础。国王齐格蒙特·斯塔雷对事态发展感到不安。国王担心这场宗教改革运动不仅席卷整个瓦尔米亚，而且会席卷像格但斯克、托伦这样的王属普鲁士的大城市。国王想不惜任何代价阻止这种情况发生，但实际上他只是延缓了传播过程，而并未真正遏制住它。
在波兰和普鲁士最高官员的陪同下，国王亲自来到格但斯克，在那里血腥镇压了路易派反叛首领，随后又平定了布拉涅沃和埃尔布隆格的动乱。钦差大臣们开始在这些城市侦缉路德教的宣传鼓动者。
在埃尔布隆格爆发了非常激烈的冲突，导致冲突的宗教问题和社会问题交织在一起。但事件的主要性质是穷人暴动，是反对贵族和富有神职人员的压迫。暴动在1525年2月1日开始，当时路德教的信徒提出反对多明我会修道院，并想要铲除这座修道院。拥护路德教的市议会下令禁止多明我会修士在教堂布道和传教。平时深受市议会压迫的小市民利用多明我会修士事件，向议会提出了各种要求，譬如减税和改组议会等。
起初小市民们试图通过谈判迫使议会让步，但当他们发现谈判无济于事时，就转而去找马尔堡县长斯坦尼斯瓦夫·科希切莱茨基来帮他们出主意，同时要求市议员们辞职。
2月6日，百姓们推翻了市议会，把6名议员驱除出议会，留下9名，又推选了15名新议员。这次暴动中产生的新议会统治持续9个月。埃尔布隆格的百姓们曾幻想：他们能得到波兰国王的支持，国王会赞许他们的意见。然而国王的钦差大臣们却把造反者选出的议员全都赶出议会，同时发布了一系列反路德教的指令，禁止宣传和传播路德学说。一场群众性运动就这样被平息了。
哥白尼的学说在欧洲传得越来越远，影响越来越大，也传到了路德的耳朵里，但对路德教来说，也和对罗马天主教一样，哥白尼的学说是危险的。这位伟大的宗教改革家是这样看待伟大科学革命家的发现的，他写道：“有人提到一位新天文学家，说他想证明：不是太空或天、太阳和月亮……而是地球自身在动，在转圈子。现在的事儿就是这样：谁想当聪明人，谁就得想出点儿特殊的东西来，而且又一定是最好的。这个蠢人妄想把全部天文学颠倒过来。然而，正如《圣经》所指出的，约书亚命令太阳，而不是地球，停止不动。”路德的说法传到了哥白尼的耳朵里，而部分普鲁士地区的路德教信徒也知道了路德的这一看法。费贝尔主教发出了的严厉指示使人们开始回避路德教的信徒。弗龙堡的神甫，其中包括哥白尼，都不大愿意和路德教信徒来往。不久之后，从埃尔布隆格又传来一个消息，这消息使哥白尼感到痛心。在1531年2月19日，当地的路德教信徒们在狂欢节化装舞会上嘲笑了教皇、红衣主教、主教、神甫以及其他一些神职人员。费贝尔主教在狂欢者行列中看到了影射自己的丑角形象，那是一个穿着主教服装滑稽可笑的人，在大街上边走边散发用来宽恕堕落和凶杀行为的赎罪券。行列中还有一个打扮成弗龙堡神甫模样的人在装腔作势地宣扬，他定住了太阳，转动了地球。这番表演在聚拢的闲客中引起阵阵哄笑。然而，这件小小闹剧只不过是哥白尼年老时将要遇到的一系列痛心事的预告而已。此后许多年，愚昧人的嘲笑声一直伴随着哥白尼。一些对哥白尼不友好的人因这位智慧超过他们的人被嘲笑而感到幸灾乐祸。
莫里齐·费贝尔是哥白尼在瓦尔米亚生活时期的第三位主教。当他感到自己的末日已经来临时，他留下了遗嘱。在遗嘱中他提出要留给自己最亲密的顾问哥白尼100个弗罗伦，却没把他作为自己的接班人。费贝尔早就想把瓦尔米亚主教的宝座留给自己的舅舅——哥白尼的好友蒂德曼·吉斯。费贝尔主教在临终前也表示，要把海乌姆诺主教职务交给蒂德曼·吉斯，同意让丹蒂谢克担任副主教。1537年7月1日莫里齐·费贝尔主教去世，神甫会又开始选举新的瓦尔米亚主教。从神甫们提交的名单中，国王挑选出四名主教候选人，神甫会要从这四人中选举主教。国王挑选出的四名候选人中有尼古拉·哥白尼，其余三人是扬·丹蒂谢克、扬·齐梅尔曼和阿哈希·冯·特伦克。哥白尼是第一次被提名作候选人，而且还主要是出于礼貌考虑，因为忠于国王和波兰，并且献身于天主教事业的扬·丹蒂谢克当选为主教是必定无疑的。选举扬·丹蒂谢克担任瓦尔米亚主教就结束了国王与神甫会之间有关选举国王喜欢的人担任这一职务的多年争执。
早在青年时期，哥白尼就和丹蒂谢克相识。当时丹蒂谢克是一位爱好文学的人文主义者，并且是一位很出色的波文——拉丁文诗人。他当了海鸟姆诺主教后，哥白尼仍和他保持着密切联系。
扬·丹蒂谢克的真名是汉斯·弗拉克斯宾德尔，扬·丹蒂谢克是他的化名。他一生中曾几次更换化名，这在文艺复兴时期很时髦。丹蒂谢克比哥白尼年轻12岁，他过着完全不像神职人员的活跃生活。17岁时参加了反对土耳其人和鞑靼人的远征。后来回到克拉科夫，在亚历山大·雅盖隆奇克国王身边工作。当王宫里的工作使他感到厌倦时，他就离开王宫到世界各地漫游。他游览了意大利、希腊、圣地巴勒斯坦和阿拉伯半岛，以及西班牙和其他一些国家。在意大利他获得了古典文学家称号，并成为杰出的诗人。在外交方面也很有天才。他性情活泼、机敏，善于交际。
王宫开始注意丹蒂谢克，因为国王很需要具有外交天才的人。另外他又是一位很好的波兰爱国者，并熟悉普鲁士事务。起初他给国王当私人秘书，陪同国王访问了维也纳，后来作为波兰大使留在维也纳皇宫。他很快成为欧洲有名的诗人，马克西米连皇帝也授予他桂冠，以表示对他天才的赞赏。作为波兰大使他周游世界17年，陪伴皇帝从一国首都到另一国首都游览，甚至还陪皇帝亲临前线的一些战场。他一直忠于波兰，需要时他也从事过反对皇帝的活动。皇帝看重他不仅仅因为他是诗人，也因为他是能干的外交家。他曾以马克西米连皇帝的名义出使威尼斯，担任和谈的中介人。他还受卡罗尔皇帝的委托到巴黎与哈普斯堡的对手法国国王达成谅解。他能够调解皇帝和教皇的关系，使他们联合起来共同反对土耳其人。
丹蒂谢克是欧洲当时比较知名和比较受欢迎的人之一，而作为诗人，也可称为杰出诗人。在以尽情享受生活乐趣为时髦的时代，他也不甘落后。他在欧洲许多地方都有情妇，他充满色情的诗歌中所赞颂的是美酒、女人、爱情和歌声。
然而，时代发生了变化，过分享受轻松愉快生活的做法已经不再时髦了。宗教改革运动席卷了欧洲，人民掀起了暴动。丹蒂谢克也发生了变化，他摇身一变，成为习惯势力的坚决维护者和道德学家。就连他从前的游乐伙伴也把他这种突然转变当做一种讽刺，或者当做取笑这个厚颜无耻者的绝妙把戏。
丹蒂谢克开始维护教会利益，与路德学说展开斗争，一有可乘之机，他便沿着教会的阶梯向上爬。爬教会阶梯就好像是他的副业一样，他知道，这方面的收获对他迟早是有用的。波兰国王先后授予他一系列负责教会的职务：先后把克拉科夫郊区的戈翁布教区、弗龙堡大教堂、格但斯克最大教区以及海乌姆诺主教区交给他掌管，直到最后作为大公就任利兹巴克的瓦尔米亚主教。担任这一职务几乎使他成为国王在王属普鲁士的全权代理人。丹蒂谢克开始在王属普鲁士严厉打击宗教改革运动，在这方面他远远超过了所有前任。
丹蒂谢克严厉禁止阅读路德主义书籍，尤其是由马丁·路德译成德文的圣经。丹蒂谢克认识宗教改革运动的主要领导人——马丁·路德和菲利普·梅兰希顿，并且曾经以此为荣，感到骄傲。
丹蒂谢克和菲利普·梅兰希顿的交往持续很久，他们之间经常有通信往来。丹蒂谢克怀着极大兴趣注视着梅兰希顿发表的作品。
几年以后，路德被开除出基督教会，于是丹蒂谢克也不再承认他们的相识。1519年丹蒂谢克参加了卡罗尔五世就任罗马皇帝的加冕典礼，并与卡罗尔五世一起到了意大利，在那里当调解人，促使皇帝同教皇于1529年签订了合约。第二年又遵照齐格蒙特·斯塔雷的指示在奥格斯堡帝国议会上为阿尔布雷希特进行了辩护。这时他很渴望返回波兰，但国王并不急于撤回赋予他的使命。
